雷蒂克在发表哥白尼的著作并使之为世界所了解方面起了巨大作用。他为哥白尼晚年苦闷的生活增添了乐趣。他的真实姓名是耶日·约阿希姆·劳亨。他仿效其他人文主义者，根据自己家乡雷茨亚的名字为自己起了一个拉西化的别名雷蒂克。由于菲利普·梅兰希顿的栽培，22岁的雷蒂克已在路德教的首府威丁堡当上了数学和天文学教授。在那里他经常和受罗马天主教会谴责的重要宗教改革家打交道，他不仅与梅兰希顿过从甚密，同路德本人的关系也很密切。
听说有一位老神甫提出了新的天文学理论，便引起了25岁的雷蒂克的极大兴趣，于是他不顾路德对哥白尼学说的轻蔑态度，毅然决定亲自去哥白尼那里，直接聆听和了解哥白尼的新理论。他于1539年4月启程，大约在5月20日来到弗龙堡。雷蒂克来到瓦尔米亚神甫驻地时，正是丹蒂谢克主教围绕哥白尼同安娜·希林的关系掀起喧嚣恶浪之际。这期间，瓦尔米亚主教发出指令，严禁阅读和私藏路德教派的读物，违者要处以刑罚。在这种情况下，同作为路德和梅兰希顿友人的路德派教授保持密切往来就显得更加危险。雷蒂克的到来，简直成了弗龙堡的轰动事件，有人钦佩他的胆量，也有人把他看成是魔鬼的使者。哥白尼非常真诚和友好地接待了他。雷蒂克本来只想认识一下哥白尼，并读一读他的著述就走，但结果却在瓦尔米亚呆了两年。他不是空手到哥白尼这里来的，作为礼物他带来了这位老天文学家所需要的书籍，其中有几本是关于天文学和与天文学有关的书。这使哥白尼对自己的著作又稍稍作了些补充和修改，当然这丝毫也未影响他的基本论断，因为这些论断已经经过多次验证，不再需要作任何补充。雷蒂克在每本赠书的扉页上都写下了这样的赠言：“奉献给享有盛誉的大师尼古拉·哥白尼博士先生、约阿希姆·雷蒂克的导师大人。”在弗龙堡逗留期间，雷蒂克一直称哥白尼为“我的主人和老师”或“导师大人”。
雷蒂克来到哥白尼这里不久，就病倒了，阅读哥白尼著作的工作也被迫中断。这期间哥白尼周围的气氛是沉闷的，安娜·希林事件已经闹得满城风雨，现在又来了一位新教派学者雷蒂克，这就更加引起人们的猜疑。刚巧，就在这时海乌姆诺主教蒂德曼·吉斯从卢巴瓦向他发出了邀请。在卢巴瓦，由于丹蒂谢克给吉斯写了有关安娜·希林的信，哥白尼也未能得到真正的安宁。
雷蒂克很快发现，哥白尼的著作拥有巨大的科学价值。于是，出版这些著作就成了两人在卢巴瓦交谈的主要话题。雷蒂克在海乌姆诺主教那里找到了盟友，俩人一道说服哥白尼，劝他把自己的著作公诸于世。起初，哥白尼只同意发表天文观测图表，因为这一点他曾向伯纳德·瓦波夫斯基做过许诺。后来，老朋友和年轻学生的说服工作终于奏效，哥白尼同意出版了。哥白尼在致教皇保罗三世的信中曾经写道，由于吉斯的敦促他才决定发表。这里没有提到起了决定作用的雷蒂克，大概是出于这样考虑：雷蒂克是路德派学者，又是宗教改革运动领导者的密友，这两点就足够了。仅仅因为同雷蒂克的关系，罗马天主教的保守派就可以对哥白尼大加诅咒。
