2月：
9日，清廷免直隶光绪十三年以前灶课（盐税）。
15日，光绪特谕：本年万寿节（光绪二十岁生日）不行告祭，停止升殿贺礼；免各省文武大员来京祝寿。
3月：
4日，张曜奏称：统核山东河工所费，共银二百八十八万两有余。光绪命有关部门筹给。
8日，驻藏帮办大臣升泰，与英国驻印总督兰士丹在孟加腊城议订《藏印条约》八款。英国曾急欲北侵西藏而吞并之，并先收哲孟雄、不丹、廓尔喀三国为保护国。西藏番兵于光绪十四年（1888年）派兵入哲孟雄，筑堡于隆吐，严阻英国商旅通过。英国准备出兵攻击。清廷总理各国事务衙门闻此，即与英国驻华公使威妥玛议订条约，阻止英军入藏。清廷亦饬令藏人速撤隆吐寨卡。驻藏大臣文硕上疏抗争，谓该处为藏地，不可撤兵。清廷斥文硕迂谬，撤其职，令还京，以升泰代其职。旋英军侵入哲孟雄。攻毁隆吐卡房，藏兵退还。9月藏兵复与英兵开战，藏兵失败。咱利、亚东、朗热等隘，同时失去。升泰即时派员赴边，阻止英军，同时勒令藏军解散，与英国官员保尔会谈边界条约。清总理衙门，亦派总税务司前往帮办，本日（1890年3月8日），条约八款成立。其主要内容是：（一）承认哲孟雄为英国保护国。（二）划定藏哲分界：以自布坦交界处之支莫挚山起，至廓尔哈边界止，哲属地为梯斯塔及近山南流诸小河；藏属地为莫竹及近山北流诸小河，以山项为界。（三）关于通商、游牧诸事，另行派员议定。
11日，清当局杀台湾内社番反清酋长有敏等。
19日，三湘枪炮厂创办。
21日，赈桂林各属火灾。
24日，湖北织布局设立。
28日，清廷命左太仆寺少卿张荫桓在总理各国事务衙门行走。
本月，免榆林等州县光绪十三年欠赋；除去东川受灾官田税粮，免直隶文安、静海、霸州淀泊欠租，及伯都讷地课。
4月：
13日，曾纪泽卒。光绪命李鸿章整顿北洋水陆军；定安等负责训练东三省兵。
19日，懿旨：刘铭传帮办海军事务。青海西宁地震，清廷予以抚恤。
5月：
10日，以光绪皇帝将二十岁，颁诏天下，对官员节妇、老年人或升级或赏赐不等。
14日，疏浚余杭南湖。
同日，以瞻对番目撒拉拥珠与巴宗喇嘛联结野番作乱，清廷命官军剿平之。
21日，前兵部尚书彭玉麟卒。谥“刚直”。彭玉麟（1816～1890），湖南衡阳人，历任巡抚、兵部侍郎、兵部尚书，为湘军镇压太平军主将之一。彭待部下如布衣昆弟，而纪律极严。巡阅长江水师时，罢营、哨官一百八十二人，江湖肃然。将佐畏之如神；地主有司亦望风震慑；民间不轨之徒亦甚畏之。
29日，光绪谕：整顿土药、税厘，命刚毅详察徐州土药种植及征税实额，并严定整理章程。
6月：
12日，授吴鲁、文廷式、吴荫培等三百三十六人进士及第、出身、同出身。
17日，日蚀。
19日，色楞额卒，清廷命长庚为伊犁将军。
24日，命驻藏帮办大臣升泰为驻藏办事大臣。
25日，朝廷下旨：前湘军之已故福建陆路提督萧孚泗，因战功于立功地建祠，并将生前战绩宣付史馆。
7月：
3日，光绪帝于画舫斋阅侍卫步射。
25日，开三姓地方金矿（黑龙江省）。
26日，以藏事平息，颁给布鲁克巴部长敕印。
29日，京郊霪雨成灾，京师六门增设粥厂，拨京仓米一万五千石，煮粥救济灾民。并发内库银五万两用于赈济。
30日，永定河决口。
31日，永北属土司章天锡反清被讨平。章被杀害。
8月：
4日，清廷拨奉天运京粟米，并留江北漕米，备赈天津灾民。
22日，镇康土族反清被镇压；光绪下诏令李鸿章堵合永定河决口。
26日，发国库银五万两、大钱五十万贯、米十万石，赈顺天各属灾民。
29日，朝廷下旨：要求严惩冒领和克扣赈款官员。
9月：
6日，分拨部库及海关银三十万两接济永定河工；江南制造局工人为反对延长工时罢工一天，官方同意增加饭钱后复工。
9日，命翰林院侍读许景澄充出使俄、德、奥地利诸国大臣；道员李经方，充出使日本大臣。赈湖北、广西、陕西、云南水灾。
28日，以刘铭传之擅兴商矿铁路章程，光绪谕止之，并斥其为纰缪，将其下部议处。
台湾巡抚刘铭传于本年平定全台。先是自光绪十二年（1886年）六月，刘铭传条陈建省事宜十六条。次年八月，奏添改郡县方案。于彰化设台湾府，以此为省会（今之台中）。开始于台湾垦田筑路，设立各地区官府。各番社立社长以统之。但仍时有骚乱。光绪十四年吕家望社之乱最为严重，经数月始平定之。次年，副将刘朝带，于苏澳开山筑路时，为番社袭击，二百人均战殁。本年，刘铭传亲往镇压，番社乞降，全台大定，于是广招福建贫民到台垦种，与番民共处，使番民习耕织、财货之业。并于各处立番市、垦局。继之设立义塾，收番童千余人入学；另于台北设立番学堂，教以汉文、算学、官话、台语以及起居礼仪，使之向化中原，形成番汉一体之文化与经济。不数年，台湾年收入总计有三百万两，后增至四百四十万两。刘对台湾开发之功甚伟。
刘铭传（1836～1896），字省三，安徽合肥人。1854年，随李鸿章办团练。1862年率淮军到上海参加镇压太平军之役。1866年参加镇压捻军之役。1884年于台湾提督任内，抗击侵台法军达八个月之久，战功卓著，升任台湾巡抚（第一任台湾巡抚）。
本月，免陕西、江西欠赋；赈陕西雹灾、云南水灾、台湾风灾。
10月：
8日，以顺、直水患，光绪命王公各府、京旗田庄，一并减。
21日，户部奏言；禄米仓亏十五万石。仓场侍郎兴廉、游百川，下部议处，旋夺其职。
28日，御史吴兆泰奏请停止颐和园工程，被朝廷交部严加议处。永定河决口合龙。
29日，永定河漫口合龙。
30日，赈甘肃雹灾。
11月：
7日，石埭会众反清，被镇压。
22日，以刘坤一为两江总督，兼南洋大臣。
25日，曾国荃卒，赠太傅。
12月：
赈湖南州县灾区。
