在波兰首都华沙西北约213公里的地方，有一座美丽的城市——托伦，这就是伟大天文学家尼古拉·哥白尼的故乡。他于1473年2月19日出生在那里。
在哥白尼生活的时代，托伦曾是一座富有的城市，商业和手工业相当发达。
哥白尼出生之前，托伦曾长期处于十字骑士团的统治下。后来，托伦人不堪忍受压迫，同其他城市的居民一道掀起了反抗骑士团的斗争。他们向波兰国王卡齐米日·雅盖隆奇克提出请求，请他解放被骑士团占领的地区。于是爆发了波兰历史上长达13年之久的战争。战争最后以1466年签订《托伦和约》宣告结束。战争结束时，格但斯克沿海地区回到了波兰怀抱，同时也使瓦尔米亚并入了波兰版图。鉴于托伦人民做出的贡献和托伦所处的经济地位，几代波兰国王先后授予托伦一些特殊权利。托伦不仅同国内各大城市，如克拉科夫、弗罗茨瓦夫和格但斯克等保持着密切的经济关系，而且同几乎遍布整个欧洲的许多外国城市保持着频繁的贸易往来。
在哥白尼生活的时代，托伦的人口约有15000人，其中大约有1/3居住在城外。城内的中心市场周围居住着有钱有势的显赫人家。城外住的则主要是贫民。这些贫民常常遭受强盗、匪徒的袭击和掠夺。15世纪的托伦由这样两部分组成：古城及其旁边形成的新城。两个城区以十字骑士团城堡作为分界线。这座城堡于1454年被反抗十字骑士团的起义者摧毁，遗址一直保存至今。
哥白尼出生在位于托伦古城圣安娜街的一座房子里。1849年，这座房子被一位商人买下，房子的门面被改建。哥白尼生活时期，这座房子像附近其他楼房一样，是一幢狭窄的3层楼，每一层的正面有3个窗户。因为这座房子离维斯瓦河的码头很近，所以小哥白尼从自家窗口便能看到维斯瓦河里来往如梭的商船。这些船有的满载粮食、蜂蜜、柏油、石蜡、铜和裘皮，驶向格但斯克海港；有的从格但斯克返回。返航的船舶装载的多是鲱鱼、海盐、衣料，甚至也有来自阿拉伯国家的货物。在这繁忙的河道里还时常有放木工人流放木排。托伦不仅是波兰和当时的友好国家匈牙利的货物转运港，也是德国、斯堪的纳维亚国家、英国和意大利的货物转运港。托伦商人的足迹几乎遍布整个欧洲。
托伦像克拉科夫、格但斯克和埃尔布隆格一样，也加入了北欧城市建立的汉萨同盟，该同盟的宗旨主要是维护自身的贸易特权。15世纪上半叶，托伦处于鼎盛时期，是一座强大和富有的城市。少年时期的哥白尼经常看到来自天涯海角的外国人，他们为托伦带来了遥远世界的信息。哥白尼时常聆听从克拉科夫或国外什么地方返回的托伦人讲述他们的旅途见闻。这一切使哥白尼大开眼界，增长不少见识。
尼古拉·哥白尼的父亲也叫尼古拉，他不仅是一位能干的商人，还是古城议会的议员。母亲巴尔巴拉·瓦兹洛德是名门闺秀。所以哥白尼的童年是幸福的和无忧无虑的。他在位于圣安娜街的家里度过了自己的幼年。1480年，7岁的哥白尼同父母一道搬入紧靠古城市场的一座更为讲究的房子。可惜这座房子在1906年被炸毁了，在这块地方修起了一座百货商店。哥白尼的父母闲暇时，常常带孩子们到离城有一小时路程的卡会乔莱克村去，在那里位于维斯瓦河畔的葡萄园中，有父亲建造的一座消夏别墅。
关于哥白尼的生活情况，至今仍有许多不解之谜。哥白尼的学生曾为他撰写过一篇传记，可惜这篇传记在纽伦堡遗失了。第二篇关于哥白尼的传记是在他死后大约200年时追记的。所以关于哥白尼的生平情况，有许多事情已经成为永久的秘密。不少情况是经学者反复考证才得以确认的，还有一些是根据当时的时代背景，依据他同时代人的工作和生活情景推断出来的。
哥白尼诞生的时候，已是托伦摆脱十字骑士团统治的第19个年头，高居波兰王位的是波兰历史上最杰出的国王之一的卡齐米日·雅盖隆奇克。他像自己的父王瓦迪斯瓦夫·雅盖沃一样，同十字骑士团进行了战斗，并且赢得了胜利。哥白尼的先辈参加了同骑士团的斗争。
哥白尼祖辈的原籍是西里西亚地区尼斯河畔的一座叫哥白尼的村庄。关于哥白尼这个姓氏的来历众说纷纭。有人说它同采铜或做铜的生意有关；也有人依据中世纪有关西里西亚的文献记载推断说，它同读音相似的另一种姓氏有关。哥白尼家族的人，一部分分散在西里西亚的城镇里，另一部分大约在1367年迁移到克拉科夫居住。百年后又从克拉科夫迁移到托伦和里沃夫。克拉科夫是当时波兰的首都，对人们很有吸引力，不断有人从其他城市，甚至从尚不属于波兰管辖的地区或邻国迁居到这里来。在卡齐米日·维尔基统治时期，波兰的手工业兴盛起来，商业活动十分活跃。有好几位姓哥白尼的人，其中有军械匠、公共澡堂管理人、鞋匠和商人。在1422年至1429年的史料中多次提到一位叫扬·哥白尼的商人，他就是天文学家哥白尼的爷爷。哥白尼在克拉科夫大学读书时同爷爷有过很多接触。