从卢巴瓦回来以后，雷蒂克便开始为出版哥白尼的著作铺路，他要使哥白尼既在天文学界，也在广大人文主义者中获得良好声誉。1540年，雷蒂克在格但斯克出版了一本献给自己老师——纽伦堡的天文学家、星占学家和地理学家的书。这本书的书名很长：《致光荣的大师扬·绍内尔先生，一位年轻的数学爱好者谈托伦人、瓦尔米亚神甫、学识非常渊博的大师、杰出的数学家尼古拉·哥白尼博士先生有关旋转运动的几卷书，初讲》。在题目下雷蒂克刊印了一句希腊格言：“谁想研究哲学，谁就应是精神自由者。”这是对哥白尼著作的最初反应。在这篇《初讲》中，雷蒂克介绍了《天体运行论》的主要论点，强调了这些论点的新颖性。《初讲》介绍了《天体运行论》第一部分前10章的内容，其中写了雷蒂克直接了解到的有关哥白尼生活的一些趣闻，以及有关出版哥白尼著作的客观条件。在这里学生对自己的老师表示了最大的尊敬和崇拜，他把哥白尼称为自己的主人。在大家都了解的情况下，他出于尊敬从不直呼哥白尼的姓名。
雷蒂克本想再写一篇《第二讲》，但未来得及，于是他又在《初讲》中加进了对普鲁士的描述和赞美。他对普鲁士风土人情的描写风趣、充满夸张和丰富的想象。雷蒂克的《初讲》成了科学生活中的一个重要事件，引起天文学家、数学家、哲学家和其他人文主义者的巨大兴趣。这本书很快就再版，这使哥白尼迅速闻名遐迩。与此同时，仇视哥白尼的人也在开展活动。其中有一个叫威廉·格纳弗乌斯的人，他是埃尔布隆格的中学校长。1541年他创作了一部喜剧，其中不指名地嘲讽了哥白尼。这个剧本的名字很长，是《论真正的和虚假的聪明，像虔诚的聪明小丑一样滑稽可笑的剧》。不久，这出戏就被搬上埃尔布隆格剧院的舞台。剧作者还给雷蒂克邮去了一本剧本，大概是想让他给哥白尼看看。这出喜剧是在1531年狂欢节时上演过的一出同样是调侃哥白尼的闹剧的基础之上写成的。格纳弗乌斯在写给阿尔布雷希特大公的信中解释了他写这出喜剧的原因，他在信中说：一些大喊大叫的诽谤者和自作聪明的纨绔子弟的行为促使我写了这本书，他们获得了有教养和聪明人的头衔，但这只不过是表面现象和虚假的粉饰，实际上名不符实。
“也许会有这样的人，他们更喜欢轻率地诋毁别人的工作，而不愿好好向人家学习。这种人可能会指责我们谈论的是我们自己不懂的东西，因为在这出新戏里我们鞭挞的是一位可笑的星占学家。”
剧作者在这里有意回避了哥白尼的名字，因为他担心那会招来神甫会和瓦尔米亚主教方面的干预，埃尔布隆格是受神甫会和瓦尔米亚主教管辖的。这出喜剧演的是一个蠢人要给人们呼风唤雨的神话。道白中有几句显然是影射哥白尼的。其中有这样一句：“可我确实不知道，是公布这个预言呢，还是保持缄默。”第二句是关于哥白尼学说的。剧中一个主角对正在讲授自己理论的聪明小丑说：“怪哉，这里无须擎天的阿特拉斯了。”第一句说的大概是哥白尼由于担心别人不理解，希望把自己的著作和发现隐藏起来。而第二句说的则是日心说，这个学说把各行星“推离”了自己的位置，这样一来古代神话中支撑着地球的巨神阿特拉斯也就失掉用武之地，成为多余的了。这出戏的结尾还有一句更加露骨地影射哥白尼的话：“他认为自己是值得人们尊敬的，因为他是一位博士。”这出喜剧深深地刺痛了哥白尼。然而，这出闹剧并未给剧作者带来任何荣耀。几年之后，根据瓦尔米亚主教和波兰国王的要求，撤销了他的埃尔布隆格中学校长职务，随后他隐居到克鲁莱维茨阿尔布雷希特大公的宫邸里。但在那里他也未呆多久，就被路德派信徒赶走，最后被迫返回荷兰老家。
