国民党中央改造委员会下设一处、七组、五会。“一处”是指中央改造委员会秘书处，由张其昀任秘书长，周宏涛任副秘书长。“七组”分别是：第一组，掌理“自由地区”及大陆地区各级党部或秘密工作之组织，与党员之训练及指导其活动；第二组，掌理产业、职业等团队，知识青年及其他特种党部之组织，与党员之训练及指导其活动，并负有关民众运动指导之责；第三组，掌理海外党部之组织；第四组，掌理宣传工作之指导、设计，党义理论之阐扬，及对文化运动之策划；第五组，掌理民意机构与政府党员之组织与政治活动，及对各“反共抗俄”民主政党联络之有关事宜；第六组，掌理对社会、经济、政治等动态有关资料之搜集、整理、研究，与对敌斗争之策划；第七组，掌理党营事业之管理，及党员经济生活之辅导。蒋介石任命陈雪屏、谷正纲、郑彦棻、曾虚白、袁守谦、唐纵、郭澄依次为各组组长。“五会”是指干部训练委员会、纪律委员会、财务委员会、党史委员会和设计委员会。其中，最重要的干部训练委员会，由蒋经国出任主任。
国民党的改造大致分为三个阶段：第一阶段，1949年1月至1950年7月，筹备阶段；第二阶段，1950年8月至1952年4月，改造运动全面展开的阶段；第三阶段，1952年5月至10月，改造运动完成阶段。就内容而言，国民党的改造其实可以分为组织整顿和思想改造两方面。
组织整顿就是对旧有党员的考核与淘汰，重新进行党员登记，健全党组织。中央改造委员会成立不久，就积极地进行原有党员的整编工作，并提出：
本党今日对于原有党员之处理，实为一最重要之工作，原有党员一般不良现象，一为脱离组织，一为腐恶分子尚未清除，此种现象一日存在，本党阵容一日不能加强。目前最重要之工作，必须使脱离组织之党员，一律加入组织，纳入组织后，按照规定，加以整肃。
为此，中央改造委员会陆续通过了《党员归队实施办法》和《原有党员整肃办法》。党员归队办法规定：凡脱离组织之党员，未参加此次党员归队登记者，一律撤销其党籍；党员登记日期为20天，不得展延；各主办单位于登记结束后，15日内将报到党员纳入组织。
1951年1月4日，党员归队登记工作正式开始，至23日结束时，共有2万余人响应。蒋介石在日记中说：“党员归队如期结束，补行登记者只1万余人，总共既有在台党员为9万余名。”
重新登记后的党员，一律纳入党的基层组织小组，每一党员必须参加小组，然后其党籍方为有效。这些小组有乡村小组、工人小组、青年小组、机关小组、城镇小组、山地小组等共3万余个。党小组每两个星期召开一次全体党员会，进行思想学习，总结工作情况。对于不愿重新登记归队的党员一律撤销党籍。
党员重新登记后，中央改造委员会便开始实施整肃工作，并强调：“不仅在于清查甄核，将党员纳入组织，尤在于去腐生新，恢复本党革命精神，故应属于组织范围，为政治性的、非常的整肃。”“党员与干部均应透过组织，由下而上整肃之，但干部得由上而下先行整肃”，凡有“叛国通敌”、“跨党变节”、“毁纪反党”、“贪污渎职”、“生活腐化，劣迹显著”、“放弃职守，不负责任”、“信仰动摇，工作废弛”、“不正当经营，以谋取暴利为目的”等行为之一者，即为整肃清理对象。
通过党员的重新登记与整肃，国民党在台湾逐步建立了各级党组织，一定程度上增强了国民党的向心力，对振奋士气也起了一定作用，并巩固了国民党在台湾的统治。
为扩充党员数量，改变党员构成，加强国民党在台湾的社会基础，国民党在整顿的同时，加大了发展新党员的力度，尤其是吸收台湾籍青年，以期为国民党输入新鲜血液。1950年10月18日，中央改造委员会通过了《征求新党员办法》，规定“在18岁以上，无分性别、职业，凡信奉三民主义及本党政纲、政策，与遵守党章者，均得依照规定，申请加入本党”。办法还明确规定吸收新党员必须符合下列标准：一、愿为反共抗俄而坚决奋斗者。二、有刻苦耐劳之生活习惯者。三、能深入社会为民众服务者。四、工作努力能起到模范作用者。
符合上述要求的优秀分子，应极力争取吸收其入党，每一小组至少吸收优秀党员一人。经过改造，国民党党员人数比迁台之初有所扩大。据统计，至1952年8月，国民党党员总数达到282959人，比改造之初增加50%以上。特别值得注意的是，党员结构有很大变化，农工分子、青年知识分子增加较多，在所有党员中农工分子占49.31%，高中以上知识分子占29.77%，25岁以下青年占35.29%。
为了真正改造国民党，蒋介石强调要重视在思想上对党员进行改造。1949年7月，国民党中常会第204次会议讨论《本党改造案》时，蒋介石就表示：“事务性之党部整顿、形式上之党员登记，皆不足以振废起衰，必须对党的思想路线、社会基础、组织原则、领导方法以及党的作风，从根本上痛切反省，严厉检讨。”
为此，国民党在进行组织整肃的同时，在思想上对党员进行了改造。主要体现在以下两方面：
