就在以色列国宣布成立的当天，苏肯尼克还透过隔断耶路撒冷阿拉伯人和犹太人区的铁丝网与都主教进行过一次面谈，但是，撒木耳已经就验证四卷中的三卷，并对其拍照事宜与美国东方研究院达成协议。
第二天，即1948年5月15日，埃及、外约旦、伊拉克、叙利亚和黎巴嫩5个阿拉伯国家宣布对以色列发起“圣战”，相继派兵进入巴勒斯坦，第一次中东战争爆发。这次战斗也被称为第一次阿以战争或者巴勒斯坦战争，而以色列人则称其为独立战争，是第二次世界大战后阿拉伯国家与以色列之间的第一次大规模战争。
其实早在英国正式结束委任统治和以色列宣布成立之前，战争就已经开始。巴勒斯坦的阿拉伯武装和由叙利亚出面召集、由志愿人员组成的“阿拉伯解放军”，自1947年底以来就一直在同哈加纳等犹太武装进行战斗。但由于以色列建国和各阿拉伯国家正式宣布出兵巴勒斯坦，整个战争的性质便发生了变化，从巴勒斯坦内部犹太人与阿拉伯人的战争，变成了以色列与各阿拉伯国家之间的战争。阿拉伯联盟政治委员会称，这次出兵是临时性，“无意于占领，在解放巴勒斯坦以后，入境的部队都将撤离，并将巴勒斯坦交给它的合法居民，让他们选择他们所要求的制度”。
战争爆发时，阿拉伯国家在人数、装备上都占有明显的优势。阿拉伯国家出动的总兵力约为4万人（其中伊拉克近1万人，埃及8000人，外约旦7500人，叙利亚5000人，黎巴嫩2000人，巴勒斯坦2500人，其他国家志愿人员组成的阿拉伯解放军约5000人），有坦克40余辆，各类飞机约150架，装甲车近200辆；而以色列方面共有各类军事人员近4万人，但实际上战斗力较强的只有哈加纳的突击队——帕尔马赫，此时约有5000名成员，另外就是伊尔贡和莱希，加在一起约有3000多人，重武器则只有一辆坦克、20多架********和两辆装甲车。
参战的阿拉伯国家的参谋长曾在大马士革制订了一个协同作战的计划。根据这一计划，黎巴嫩和叙利亚的军队将在巴勒斯坦北部行动，占领太巴列、萨费德、拿撒勒和阿富等地；精锐的外约旦的阿拉伯军团和伊拉克军队从加利利南面渡过约旦河后便向西直取海法；埃及军队从巴勒斯坦南部向特拉维夫挺进，最大限度地把犹太人的力量从海法方向吸引过来。然而战争开始后，由于阿拉伯国家各有打算，缺乏协调，这一计划并未能得到有效的实施。
阿拉伯国家宣称它们发动的是保卫宗教圣地、消灭犹太复国主义、帮助巴勒斯坦阿拉伯兄弟建立国家的“圣战”。由于有备而来和先发制人，再加上军事力量上的优势，阿拉伯方面在战争初期攻势凌厉，掌握着战场上的主动权。埃及军队从南向北，不断推进，很快就逼近了特拉维夫和耶路撒冷；伊拉克军队从中路越过约旦河，一度挺进至距地中海只有10英里的图勒卡姆；约旦的阿拉伯军团则在英国指挥官的率领下占领了约旦河西岸和耶路撒冷城的大部分地区；叙利亚和黎巴嫩军队从北部进入巴勒斯坦后，也步步向南深入。新生的以色列国面临着巨大的危险。
以色列临时政府组织了顽强的抵抗，几乎所有能参加战斗的人都被动员起来了。战争开始时，犹太武装最突出的问题是军火不足，据说在3万多哈加纳成员中，有步枪的人还不到一半。但本·古里安等犹太领导人早在宣布建国前就已派出人员前往欧洲和美国搜集和采购军火，同时自己也加紧了武器弹药的生产。当时国外犹太同情者为以色列提供了大量的援助，问题并不在于外汇的缺乏，而在于如何采购到所需要的物资并及时地将其运到以色列来。随着军火的不断补充，以及经过对新移民的军事训练，以色列方面参战的人数逐月增加。更重要的是，以色列人深知他们在这场战争中是没有退路的，一旦失败，他们的国家，甚至整个民族都将面临灭顶之灾，只有背水一战，才能保住新生的国家，维系犹太民族的生存。正是这种“置死地而后生”的处境，使以色列军民保持着极高的战斗士气。尽管许多士兵已连续战斗了五六个月（自1947年底即开始了同巴勒斯坦阿拉伯武装的军事争夺），身体已极度疲惫，但却仍然斗志高昂。
