从秦朝以来。历代统治者无不推行文化专制政策，朱元璋也包括在内。可以说，明初的文化专制，在秦始皇之后，是十分严厉的一次，带有浓重的血腥气息，儒士在肉体上和精神上，都受到极其严重的推残。
到朱元璋的时代，儒家思想被确立为官方的意识形态，已有一千五百年，历时既久，深人人心，朱元璋自然也要高举这面大旗。明朝附一建立，就下令以最高规格在国子学祭孔子，还派人到曲阜孔庙致祭。朱元璋说：“孔子之道，广大悠久，与天地并立，所以后世统治天下的人，莫不致敬尽礼，隆重祭祀。”作为孔子的嫡系后裔，历代册封的衍圣公可以说是孔子在世上的代表。朱元璋登上皇位不久，就派人宣召孔子第五十五世孙、元朝册封的衍圣公孔克坚入朝，孔克坚称病，让儿子孔希学代自己人京，朱元璋很不高兴，给孔克坚写了一封措辞严厉的亲笔信，说：“我率领中原士人，驱逐了胡虏，安定了华夏，虽说是平民出身，可汉朝的高祖，就是由平民而登上帝位的。你无病称病，慢待朝廷，是不可以的。”孔克坚见信惶恐，急忙人朝，朱元璋对他十分优待，说：你的祖宗阐明先王之道，立教经世，万世之下，显而易见，朱元璋的这些规定，就把军、民的行动范围严格地限制在百里之内。
1386年（洪武十九年），朱元璋又两次下手令加强对臣民的限制；第一次手令，是关于里甲、邻里互相知丁的义务以及对逸夫（无业游民）连坐法的规定；第二次手令是针对流动人口、手工业者和商人的，其目的是对这些流动人口进行规范和限制。朱元璋将路引制和里甲制有机地结合起来，加强了对各类人口的管理和控制，有利于巩固封建统治秩序和社会的安定。
明朝建立后，统治阶级内部的矛盾日益显露，除封建社会固有的皇权与相权、皇权与将权的矛盾之外，在统治阶级内部还存在着淮西集团和非淮西集团，南人和北人之间的激烈斗争，除此之外，还存在着封建文人与新王朝之间的斗争。这一矛盾在洪武一朝表现的尤为突出，这和朱元璋的经历有着紧密的关系。朱元璋出身贫苦，完全凭着个人的聪明才智、个人的奋斗闯荡江湖，才平定天下并做上皇帝的，所以他十分自信，甚至自信到冈JJ愎自用的程度。他称帝以后，逐渐显露出，他由一乞食游僧而当上至尊无上的皇帝，在内心的深处有一种隐隐作怪的自卑心理，低微和高贵的反差，使他常常神经过敏。由贫苦农民出身的皇帝，最怕别人瞧不起他，怕那些投降过来的臣民武将对他不服，又怕那些跟他南征北战的战友们对他不忠，还怕那些有知识的儒士们不肯为他所用，这种自卑的心理始终伴随着他，他几乎无时无刻不与之抗争，尤其是朱元璋又是个权欲极重的人，他绝不允维护君臣、父子关系，都要依赖他的教诲。他赐给孔克坚六千顷土地、住宅一所，每月给禄米二十石。
朱元璋提倡阅读儒家经典，他把儒家思想的要旨概括为“敬天”、“忠君”、“孝亲”三项，认为“君能敬天，臣能忠君，子能孝亲，则人道立矣”。他让儒臣按照这三项标准，辑录儒家经典中的有关论述，书编成后赐名《精诚录》，他还说：“五经》是记载圣人之道的，就像粮食一样，每家都不可缺少。人没有粮食，就没有吃的，不读《五经》、《四书》，就不会明白道理。”