哥白尼的母亲巴尔拉的祖籍也是西里西亚。西里西亚的希维德尼克县有一个瓦兹洛德村。14世纪时瓦兹洛德家族居住在弗罗茨瓦夫，14世纪末叶迁移到托伦。哥白尼的外公乌卡什·瓦兹洛德曾任托伦市议员，后任市议长，是一位很有影响的人物。他坚决反对十字骑士团，参与了普鲁士反十字骑士团起义的准备工作。曾任普鲁士反十字骑士团联盟的司库。1453年，他作为托伦代表参加了在格鲁琼兹举行的一次代表会议，参与筹备了反十字骑士团起义。这次起义拉开了13年战争的序幕。乌卡什·瓦兹洛德在马尔堡和瓦辛亲自参加了战斗，并在战斗中负伤。为了支援战争，他把自己的财富全部借给托伦使用。1461年，他作为特使到比得哥什晋谒波兰国王卡齐米日·雅盖隆奇克，强烈要求波兰国王对十字骑士团采取坚决的战争行动。他使用激将法威胁说，如果波兰国王不采取比较有力的军事行动，普鲁士就要同波兰脱离关系。从不允许任何人冒犯的波兰君主，对这位托伦贵族的傲慢却采取了视而不见的态度。可惜，哥白尼的外公在1462年去世了，没能看到对十字骑士团战争的胜利。正是这样一位老人通过他的举止言行教育了自己的孩子们：哥白尼的妈妈巴尔巴拉、卡塔日娜和乌卡什。乌卡什后来担任了瓦尔米亚主教，成为哥白尼的养育者和庇护人。
哥白尼的父亲尼古拉，生于克拉科夫。1448年时已经是一位很有名望的商人，在克拉科夫和格但斯克之间做着大宗铜的生意。大约在1458年，他从克拉科夫迁居到托伦。在沿海城市反抗十字骑士团统治争取解放斗争的初期，他作为中介人参加了红衣主教兹比格涅夫奥莱希尼茨基同普鲁士各界代表之间的经济谈判，讨论如何偿还波兰同十字骑士团交战期间的军事债务问题。大约在40岁的时候，他同巴尔巴拉·瓦兹洛德结为夫妻。他们的儿子在爱国主义、关心国家大事和热心公益事业思想的熏陶下成长起来。但这种爱国主义同今天普遍理解的爱国主义不尽相同。当时人们关心的主要是本地区的利益。哥白尼故乡普鲁士的居民就对关系到他们所在地区的事情特别敏感。在波兰王国里，他们享有很大的独立性。鉴于他们面临的外部危险，特别是来自十字骑士团的威胁，波兰统治者对他们倍加关怀。他们在同波兰保持紧密联系的同时，特别强调自己的特殊性和自治性。由此可见，在这一地区已经形成了一种特有的普鲁士爱国主义，这同整个国家的利益是并行不悖的。这样一种地区性的爱国主义精神哺育了哥白尼，他始终感到自己同故土是紧密联系在一起的。1483年，哥白尼的父亲去世，身后留下了4个孩子：10岁的尼古拉、安杰伊、巴尔巴拉和卡塔日娜。巴尔巴拉出家进了修道院，后来在海乌姆诺的一所修道院当了院长。卡塔日娜后来嫁给托伦市议员巴特沃米伊·格特纳为妻。安杰伊和尼古拉当时继续上学，以便以后从事神职工作。尼古拉同自己的哥哥安杰伊始终保持着最密切的联系，他们大概是一道接受了初级教育，然后又一道在克拉科夫和罗马上大学。安杰伊去世比较早，大约死于1520年。
哥白尼童年时代是在自己的家里接受教育的，因为他的父母是有能力聘请家庭教师的。后来才进入当地学校读书，学校的师资水平很高。至于后来克拉科夫学院里教他课的老师更是杰出。当时正是这所学院辉煌发展的时期，它不仅对波兰的青年具有很大魅力，同时也吸引了不少外国留学生。
哥白尼诞生那年，托伦学校的校长是哥白尼的舅舅乌卡什·瓦兹洛德。舅舅是在意大利读完大学以后返回波兰任教的。后来在哥白尼童年时期，托伦学校的校长是来自格鲁琼兹的一位叫杨的人，他是克拉科夫学院法律系毕业生。大概正是在这所“圣杨”的学校里，哥白尼首次接触到天文学。远在哥白尼出世之前，这所学校里就有一些教员特别爱好天文学，他们把一些重要的天文学论著带进了托伦。哥白尼的邻居康拉德·格塞伦也曾担任这所“圣杨”学校的负责人，他就是一位天文学者。哥白尼的父母肯定向哥白尼讲述过这位有学问的邻居，正是这位格塞伦把一些手抄的有关天体的论著奉献给了托伦。如果认为当时做生意的商人不识字，那简直是不可思议的，农民会写字在当时也不算什么稀奇事。哥白尼时代，神职人员已经失去了对知识的垄断权。在这方面，国王卡齐米日·维尔基是有功劳的。虽然国王本人似乎一直是文盲，但他却很重视科学。是他创建最早的大学之一。对学习知识最感兴趣的是市民阶层。贵族在这一时期也抛弃了所谓知识会削弱战斗力的偏见，以丝毫不亚于对弓箭的兴趣同笔墨打起交道来。
托伦的教育事业几乎是同城市一道发展起来的。在公元1245年的历史文献中，就曾提到过托伦的新城学校。过了30年之后，古城负责人在同“圣杨”教区神甫签订的一份契约中声明：在“圣杨”教区建立学校是古城，而不是教会的功劳，这所学校“从未归属于教会”。通过这种方式，市政当局重申了自己办教育的权力。由此可见，这所“圣杨”学校是一所世俗学校，不是教会学校。15世纪初担任学校领导人的是一位硕士，很可能是1400年国王瓦迪斯瓦夫·雅盖沃和王后雅德维加恢复起来的克拉科夫学院的毕业生。关于这所学校，当时的史料很少记载。但从为数不多的史料中，我们得知该校当时的几位校长的名字，其中有卢德维克·沃尔格穆特和哥白尼的舅舅乌卡什·瓦兹洛德这样一些著名人物。