战争的第一阶段从5月16日到6月11日进行了4个星期。在以色列人的殊死抵抗下，南部埃及军队对特拉维夫和耶路撒冷的推进被遏制住了；但在中部地区，以色列军队同精锐的阿拉伯军团展开了激烈的战斗，后来以军被迫放弃了耶路撒冷旧城，在民兵的协助下集中力量据守新城；特拉维夫方面的以军也不惜牺牲，打通了一条增援耶路撒冷新城的山间公路，最后终于保证了在战争结束时耶路撒冷新城仍处于犹太人的控制下；由于北部的加利利是犹太人较早开发的地区，以色列在这一带有不少农业定居点和城镇，防守力量相对较强，伊拉克和叙利亚、黎巴嫩军队只占领了少量定居点和制高点后，攻势就被阻止了。在战争的头4个星期里，以色列死亡的人数将近1200人。由于有从国外运来的重武器和自己增加生产的枪支弹药，加上人员的及时补充，以色列军队的战斗力并没有受到多大削弱。但总的来说，以色列面临的情况，仍很危急，本·古里安向以驻联合国代表埃班发出急电，希望美国出面安排停火，以便使以色列有几个星期的喘息时间来重新组织和装备军队。
战争爆发后，联合国很快便召开了特别会议，研究调停问题。但由于美、苏、英等大国在政治上的立场不同，直到5月30日各方才达成了一项决议，要求交战双方停火4周，并委派瑞典红十字会会长伯纳多特伯爵担任联合国巴勒斯坦调停人。经过伯纳多特的斡旋，阿以双方同意从6月11日起停火4个星期。
停火期间，阿以双方都抓紧时间进行休整，补充人员、装备和军火。但相比之下，以色列人在此期间的军火和人员补充工作要比阿拉伯人迅速和有效得多，他们利用从世界各地犹太人那里募集到的钱，从捷克斯洛伐克、法国等国购买了飞机、坦克和火炮等重武器；同时加紧了军事人员的征募和训练。由于英国根据联合国决议停止了向阿拉伯国家供应武器，埃及、外约旦等国只有自己到欧洲市场上去采购，获得的武器不仅质量低，而且来得慢。
阿拉伯各国军队士气普遍不高，他们原先没有料到会遭到犹太人如此猛烈的抵抗。一些埃及士兵原来甚至没有想到要去打仗，他们以为只是去接管英国人撤走后留下的一片真空地带，可以在那里轻而易举地获得战利品，因此他们的士气根本无法与以色列军队相比。更重要的是，阿拉伯各国领导人在政治上各有自己的打算，在军事上缺乏协调行动。事实上，直到战争爆发的两天前，阿拉伯各国才决定出兵，并推举外约旦国王阿卜杜拉为阿拉伯联军的总司令。各支阿拉伯军队既没有经过训练，也没有联合作战的计划，一些人甚至不知道他们要去干什么。
埃及的法鲁克国王对发动这场战争的态度最为积极，因为此时他刚成为阿拉伯世界的领袖，急于发挥自己的领袖作用。巴勒斯坦阿拉伯领导人、耶路撒冷大穆夫提侯赛尼此时也在开罗，他的目的是依靠法鲁克国王的帮助，在巴勒斯坦建立一个他自己的政府。外约旦国王阿卜杜拉长期以来一直觊觎巴勒斯坦的阿拉伯地区，他想利用这次战争尽可能多地占领巴勒斯坦土地，建立一个“大约旦王国”，然后再与犹太人妥协讲和。阿卜杜拉的目的显然同法鲁克和侯赛尼是相互冲突的，埃及军队进入巴勒斯坦后，一支部队沿海岸线向特拉维夫挺进，另一支部队则向耶路撒冷靠拢，其目的与其说是增援外约旦军队，还不如说是前来争夺地盘和监视阿卜杜拉的行动。叙利亚的目的也是想抢占地盘，参与对巴勒斯坦的瓜分。而黎巴嫩、伊拉克从一开始对参战就不很热心，它们出兵更多的是服从阿拉伯联盟采取的统一行动。
停火以后，各国之间的矛盾又有了新的发展。阿卜杜拉访问了埃及和沙特阿拉伯，提出让巴勒斯坦阿拉伯区同外约旦合并的计划，但却没有得到埃、沙等国的支持，他便单独采取行动，争取了纳沙希比家族等巴勒斯坦地方势力对合并计划的支持。随着4个星期的结束，各国在是否继续停火的问题上也存在着严重的分歧。
以色列宣布建国后，在军事上仍暂时保持着原来的格局。除了哈加纳外还有2000多名属于犹太复国主义修正派伊尔贡的武装人员，以及极端的右翼民族主义军事组织“莱希”的400多名成员。这两支武装都有自己的组织系统和政治纲领，它们都力图保持自己的独立性，不愿受临时政府的控制。但本·古里安认为，为了保证对阿拉伯国家的胜利，必须尽快建立一支统一的国家军队；即使将来国家政权稳固之后，也不再允许有属于政治党派的武装力量。