雷蒂克通过在科学界和政界知名人物中散发介绍哥白尼学说的《初讲》，对格纳弗乌斯的诽谤中伤进行了针锋相对的斗争。哥白尼的其他朋友也向一些有影响的人物邮寄了一些《初讲》。蒂德曼·吉斯主教还把一本《初讲》寄给了普鲁士大公阿尔布雷希特，同时附了一封雷蒂克写给他的推存信。雷蒂克利用在克鲁莱维茨逗留的机会宣传了哥白尼学说。他还成功地说服阿尔布雷希特大公给德国学者和出版商写了几封推荐信。根据雷蒂克的建议，哥白尼给纽伦堡的安德烈·奥塞安德尔写了一封信，希望他能帮助解决一下自己著作的出版问题。由于雷蒂克《初讲》的影响，好几位出版商提出愿出版哥白尼的著作，其中有一位是扬·佩特赖乌斯，他给雷蒂克写了一封热情洋溢的信，信中对雷蒂克的智慧和强烈的求知欲倍加赞扬。这位出版商的目的是希望雷蒂克劝说哥白尼把自己的著作交给他出版。就在这期间，安德烈·奥塞安德尔从纽伦堡回了信。他表示同意出版，但有一个条件，要在哥白尼著作的序言里写明：哥白尼的观点是未经证明的论断，只是假设，全部理论都是假设。奥塞安德尔想借助这种办法缓和逍遥派哲学家和神学家们可能有的反对态度。奥塞安德尔写给雷蒂克的信里也提出了类似的建议。据分析，奥塞安德尔确实是想用比较温和的说法去赢得更多人文主义者的支持，其中包括摈弃哥白尼学说的菲利普·梅兰希顿的支持。哥白尼丝毫没有对奥塞安德尔妥协，因为他不想放弃自己的学说，也不想用假设来掩盖那些他已经证明过的论点。
获悉哥白尼要出版著作，丹蒂谢克主教找到哥白尼，建议把他写的一篇题词加进哥白尼的著作中去。哥白尼联想到不久前所蒙受的侮辱，冷冷地回答道：
“我收到了阁下寄来的信，写得非常客气，热情洋溢。您还随信把专为我的书写的题词赐给我。这篇题词写得非常精彩和恰如其分，这不是为我的功绩所写，它出自阁下对科学爱好者所固有的特别关心。为此，我将把阁下的题词放在我的著作的前面，如果我的著作是相称的，能赢得这样美好的装璜的话。学生们倒是常常对我说，这部著作是有点儿价值的，应该听听他们的意见。”
从丹蒂谢克的这篇题词中我们可以看到，这是主教对哥白尼这位老神甫的一种和解表示。丹蒂谢克了解了哥白尼著作的价值，但并未预见到它会遭到谴责。发现哥白尼这件事在当时引起普遍兴趣，这预示哥白尼的声望必将迅速扩大，不会遇到任何阻力。丹蒂谢克收到几封知名人士的信，信上都谈到哥白尼的著作问题。丹蒂谢克的一位荷兰朋友科尔内利乌斯·斯塞帕1541年7月15日在寄给丹蒂谢克的一封信上这样写道：“雅库布·巴塞姆给我寄来一篇瓦尔米亚神甫、托伦人尼古拉·哥白尼著作的序言，这篇序言是一位看来很精通数学的年轻人写的。这篇评介或者说体会，使前面提出的哥白尼成了著名人物，许多有名望的人，其中包括你的格马，都极切地盼望他的主要著作能够得到传播，不知最终能否实现？热切希望你能给我们来信。”
两天之后，斯塞帕提出的列日大学医学教授雷纳·格马·弗里修斯也寄出一封信，信上写道，所有人都焦急地盼望着哥白尼“主要著作”的出版。他在7月20日寄出的第二封信上又写道：“说地球在旋转，还是说它一直不动，这对我无关紧要，重要的是我们要准确地了解星球的运动和它们之间的距离，要有精确的计算。”丹蒂谢克是哥白尼的上司，凡知道丹蒂谢克曾是一位杰出的人文主义者的人，都认为他是哥白尼著作的保护人，并且希望他能解决出版这部天文学著作发生的冲突，却并不了解这位不久前还不承认教条的人文主义者已经转到机会主义和保守主义立场上去了，开始仇视无拘无束的自由思想。
