1985年，我国科技体制改革进入到有领导、有组织的全面展开阶段。
新中国成立以来，我国广大科学技术人员发扬献身精神，自力更生，大力协作，克服困难，为社会主义建设作出了重大贡献。我国的科学技术事业有了很大的发展，积累了不少成功的经验。但是，应当看到，长期以来逐步形成的科学技术体制存在着严重的弊端，不利于科学技术工作面向经济建设，不利于科学技术成果迅速转化为生产力，束缚了科学技术人员的智慧和创造才能的发挥，使科学技术的发展难以适应客观形势的需要。随着城乡经济体制改革的逐步展开，必须相应地改革科学技术体制。
中共十一届三中全会以来，科技体制改革的探索和试验不断进行。1981年，国家科委在给中共中央的《关于我国科学技术发展方针的汇报提纲》中，提出了新时期发展科学技术的新方针，强调科学技术必须为经济建设服务，科学技术要与经济、社会协调发展。1982年10月，国务院负责人在全国科学技术奖励大会上再次强调指出，科学技术工作必须面向经济建设，经济建设必须依靠科学技术。这是一个基本的战略方针。在这一方针指引下，我国在促进科技与经济结合上采取了一系列重大举措，在经济战线和科技战线上都取得了显著成就。国务院成立了科技领导小组，从宏观和战略方面统率全国科技工作，各地区、各单位陆续选拔了一批优秀的科技干部充实到各级领导岗位上；以科研机构管理制度和职称制度为重点，开始了科技体制改革的试点工作。
为全面推进科技体制改革，1985年3月2日至7日，国务院在北京召开了全国科学技术工作会议。邓小平在会上讲话指出，改革科技体制是为了解放生产力。他强调，经济体制，科技体制，这两方面的改革都是为了解放生产力。新的经济体制，应该是有利于技术进步的体制。新的科技体制，应该是有利于经济发展的体制。双管齐下，长期存在的科技与经济脱节的问题，有可能得到比较好的解决。邓小平的讲话实际上指明了中国科技如何继续发展、在何种体制中运行以及科技体制改革的方向问题。
1985年3月，《中共中央关于科学技术体制改革的决定》正式公布，标志着我国科技体制改革全面展开。《决定》指出，科学技术体制改革的根本目的，是使科学技术成果迅速地广泛地应用于生产，使科学技术人员的作用得到充分发挥，大大解放科学技术生产力，促进经济和社会的发展。
《决定》指出，当前科技体制改革的主要内容是：在运行机制方面，要改革拨款制度，开拓技术市场，克服单纯依靠行政手段管理科学技术工作，国家包得过多，统得过死的弊病；在对国家重点项目实行计划管理的同时，运用经济杠杆和市场调节，使科学技术机构具有自我发展的能力和自动为经济建设服务的活力。在组织结构方面，要改变过多的研究机构与企业相分离，研究、设计、教育、生产脱节，军民分割、部门分割、地区分割的状况；大力加强企业的技术吸收与开发能力和技术成果转化为生产能力的中间环节，促进研究机构、设计机构、高等学校、企业之间的协作和联合，并使各方面的科学技术力量形成合理的纵深配置。在人事制度方面，要克服“左”的影响，扭转对科学技术人员限制过多、人才不能合理流动、智力劳动得不到应有尊重的局面，造成人才辈出、人尽其才的良好环境。
按照《决定》规划的蓝图和要求，科技体制改革主要在以下五个方面展开并取得一定进展：（1）拨款管理制度逐步改变。按照分类管理的原则，从1986年起，对国务院56个部门和省市自治区及计划单列城市所属的2680个科研事业单位，按照科技事业的特点分为技术开发型、社会公益服务型和基础研究型，分别实行不同的科技拨款制度，后逐步过渡为基金制。（2）培育发展技术市场。1985年全国举办各种较大型的技术交易会70余次。到1987年，全国地、县以上的各类技术贸易经营机构已有5000多个，技术交易额逐年增加。此外，中国的技术商品也开始进入国际市场，为国家赚取外汇收入。（3）发展科研生产联合体，促进技术开发和应用。到1986年，科研单位与生产单位组成的各类联合体已有1万多个，其联合形式也由初级向高级发展，从双边专项科技协作逐步发展到多边、多专业、多学科、跨部门、跨地区的联合。（4）科技干部管理体制改革取得进展。1986年起，普遍实行了专业技术职务聘任制。虽然这项改革在不少单位徒有虚名，有待改进和完善，但它毕竟在一些单位得到认真实施，对旧的体制形成了很大冲击。据统计，到1987年，已有大约36万名科技人员采取辞职、停薪留职或调离等方式，走出了原来不能发挥作用的单位，到社会上承包领办企业或进行技术服务。还有不少技术人员到企业，特别是乡镇企业兼职，有的则利用业余时间进行各种技术咨询和技术服务，产生了对国家、企业和个人都有利的结果。（5）星火计划的实施，初步探索出了一条科技与农村生产结合、促进农村实现工业化的比较成功的路子。
1987年，国务院作出《关于进一步推进科技体制改革的若干规定》，在进一步放活科研机构，放宽放活科研人员管理政策，促进科技与经济结合方面提出了具体措施。1988年，国务院又作出了《关于深化科技体制改革若干问题的决定》，鼓励科研机构以多种形式参与经济活动，发展成新型的科研生产经营实体，积极开发和组织生产高新技术产品；在智力密集地区兴办高新产业开发区，发展高新技术产业，大力推进企业和农村科技进步；支持集体、个体等不同所有制形式科技机构的发展；积极推行各种形式的承包经营责任制。这是科技体制改革工作在认识和实践上的一次飞跃。
进入90年代，在“稳住一头，放开一片”的方针指导下，科技体制改革继续在人才分流、结构调整上向前推进。1996年9月，国务院发布《关于“九32”期间深化科技体制改革的决定》，确定“九五”期间科技体制改革的目标是，初步建立起适应社会主义市场经济体制和科技自身发展规律的科技体制，形成科研、开发、生产、市场紧密结合的机制，建立以企业为主体、产学研相结合的技术开发体系和以科研机构、高等学校为主的科学研究体系以及社会化的科技服务体系。
科技体制改革的不断深化，开创了科技作为第一生产力大发展的新局面，从培养科技经济结合点和面，逐步转向加大科技与经济结合的广度、深度和力度；从以独立科研机构为主要对象扩展到高等学校和企业；从侧重运行机制转变，发展到整体结构优化、人才分流和机制创新；从局部单项改革发展到总体规划、系统配套、全面推进。经过探索和实践，原来单一、封闭的计划管理体制被打破，科技与经济脱节的状况有所改观，社会主义市场经济体制在科技运行中的作用逐步增强，开始在科技资源配置和科技运行中发挥基础性作用，多数技术开发型科研机构走上了按市场运行、面向经济建设、自主发展的道路，大部分科技力量以多种方式进入到经济建设主战场，科技进步在促进经济发展和经济增长方式转变中的作用增强，科研机构微观运行机制向适应科技工作自身特点和新形势的要求转轨。一句话，科技体制改革调动了科研人员的积极性，促进了科技生产力的解放和发展，加快了科技成果转变为物质生产力的进程。
