1月：
2日，越南王疏请会剿越南境河阳、兴化、山西、宣光边地诸匪，清廷指示刘长佑、冯子材议奏此事。
4日，法国军队进攻越南政府，攻破河内；“越匪”则攻扰北宁。越南向清廷求援，同治谕令瑞麟自钦州率军出关，会同桂军支援越南，剿平“越匪”。
12日，岑毓英奏请整顿吏治、营伍；并请撤消团勇，停收勇捐，自云南开始。同治嘉许之。
13日，疏浚运河工程开工。
15日，成禄论斩。乌鲁木齐提督成禄，诬民为盗，击杀多人，被左宗棠弹劾。御史吴可读（甘肃皋兰人，道光三十年进士），则请斩成禄，以谢甘民。但语过激烈，因以刺听（探）朝政之过，降调。光绪元年，复起用为吏部主事。
31日，因磨勘（复核）顺天举人徐景春试卷荒谬，对考官尚全庆、都御史胡家玉等，分别给予降黜处分。
2月：
8日，赏已故提督刘松山一等轻车都尉。
17日，停筵宴。
26日，湘军攻剿古州，“苗乱”平定之。
28日，以法国军队进攻越南，越匪攻扰山西（越南地名），进逼中国云南省境，清廷命岑毓英部署边防；同日，明令禁止京师私铸钱币。
29日，同治奉两宫太后谒西陵。
3月：
15日，法国、越南第二次西贡条约签订，该条约使越南成为法国之保护国。
27日，日本政府海军官员窜至台湾，于琅桥、柴城地区进行“调查”。
4月：
4日，日本政府又任命陆军中将西乡从道为“台湾事务总督”，任命参议官大隈重信为“台湾事务局长”。并派兵三千，准备侵占台湾，以长崎为侵台基地。此时，美国政府则支持日本侵华恶行，以巨轮供日本政府运输军队与军用物资；并为日本训练军事人员。
19日，命宝望为协办大学士。
22日，修浙江海宁石塘。
5月：
3日，上海民众示威反对法国人在四明公所（宁波同乡会会馆）公墓内筑路，示威民众被枪杀七人，受伤十二人，引起公愤。法国租界暂停于四明公墓内筑路。
14日，日本兵舰停泊厦门，清廷谕沈葆桢统兵轮前往，相机办理；命李鸿章与秘鲁公使会议华工事宜。
16日，日本政府发动了侵华战争。首于台湾琅桥登陆。登陆后，即分军进犯竹社、枫港、石门、牡丹社等地，肆行烧杀抢掠，形同贼盗。当地民众，则奋起反抗，于牡丹社、石门二处重创日本强盗。日本侵华军被迫退守龟山，于此建立“总督府”，实行军事强占。此一消息传至大陆后，舆论哗然，群情激愤。清政府则由总理衙门出面，抗议日军侵占台湾丑行；同时派兵加强台湾全面防御，反击日军。经半年时间对峙，日军接连失利。于此状态下，美国政府由支持日军转而拒绝支持，日本政府见无力抢夺台湾，即转而进行外交讹诈，威逼清政府承认台湾是无主土地。本年8月，日本政府派驻华公使柳原前光和清政府谈判。柳原竟指鹿为马，否认清政府对台湾的主权，并谬称台湾为无主野蛮之地。然后进行炮舰恫吓，谎谓日军侵占台湾，是奉诏惩办，并扬言决不停止军事行动。
9月10日，日本政府又派参议兼内务卿大久保利通为特使来华。大久保对总理衙门谈话时，亦否认清政府对台湾拥有主权，并限定时间，逼清政府提出解决台湾问题之办法，否则诉诸战争。总理衙门对此未予理会。大久保又要求清政府赔偿军费，作为退兵条件，但因索价过高，总理衙门予以拒绝。大久保又以断绝两国关系要挟。