在瓦尔米亚和普鲁士呆了两年多以后，雷蒂克于1541年初秋返回威丁堡。启程前，为了感谢阿尔布雷希特大公在普鲁士给他的热情接待以及在德国名人面前对他的举荐，雷蒂克把自己在弗龙堡逗留期间绘制的普鲁士及其几个邻国的地图，以及手写的地图绘制术论文寄给了阿尔布雷希特大公。在寄给阿尔布雷希特大公的信中，雷蒂克向他推荐了哥白尼的著作。雷蒂克写道：“同样，借助可尊敬的伟大学者尼古拉·哥白尼博士先生令人赞叹的著作，我们将能够准确地计算时间和一年的长度，还可了解太阳、月亮和所有星球是怎样运行的。”
这张地图反映了哥白尼掌握的绘制地图的知识。这张地图是雷蒂克在哥白尼监督和帮助下绘制的。前面我们已经说过，哥白尼在这方面是很有经验的，他已经几次为普鲁士绘制地图了。为了对获得这张地图、制图仪器和地图绘制术论文表示感谢，阿尔布雷希特向雷蒂克回赠了礼品。在欢送宴会上，一位大公针对哥白尼和雷蒂克说了这样一句玩笑话：“当心，葡萄酒会从酒罐中撒出来！”这明显是暗示雷蒂克在宣传的哥白尼有磁地球旋转的学说的。阿尔布雷希特大公在寄给萨克森大公扬·弗里德里希以及威丁堡大学的推荐信中写道：“鉴于可敬的、学识渊博的硕士耶日·约阿希姆·雷蒂克的聪明才智和品德，我们请您开恩，不但要准予他继续在威丁堡担任教授职务，而且要恩准他在其教授薪水不受影响的情况下到他想去的地方，出版自己的杰出著作。”显然阿尔布雷希特没有注意到这里说的是谁的什么著作，因为正如我们所知，在克鲁莱维茨宫廷中哥白尼的著作是没有获得支持的。从这封信里可以清楚地看到雷蒂克在阿尔布雷希特大公面前做了多么大的努力，以便在出版哥白尼著作方面得到大公的支持。结果，由于雷蒂克的机敏，哥白尼从前的敌人阿尔布雷希特大公竟然成了哥白尼学说的庇护人。另外，这个时期阿尔布雷希特也在设法讨好哥白尼。正如前面所说，他曾几次给神甫会写信，希望神甫会能派哥白尼到他那里去抢救一位宫廷官员的生命。
雷蒂克满怀希望地回到威丁堡，相信哥白尼的学说不久就会传遍全世界，所有人都会把他最近揭示和传播的事实看成是永恒的真理。然而，出乎意料，他遇到的却是令人痛心的失望。他发现人们对他在《初讲》中所阐述的思想并未表现出热情，有时甚至是持敌视态度。德国信仰新教的地区对哥白尼的学说及其宣传者采取敌视态度，是受了路德教领导人马丁·路德和菲利普·梅兰希顿的影响。1541年10月16日，梅兰希顿这样写道：“某些人以为，像那个萨尔马特人天文学家那样，制定一个推动地球和遏止太阳的荒谬理论是有意思和合适的。确实，聪明的统治者应该容忍天才者的轻率……我们的眼睛告诉我们，天在旋转……然而，这里有人，要么出于好奇，要么想拿自己的天才进行投机，正在捉摸地球的运动。”为了证明自己是有道理的，梅兰希顿引用了圣经上的话。“训道者在第一章就宣告：‘大地常在，太阳升起，太阳落下。’这使我们深信，上帝的话在引导我们通向真理，我们绝不允许那些认为把混乱引入科学就会使自己的天才受到赞扬的人来蒙骗我们。”
马丁·路德也说了类似的话。为此，雷蒂克不能在威丁堡大学宣传哥白尼的观点，甚至在他担任了人文学系主任的时候也是这样。路德教严厉的检查制度使他感到无法容忍，于是便不顾梅兰希顿的劝阻，毅然决定离开威丁堡到其他地方去碰运气。雷蒂克宣传哥白尼学说得到威丁堡大学数学教授伊拉兹姆·莱因霍尔德一定程度的理解。