在本·古里安的坚持下，临时政府于5月26日正式颁布命令建立以色列国防军，这个命令规定进行普遍征兵，禁止除国家军队之外的任何武装组织的存在。但是，由于战争以及伊尔贡和莱希成员的反对（哈加纳中也有人表示反对，认为这是本·古里安在夺取军权和搞政治清洗），这个命令颁布后并没有能够马上实施。帕尔马赫和伊尔贡都被允许保留一个隶属于总指挥部的临时分指挥部，以协助临时政府逐步收编各自的成员，但要求它们停止私自从国外获得武器和制造武器。然而，一场内部危机加快了以色列国防军组建的步伐。
一个月后，伊尔贡不顾临时政府的禁令，私自用一条名为“阿尔塔列纳号”的轮船从国外运来了一批武器（5000支步枪和250挺机关枪）和800名志愿人员。本·古里安对伊尔贡公然违抗禁令十分恼火，当要求对方投降的命令遭到拒绝后，下令向该船开了火，结果有16名伊尔贡分子被打死，数十人受伤，船只也被烧毁。另外数十人被逮捕，以贝京为首的其余伊尔贡分子又重新转入地下活动。当时公众对这次“犹太人的内战”反应非常强烈，纷纷对本·古里安提出指责和抗议，但他不为所动，仍坚持自己的强硬态度。9月17日，几名莱希组织的成员在耶路撒冷郊区暗杀了联合国调停人伯纳多特及其助手，引起了公愤。临时政府发出了最后通牒，要求所有伊尔贡成员在24小时内自行解散，交出武器，以个人身份加入国家军队。伊尔贡被迫接受了这一命令，从此结束了同政府对抗的历史。
10月初，本·古里安发布了取消帕尔马赫指挥部的命令，正式将其改编为国防军前线师。至此，所有的党派武装都被取消，最终完成了以色列国防军的组建。
在停火期间，联合国调停人伯纳多特提出了一个解决冲突的新方案，即将巴勒斯坦与约旦合并组成阿—犹联邦国家。这个新方案不过是英国和外约旦长期以来追求的目标，因此它立即遭到以阿双方的反对。7月9日，战斗重新爆发。4个星期的停火使双方的力量对比发生了改变。以色列在补充了军火和兵力后，力量大增，军事人员已达到6万多人。而阿拉伯方面尽管也补充了一些人员和武器，但缺乏协调，各自为政的情况依然如故。重开战端后，以色列已开始转守为攻，在几天的时间里便从外约旦军队手中夺取了下加利利的腊姆拉、卢德等地，拓宽了特拉维夫与耶路撒冷之间的走廊，并迫使特拉维夫以南的埃及军队后撤到内格夫地区。到7月18日根据联合国决议第二次停火时，以色列已在10天的战斗中夺得了1000多平方公里的土地。
7月18日到10月15日第二次停火期间，以色列的战斗力得到了进一步的加强，总兵力已达9万多人，并有了一些飞机和舰艇，还有不少来自美、英、法、加拿大等国的志愿人员，在人数和武器装备上都远远超过了阿拉伯军队。而阿拉伯方面的内讧却进一步加剧。9月20日，埃及控制下的阿拉伯联盟宣布以侯赛尼为首的“全巴勒斯坦阿拉伯政府”在加沙成立，外约旦的阿卜杜拉国王立即予以反击，并于10月初在安曼召开了巴勒斯坦人和约旦人代表会议。出席会议的巴勒斯坦代表宣布不承认加沙政府，表示要效忠阿卜杜拉国王。3个月后，外约旦政府正式宣布与它控制下的约旦河西岸地区合并，改名为“约旦哈希姆王国”，阿卜杜拉自称“全巴勒斯坦国王”。此举遭到了其他阿拉伯国家的谴责。阿拉伯阵营完全陷入了争吵和分裂之中。此时尽管战争仍然还在进行，但阿拉伯国家的失败已成定局。
本·古里安等以色列领导人明白，如果仅维持长期停火而不是正式停止战争，不仅在军事上对以色列非常不利，而且在财政上也会给以色列带来灾难性的后果。因此必须争取同有关阿拉伯国家签订正式的停战协议，同时要争取在停战前尽可能多地夺取土地。他们很快就制订了对阿拉伯军队实行各个击破的作战计划。10月15日以军借口埃及人违反停火，在南部发动了针对埃军的“约夫”战役，很快就把埃军逐出了内格夫大部分地区。接着以军又在北部发动了代号为“希拉姆”的军事行动，将受叙、黎支持的“阿拉伯解放军”彻底赶出了上加利利地区。与此同时，以色列与外约旦已达成了一项默契，双方保证在耶路撒冷停火。12月22日，以军又在南部发动向埃军的进攻，迅速向南穿越内格夫沙漠，把埃军残部赶入狭窄的加沙地带，并越过边界进入西奈半岛。