教育的发展，波兰当时走在欧洲国家前列。平均每千人有一所世俗学校或教会学校。中世纪的最后200年是波兰教育事业大发展时期。在国王卡齐米日·雅盖隆奇克统治的后期，全国有4/5的农村都办起了学校，城乡学校的总数多达3500所左右。哥白尼是在时代更替时期上学读书的。那时的学校还是中世纪的学校，但学校里已经出现一些文艺复兴的迹象，这自然是由教员带进学校的。当时初级教会学校的学生必须学习所谓3门人文课程，即必须学会用拉丁文读书和写字，以及掌握基础数学。掌握基础数学对年轻市民来说是十分重要的。当时几乎没有什么教科书，因为印刷术尚未普及，印书的费用十分昂贵。学生必须把老师讲的东西全部记在脑子里，督促学生学习的工具，就是老师手中的教鞭。起初，学校只教学生祈祷和用拉丁文唱诗所需要的知识，为做弥撒和准确计算宗教节日服务。但实际生活和需要远远超出了这最低纲领规定的范围。于是便出现了一些不是宗教活动，而是世俗事业所需要的新的科目。学生除了学习中世纪的作品外，逐渐开始接触古典作品，后来又扩大到当代作品。但这些知识一般是在高一级的学校讲授的，这种高级学校相当于现在的中学。哥白尼在这种学校里学习了4种人文课程。在这里接触了天文学，天文学是准确使用复杂的教会日历所必需的。当时哥白尼对文岑迪·卡德乌贝克编著的《波兰纪事》一书着了迷，通过它了解了波兰历史。
母亲的去世打破了哥白尼无忧无虑的童年生活。母亲去世后的初期，大概是姨妈照料他。舅舅乌卡什·瓦兹洛德从罗马回来后，就由舅舅担起了照料的义务。舅舅把外甥安杰伊和哥白尼一起带到利兹巴克的主教城堡里，从此舅舅乌什便成了哥白尼的热心养育者和有力的庇护人。哥白尼也开始到海乌姆诺的学校读书。哥白尼的姨妈卡塔日娜和姐姐巴尔巴拉就住在海乌姆诺，舅舅从罗马回来之前，她们有能力照料哥白尼。海乌姆诺的学校是来自荷兰兹沃勒的一对兄弟开办的。兄弟俩的职业就是办学校和出版书籍。他们希望向青少年灌输改良宗教和道德生活的思想。他们开办的这所学校被认为是当时最先进的。所以哥白尼在这所学校里能够获得很好的基础教育，并为以后上大学作了准备。
舅舅乌卡什·瓦兹洛德是一位学识渊博的人，他先后在克拉科夫和意大利的一些大学学习过。还曾作为瓦尔米亚神甫会的特使在罗马教皇的宫廷里住了几年。他是波兰人文主义者之一，正是这些人文主义者把意大利新的文艺复兴思想传入了波兰。乌卡什·瓦兹洛德十分热爱科学，他同波兰国内外不少杰出的人文主义者有着密切往来。他是瓦尔米亚和沿海区文艺复兴的先驱。他同克拉科夫学院许多杰出学者有交往。甚至连国王卡齐米日·雅盖隆奇克也很熟悉他。瓦尔米亚和利兹巴克神甫会特意把他从意大利召回来，以便在1489年让他担任瓦尔米亚主教。选他做主教这是同国王的意愿背道而驰的，国王原想把自己的儿子弗里德里克安插在瓦尔米亚主教的宝座上。但最终还是乌卡什·瓦兹洛德走马上任了，这件事使国王始终耿耿于怀，为此在国王和主教之间发生了各种各样的误会和纠葛。瓦兹洛德主教对国家当局是忠诚的，但他渴望保持很大的独立性。而国王则力图把教会置于国家政权的控制之下，所以他看不惯过于自作主张的主教。只是卡齐米日·雅盖隆奇克国王驾崩，由他的儿子杨·奥尔布拉希特接替王位以后，国王和瓦兹洛德主教之间的关系才融洽起来。
公元1491年，舅舅把19岁的哥白尼送到克拉科夫大学读书，从此开始了他持续15年之久的大学时代。大学生活的开始，成了哥白尼一生中的转折时刻。去克拉科夫上大学，路上大约花了两周时间，这是当时骑马或坐车去所需要的时间，只有加急的邮车才能用一周时间跑完这段路程。哥白尼去克拉科夫正值秋天，哥哥安杰伊与他同行，安杰伊也去上大学。兄弟俩虽是初次到克拉科夫，但在那里丝毫也不感到陌生，因为克拉科夫是他们父亲生活过的地方，当时仍有不少亲人住在那里。在克拉科夫，哥白尼有机会接触了一些以来自意大利的著名学者卡利马赫为代表的最杰出的人文主义者。卡利马赫同哥白尼的舅舅过从甚密。
托伦虽是全国最好的城市之一，但同波兰首都克拉科夫相比，还是略逊一筹。克拉科夫当时不仅是全国的政治、经济中心，也是全国文化、科学和社交活动的中心。雄踞全城最高点的瓦维尔王宫，不断进行扩建和美化。宏伟的王宫同时又是一座易守难攻、高墙林立的坚固城堡。而城里最引人注目的要算是那些豪华和壮观的市民住宅了。走在大街上，可以听到五花八门的语言，也时常能碰到从托伦来做生意的熟人。克拉科夫学院以其崇高的声望招徕各地青年，反过来，大学生又为城市增添了不少光彩。这所高等学府在哥白尼就学时正处于兴旺时期。哥白尼在这里度过四年大学生活，于1495年作为一名渴望继续深造的人离开了克拉科夫。在克拉科夫，他接触了许多深受国内外敬重的学者。无数外国人来到这里，带来了外部世界的信息。在这里最受欢迎的是来自意大利的人。他们常常为克拉科夫居民带来新的风俗和新的时装式样，为渴求知识的人带来新的世界观和人生观。哥白尼懂拉丁语，很容易同操着各种语言的外国人进行交谈。拉丁语在当时几乎是世界性语言，不仅神职人员使用它，贵族也使用它。市民、甚至王宫的服务人员也有不少人懂得拉丁语。但当时的拉丁语明显不同于中世纪的教会和官方语言。它是以西塞罗及古罗马其他一些最优秀作家的语言为楷模形成的一种十分讲究的华丽语言。哥白尼的拉丁语很好，早在托伦的学校读书时，就打下了良好的基础，后来在托伦或海乌姆诺深入学习时又得到进一步提高。至于使它达到熟练程度，那大概要归功于同舅舅一道参加的社交活动。为此，哥白尼同遥远世界的来客进行交谈，肯定是没有任何困难的。哥白尼也会德语，因为德语是普鲁士市民阶层使用的语言。对克拉科夫的市民来说德语也不陌生。
