奥本海默在洛斯阿拉莫斯领导科学家进行的原子弹制造，进入攻坚阶段。他并不怀疑他所从事的事业，但他也知道，可能也会有人因此诅咒他。他毕竟是在领导着制造人类历史上第一个能使人类毁灭的武器。
尼尔斯·玻尔和奥本海默谈过原子能的两重性，一方面原子能可以造福于人类，但另一方面原子能也可以给人类带来灾难。问题的关键是看什么人、什么政府掌握原子能。
奥本海默知道原子弹这个难解的谜，将会有两个答案、两种结果。其中一种是卓越超群的。这使他感到洛斯阿拉莫斯的工作是正确的，是一项伟大的工程。在这种心绪支配下，他暂时忘却了他过分重视良心的痛苦。
他早就认识到这种忘却是可能的。1932年他在给弟弟弗兰克的信中就明确表明：“因此我认为我们应当以深切的感激心情，欢迎一切激发纪律的事物；我们应当学会承担社会责任，学会在战争、个人苦难甚至人类生存中尽自己的义务。我们只有通过做一些对人类有益的事情，才能达到最低程度的超脱，而且只有这样才能得到和平。”
他从对人类和社会责任中找到了暂时的超脱。他似乎第一次找到了缓解自我厌恶的办法。
但是奥本海默仍然感到自卑。许多年以后，他自己坦白地说，他始终对自己一生中的行为“感到非常后悔和负疚”。他总不时地告诉自己在洛斯阿拉莫斯，他正在做一件极不应该做的事。
毋庸置疑，原子弹的出现一定会给人类造成前所未有的大灾难。制造原子弹是奥本海默等一批科学家的事，而原子弹一旦变成一个实在的东西，投放到什么地方就不是奥本海默能够控制得了的了。无论投到什么地方，对于那个地方的人类及其他生物都将是一场空前的毁灭。这是奥本海默无法接受的。
他无法在这个问题上原谅自己，痛心疾首地觉得自己有愧于人类。
在洛斯阿拉莫斯，他时时有一种无法排遣的忧郁，担心科学成果有那么一天被某个独裁政府所利用，流露出希望一切爱好和平的政府都掌握原子弹的愿望。这给他被怀疑是苏联共产党的间谍埋下了祸根。
他与玻尔谈过这种想法。玻尔是一个和平利用原子能主义者。玻尔将这种想法告诉了罗斯福总统并得到了罗斯福的认同。罗斯福甚至同意玻尔到苏联去访问，将原子弹制造技术透露给苏联。但后来遭到了合作对象——英国首相丘吉尔的强烈反对。
奥本海默的想法并没有因此而改变，他始终希望德国法西斯灭亡后，世界所有爱好和平的国家都拥有原子弹。他觉得他有义务把新的科学成果提供给全人类使用，而不是留给少数人去进行核讹诈。他的想法给他带来很大麻烦，并险些因此而坐牢。
1943年夏，奥本海默接到了琼·塔特洛克的来信。他在和妻子认识之前曾爱过这个不幸的女人。
琼·塔特洛克是美国共产党员，信仰共产主义。当时在美国科学家中信仰共产主义的人并不少，但在美国无论什么信仰，都必须遵守保密法律。奥本海默虽然不信仰共产主义，但是他依从塔特洛克的观点。他相信塔特洛克，超过了相信上帝。
琼·塔特洛克一直在联邦调查局的监视之中。她这次与奥本海默的联系无疑使美国情报部门大为紧张和惊恐。在美国看来，当时他们忠实的盟友是英国，除了战时的敌人法西斯外，他们的敌人是信仰不同的红色苏联，是以苏联为首的共产主义阵营。
美国政府甚至觉得希特勒并不可怕，因为希特勒在二战后期已成为世界人民的公敌，总有一天会被扫进历史的垃圾堆。而共产主义阵营如日中天，生机勃勃，美国政府非常害怕共产主义事业。
联邦调查局把奥本海默与情人的约会看成是当时一件不得了的大事，如临大敌，如履薄冰。他们既害怕制造原子弹的情报传给共产主义阵营，又害怕失去当时在原子弹制造中起顶梁柱作用的奥本海默。
联邦调查局派出一个小分队，跟踪监视奥本海默和他的情人。