一是建立反共思想体系。蒋介石不断要求建立“反共抗俄”为中心的革命理论，以指导长期的反共斗争，并作为党务改造的基础。1950年8月，即中央改造委员会成立后不久，蒋介石就要求：“在本党改造时期，我们一定要确定思想路线，澄清党内分歧混乱的观念，指导党的政策和工作方向。……今日反共抗俄战争，乃是科学的战争，同时也是文化的战争。”蒋介石认为建立反共抗俄的理论基础，是当时的当务之急。为此，国民党一方面加紧反共宣传和对思想言论的控制，操纵各种宣传机器，利用报纸、电台、文艺、歌曲、电影、戏剧等各种手段，宣扬蒋介石是“伟大的领袖和救星”，鼓动人们为把台湾建设成“反共复国基地”。另一方面，建立新的反共理论，蒋介石先后发表了《反共抗俄基本论》、《解决共产主义思想与方法的根本问题》和《苏俄在中国》等四本小册子。
二是加大对党员进行组训的力度，强化对党员的思想控制。党员的组训，是由中央改造委员会干部训练委员会负责，并规定：“对于国民党内高级及中级干部，由革命实践研究院训练；基层干部则在各重要地区举行巡回训练，力求普遍与深入。”
早在1949年10月，蒋介石就在台北草山创办了“革命实践研究院”，有计划地调训军中、党内高级领导干部，希望能消除高级干部心中的失败主义心理，重振革命精神，重整干部阵容，重建革命大业。革命实践研究院初期的对象主要以军队中的领导干部为主，国民党改造开始以后，扩大到各级党政高级干部。至1952年10月，革命实践研究院先后举办了20期训练，训练党政军高级干部3000余人。蒋介石对革命实践研究院的训练非常重视，自己兼任院长，不在院内时由主任负责代理。蒋介石对于每一期一定要做的事，即一定亲自主持开学典礼与毕业典礼，一定找时间和学员进行个别谈话。蒋经国则以中央改造委员会及干部训练委员会主任的身份，经常前往发表演讲，对学员进行考核督导，以作为日后晋用参考。
巡回训练主要针对各地基层干部。改造期间，巡回训练班先后训练基层干部1.2万余人，其中小组长8000余人，对于国民党中央与地方的联系沟通与交流、地方基层实力的巩固与舆情的收集而言，贡献甚大。
五中央常务委员
蒋介石和蒋经国所设想的国民党的改造，并不完全是一次单纯的思想整风运动，同时也是一次人事上的大调整和权力的再分配。
各级党组织的建立，不仅加强了党组织对党员的约束力，促进了领导层的新陈代谢，并使一批有才干的干部得到了提拔，而且使国民党的各级组织得到整顿，组织状况和工作作风比大陆时期有一定程度的改善。同时，蒋氏父子通过改造整顿了党内派系，不仅将一批异己人士排挤出政坛，而且以巩固蒋经国势力为核心，整顿了军统，打压了CC派，替换了财经系，虚悬了政学系，削弱了黄埔系，拉拢了团派，最终使得以陈诚和蒋经国为首的政治势力占了绝对优势，成为名符其实的实力派。当然，最重要的是进一步强化了蒋介石的独裁地位。
为总结国民党改造工作的经验，巩固改造工作的成果，按照改造案所规定的程序，国民党于1952年10月10日至20日在台北召开“七全大会”。这是国民党退台后开的第一次“全国代表大会”。
“七全大会”根据新通过的党章，将原中央执行委员会与中央监察委员会合二为一，成立中央委员会。10月18日，大会主席团依据国民党党章的有关规定提请蒋介石继续担任国民党总裁。会议根据蒋介石的提名，选举陈诚、蒋经国、张其昀、谷正纲、郑彦棻、吴国桢、陈雪屏、沈昌焕、袁守谦、张道藩等48人为中央委员及候补中央委员。48位国民党内有影响与有代表性的人物被选为中央评议委员。蒋介石在日记中说：“见中央委员当选名单，原有改造委员胡、曾、崔、连等委员皆未当选，但当选除黄朝琴稍差以外，其他皆颇年青有为或负责尽职之同志。结果总算完满。”
10月23日，国民党七届中央委员会举行第一次全会，选举陈诚、谷正纲、吴国桢、黄少谷、陈雪屏、袁守谦、陶希圣、蒋经国、倪文亚、张道藩等10人为中央常务委员。此届中常委，基本上是中央改造委员会的延伸，这些都是蒋介石的子弟兵及党务嫡系，大陆时期的旧有流派、异议领袖完全被扬弃，而形成了一个以蒋介石为领导中心，中央改造委员会为核心骨干的“新国民党”。正如蒋介石对“七全大会”的总结中所说：
第七届党员大会圆满完成，所有历来靠党为生之滓渣、凡腐化恶化分子，军阀如桂系，党阀如陈，财阀如孔、宋及孙科等，皆已彻底扫清。此一行动，自认为比任何军事政治改革为艰巨。以五百余之中委而减为四十八人之限额，若非不计亲疏恩怨，而有革命大无畏之精神，决不能致此也。
通过国民党的改造，蒋经国的势力得到空前发展，以致吴国桢在“七全大会”之前就认为：“这不是一个我能自由发表意见的会议。当我看见名单时，发现会议全由蒋经国的人控制着。”果然，10月18日，蒋经国和陈诚在国民党“七全大会”的中央委员选举中皆获得最高的175票，之后他们又一同进入中央常务委员会，跻身于国民党的最高权力核心。
11月1日，国民党第七届中央执行委员会与中央改造委员会举行交接典礼。至此，历时两年又三个月的国民党改造运动宣告结束。
