政工制度的建立，需要大批政工干部。而当时国民党迁台后，政工干部奇缺，尤其是缺乏政治素质过硬的政工干部。为了培养政工干部和提高政工干部的素质，适应政工业务发展的需要，蒋经国开始筹办政工干部的培训工作。为此，他向蒋介石建议：
（一）依建立军事教育制度会议之决定，将政工干部训练班，改为政工研究院，主办现任政工干部调训。
（二）现有少将以上政工干部，分期选送革命实践研究院训练。
（三）现有校尉政工干部，全部约一万一千人，拟分六期调政工研究院训练，每期召训一千五百人，每期训练时间六星期。
（四）现有尉级政工干部，政工研究院不能容纳者，拟选一部，分期调军官学校联合兵科学员班训练。
（五）今后军队基层政工干部之养成，由军官学校政工科办理之。
1950年3月，蒋经国开始将高级政工军官调至革命实践研究院受训。至1953年，研究院共举办25期，调训党、政、军高级干部5000余人，其中部队中的高级政工人员大致也在这一时期调训完毕。
为了培养中下级政工干部，蒋经国于4月在新竹设立了“国防部”政治干部训练班。班主任由台湾省保安副司令彭孟缉兼任，各大队大队长、副大队长均有少将军衔，学员达3821人。这批学员中有原陆大毕业者21人，中央军校1045人，中央干训团417人，战干团160人，各部队训练班1138人，专科以上学校146人；就军衔而言，上校学员277人，中校353人，少校694人，上尉约占1/3，中下尉约占1/3，很多曾任参谋长、团长、政工处长。学员毕业后被分发到各部队任职，从事政治工作，积极进行反共活动，而“政干班”也被台舆论界称为“政治、经济、军事性的反共堡垒”。
然而，由于所需政工人员太多，而政工人员的训练时间又太短，政工人员的素质无法提高。为此，蒋经国开始计划筹建政工干部学校。1950年9月，蒋经国令政治部第一组副组长、专门负责政工人员训练业务的王升草拟“政工干校”的建校计划，以把政工干部的培养、训练由短期、临时变为系统、正规，形成制度化。次年2月，成立了建校委员会，选台北北投的竞马场为政工干校的校址，并把竞马场改名为“复兴岗”，意为继续发扬重庆复兴关之精神。1952年11月，政工干部学校正式招生。
对于政工干校的筹建，蒋经国非常重视，每一项工作都亲自过问。凡是校内重要干部，皆由蒋经国亲自点选，大多为其亲信。如王升、周灵钧都是赣南时期就追随蒋经国的得力干部，周鸿经、施季言、管公度都曾在中央干校任职。校长一职则由蒋经国的好友，时任“国防部”总政治部副主任的胡伟克担任。
政工干校除了调训现职政工人员外，设有研究班、本科班、业科班，研究班和本科班用以招考大专毕业生，业科班分为新闻、美术、戏剧、音乐、体育，学制最初为一年半，1953年后改为二年制和四年制。蒋经国非常重视政工干校的教育，他在政工干校设有总政治部主任办公室，时常到政工干校主持升旗、训话。1952年，他对政工干校全体教职员说：
顾名思义，干校就是培养干部，不是培养普通的战斗人员，是要培养有领导能力的干部，一个干部至少出去要领导一百至一千的人。对于干部的要求，最近领袖在阳明山研究院十七期毕业时提出三个条件：一是思想，二是品德，三是党性，也就是斗志。我们培养干部，就是使他出去有思想有品德而且有斗志，不然，试问怎么能够带人。
他要求所有学员必须做到“绝对信仰三民主义，无条件地服从最高领袖，不保留的自我牺牲，极严格地执行命令”。可以说，对于前六期的学员，他几乎是亲身带训，与受训人员同甘共苦。他和每一位政工人员都握过手，他们的晋阶也都由他亲自批示。有人说，政工干校是中央干校的翻版，毫无差别。这种说法，的确有一定的道理。从政工干校毕业的刘宜良，后来在他写的《蒋经国传》一书中说：从政工干部学校组织体系去看，和重庆时代的中央干校，如一对孪生兄弟；跑马场改为复兴岗，和原来的“复兴关”，也只是一字之差。说得更远一点，两个干校，都脱不了莫斯科孙逸仙“大学”的幽灵。
到1957年，在国民党军队中有政工人员17139人，即每35人就有1人是政工人员。至1959年，政工干校共培养政工人员4万余人。
客观而言，政工干校的创设为国民党军队培养了为数众多的政工人员，使国民党军队的政工人员逐步专业化、制度化，一定程度上提高了政工人员的素质。同时，不少政工干校的毕业生被分配进了新闻、文化、出版、电影、表演等行业，为蒋经国控制和主导社会舆论培养了大批优秀的青年干部。可以说，政工干校成了蒋经国在台湾的黄埔。