克拉科夫学院，后来改称雅盖隆大学，在哥白尼时期已经闻名遐迩。它是在国王卡齐米日·维尔基的努力下于1364年创办的。那时波兰正需要知识人才，尤其需要能在外国不友好势力面前维护国家利益的法学家，同时也特别需要受过教育的行政管理人员。这所大学不光为本国服务，还对所有外国开放。在这里读书的外国学生，主要来自尚未开办大学的国家，最多的是匈牙利人、西里西亚人，也有很多德国人和捷克人。在维也纳和佩奇开办大学之后，很多人仍然到克拉科夫来上大学。
建立大学是克拉科夫城的一大进步，由此，克拉科夫又成了全国科学文化中心。因为波兰国王需要的主要是法律学者，所以这所大学主要是仿照意大利的大学建设的。根据教皇的旨意，开设了6个民法教研室、3个神学教研室、两个医学教研室，此外还有人文学专业，但这只是一个预科，是为进一步的本科学习打基础的。大学的组织体制是仿效意大利的城市管理体制建立的，具有社团性质，也很像手工业者行会和教会的组织体制，因为起初来大学接受高等教育的基本上都是神职人员。国王卡齐米日·维尔基在世时，这所大学的发展很顺利，而当他去世后，大学很快陷入了停滞和倒退状态。波兰王位断承人匈牙利国王路易对波兰国家并不怎么关心，对克拉科夫大学那就更是无暇顾及了。况且，匈牙利已经有了自己的佩奇大学。克拉科夫学院这种萧条和倒退局面一直持续到瓦迪斯瓦夫雅盖沃和王后雅德维加时期，他们很关心卡齐米日开创的事业，在1399-1400年才重建克拉科夫学院。
在王后去世的第二年，才在圣安娜街建成了一幢被称作学院大楼的教学楼，哥白尼曾在这幢楼里上过课。称为学院小楼的教学楼直到1449年才投入使用。1400年7月24日，院长斯坦尼斯瓦夫开始实行大学人员登记制度。登记是从以国王为首的大学名誉成员和有功人士开始的。紧接着国王的是主教彼得·维什，他的头衔是克拉科夫学院名誉院长。这一年总共注册登记了203人，两名校工未计在内。此后的十年中每年约接纳85名学生，其中约有一半来自农村。
克拉科夫学院中人数最多的系是人文学系。只有获得硕士学位和起码教过两年课的，并且是法律、神学或医学这样一些高级系毕业的学生才能成为人文学系的正式教员，从而享有充分的选举权。只有从事教学工作满四年的人才有资格担任该系的系主任。系主任一般每半年选举一次，一年选举两次。新当选的系主任要宣誓遵守学校规章，监督学生认真学习，并把违反学校纪律的学生全部呈报校长。系里的每位讲师必须教授两门课程，即阅读课和练习课。学生为了能通过期末考试，每天有义务起码上两堂课，负担是很重的。幸亏有名目繁多的宗教节日拯救了学生。每次过节学校都停课。但节假日期间有学士去给学生上额外的所谓特别课。这样每年的学习一直是不间断进行的。根据1415年的学校章程规定，学校开学时间是10月19日和4月26日。9月1日和3月20日由系主任召集讲师开会，用抽签的方式向讲师分配授课任务。大学生为了获得最低学位——学士，起码要用两年时间读完11门课程，尤其是要学会分析亚里士多德的作品。从综合性大学问世起，亚里士多德的著作就一直被作为大学不变的教材。此外，还依据几百年前的教材讲授拉丁文语法和修辞学，教学生掌握异常复杂的教会历法和学会计算日期不固定的宗教节日，譬如复活节和降灵节等。讲授量多的是亚里士多德的逻辑学，也称作辩证法。要想获得更高学位，譬如硕士学位，必须在38个月内学完亚里士多德的9本著作，如《伦理学》、《物理学》和《形而上学》等。此外，还教授天文学、星占学、算术和乐理知识，这是学习神学和法律学之前必须做的艰苦的准备工作。只有很小一部分学生能最后学到底。学校每周举行一次答辩会，攻读硕士学位的学生必须表现出足够的辩论才干才能通过答辩。
尼古拉·哥白尼就读克拉科夫学院，也按照这种教学大纲学习了各种规定的课程。人文学系的毕业典礼是晋升仪式，隆重地授予新硕士以教课的权利。毕业生举办这种仪式花销很大，所以不少人在毕业时因缺乏必要的资金，无法举办这种仪式。当然，这种经济问题对哥白尼来说是不存在的，因为他的主教舅舅为他准备了丰厚的物质条件，并且对他的学习情况非常关心。
哥白尼在克拉科夫学院人文学系读书的时候，正值人文主义者对这所大学影响最盛时期的尾声。激进的人文主义思想最活跃时期，相对来说是比较短暂的，从1487年直到1494年。此后一直到1509年是激进的文艺复兴派衰退时期，直到1520年则是更加温和、妥协和俯首听命于教会的人文主义时期。1491至1494年，哥白尼亲身经历了人文主义者同其政敌之间，以及近代世界观、科学观、社会秩序观的代表同中世纪卫道士之间的尖锐思想斗争。哥白尼是这场斗争的见证人。当时正值开明的卡齐米日·雅盖隆奇克统治后期，市民阶层处于鼎盛时期。反对激进人文主义的是以红衣主教弗里德里克·雅盖隆奇克为首的主教团。这位红衣主教是国王卡齐米日·雅盖隆奇克的儿子，曾经是哥白尼舅舅争取瓦尔米亚主教席位的竞争对手。红衣主教本人努力学习了人文主义，他作为克拉科夫主教对克拉科夫学院的科学发展等问题有很大发言权，但他对此漠不关心，他期望人文主义能为教会服务。在克拉科夫期间，哥白尼肯定见到过新当选的国王扬·奥尔布拉希特——前国王卡齐米日·雅盖隆奇克的儿子、哥白尼舅舅的朋友。这位新国王对人文主义抱有好感，人文主义者也对他寄予厚望。但由于他自身遇到了无数麻烦，政治上遭到挫折，另外他统治的时间也比较短暂，这使他对人文主义者未能给予有力的支持。