威丁堡知识界对雷蒂克宣传的哥白尼学说采取不支持态度，这并没使雷蒂克气馁。当他明白在威丁堡无法出版哥白尼的主要著作的时候，便毅然离开威丁堡到了纽伦堡，在纽伦堡他有许多朋友。然而，在那里同样是失望，因为绍内尔了对哥白尼采取了不支持态度，甚至怀疑哥白尼抄袭了他出版的列告蒙坦的《三角学》的内容。因为刚好在同一时期雷蒂克在威丁堡出版了哥白尼有关三角的论文，绍内尔并不了解，哥白尼在自己的数学研究中得出了一些同列告蒙坦一致的结论，但哥白尼事先根本就不知道列告蒙坦的那本著作。
雷蒂克把哥白尼的手稿交给了纽伦堡的出版商扬·佩特赖乌斯，他开始筹备印刷。雷蒂克在纽伦堡只作了短暂停留，解决完同出版老师著作有关的问题之后就到莱比锡去了，在莱比锡当时很有名气的大学担任教授职务。离开纽伦堡以后，他对哥白尼著作的筹备出版工作自然也就无法施加影响了；当他1542年7月再返回去时，发现出了问题，但要改正已经为时过晚。雷蒂克在莱比锡讲授数学的时候，出版哥白尼的著作问题是由安德烈·奥塞安德尔直接负责的，他以前曾经建议哥白尼按他的主张出版，把书中阐述的理论仅仅作为一种假设。哥白尼当时拒绝了奥塞安德尔的建议。而这次，奥塞安德尔正是利用雷蒂克不在场的情况，不顾哥白尼的反对立场，强行按自己的意见篡改了哥白尼的原作。首先，他把书名《运行》改为《天体运行论》，同时用自己名为《谈谈本书的假设》的序言取代了哥白尼致教皇保罗三世的一封信。奥塞安德尔随心所欲地伪造和篡改了哥白尼的思想。他把哥白尼的论断说成是虚无的假设，与事实毫无共同之处，并对之任意加以批判。不仅奥塞安德尔，甚至连印刷匠也毫无顾忌地加以篡改，而这一切都是得到佩特赖乌斯允许的。他们在出版哥白尼著作时不想得罪梅兰希顿和路德，于是便按照梅兰希顿的天文学观点篡改了哥白尼的文章。当时哥白尼离这里很远，并且已经被重病撂倒，而雷蒂克已离开德国到世界各地周游，最后在克拉科夫定居下来，成为那里的一位著名人物。
1542年年近70的哥白尼，于深秋得了一种致命的疾病。处于瘫痪和绝望状态的哥白尼在雷蒂克赠给他的一本书上写下了这样几句话：“生命的短暂、思想的迟钝、麻木的粗心和徒劳的忙碌使我们无法获得更多的知识。而我们所知道的东西，随着时间的流逝也逐渐忘却了……多么可憎和可怖的忘性呵！”蒂德曼·吉斯是从神甫耶日唐纳的信中得知自己朋友生病消息的。1542年12月8日，他从卢巴瓦发出了一封回信，说：“你来信说的关于可尊敬的老人、我们的哥白尼生病的消息使我感到难过。他在身体健康时就喜欢孤独，现在生病了，我想，不会有许多热心人关心他的身体状况，从他的纯洁和学识渊博方面说，我们大家都有愧于他。”
哥白尼作为一位医生，知道自己的病好不了啦，于是便决定把自己的神甫职位交给自己的外甥扬·洛伊特施，让他提前当上修士。哥白尼生病的消息传到了格马·弗里修斯那里，他非常关心哥白尼的研究工作。1543年4月7日他在写给丹蒂谢克主教的一封信中这样写道：
“我以十分焦急的心情期待着杰出的大师尼古拉·哥白尼先生的那本数学著作，据尤斯塔许先生说，那本著作正准备付印……如果现在能按时出版的话，那么这位大师的努力就会放射出不朽的光辉。我祝愿这位应该长寿的人的生命超过自己的著作。”