以色列在战场上的胜利，迫使埃及同意停战并与以色列进行谈判。在联合国新调解人本奇博士的主持下，双方在罗德岛达成了停战协定，规定了停火边界。随后，黎巴嫩（3月28日）、约旦（4月3日）、叙利亚（7月20日）也分别同以色列签订了停战协定，对停火时的界线作了一些调整。伊拉克虽然拒绝参加谈判，但表示接受约以协定。这样，断断续续持续了大约一年时间的第一次以阿战争以阿拉伯国家的失败和以色列的胜利而告结束。
在此次战争中，以色列付出的代价是极为沉重的：共死亡6000人（其中包括近2000名平民），受伤1.5万人。当时以色列的人口为65万，也就是说差不多每100个人中就有一个人阵亡，每40个人中就有一人受伤。阿拉伯方面的伤亡人数更多，阵亡1.5万人，受伤2.5万人。战争结束时，以色列控制下的土地为2.085万平方公里，比原来联合国分治决议规定的面积多出了6000多平方公里，占整个巴勒斯坦面积的80%。巴勒斯坦的其余地区分别被约旦和埃及占领，其中约旦河西岸被约旦兼并，加沙则在埃及的控制下，而联合国分治决议中规定的巴勒斯坦阿拉伯国却没有建立起来。
据联合国统计的数字，大约有65万的巴勒斯坦阿拉伯人逃离了以色列占领地区，成为难民流落在约旦河西岸加沙地带以及约旦、埃及、叙利亚、黎巴嫩和伊拉克等国家。具体分布情况是：在约旦控制下的巴勒斯坦阿拉伯部分（即约旦河西岸）有25万人，埃及控制下的加沙地带有14万人，黎巴嫩有10万人，叙利亚8万人，约旦6万人，埃及7000人，伊拉克5000人。
第一次中东战争期间中，主教撒木耳叫人将自己的羊皮卷拍照，开始通过美国东方研究学院（ASOR）出版，该学院是由在东耶路撒冷研究古代文献的一群美国学者组建的。这些美国人告诉大主教，如果出版这些羊皮卷，其经济价值会随之增加。然而，实际上，并非如此。
撒木耳相信这些手抄卷在美国能卖出好价钱，便在1949年1月将其偷运上一架飞往纽约的飞机。他几乎是立即着手寻觅收购者，然而，他没有找到买主，主要是对他是否合法拥有这些古卷存有争议。他受挫、失望了5年，最后在1954年6月1日的《华尔街日报》上刊登了一则匿名广告。
命运突变，仿佛在操纵古卷进展——一直对古卷踌躇满志的苏肯尼克的儿子叶盖尔·雅丁在希伯来大学攻读考古博士，此时他正巧在纽约。一个以色列驻美记者提醒他注意这则广告，他便采取行动。他明白撒木耳身为叙利亚人不愿意同犹太人打交道，便精心策划了一个骗局。他安排纽约一个著名的银行家对广告作出反应，随后请杰出的语言学家哈利·沃林斯基博士化名格林先生来核实文卷是否真实可靠。雅丁通过他的斡旋于7月1日以25万美元购入他渴求的这批古卷，然而，以色列到次年的2月15日才宣布这一了不起的收获。至此，以色列拥有了贝都因人最初发现的7部原始羊皮卷。
其实，贝都因人最初发现的那7部羊皮卷并非该地区最早发现的羊皮卷。几份古代和中世纪的记录曾描绘了在耶利哥地区发现的羊皮卷。到了近代，一对苏格兰姐妹在1896年前往埃及，先坐船后骑骆驼，她们报告说在开罗古老的犹太教堂里见到了手稿。回到英国之后，两姐妹鼓励剑桥大学的讲师所罗门·谢克特前往埃及调查。第二年，谢克特去了开罗并接触了该犹太教堂的拉比，拉比答应他可以从教堂的旧储藏室里随便拿走愿意带走的东西。谢克特急切地将几个大袋子里塞满了手抄稿和布满灰尘的书籍，然后运回剑桥，其中两部手抄卷后来被称为“札多基特残卷”或“大马士革文献”。谢克特于1910年将它们出版。1952年，在库姆兰4号洞发现了同样的抄本。