哥白尼进入克拉科夫学院时期，是需要学生进行注册登记的，所以在克拉科夫大学的档案中，在1491年的栏目下清楚的记有哥白尼的名字：“托伦的尼古拉”。当时大学生都住校，在教授的严格监督下在学生宿舍里过着半修道院式的生活。贵族的子弟可以在城里单独租房住，但必须有某位教授或学士负责加以监督。在哥白尼学习时期，由于学生越来越多，监督制度已经不那么严格了，也没有足够的教授和学士去看管那么大数量的学生了，所以只是偶尔进行一次检查。哥白尼虽然有能力租赁私人住宅，但他很可能是住在“耶路撒冷”学生宿舍里。大学档案馆保存下来的哥白尼的天文学手稿，大概有一部分就是在“耶路撒冷”学生宿舍里写成的。这栋学生宿舍位于学院大楼附近，大楼里安装有天文仪器，去意大利求学之前哥白尼已经学会使用这些仪器。
哥白尼把自己在克拉科夫学院受到的数学和天文学教育引为骄傲。毕业离校以后，有好多年他一直同该校的某些老师和同学保持书信往来。同哥白尼保持通信联系的人中有一位是科尔文，他就是为哥白尼第一部著作题词的人。第二位是克拉科夫合唱团团长和声乐教师、教堂歌手贝尔纳德·瓦波夫斯基。他后来成为一名杰出的制图员和历史学者。哥白尼曾给他写过一封谈论第八天体运动的信。大概同他们就困惑自己和当时知识界的一些问题展开过长时间的探讨和辩论。
克拉科夫学院的学生主要是世俗青年，他们可以在法律允许的范围内尽情地享受人生乐趣。此外，学生中还有一些神职人员和信奉禁欲主义的修士。学生的年龄差别非常之大，既有十几岁的小青年，也有几十岁的壮年男子。那些神职人员除受学校纪律约束外，还受严格的教会法规的约束；但因他们生活在欢乐的年轻人中间，便觉得自己年轻了，于是也就忘了教规，过起世俗生活来，当然这一切只能是背着教会当局偷偷进行。辉煌的文艺复兴时代有助于人们更好地享受生活乐趣。严格的、中世纪的苦行主义生活方式仅仅局限在修道院里，即或是修道院里也射进了文艺复兴的光芒。尽情欢乐的不仅仅是大学生，甚至高级神职人员也接受了世俗的生活方式。
哥白尼在克拉科夫逗留期间，正是波兰不安定时期，充满了骚乱和动荡。这期间，波兰国王发生更迭：卡齐米日·雅盖隆奇克国王去世，他的大儿子扬·奥尔布拉希特继承王位。人文主义者曾对新国王寄予极大的希望。当时全国充满备战气氛，为同土耳其打仗作准备。
克拉科夫作为科学和艺术之城，不仅吸引了不少大学生，也吸引了不少外国学者和其他各行各业的著名人物。有不少欧洲闻名的伟大人文主义者，其中最杰出的有：布鲁泽沃的沃伊切赫和被称为卡利马赫的意大利人菲利波·博纳科尔西，以及康拉德·采尔泰斯。他们对年轻的哥白尼有很大影响，对哥白尼的个性、政治观点和兴趣爱好的形成起了重要作用。当时克拉科夫不仅是本国和邻国青年满足求知欲的地方。也是某些国家，譬如意大利和德国，遭受迫害的人文主义者的避难之地。
对哥白尼有重要影响的卡利马赫是来自意大利首都罗马的侨民，他担任过波兰国王卡齐米日·雅盖隆奇克几个儿子扬·奥尔布拉希特、亚历山大、弗里德里克和齐格蒙特的拉丁文教师。他在1471年进入王宫任教，他为王子们带去了新的人文主义思想。王子们的另一位老师扬·德乌戈什是波兰伟大的历史学家。他虽然摆脱了一些思想偏见，但仍代表着中世纪的世界观，这同卡利马赫代表的新世界观刚好是针锋相对和格格不入的。虽然两位教师互相敬重，但肯定发生过尖锐的观点对峙。正是这样两个对立的人物造就了王子们的观点。哥白尼在克拉科夫学院学习期间，正是卡利马赫十分得势的时候，因为他的学生已经掌管了国家政权。这使他的成就和影响达到了顶峰。他对自己的朋友，同时也是国王朋友的瓦尔米亚主教的外甥哥白尼家定是另眼相看的。
卡利马赫是当时波兰最著名的人文主义者之一。他除了爱好科学和艺术外，也对政治感兴趣，国王发现了这一点，于是把他调到国王办公厅，让他当了自己的顾问。哥白尼大概听过卡利马赫动人的演讲，也可能同他本人有过直接接触。哥白尼动身去意大利学习时，很可能带上了卡利马赫给意大利某些知名人文主义者写的推荐信。
然而，对哥白尼影响最大的莫过于克拉科夫大学的数学和天文学教授布鲁泽沃的沃伊切赫，这位沃伊切赫堪称杰出的学者和人文主义者。他唤醒了哥白尼对天文学的终生兴趣。正是这种兴趣导致哥白尼发现了地球围绕太阳旋转这一伟大真理。这位沃伊切赫对哥白尼来说，不仅是学者和人文主义者的典范，也是富有公民道德、爱国主义和其他各种美德的楷模。这位优秀人物影响了哥白尼的整个一生。是他最早在年轻哥白尼的心灵深处播下了怀疑的种子，使哥白尼敢于怀疑当时普遍公认的法则，而正是这种怀疑进一步激励哥白尼实现了具有划时代意义的发现。
当时，时代非常需要天文学家。教会需要天文学家准确地计算所有不固定的节日在具体年份的准确日期，需要编制日历和从事异常复杂的时间统计工程。王宫、大公和各权贵的官邸几乎都需要有一位星占学家，这种角色通常是由天文学家来充当的。