朱元璋宣扬“敬天”，是要表明明王朝的建立是天意的体现，他是“奉天以君临兆民”，即代上天治理亿万百姓，所以敬天的目的，还是为了尊君。至于“忠君”，则宣传“君为臣纲”、“为臣竭忠”，即要求臣民们无条件地服从君主的绝对意志。倡导“孝亲”，是因为儒家一向认为，“君子之事亲孝，故忠可移于君”，也就是说，“孝”是“忠”的基础，正如朱元璋所说：“如果一家之内，长幼都能安守本分，事事循理，这个家庭就治理好了。各家都治理好了，在此基础上治国平天下，也就轻而易举了。”
因为从社会底层奋斗出来的朱元璋性情颇为褊狭和固执，他不能容忍任何权威踞于自己之上，所以在对待孔孟的态度上，他表现得非常独特。孔子在前代一向是通祀天下的，朱元璋建国后虽用最高规格祭祀了孔子，心中却有些怏怏，他觉得孔子不曾做过帝王，给的礼遇太高了，有违君臣之大体。为了突出皇帝身份的至高无上，洪武四年（1371年），朱元璋借京城文庙落成之机，下令让儒臣们讨论祭孔礼仪，并表明了自己的看法以作为议礼的纲领，这就是取消全国各地普遍祭孔的做法。以后祭礼只在曲阜举行。诏旨一出，举朝震惊，儒臣们纷纷上书，谓“孔子垂教万世”，“集群圣之大成”，理当通祀天下。朱元璋见反对意见太强烈，深知孔子在民众心中的崇高地位，也就不敢贸然行事，只好收回成命。
打孔子的主意不成，朱元璋又打起孟子的主意。他阅读《孟子》时，见到“民为贵，社稷次之，君为轻”，“君视臣如草芥，则臣视君如寇仇”等话，不由得怒火中烧，拍案骂道：“使此老在今日，岂可免我一刀！”他降下诏旨，说孟子的这些话不是臣子应当说的，下令将孟子牌位撤出孔庙，不得配享。他还宣布，敢有以此事进谏者，以大不敬论。刑部尚书钱唐挺身而出，跪在宫门外，要求进见皇帝。朱元璋让人传谕说：“谁敢提孟子的事，朕就亲手射死他。”钱唐说：“臣为孟子而死，死有余荣。”钱唐人宫走向朱元璋所在的奉天殿。朱元璋一箭射中钱唐左臂，钱唐不肯停步。朱元璋再发一箭，射中钱唐右肩，钱唐还是不肯停步。朱元璋愤怒，发箭射向钱唐胸部，钱唐摔倒在地，但还是向着御座爬行。朱元璋见钱唐为了孟子，不怕死，真有些感动，让人把钱唐抬出去治伤。虽饶了钱唐一命，但孟子配享的事，他仍不肯放弃。过了一阵子，钦天监奏称天上文星昏暗，有些迷信的朱元璋害怕这是因为孟子的缘故，就下令把孟子的牌位放回孔庙。朱元璋心里总觉不是滋味，后来还是让人删节《孟子》成《孟子节文》，共删去85条，保留170来条，那些带有君民本色的话都被从书中清除掉。
朱元璋虽知道治理天下离不开读孔孟之书的儒士们，大力招揽选拔，可在自己心里，他是很瞧不上这些人的，常常加以摧辱诛杀。中国古代在改朝换代的时候，士人们无不面临着是为旧朝尽忠、还是为新朝效力的矛盾与痛苦，明初的士人们，抉择尤难。因为朱元璋标榜“忠君”，可这“忠君”在他手里是柄双刃剑，可以两面伤人。你若坚持不肯出仕，那么就是对新君不忠，理应受到惩处；可你若是归顺了新朝，又是对旧君不忠，理应受到折辱。如果士人不在旧朝灭亡时自杀殉国，是无法摆脱这种两难困境的。
元朝著名学者危素，做过参知政事、礼部尚书、岭北行省左丞，主持过《宋史》、《辽史》和《金史》的编纂工作。明军攻破大都时，他想跳井殉国，被一位僧人救起。归顺明朝后，朱元璋知道他有才学，任命他为翰林侍讲学士，后又兼弘文馆学士，还经常向他请教元朝灭亡的经验教训，让他起草《皇陵碑》等文稿。但，因危素是个降臣，朱元璋觉得他对元朝不忠，对他心存鄙夷。有一天，朱元璋召危素到东阁，危素不知朱元璋坐在屏风后面，走路的声音重了些，朱元璋问：“是谁？”危素答：“老臣危素。”朱元璋讽刺说：“我还当是文天祥来了。”