10月25日，大久保令随员先行离京返国，并通告英国公使知之。英国公使威妥玛，恐中日断交，发生战事，危及英国在华利益，出面“调停”，向清政府施压，促清政府赔款，换取日本撤军。在英法美三国公使偏袒日本之调停下，清政府只得又拿出白银五十万两，赔给日本政府。10月，清政府总理衙门总理大臣恭亲王奕与日本内务卿大久保签订《北京专条》。该条约本文共三条：（一）清政府承认“台湾生番将日本国属民妄为加害……日本国此次所办，原为保民义举（实是指鹿为马），中国不得以为不是”。（二）对前次遇害难民（指琉球渔民）之家，中国定给抚恤银两。日本侵台时期所修建道、房中国留为自用，先行议定赔补银两。——此即五十万两白银之赔款。（三）对台湾生番“清政府应妥为约束”，以保以后不再发生类似事件。《会议凭单》部分规定五十万两白银，于12月20日，日本退兵时全部付清。
20日，同治于瀛台紫光阁接见俄国使臣布策等。
本月。云南回民义军乌索寨陷落，李国纶退守云峰山，复突围而出，潜伏黑山门，为敌人刺杀，此一支云南回民起义军失败。
6月：
3日，清廷命额勒和布为乌里雅苏台将军，庆春为察哈尔都统，托伦布为科布多参赞大臣。
9日，赐陆润庠等三百三十七人进士及第、出身、同出身。
14日，以越南和法国签订和约，清廷命边将安置内迁难民。
7月：
10日，日本兵舰游弋福建沿海各海口，日本使臣柳原前光与总署大臣（总署总理大臣一，总署大臣多员，辅佐总理大臣办理总署外交）会商此次台湾兵事。
17日，同治命军机处：以总兵孙开华，接办厦门防务。
21日，朝廷命杨岳斌、曾国荃、阎敬铭、赵德辙、丁日昌、鲍超、蒋益澧、郭嵩焘来京，商决对日要政。
25日，李鸿章奏请以徐州唐定奎总兵军渡海赴台湾。朝廷允之。
27日，命户部节制不急之需，豫筹海防经费，谕沈葆桢部署南、北路防务。沈葆桢（1820～1879），进士出身，1856年任九江知府。随曾国藩对太平军作战，管理营务。1862年升作江西巡抚，在任时以嗜杀闻名。1867年任福建船政大臣，曾派留学生赴英、法、美等国学习海军。1875年升任两江总督兼南洋大臣，与李鸿章联合办洋务，开办招商局。遗著有《沈文肃公遗书》。
8月：
8日，朝廷命翁同龢仍值弘德殿。
18日，李鹤年奏请闽省选立陆路练军。朝廷准奏。
23日，命左宗棠为大学士，仍留任陕甘总督。命景廉为钦差大臣，督办新疆军务，任命金顺帮办军务。
31日，比国公使谢恩施于紫光阁觐见（受同治帝接见）。
9月：
4日，内务府大臣贵宝等任郎中时，与知府李光昭呈报木植欺罔案发。李光昭承办洋木，以五万元之木价，捏报三十万两，并且因交割不清，与法国商人构讼。朝廷命李鸿章究办并上报。并谕令革李光昭职；与李通同诈弊之内务府前后任大臣崇纶、明善、春佑、贵宝及笔帖式成麟等，均革职，旋定李光昭为斩监候，停止圆明园工程。
9月28日，李光昭论斩。
同治令酌情修理三海（北京城内皇家花园）。
5日，清廷允福建军饷借用洋款二百万，由海关税分年抵还。
10日，同治谕责恭亲王奕召对失仪，夺亲王世袭，降为郡王，仍为军机大臣，并革其子澄贝勒郡王衔。
11日，懿旨（太后旨）：恢复恭亲王奕世袭及载澄爵衔，训勉之。同治令修葺三海（中南海、北海、什刹海）工程，办求节省。