在克拉科夫大学星占学系任教的布鲁泽沃的沃伊切赫是当时欧洲最著名的天文学家之一。哥白尼如饥似渴地听了沃伊切赫老师讲授的全部课程，积极参加了各种学术讨论会，并发表过令人瞠目的不同见解，对已知天文现象作了别出心裁的解释。1493年，他大概同自己的老师一道观测了两次月蚀和一次日蚀。很可能从那时起哥白尼就踏上了创建自己理论的征程。沃伊切赫在大学不光教星占学，也教数学，同时也是一位神学学士。从1490年起他开始从事亚里士多德作品的评论工作，亚里士多德的著作是中世纪末期所有科学的基础。沃伊切赫认为，亚里士多德不是僵化经院哲学的辩护士，而是人文主义学说的权威和盟友。1494年，沃伊切赫老师突然中断教学工作，踏上了直接为国家政权服务的岗位。他响应红衣主教、国王胞弟弗里德里克·雅盖隆奇克的召唤，在大学告了一年假，到立陶宛出任立陶宛大公、波兰国王的兄弟和波兰王位未来继承人亚历山大的私人顾问和大公国宫廷秘书。
哥白尼的天文学知识不仅仅是从听老师讲课和阅读课外辅导材料中获得的。学习古典作家的作品，也丰富了他的天文学知识。在克拉科夫学院学习期间，哥白尼广泛地阅读了古典文学作品。爱好文学，这在15世纪初已成为克拉科夫学院的一种优良传统。哥白尼就读时期，语言学成了热门。大学生可在课堂上了解一些古典作家，而更多的古典作家则是在大学之外，从人文主义者那里得知的。大学生宿舍里流传着一些最优秀文学作品的手抄本。讲授精密科学的教授也对人文主义发生了很大兴趣。无论是沃伊切赫老师，还是其他老师，都常常在课堂上引用作家或诗人的名言。哥白尼在克拉科夫期间，一定阅读过很多名著，其中包括亚里士多德和柏拉图的著作。正是在文学作品中，哥白尼看到了不同于当时公开宣扬的、普遍信奉的、以托勒密学说为基础的天文学观点。不止一位古典作家以文学形式隐晦地提出：太阳是行星体系的中心，其他所有行星，其中包括地球，都围绕太阳旋转。亚里士多德在自己的书信中也提到另外一篇论文，这篇论文综合地阐述了有关天体运动的知识。尽管他对托勒密的著作十分尊重，但还是发现其中存在矛盾，尤其是地球中心说更是漏洞百出。这个学说认为，地球处于宇宙的中心，其他所有行星和太阳都围绕地球旋转。这种理论未能使哥白尼信服。大学老师的启迪，使他加深了这种疑虎。他阅读的古典作品中提出，对行星的运动还可以有不同于托勒密学说的其他解释。为了解开萦绕在心头的这个谜，哥白尼懂得，必须深入学习，而首先是要认真观察、测量和积累经验。哥白尼生活的时代，刚好存在着一种有利于对问题进行怀疑和探索，以便修正或推翻现行学说的气氛。克拉科夫的知识界中就有这么一种气氛，这种气氛给人以认识世界的无限能量。
1495年上半年，哥白尼离开克拉科夫，来到住在瓦尔米亚的舅舅身边。当时在人文学系初级阶段的学习已经可以结束了，由于种种原因他没能继续学习。在克拉科夫，他获得了深刻的天文学知识，并且同人文主义结下了不解之缘。学习期间，他有不少要好的同学，并结识了许多朋友。特别使他感到惋惜的是，尊敬的沃伊切赫老师一年前离开了克拉科夫学院。哥白尼离校不久，一些对大学乃至对整个克拉科夫知识界都具有关键影响的人物也陆续离去了。使哥白尼终生难忘的卡利马赫，不久即溘然长逝，其他许多杰出人物先后飘流国外。哥白尼带着丰富的知识和对国家大事深入的了解，回到了瓦尔米亚。这时他不光年龄增加了4岁，而且成了一位成熟的人文主义者，已经能够为舅舅出谋划策了。也许舅舅已经把他看成了自己主教事业的继承人。不管怎样，舅舅希望哥白尼兄弟俩能够继续深造，他愿为此提供物质保证。在筹措学习经费方面，舅舅作为一名主教，是有很大活动余地的，他可以先让两位外甥担任瓦尔米亚主教区的神甫，然后经神甫会同意就可以获得神职人员的固定收入。在两兄弟中，安杰伊首先当上了神甫，两年以后他也到意大利上大学，那时尼古拉已经在意大利学到了不少有关宇宙的知识。起初，尼古拉争取当神甫的努力遭到挫折，没有成功。本来有一名神甫去世了，神甫会有了一个空缺，舅舅为争取这个席位付出了很大努力，但却未能成功，因为刚好就在这个月教皇派人占据了这个席位。直到1497年查诺夫神甫去世，才为尼古拉空出一个神甫席位。把这个消息带到意大利转告尼古拉的，肯定是他的哥哥安杰伊。正是主教舅舅的恩惠才使哥白尼获得神甫职位，但这件事并未损害哥白尼的声望，因为任人唯亲、搞裙带关系已成为当时普遍盛行的现象。不仅神甫，就是教会的最高机构里也有许多人是靠了亲戚关系才谋得职位的。这种现象在意大利尤为盛行。枢机主教们曾不止一次把主教和红衣主教的头衔授予自己的私生子。后来，这种现象逐渐在教会中引起不满和愤慨，并成了宗教改革派手中的重要把柄。担任神职人员，究竟是哥白尼本人的意愿，还是舅舅旨意，一直是很难回答的问题。哥白尼大概没有接受高级教士职称，只是当了一位世俗式的神甫。担任神职人员为哥白尼这位破产市民的儿子提供了重要的社会晋升、继续学习和发展个人科学爱好的机会。波兰历史上曾有不少市民子弟借助宗教外衣去享受神职人员的特权，并利用这一特权从事自己的事业。哥白尼兄弟俩的情况尤其如此，因为当时波兰对科学和艺术的庇护是很有限的，只有为数极少的人才能得到这种庇护。
