1月：
5日，甘肃马文禄回众攻破金县。
8日，伊犁清军镇压回众受挫，领队大臣托克托奈阵亡。清廷允许明绪请俄兵助剿回众。
9日，清军济木萨部对回众作战失利。
15日，清军陶茂林部收复金县。
24日，清军打败回众，伊犁解围。
29日，太平军余部赖文光于河南鲁山再败清军僧格林沁部，斩护军统领恒龄、副都统舒伦保。半月后，占领鲁山。
同日，清军占领西北静宁回民中心地区；回众攻占古城等处。
本月：清廷定私铸大钱之罪名。当时流通当五、当十、当五十大钱，以及铅钱、铁钱，私铸者甚众，虽处以严刑，不能制止。
朝廷下令：凡官票银一两，等于制钱二千；宝钞二千，等于白银一两，与大钱、制钱相辅流通于市面。
免浙江瑞安被扰地区欠赋及江苏太仓等州、厅、县，淮安等卫灾区额赋。
英国商人杜南特，于北京宣武门外修筑长仅一华里之铁路，为国内第一条铁路。
2月：
1日，清廷采纳曾国藩建议，调刘铭传军赴闽；调鲍超募川军赴甘肃镇压回众之反抗。
3日，巴里坤回众攻破木垒等处，清朝乌鲁木齐提督文祺战死。
10日，台湾会众被镇压。
22日，西北回众进攻齐木萨。
23日，黔省回众进占定番，继占黔西，次日进抵永昌。
27日，四川酉阳乡民众在农民刘胜超率领下捣毁法国教堂公信堂。法国传教士邓司铎于1862年抵酉阳传教修教堂。同时利用地痞流氓组建教民武装，强征租税，扰害乡民，以后又有法国教士李国到酉阳，利用流氓为打手，横行乡里，杀人掠财。甚而迫人入教，引起公愤。有何姓乡民拒绝入教，先遭毒打。后则全家二十余口尽被杀光，何妻被轮奸至死。何大发到县衙告状，县官不敢过问。广大民众，怒不可遏，于本日，捣毁法国教堂。
3月：
2日，清廷以蒙古兵援助西北古城，镇压回众，但出师不利。
3日，陕军于醴泉击败回众；清廷命胡中和总统军务进击之。
14日，贵州参将曹元兴起兵反清被杀。
28日，清廷一味讨好列强，以田兴恕杀教民事，遣戍新疆。
本月贵州会众、苗众攻破大定、吉州。朝廷允铸当百、当五百、当干大钱。以直隶等省有雹灾之异下诏修省。
4月：
1日，陶茂林平定郭家驿等回众。
3日，凉州回众起事，清军镇压。
5日，塔城回众起事。
7日，巴里坤领队大臣色普诗新，兵援古城，接战不利，阵亡。
10日，（清）甘军击败古浪平番回部众。
19日，因沈葆桢丁母忧（丧母），诏夺情（不准守丧），命其代理江西巡抚。
21日，西宁回众复起，攻破大通。
25日，肃州回众占据嘉峪关，围困州城，抚彝回众亦同时起事。
27日，彭玉麟疏辞漕运总督，专办水师。清廷许可。以吴棠为漕运总督，并办理清、淮防务。
30日，回众再占古城，领队大臣惠庆阵亡。
本月，开始铸铁制钱、铁当十大钱。
本月初（1日）西太后与恭亲王奕议政，西太后指责恭亲王尽用汉人。恭亲王认为应当重用汉人，力持己见。西太后怒谓：大清天下不要了，尽给汉人算了。你事事与我为难，我革你之职。恭亲王反诘曰：臣是先皇第六子，你能革我职，但不能革掉我皇子之位。恭亲王久跪忽起，西太后则大呼奕要打他，太监应声赶走奕。
次日，西太后亲书诏书，指责奕（恭亲王）“骄盈溺职，召对不检”，罢值军机、议政王二职。
数日后，从诸王公大臣之请，命恭亲王奕，毋庸在军机处议政，仍在内廷行走。旋应王公大臣之请，命恭亲王奕仍在军机大臣上行走，但无复议政。
本月下旬，翰林院编修蔡寿祺（江西德化人，道光二十年二甲进士）上疏两宫太后，弹劾恭亲王奕贪墨、骄盈、揽权、徇私四罪，请求议政王奕归政朝廷，退居藩邸，别择懿亲王议政。疏上，两宫震怒，于4月29日，召集诸大臣，面谕谓：恭亲王“植党擅政，渐不能堪，欲重治王罪，宜速议”。诸臣惶恐，不敢应对。西太后复谕诸臣，应念先帝之恩，不可畏惧，恭亲王罪不可恕，应速议罪。大学士周祖培对曰：此惟两宫决断，非臣等所敢知。西太后坚令其查办。周即请会同大学士倭仁共同查办。周祖培与倭仁于内阁讯问蔡寿祺。蔡日此四大罪状，均为风闻。初七日，倭仁呈上奏章，谓蔡之奏折，并无实据，继之又言：“如果平日律己谨敬，何至屡招物议；阅原折内贪墨、骄盈、揽权、徇私各款，虽不能指出实据，恐未必尽出无因……应如何将恭亲王裁减事权……恭候宸（两宫）断”。
