进化论的发表犹如一块巨石落水掀起巨澜，引起了人们的激烈争论，就连一些科学家也接受不了这一革命的理论。曾经当过达尔文老师的地质学家塞治威克对达尔文说：“读了你的书我不是感到愉快，而是痛苦，书中的一部分材料让我感到很可笑，另一部分又使我十分担忧。”
赫胥黎首先把进化论用到人类的起源上，推测人类是由类人猿变来的，人和猿有共同的祖先。
海克尔则最早提出了动植物的系统树，并标明了人类的来源和人种的分布。
进化论的最大反对者还是来自科学界外的宗教界，因为进化论否定了上帝创造物种，矛头直指神圣的上帝，动摇了神学的基础，因此遭到了宗教界的围剿。
1860年6月28日，在教会和一些保守科学家的策划下，英国科学协会在牛津大学召开了为期3天的讨论会，名为讨论达尔文学说，实际则是攻击进化论，牛津大主教威尔伯福斯就公开宣称“要粉碎达尔文主义”。
6月30日，讨论会达到了高潮。会议原定在会议厅召开，由于人太多，不得不转移到图书阅览室。
能言善辩、号称“油嘴山姆”的大主教威尔伯福斯亲自出马。他指责达尔文的进化论违背神圣的教义。他自以为聪明地说：“按照达尔文的进化论，一切生物都起源于某些菌类，那么人类和蘑菇就有亲缘关系了？”他并挑衅地说：“请问坐在我身旁的赫胥黎教授，究竟是你的祖父还是祖母哪一方同猿猴发生了血缘关系？”
大主教的话颇能盅惑人心，在听众们兴奋的大喊大叫声中，赫胥黎从容不迫地站起来应战。他没有理睬大主教的人身攻击，而是用大量的事实有力地反驳了大主教那些缺乏科学根据的胡言乱语。赫胥黎最后以这段广为流传的话结束了他的长篇发言：“一个人没有任何理由因为他的祖先是无尾猿而羞耻。如果有人使我在回忆起他时感到羞耻的话，那就是这样一个人，他有浮滑善变的性格，他不满足于在自己范围内取得的令人怀疑的成功，还要去插手他并不了解的科学问题，用花言巧语、文不对题的议论和宗教偏见来掩盖真理。”
赫胥黎的发言一结束，立即引起了人们的热烈的掌声。接着，虎克发言，用事实抨击了大主教在科学上的无知。
这场论战以教会的失败、进化论的胜利而告终。
斗争并没有结束。达尔文经常收到恐吓信和谩骂信。但达尔文没有退缩，他在给朋友的信中写道：“我已下定决心，装好自己的铠甲了，我将勇敢地迎接艰苦而长期的斗争。”
1871年，达尔文又发表了《人类的由来和性的选择》，指出了人是动物长期发展的产物，把人放到物界中应有的位置上，粉碎了宗教中有关人是宇宙中心的神话。
达尔文的进化论终于为越来越多的人所接受。
1877年，达尔文的母校剑桥大学决定授予达尔文荣誉学位，以表彰他对人类作出的杰出贡献。就在庆祝大会上，还有几个人高举一只猴子想以此侮辱达尔文。达尔文镇静自若，继续发表讲演。在全场听众暴风般的掌声中，一小撮捣乱分子反而弄得灰溜溜地抬不起头来。
达尔文的进化论得到了无产阶级革命导师马克思、恩格斯的高度评价。
马克思赞扬道：“达尔文的著作非常有意义，这本书可以作为我研究历史上阶级斗争的自然科学根据，”并把他著的《资本论》第一卷题赠给达尔文，书页上写道：“赠给查理·达尔文先生。您真诚的钦慕者卡尔·马克思。”
恩格斯将达尔文的进化论誉为19世纪三大自然科学发现之一（细胞学说、能量转换定律、进化论）。他在马克思墓前哀悼马克思时曾说：“正像达尔文发现有机界发展规律一样，马克思发现了人类历史的发展规律。”