联邦调查局的文件中冷酷地记载了安全人员偷窥这次会面的情况：
“1943年6月14日，奥本海默在晚上从伯克利坐火车到达旧金山。琼·塔特洛克去接他，并吻了他。他们在旧金山百老汇路787号的佐奇密尔丘餐馆吃晚饭，然后于晚上10点50分去蒙哥马利街1405号，走进最上层的公寓。随后，灯就熄灭了。第二天早晨8点30分才看到奥本海默和琼·塔特洛克一起离开那幢房子。”
回到洛斯阿拉莫斯，奥本海默似乎第一次缓解了自我厌恶的压力。他也许是在和塔特洛克的接触中又发现了新的自我剖析的方法，或许又重新找回了迷失了的自我，也许他又重新看到了工作的意义和生活的意义。这没人知道。
他说：“在争取解脱出来做一个有理智的人的尝试中，我不得不认识到我对自己行为的担忧是正确的和重要的，但这还不是全部事实，必然还有另外一种看法，因为别人并不像我一样看待它们。我需要知道他们的看法，需要他们。”
显然，他已经找到了比较传统的缓解方法，那就是把自己完全投身在工作中。
不管奥本海默在精神上和工作上有什么样的负担，除了塔特洛克，别人无法解除他的烦恼。
他的妻子基蒂因为受不了洛斯阿拉莫斯与世隔绝的生活，受不了奥本海默与情人的暧昧关系，无法理解谜一样的丈夫，又沉溺于饮酒，以致到了不能正常工作的程度。
与奥本海默相处，就像同他做猜字游戏一样。奥本海默的生活也像字谜，总要让别人去猜。他的一位同事说：“同奥本海默玩玩这种智力游戏大有益处。奥本海默是个怪人。他的问题是什么都想干。”
对奥本海默这个让一般人不好理解的人物，联邦调查局当然不会放过，他的行动受到监视，他的房间电话被窃听，连他的私生活也有陌生人注意。
陆军情报部门为奥本海默安排了一个特别警卫员。这名警卫像个鬼魂似的跟在奥本海默的左右。在没有这个警卫的情况下，奥本海默连从家里到实验室去的自由都没有。
在联邦调查局中至少有一个人深信奥本海默是苏联间谍。这就是皮尔·德·席尔瓦。席尔瓦经常组织调查小组盘问奥本海默，要他讲出他知道或者认为是共产党员的人的姓名，企图用这种办法抓住奥本海默的把柄。
为了保护自己，奥本海默捏造了一些情节，说出了他的情人的一些情况。
1944年1月，琼·塔特洛克自杀身亡。她在留给奥本海默的遗书中说：“我想活，作出贡献，但不知为何瘫痪了。”塔特洛克在遗书中的潜台词，奥本海默一定会懂。
情人的死给奥本海默很大的打击，一度使他早上3点钟起床，做他的实验，晚上很晚才睡，白天连喝咖啡的时间都没有，他不允许自己停下手中的工作，不允许大脑停下来不去思考原子弹。一旦停下来，塔特洛克的音容笑貌就会出现，与她相处的日子就会在大脑中重演，他的灵魂就要追随塔特洛克，再也不愿回到核物理和原子弹上来。
奥本海默是在用工作来摧残自己。他喝酒，抽烟，吃辛辣食物，寻求食物对感官的刺激。他对塔特洛克的死有沉重的负罪感。
奥本海默有一个朋友叫埃米尔·克劳斯·尤里乌斯·富克斯。富克斯1911年12月29日生于德国达姆施塔特附近的吕塞尔赛姆村。他是一名无神论者，读大学时参加了德国共产党。在基尔大学读书时与纳粹党员水火不容，被纳粹党员痛打一顿后，扔到河里，险些丧命。
他对党的事业忠心耿耿，1933年2月参加了德国共产党大学生代表大会，9月逃亡到英国，10月成为布里斯托尔大学物理系教授内维尔·莫特的研究生。1937年被授予数学物理博士学位，同时又得到一笔研究奖学金，其后到卢瑟福和马克斯·玻恩处继续深造。1941年5月在英国开始从事原子弹研究，12月到美国访问，开始与奥本海默接触。