西太后即将亲书朱谕发下内阁（不经军机处），全撤恭亲王一切公职，不准干预公事。此谕（字迹不整，且有错不少）以小皇帝名义发下：“朕奉两宫皇太后懿旨，本月初五日，据蔡寿祺奏，恭亲王办事徇情、贪墨、骄盈、揽权，多招物议，种种情形等弊。似此重情，何以能办公事，查办虽无实据，事出有因，究属暖昧之事，难以悬揣。恭亲王从议政以来，妄自尊大，诸多狂傲，依仗爵高权重，目无君上，看朕冲龄，诸多挟制，往往暗使离间，不可细问；每召见，趾高气扬，言语之间，许多取巧，满口中胡言乱道。似此情形，以后何以能办国事？若不及早宣示，朕为政之时，何以能用人行政？似此种种重大情形，姑免深究，方知朕宽大之恩。恭亲王著毋庸在军机处议政，革去一切差使，不准干预公事。方是朕保全之至意。特谕。”
但此谕下后，诸王、大臣均前去讲情，5月初，惇亲王奕誴上折申辩，谓恭亲王执政以来并无劣迹，而被参各款又查无实据，若遽行罢斥，恐怕中外议论纷然，于用人行政，关系非浅。请太后、皇上格外施恩，召王公大臣集议请旨施行。西太后又召集各王公大臣再议，以悖亲王折与蔡折一并发下研究。但因意见不一，未果，醇亲王奕亦为恭亲王辩解，其他有关大臣见此亦上折说情。两宫太后又准恭亲王仍在内廷行走，并仍管理各国事务衙门，罢去议政王衔和军机大臣职，继之恭亲王于两宫太后面前伏地痛哭，表示悔过。至5月7日，两宫太后又恢复其军机大臣职。只有议政王衔，仍未恢复。两宫太后以小胜而收兵。
5月：
7日，甘州回众攻占永固堡。
15日，福建太平军残部侍王李世贤部失陷漳州，旋分路进入广东境内。
21日，赐崇绮等二百六十五人进士及第、出身、同出身。
24日，清廷命曾国藩督师会同僧格林沁对山东捻军南北合攻。
25日，僧格林沁、大学士金顺、总兵何建鳌等于菏泽南吴家店被捻军击毙。同治得知，辍朝三日，僧王谥忠，配祀太庙。
26日，陶茂林军溃败，回众围困安定，兰州戒严。
28日，命曾国藩节制直、鲁、豫三省军事防务。
本月：太平天国侍王李世贤于漳州反击左宗棠湘军与清军。此时仍有法兵携带开花炮助湘军作战。侍王军失利，有三千人阵亡。漳北，则有洋枪队助王德榜湘军作战，以劈山炮轰击，侍王军又失利。5月，湘军郭松林部于漳南攻击侍王军。此时侍王军人数大减，接连失利，5月中旬，漳州失陷。侍王军损失万余人。被俘者三千人。侍王自漳州西门退出，败走西南。8月，太平军康王诱杀侍王。1866年初，康王亦战死。继之偕王阵亡。南方太平军不复存在。
李世贤（1833～1865），忠王李秀成族弟，1851年，随忠王参加太平军，勇敢果断。1858年，升任左军主将。随忠王攻破清军江南大营，晋封侍王。1865年6月至广东镇平投奔康王汪海洋，被汪于夜间刺杀。
汪海洋（？～1866年），太平天国康王。初于翼王石达开麾下作战。1857年曾随翼王出走。后中途返回，改隶忠王李秀成麾下。汪英勇善战，经常大败湘军、粤军，攻城复地，无人可当，是天国后期之骁将，战绩卓著。惟个人野心亦大，在闽南时期，不能和衷共济，不与侍王合作，影响全部战局。后竟以侍王孤身投奔而谋杀之。
江浙水灾，居民淹死者十万人。
6月：
11日，马文禄率回众攻占肃州。
7月：
2日，减杭、嘉、湘属漕米二十六万石。
14日，鄂尔多斯蒙兵将花马池回众击退。黔省会众攻破绥阳。