哥白尼的健康状况一天天恶化，康复的希望日益渺茫，他的生命已经不长了。正值哥白尼的著作印制完成的时候，塞巴斯蒂安·库什来到纽伦堡为德皇瞳罗尔五世采购科学书籍。于是他就在结束印刷的1543年3月21日买下了哥白尼这本提出不同观点的著作，并把它寄给了皇帝，同时附了一封信。信中这样写道：
“尼古拉·哥白尼是一位数学家，他撰写了6卷关于天体运行的书，这些书最近刚印完……我决定把它们给阁下寄去，因为我知道皇帝阁下是数学爱好者，看看和了解一下这位作者的意见和幻想是满有趣的。”
这部天才的著作出版后的首批读者中有一位皇帝，人们把这部著作当作一种有趣的科学幻想推荐给他。首批读者中也有哥白尼的朋友们以及许多杰出人物。雷蒂克和佩特赖乌斯把这部刚出版的著作寄给那些焦急等待着这部书的人们。有几本传到了瓦尔米亚，收到这部书的是蒂德曼·吉斯和耶日·唐纳。唐纳直到最后时刻一直很关心哥白尼。然而却没有急着把这部书送给已经奄奄一息的作者。传统的说法告诉我们：哥白尼在生命的最后一天用冰冷的手捧着自己的著作。那一天是1543年5月24日。哥白尼死于脑溢血和右半身瘫痪，几天之前已经失去知觉，丧失了视力和听力。
哥白尼生前把自己收藏的大约40本书送给了神甫会图书馆；医学书交给了利兹巴克的主教图书馆，其中有几本送给了费比恩·埃默里奇医生。关于哥白尼的遗嘱我们只知道一点：他把一定数量的钱留给了自己的外甥女里贾娜的7个孩子。6月1日，神甫会把哥白尼居住过的塔楼以30格利夫那的价钱卖给了阿哈希·特伦克神甫，而哥白尼的住宅则被耶日·唐纳神甫用100格利夫那买了去。
哥白尼在世时以及他去世以后的几十年中，他的学说只赢得了为数不多的拥护者。虽然他的成就和计算结果已被别人采用，但他的日心说却没有得到承认。哥白尼去世后，蒂德曼·吉斯曾竭力经管他的著作问题。吉斯不同意出版者那种明目张胆的篡改，出版中大量的错误使他无法容忍。他在寄给雷蒂克的信中说，他已经要求纽伦堡市议会惩罚有罪之人，并迫使出版者改正错误，恢复原著的本来面目。
随着哥白尼亲朋好友的去世，哥白尼的发现也许被遗忘。虽然哥白尼的学说未获承认，但他编制的天文图表和所作的计算已经被采用。不过有人只是把哥白尼发现的真理看作是一种可能，仅仅是理论研究所需要的假设。在瓦尔米亚知识界，除了哥白尼最亲密的朋友外，大概只有丹蒂谢克主教充分评价了哥白尼这一发现的意义。但是由于他忙于同宗教改革运动作斗争，没有积极尽心宣扬自己天才下属的学说，况且，他同哥白尼还发生过争吵。丹蒂谢克的继承人斯坦尼斯瓦夫·霍兹尤什是反宗教改革运动的重要领导人。他对哥白尼的学说断然采用不赞成态度。在他任职期间，哥白尼这个人及其事业几乎已被人遗忘。随着马尔青·克罗默就任瓦尔米亚主教，围绕纪念哥白尼问题才出现了一种有利于传播哥白尼理论的气氛。克罗默主教于1581年出资在弗龙堡大教堂为哥白尼建造了一块纪念碑。哥白尼学说的首批信仰者不时到弗龙堡参观和凭吊，这引起了弗龙堡神甫会成员对这位早已去世的神甫的怀念和崇敬。于是，便开始收集和保护哥白尼遗留下来的一些可资纪念的文物。