元顺帝有一头大象，会在殿庭中舞蹈朝拜，被运回南京。有一天，朱元璋宴请群臣，让人把大象牵来，可大象就不肯起舞。朱元璋命把大象牵出去杀了，又认为大象有“不事二主”之志。第二天，他让人制作了两块木牌，一块写着“危不如象”，一块写着“素不如象”，挂在危素两肩上，以示羞辱。御史们也跟着起哄，弹劾危素是亡国之臣，不宜留在皇帝左右，朱元璋遂把危素发到和州，去给为元朝尽忠而死的余阙守庙，危素不久就郁闷而死。
危素是因为归顺了新朝而有罪，可不肯归顺的，也要受到惩罚。无锡有一位叫钱仲益的人，读书过目成诵，16岁时就考中举人，曾做过元朝的杭州路录事。明朝建立后，朱元璋几次派人征召，他都不肯出来。朱元璋让人把他锁拿进京，将他的右手钉在木板上造成终生残疾。名儒戴良在朱元璋攻取浙东时，曾被征聘授官，但他不久就溜走了。明朝建立后，他一直隐姓埋名，但还是被人访到，征召到南京，授以官职。他以老病为由，不肯接受，后又寻机溜走。朱元璋对这位大名士不再客气，派武士访拿，捉到后用铁丝穿入锁骨，牵回南京，这位七十六岁的老翁不堪折磨，痛楚而死。江西贵溪儒士夏伯启叔侄二人，为了表示不仕的决心，各自剁去左手大拇指，朱元璋认为他们这样做是对自己“反元为君，意有不然”，下令将二人枭令处死，抄没家产。苏州儒士姚叔闰、王谔不肯奉诏人京做官，朱元璋也予以枭令抄家的处罚。朱元璋还宣布：“寰中士夫不为君用，是外其教者，诛其身而没其家，不为之过。”
朱元璋为了控制思想言论，还大搞文字狱。各地奏进的表笺，本来都是例行公文，里面堆满了歌功颂德的辞藻，可朱元璋偏偏鸡蛋里头挑骨头。如浙江府学教授林元亮为海门卫宫所作《谢增俸表》中有“作则重宪”句，北平府学训导赵伯宁为都司所作《贺万寿表》和《贺冬至表》中有“圣德作则”句，这本是吹捧朱元璋“以身作则”的好话，可朱元璋偏把“作则”读成“作贼”，说这些人是骂他作过贼。常州府学训导蒋镇为知府所作《正旦贺表》中有“睿性生知句，吹捧朱元璋是”生而知之“的圣人，可朱元璋偏把”生知“读作”僧知，说这是讽刺他当过和尚。
怀庆府学训导吕睿为本府所作《谢赐马表》中有“遥瞻帝扉”句，是表达对皇帝的感激依恋之情，可朱元璋偏把“帝扉”读作“帝非”，说这是讽刺他老犯错误。尉氏县教谕许元为本府所作《万寿贺表》中有“体乾法坤，藻饰太平”，句，是吹捧朱元璋取法天地，把天下治理得太平美好，可朱元璋偏把“法坤”读作“发髡”，把“藻饰”读作“早失”，说这是讽刺他剃光过头发，并诅咒明朝早早灭亡。像这样的事情，当时发生过许多起。这些表笺的作者，都被朱元璋杀了头，有时还被处以腰斩的酷刑，真是千古奇冤！
朱元璋厉行文化专制，使明朝的思想界、文化界陷入沉闷、僵化的境地。以文学为例，洪武初年，一批由元人明的文人活跃于文坛，他们“各抒心得，隽皆名篇，自在流出”，维持了文学的繁荣。但没多久，在朱元璋严酷的文化专制政策下，这些文人便遭到致命摧残，很少有人幸免，文学领域一时间变得暗淡无光，极度寂廖、平庸、乏味，与元末战乱时依然红红火火的文坛景观相比，真使人有“流水落花春去也，天上人间”之叹。