23日，增设安徽安、庐、滁、和道；改凤、庐、颍道为凤、颍、六、泗道，仍兼凤阳关监督；命潘鼎新部驻济宁防堵捻军。
25日，太平军山东余部西撤到河南省境。先是太平军攻克高集，猛攻雉河集清军兵营，清廷命曾国藩为钦差大臣，北上与太平军交战，同时命直隶总督刘长佑守大明，三口通商大臣崇厚率洋枪队守东昌（聊城），阻太平军北进。太平军因曾国藩调淮军来救急，遂撤围退至河南。
甘肃团勇收复嘉峪关；命杨岳斌驻兰州，镇压安西、玉门各处“回乱”。
8月：
1日，塔尔巴哈台回众诱杀参赞锡霖等；清廷调武隆额为参赞大臣。以额腾额为叶尔羌参赞大臣。
4日，以载华办工程贪污罪夺其贝子位。
7日，命曾国荃为山西巡抚；黔省会众再次攻破天柱，进击湖南。
10日，岷州回众起事，杀知州曾启等，复进击洮州。
13日，清朝援黔川军收复正安。
15日，新疆回众攻破奇台、哈密；哈密办事大臣札克当阿阵亡；文麟退守巴里坤；命陕甘总督杨岳斌进击肃州回众。
22日，回众攻破巴燕岱，伊犁领队大臣穆克登额等阵亡。清军旋收复库伦、喀喇、乌苏。命布尔和德代理领队大臣，援助塔城；雷正绾各军攻击金积堡失败，退守韦州。
25日，武隆额平定礼拜寺“回乱”。
31日，命董恂、崇厚为对外办理通商事务全权大臣。
9月：
9日，御史蔡寿祺因参奏奕新专权，以“妄言”罢职。
16日，奉天“马贼”，进击遵化、蓟州。朝廷将盛京将军玉明免职，以恩合代理盛京将军。与荷兰国换约。
17日，清廷下谕给法国传教士，禁止其干预中国军事。
20日，经李鸿章奏请，江南机器制造总局成立，并附设译书局。此后中国大开译书之风，至光绪年间，只广学会一家即译五百种之多。外人所办学校有学生一万六千人。此对中、西文化交流与中国人思想之逐渐开化起到重大启动作用。
30日，回众进攻巴里坤，讷尔济将其击退。文麟于奎苏对回众作战失败。
10月：
1日，清廷命崇厚代理四川总督，接替骆秉章。
同日，朝廷严谕麟兴亲自勘察中俄边界，并于新疆唐努乌良海设立界碑。
2日，清廷命左宗棠驻粤，节制赣、粤、闽三省军队，对太平军康王部进行围攻。
3日，命曾国藩进驻许州，会攻河南捻军。
20日，清廷命崇厚查办四川酉阳教案。四川酉阳民众于2月份捣毁法国教堂（见本年2月27日记事）后，8月份，又有法国教士马庇乐与土家头人口角，盛气凌人，被打死于城隍庙。教案发生后，法国公使照会清政府，强迫从速办理酉阳教案，并扬言派兵入川。清政府立即将该地知府、知州撤职查办，逮捕刘胜超、冉从之，并将冉从之处死。其当事人，则充军监禁。还赔偿白银八万两。酉阳知州吴圻则多次到教堂道歉不迭。
此后，法国教士更加横行乡里，肆无忌惮。
26日，清廷允准招商办理云南铜矿矿务。
11月：
2日，雷正绾之部将胡大贵、雷恒叛清。马化龙与胡大贵等分攻陕西。清廷授张之万东河河道总督。
3日，江北太平军转入江苏丰且，分路直扑徐州，攻入铜山县辛家寨，前锋离徐州六十里，此时曾国藩正驻徐州。急调各军回救。
10日，葬文宗（咸丰）于直隶易县之定陵。
15日，罢甘肃提督陶茂林职，以曹克忠继任。左宗棠辞节制三省军务。清廷不允。
19日，议定与比利时国通商条约。
20日，命徐继畲以三品京堂在总理各国事务衙门行走。
26日，裁减浙江漕米、南米之浮收（额外的征收）。
12月：
7日，命刘蓉代理陕西巡抚。
8日，英国汇丰银行成立于上海。
10日，“马贼”进逼奉天，清军作战失败。
16日，清廷诏命福兴统领吉黑马队及神机营前往镇压“马贼”。
22日，减征苏、松、常、镇、太仓米豆五十四万石有余。
本年，金陵机器制造局成立。皖南大饥，人相食，人肉一斤至价一百二十文，江苏句容、溧阳、溧水亦复如此。清廷允英人筑铁路于上海江湾，长十里，此为国内第二条铁路。免四川松番、湖南茶陵等厅、州、县被扰地区欠赋。