哥白尼最早的崇拜者之一是丹麦学者第谷·布拉赫，他在1584年把自己的学生派到弗龙堡，以便在那里考察验证哥白尼做过的一些计算，并搜集有关哥白尼的文物。他曾经写诗赞颂哥白尼，并且在自己的观测站里悬挂了哥白尼的画像。实际上他对哥白尼的理论并不全部赞成，但他促进了哥白尼学说的推广。充分理解哥白尼学说意义的是德国学者的翰尼斯·开普勒。他也是了解奥塞安德尔篡改活动的第一位学者。他成功地得到了一本未经篡改的原著《运行》以及奥塞安德尔写给哥白尼和雷蒂克的信件。开普勒不仅理解哥白尼的理论，而且又把它向前推进了一步，他发现并解释了地球的第三种运动。一种流行的说法认为开普勒在1618年5月15日曾经说过：他掌握了“宇宙的奥秘”，因为他发现了行星距离同它们运行周期之间的联系。这一点哥白尼直观地感觉到了，但并未加以归纳和总结。
同一时期，伽利略在意大利也在从事天文研究，他为哥白尼的理论找到了无可辩驳的论据。1597年，伽利略给开普勒写了一封信，信中说：“我接受哥白尼的理论已经许多年了，并提出书面论据批驳了反对哥白尼理论的人。但我未敢把它们公开发表，我被哥白尼的遭遇吓住了。哥白尼虽然赢得了几位不配思想家的赞同，但在人们的眼中，他却成了嘲笑的对象。如果大多数人都能像你这样的话，那我也就有勇气发表我的看法了。”
伽利略开始公开宣传哥白尼的学说和自己的发现以后，尽管有几位耶稣会数学家和后来的教皇乌尔本八世承认他有道理，但他最终还是遭到宗教法庭的审判，指责他宣传异端邪说，并迫使他放弃自己的观点。不管怎样，伽利略发表的著作使哥白尼的学说在大辩论中获得胜利。年轻的学者布鲁诺因为信仰哥白尼的学说被活活烧死，但他临危不惧，面对死亡也不放弃对科学真理的信仰。
在波兰首都克拉科夫，人们一直没有忘记哥白尼，这同雷蒂克当时来到了波兰首都是分不开的。克拉科夫大学的教授扬·布罗热克沿着哥白尼的足迹经过托伦到了瓦尔米亚。他收集了哥白尼写的几本书和他的部分信件。布罗热克在弗龙堡发现了一部献给哥白尼的诗作，名为《七颗星》。后来布罗热克把它公开发表了。由于他对哥白尼的多才多艺非常钦佩，便散布了一个传说，该传说一直流传至今。传说的内容是哥白尼建设了一条运河和自来水设施。根据所收集的材料和信息，是布罗热克写下了第一篇内容翔实的哥白尼传记。可惜，布罗热克从瓦尔米亚收集到的有关哥白尼的材料，在他去世后又遗失了。同瑞典人的战争打破了瓦尔米亚的宁静。公元1626年至1630年，瑞典人洗劫了这一地区，并把哥白尼遗留的许多文物，主要是书籍和信件运到了瑞典，这些文物至今仍保存在斯德哥尔摩和乌普萨拉。当有人指责哥白尼的学说是不忠诚的邪说时，布罗热克积极地捍卫了哥白尼学说。他在克拉科夫热情地宣传了哥白尼这位天才的学者、克拉科夫大学的骄傲。
16世纪下半叶，当布鲁诺开始传播哥白尼理论的时候，敌视的气氛更加浓厚了。因为布鲁诺作宣传使用的不是数学家的语言，而是更广泛的社会阶层容易理解的哲学家的语言。因此，教会把布鲁诺的宣传看成是巨大危险，并对他采取了迫害行动。起初的迫害对象只是哥白尼理论的信仰者，过了一段时间以后，哥白尼的著作也成了迫害的对象，被划入禁书之列。神学家们对哥白尼的学说作了裁决：说他“所列举的这些看法是愚蠢的，从哲学角度看是荒谬的，形式上是异端的，有许多地方明显违背圣经的说法。”
公元1616年3月5日，负责禁书事务的圣主教会议对哥白尼的著作作了结论，说：“主教会议获悉，尼古拉·哥白尼在《天体运行论》中提出的关于地球运动和太阳休息的、违背圣经的、毕达哥拉斯信徒式的伪学说已经传播开来，并且已被许多人所接受……为此，主教会议认为，为了不使这种学说进一步蔓延，危害天主教真理，有必要对其加以禁止……直到它得到修正为止。”