为了赶在大学新学年开始之前抵达意大利的博洛尼亚，哥白尼在1496年的夏天就从波兰启程了。乘马车走完这段路程需要40天左右的时间，如果是从波兰的北部地区出发，那需要的时间还要多一些。
当时意大利涌现了一批最富有才华的人文主义者，他们是著名学者和艺术家。但15世纪末叶正是意大利不宁静时期，各城市之间和各大家族之间的纷争导致了许多武装冲突。战争、骚乱和凶杀几乎成了司空见惯的现象。1492年到1559年是所谓意大利战争时期，时常有法国军队从意大利领土上通过。哥白尼目睹了许多有趣的事件和流血冲突。
在意大利逗留期间，哥白尼接触了许多杰出的学者和艺术家。但是，他大概没有见过文艺复兴时期的另外一位天才——达·芬奇。达·芬奇兴趣爱好极为广泛，当时的科学和艺术领域几乎没有他不涉足的。哥白尼在意大利接触了一些不受教会权威影响的自由思想。甚至在教皇的宫廷里也碰见过只相信自己的理性，不承认任何权威的无神论者。当时发生的一起轰动事件也传到了哥白尼的耳边。在离博洛尼亚不太远的佛罗伦萨，神职人员严重腐化堕落，普遍热衷于尘世的荣华富贵。于是，狂热的宗教改革者、多明我会修道士吉罗拉莫·萨沃纳罗拉首先在这里开始了自己的改革活动。萨沃纳罗拉出身于富豪家庭，但他放弃了万贯家财，从家里出走，到一座僻静的修道院修身。正是这位其貌不扬的瘦小的男人成了佛罗伦萨的主宰者。他善于用自己的说教征服群众。他为各修道院规定了严格的纪律。他诅咒亚历山大六世教皇和意大利最有权势的人。他关心穷人，创建了一个人人平等的独特的民主共和国。他想把教会引向原始基督教提出的简朴的福音境界。他是一位宁折不弯的盲目信仰者，断然拒绝教皇提出的让他担任佛罗伦萨红衣主教的建议，继续宣扬自己的学说，谴责教皇的世俗权利、神职人员的富有和堕落以及不断加剧的对古代的崇拜。根据他的旨意焚烧了意大利文艺复兴时期一大批最珍贵的作品。1497年，酷爱艺术的教皇宣布开除他的教籍，但教皇同时表示，如果他肯出5000盾赎金的话，还可以撤回这项决定。然而，萨沃纳罗拉蔑视教皇的决定，甚至讽刺说：“我们这个时代，4个开除决定仅值1文钱。为了反对自己的仇人，任何人都可以把他买来为我所用。”现场目击者一定向哥白尼讲述过1498年5月，被指控宣扬异端邪说的萨沃纳罗拉在佛罗伦萨市中心广场上被吊死及后来又把他的尸体焚毁的情景。这个事件肯定给哥白尼留下了不可磨灭的印象，这件事使他看到了等待大胆改革者的是怎样一种命运。
哥白尼在博洛尼亚学习的专业是法律、数学、天文学和希腊语。哥白尼所作的天文学记录表明，1500年3月4日他曾做过天文观测。哥白尼非常努力学习当时在人文主义者中显得特别时髦的希腊语，他把古代雅典人的语言集出色地翻译成拉丁文，并于1509年在克拉科夫出版。
哥白尼兄弟俩作为法律糸学生没有任何特殊的地方。肯定是按规定进行学习的，并且通过了各种必要的考试。毫无疑问，无论是在教会法规方面，还是在以罗马法律为基础的世俗法律方面，他们都获得了最高水平的专业知识。在博洛尼亚学习期间，哥白尼学到的法律知识，对他后来作为瓦尔米亚行政官员从事公务活动和国务活动都很有好处。哥白尼在博洛尼亚除了学到许多法律知识外，大概还学会了希腊语。他能学好希腊语，在很大程度上要感谢被称为“乞丐”的安东尼·包尔塞乌斯。是他点燃了哥白尼对整个希腊古典文学的巨大热情，其中最使哥白尼着迷的是欧几里得和阿基米德这些希腊学者的著作。
哥白尼兄弟俩终于等来了一笔相当可观的钱款，然而，当他们得知这笔钱不是他们继续学习的费用，而是他们返回弗龙堡神甫会的路费时，他们的惊讶和失望可想而知。他们不慌不忙地踏上了返回祖国的途程。即使是这样，他们的学习也还算是拖长了一年，因为原准备让他们在博洛尼亚学习3年。1501年7月28日，哥白尼兄弟俩回到了弗龙堡神甫会，但他们心里仍然期待能再次获得继续学习的机会。经神甫会研究，认为安杰伊适于继续学习，于是为他延长了用于学习的休假时间。而尼古拉，肯定是依靠舅舅的帮忙，也得到神甫会许可，再去学习两年医学，但有一个条件，那就是学完后要担任主教和弗龙堡神甫会神甫的专职医生。
哥白尼在国内短暂逗留以后，又踏上了他熟悉的通向意大利的道路。他必须赶在大学新学年开学之前到达意大利。要学医，本来在国内到克拉科夫去也行。但哥白尼十分热爱充满阳光的意大利和意大利的文化。他喜欢从人文主义的发源地获取知识。他选择了当时欧洲最有名的帕多瓦大学就读，许多著名医学专家在这所大学任教。法国蒙彼埃大学从13世纪在欧洲也享有类似的声望，但当时学医学的学生大多还是愿意到意大利去，向往这人文主义的故乡。哥白尼兄弟俩相互作伴几年之后，此次到意大利开始分道扬镳：尼古拉前往帕多瓦，而安杰伊则直奔罗马。