奥本海默与富克斯是一师之徒，富克斯又非常看重自己的大师兄，他们之间的关系非常好。
富克斯访美期间两人谈了很多。奥本海默向他介绍了美国理论物理研究的现状，并提到了美国正在组织部分物理学家研制原子弹。
富克斯1941年开始为苏联共产党提供情报，奥本海默无意中谈到的一些情况成了富克斯情报的主要内容。
富克斯1942年申请加入英国国籍，并在《官员保密法》上签字，宣誓效忠英国。
1943年富克斯同英国原子弹研究小组一起来到洛斯阿拉莫斯，同美国政府签订了例行的保密证书。
格罗夫斯说：“我们同意富克斯参加这项计划是一个错误。”“但是，我们究竟能在多大程度上避免这个错误而不致因为坚持要对大不列颠的安全措施进行监督，从而伤害我们在战争中的这个主要盟国的感情，即使现在我要对这个问题说出来个所以然来，我还是不知道该怎么办才好。”
富克斯在洛斯阿拉莫斯颇受欢迎。他和蔼可亲，乐于助人，并且对其他人的工作也非常关心。他非凡的才干同罕见的沉默寡言结合到一起，要让他讲出一句话来，必须首先跟他讲一句话。因此他被称作“自动售货机”。
他有一辆旧的比克牌汽车，喜欢开着汽车到乡间去兜风。
富克斯报告给苏联的最有价值的情报是透露了钚弹的详细情况：其中包括设计、制造方法以及这种钚是在华盛顿州汉福德的原子反应堆里生产出来的这一事实。
引爆钚弹使用的装置，是一种向中心方向爆炸的内向爆炸透镜状体。富克斯对这种装置作了描述，引起了苏联极大的兴趣。苏联共产党方面要求富克斯提供更详细的报告。偏巧，美国一名年轻的军官戴维·格林格拉斯弄到了内向爆炸透镜状体的草图，并把这个草图出卖给苏联谍报人员。苏联共产党让富克斯鉴定草图的真伪，富克斯肯定了草图的真实性。
苏联共产党曾多次为富克斯提供活动经费，都被富克斯拒绝。他说他绝不是为了金钱，他不缺钱，他是为了崇高的共产主义信仰。
奥本海默比富克斯大7岁。富克斯具有奥本海默的头脑与爱好，他们有很多相似的地方，比如都喜欢哲学、数学、心理学，都是理论物理学家。与别人明显不同的是，他们都记忆力超人，而且对洛斯阿拉莫斯的一切研究工作他们都很在行。
奥本海默的朋友很有限，富克斯是他很要好的朋友。
在富克斯为苏联提供情报没被发现之前，美国联邦调查局发现原子弹研制泄密。根据泄密情况，断定泄密人一定是一个对研究原子弹全面了解的人。因为当时的情报中不但有汉福德，还有橡树岭。比如情报指明汉福德的原子反应堆是水冷却的，橡树岭的原子反应堆是气冷却的等等。
另外，向心爆炸透镜状体的研制是绝密的，只有奥本海默等几个人知道。联邦调查局根据情况综合分析，怀疑为苏联共产党提供情报的人，就是奥本海默。
奥本海默具备提供情报的条件。早在原子弹研究初期，美国原子弹研究情报就被苏联窃取，那时联邦调查局就注意到了奥本海默。琼·塔特洛克的死，使联邦调查局对奥本海默查无实证。陆军反情报部门，对奥本海默的侦查不了了之。
从奥本海默的情人到他身边发生的泄密，到他对原子弹的了解，以及他的二重态度，奥本海默自然成了联邦调查局的主要怀疑对象。
奇怪的是，奥本海默同共产党人的联系，在1941年到1945年“曼哈顿工程”情报不断外泄的情况下，并没有被联邦调查局起诉。而到了1954年，在他为国家做出多年的成就卓著的工作之后，却有人利用早年的那些联系对他进行起诉，没收了他的保密通行证。格罗夫斯也说：“他的背景中有许多东西不合我们意。”但是他却推翻了陆军情报部门的许多理由，使奥本海默通过了审查。
他俩真是奇怪的一对，虽然关系不亲密，但彼此尊重。