教皇保罗五世即指示，把哥白尼的著作列入禁书目录。这虽然不是指全部著作，但却是那些包含了基本论点的书。负责禁书事务的圣主教会议认为，知名星占学家尼古拉·哥白尼有关天体运行的著作应该受到完全的谴责，因为它阐述的地球位置和运动原则是同圣经背道而驰的。他的真正天主教徒式的解释并不是假设式的，他甚至胆敢把这些理论说成是最真实的。然而，因为哥白尼著作中包含了许多对公众有益的东西，所以会议一致决定：“迄今所印制的哥白尼的著作是可以允许的……如果能按所附的样板加以修改的话……今后无论何时，如果需要再印刷的话，不允许有其他形式，必须事先把下面指出的地方加以修正，并且把这个意见排印在哥白尼的序言之前。”
就这样主教会议对哥白尼的著作作了比当时安·奥塞安德尔大得多的歪曲和篡改。教会通过这种方法遏止了哥白尼学说的传播，但并没有推翻它。此后，哥白尼学说逐渐赢得人们的信任，人们在天文观测和研究工作中取得的进展，迫使教会不得不在300年之后最终把《天体运行论》一书排除在禁书之列。1822年9月25日，教皇七世批准颁布了一个教令，明确说：“那些讨论地球运转和太阳静止不动的著作，根据目前天文学家们的一致意见，准予印行。”
此前，在教会的禁令下，人们仍然秘密地传阅着伟大天文学家哥白尼的著作。在他的祖国，人们从未把他遗忘。18世纪末波兰丧失独立以后，哥白尼成了知识界爱国学者的象征，人们把他作为伟大的波兰人加以纪念。后来，法国皇帝拿破仑的行动提高了哥白尼的声望。拿破仑在托伦逗留期间曾向哥白尼表示敬意，参观了哥白尼故居，并要求市议会修复保存下来的哥白尼的文物。由于斯坦尼斯瓦夫·斯塔希茨的努力，华沙王国议会决定在托伦建造一座哥白尼纪念碑。筹集了资金，并且举行了奠基仪式，但纪念碑却未能建造起来，因为在维也纳会议之后托伦城已沦为普鲁士管辖。然而，斯坦尼斯瓦夫·斯塔希茨并未放弃自己的主张，1830年终于在华沙竖起了哥白尼纪念碑，它使波兰人在艰难的被奴役时期想起了自己的伟大同胞。希特勒占领时期，占领者在哥白尼纪念碑上挂了一个牌子，上面写道：“哥白尼是最伟大的德国天文学家。”虽然有希特勒岗哨在监视，但这块牌子还是让“灰色队伍”的士兵给摘掉了。
1854年，在哥白尼诞辰400周年的时候，波兰首次在华沙出版了哥白尼的著作。这是历史上的第四次出版；第二次是1566年在瑞士巴塞尔出版的；第三次是1617年在阿姆斯特丹出版的。这次出版的波兰文版是由扬·巴拉诺夫斯基翻译的。这个波兰文版本附有原拉西文书名、雷蒂克的《初讲》、哥白尼关于货币的论文及其他一些短小的文章。正是巴拉诺夫斯基把奥塞安德尔的歪曲和篡改从哥白尼的著作中剔除了，从此世人才真正看到哥白尼当初交到出版商手里的原著。哥白尼的手稿几经波折，起初为雷蒂克所有，雷蒂克死后几次易手，最后于17世纪末落到布拉格的一家图书馆。1953年，这份手稿被归还波兰，目前收藏在雅盖隆图书馆里。即便在哥白尼学说处境最糟的时期，哥白尼不平凡的智慧曾受到充分肯定。哥白尼一直被看作是杰出的数学家和天文学家，但是因为他的学说同圣经的几个段落相矛盾，所以不被承认。哥白尼的观点虽然不全是正确的，但是，哥白尼理论中最重要的部分，仍然证明是完全正确的。