帕多瓦大学每年进行一次人体解剖示范，借以讲解盖伦的理论。解剖课在专门的解剖楼进行。解剖楼由几名贫穷的学生管理，他们通过这种办法挣钱维持自己的生活和学习。医学专业的学生都要出钱，用作维护这座解剖楼的费用。大学校长有义务在每年的2月以前，按时向解剖楼提供男尸和女尸。荷兰著名大画家伦勃朗的画出色地展示了学生上解剖课的情景。大学生在入学以后的第3学期，也就是获得足够的理论知识以后，才能上解剖课。尸体解剖由专门的外科医生进行，一名普通教授在旁边朗读解剖教科书上的课文，而另一名高级教授负责讲解课文。该时期雕塑和绘画艺术的飞跃发展也明显提高了人们对医学的兴趣。对人体的兴趣促使人们着手研究人体构造。搞尸体解剖的除医生外，还有画家。譬如莱奥纳尔多·达·芬奇就画了人体各个部分的解剖图形和许多动物的解剖图形。
帕多瓦大学的医学专业有8名教授，其中不少是很有名望的学者。学制为3年，其中包括在著名医生指导下进行的实习。然后是考试和毕业答辩，根据考试和答辩成绩颁发毕业文凭。哥白尼很可能是没有获得毕业文凭。他广泛地阅读了几个世纪以前的和当代的医学著作，并且把从书本上读到的知识同自己在医院的观察进行了认真的比较。为了争取实践课考试及格，他必须当一名实习生在医院里实习一段时间。哥白尼当时使用过的医学课本保存下来了，在这些课本上哥白尼写下了不少批注，记录了他当时的意见和看法。其中有些话今天看来是很可笑的，由此不能不使人对患者产生同情之心。譬如那上面记录着这样一些处方：“用橡实的汁清洗，有助于治疗瘘管和溃疡”；“用果树树脂在啤酒中烧开三次，然后在吃饭时喝下，有助于治疗痛风……”等等。起初他不加批判地接受了别人传授给他的药方，但他通过医疗实践对这些药方进行了筛选，进而得出了自己的结论。哥白尼在医学书的白边上记下的话，不光有各种有趣的医学知识和其他各方面情况，也有他本人的批评和看法，譬如其中有这样一段话：“这要么是假的，要么是从未有过的事，所以不能相信它是对的。”
哥白尼虽然在天文学方面实现了伟大变革，但他在其他领域的知识却没有超越时代的局限。毫无疑问，作为天文学家的哥白尼远远超过了作为一名医生的哥白尼，尽管当时人们说他在医学方面也有很大成就。
学习古典文学大师的著作，已成为当时一种普遍的时髦，哥白尼也卷入了这股潮流。通过阅读古典书籍，使他的拉丁语知识更加丰富，提高了拉丁语水平。学习拉丁语。被看作是一种美的追求，也是当时时代提出的要求之一。随着人们对古典文学和艺术的追求，对希腊文学的兴趣也空前高涨起来。学会希腊语能给人增添许多光彩，并得到周围人的敬重。当时认为，最理想的是掌握三种古典语言：拉丁语、希腊语和希伯来语。最后这种语言，哥白尼大概是不会的。哥白尼花许多时间学习了古希腊语，学习了希腊文学和希腊科学。他大概对菲洛拉奥斯和塞莫斯的阿里斯塔克的著作特别感兴趣，这些著作动摇了教会从公元2世纪以来一直承认和支持的托勒密的地球中心说。
在学习医学和语言学时期，哥白尼还必须准备通过法学博士考试。人们一直在考虑的一个问题是，为什么不在哥白尼就读的帕多瓦或博洛尼亚大学授予他博士学位呢？哥白尼之所以选择费拉拉，很可能是为了在举办仪式方面省去那些过多的花销，因为在费拉拉举办仪式的费用要比在帕多瓦和博洛尼亚低一些。在费拉拉熟人少，而在这种场合熟人是必须受到宴请的。1503年5月31日，哥白尼参加了他一生中的最后一次考试。他首先宣读了博士论文，然后从自己的科学监护人、学位授予人安东尼厄斯·莱夫图斯教授手中接过一本书，表示要把所学的知识永远铭记在心。然后，学位授予人将这本书打开，以示考生迄今所学的知识是不够的，应该继续深入学习，以丰富所学的知识。紧接着是给哥白尼戴上一顶教士四角帽，同时把一枚象征思想和行为纯洁的金戒指戴到哥白尼的手指上。最后一项活动是象征和平与和睦的亲吻。最后这个亲吻大概是从授权或封地仪式上学来的。考试委员会主席一般是由担任助理教务职位的主教担任，他用最庄重的话语对毕业文凭给予肯定。而公证人的一段文字纪录证实了这次事件的真实性，记录写道：“尊贵的和博学的、来自普鲁士的尼古拉·哥白尼先生——瓦尔米亚的神甫……在博洛尼亚和帕多瓦学习结束，批准授予教会法法学博士学位。无人反对。由上级助理教务主教先生授予。”于是哥白尼的这段学习以获得教会法法学博士学位宣告结束，就这样他履行了享受弗龙堡神甫会助学金所承担的义务。
接受学位的仪式结束以后，哥白尼返回帕多瓦继续学习医学。这时他有了更多的时间用于医学、天文学和语言学的学习，再也不用为法律学习而分心了。他可以更深入地钻研古代哲学家和天文学家的论著，更深入地推敲他们提出的观点了。
在意大利生活期间，哥白尼进行了大量枯躁的计算工作，反复核算了各种历法。出于编制历法的需要，他观察并记录了大量天象材料。在克拉科夫学院学习期间，哥白尼已经掌握了计算时间和推算日历的繁琐技术。在意大利大学学习期间，随着数学知识的增长，他进一步完善了自己的计算技术。
哥白尼在博洛尼亚的老师和朋友马里亚·迪诺瓦拉把列告蒙坦看成是自己的师傅。他特别强调实验和观测的重要性，他像克拉科夫学院的沃伊切赫老师一样，帮助哥白尼树立了这样一种信念，即必须对原有的理论加以筛选，不能轻易相信任何学说。哥白尼同马里亚·迪诺瓦拉老师一道进行了天文观测，关于这一点他后来在自己的著作中提到过。而这些观测肯定使他更加相信太阳中心说的正确性。