26日，河南发生蝗灾。
10月：
5日，命左宗棠督办西征粮台转运事宜，以内阁学士袁保恒为帮办；诏令各省酌裁厘局，禁种罂粟。
11日，同治至晾鹰台，阅神机营兵。次日阅诸王、大臣、侍卫射术。
17日，两广总督瑞麟卒，清廷命英翰为两广总督。
20日，日本续遣大久保利通，来京与总理各国事务衙门（总署）之王、大臣讨论台湾番社兵事。
31日，总署王、大臣与日本使臣大久保利通达成协议。给日本“难民”恤金及台湾军费共五十万两，12月21日日本自台湾退兵。（见本年5月记事。）
11月：
5日，同治命李鸿章等，于总署陈奏海防、练兵、造船、筹饷、用人、持久诸事，详加论述并上报。
10日，慈禧太后四旬寿辰。复刘铭传提督职。
18日，同治致贺礼，赏废员职衔，免王公文武官处分，其余进叙不等。
12月：
8日，同治身体不适，命李鸿藻代阅奏章。
13日，命恭亲王代缮批答满文折件。
18日，同治命内外奏牍呈给两宫太后；命宝望为大学士。
22日，命醇亲王奕代颁部帑（库银）一百五十万两，修筑石庄户堤工。
23日，同治以两宫调护康吉（由于太后调护而病愈），崇上徽号；诏刑部及各省：罪犯分别减等。
29日，朝廷允河南省办练军（以西法操练之军）。
本年，朝廷因讨论海防筹饷之事，李鸿章等提出放弃新疆加强海防之论，引起海防与疆防之争。李鸿章认为：新疆为中国之肢体，而海防则是中国之心腹；放弃新疆为肢体之小患，如海防不坚，则为中国心腹大患。又谓近来财政困窘，人所共知，欲图振作，必统天下全局，通盘合筹，方为上策。并引用曾国藩前有暂弃关外（玉门关外），专靖关内之议，并称赞此议为“老成谋国之见”。李鸿章还认为新疆为一无用之地，劳师费饷，争之不值，且亦无把握。
左宗棠则慷慨陈词，予以驳斥曰：自古以来，中国边患，西北恒剧于东南。盖东南以大海为界，形格势禁，易于为功，西北则广漠无垠，难于防守。周、秦至今，惟汉、唐得为中策，及其衰也，举边要而捐之，国势遂日益不振。我朝定鼎燕都，自新疆至于张家口，皆分屯列戍，守卫森严，边疆安然。是故重新疆者，所以保蒙古，保蒙古者，所以卫京师；若新疆不守，则蒙古不安，蒙古危，则燕北关山，亦无安眠之日，况俄国拓境日广。由西而东万余里，与我北境相连，只有一蒙古地段为屏障之用，殊为堪忧，万不可不事先筹谋也。
至于欧美各国，其挟以谋我者，在通商取利，并无灭亡中国或占据国土之奸谋。而若对新疆不予收复，自撤藩篱，则我退寸，而寇进尺，必有日失百里之势。停兵节饷，于海防未必有益，于边塞则大有所妨。利害判然，宜熟思慎虑。朝廷遂纳左宗棠之议，决定借款派兵，收复新疆。
同治朝财政恶化。
同治初年，岁入为六千余万两，其中海关岁收一千二百万两，常关收入二百万两，厘金一千五百万两，地丁盐课等共三千万两。而岁出为七千万两。岁出新增项目为长江水师、福建船厂、防军（由团练编练而成）协饷、海防建设、神机营等。仍亏欠一千余万两，于是开借外债补之。同治四年，借英商一百四十余万镑，二十年偿清。同治六年，借外商银一百万两，六个月偿清。同治十三年，因台湾用兵借洋款二百万两，十年偿清。而欠发各防军协饷，尚在数千万两之数，由光绪朝补之。
