民进党上台后，继续坚持“台独路线”。为了打消民众对民进党执政将引发两岸危机的疑虑，“立委”陈昭南于2001年3月22日在民进党中常会上提案修改“台独党纲”，要求删除党纲中有关“台湾共和国”等刺激性字样。新生代“立委”李文忠、卓荣泰等人出面呼应。此案遭到强烈反弹，以致陈昭南的提案还未在第九届全代会上提交就自动撤回。
陈水扁拒绝接受“一个中国”原则，千方百计扩大“台独”势力的阵地，推行“渐进式台独”。他上台后，否认“九二共识”；支持李登辉访日；2001年5月赴美上演“过境外交”；6月表示支持“护照加注台湾”字样；制造“中国人”和“台湾人”、“外来政权”和“本土政权”的对立，鼓吹要把反对“台独”的中国人赶出台湾；开展“正名运动”；清除凡是象征中国和“中华民国”的各种口号、标记、符号、特征、图案、名称，如将“新闻局”局徽中的“中国版图”和“青天白日满地红”标志去除；批准在现行“护照”加注“TAIWAN”（台湾）字样；将“驻外机构”的名称由“台北”改为“台湾”等；将“中国石油”、“中国造船”、“中华邮政”改名为“台湾中油”、“台湾国际造船”、“台湾邮政”；推行“文化台独”等。在文化领域，陈水扁一上台就引发了台湾本土研议的“通用拼音”和联合国公认、国际通用的汉语拼音之争，目的是要废弃“汉语拼音”，另行建立一套台湾独立运用的拼音系统，在文化上把台湾与大陆区别开。2001年3月，台当局又借推行所谓的“本土化教育”政策，在“台语”教学上，想从语音和乡土认同上将台湾与大陆对立起来；鼓动各院校删减、取消与祖国大陆密切相关的课程，鼓动将中国文学系并入“外国文学系东方文学组”；台湾“行政院”通过《“国家”语言发展法》草案，将闽南语列为“国家语言”。2004年以后，陈水扁又推动废除“国统会”和“国统纲领”，实行“宪政改革”，以谋求“法理台独”。
为了达到“台独”的目的，陈水扁大力加强军队建设，推进军事转型，“以武拒统”。
第一，落实军队的“精实案”，调整军事领导体制。2001年7月，台湾军队完成《十年兵力整建计划》和《国军军事组织及兵力规划案》（即“精实案”）。“精实案”的基本精神是“精简高层、充实基层”。调整后的台军“国防部”及各军种总部一级幕僚单位由原来的111个合并为80个；二级幕僚单位由444个精简为321个。在兵力结构上，各军种战略基本单位由52个调整为71个；基本作战单位由师改为联兵旅。各级人员削减比例为将级军官25%，校级军官20%，尉官11%，士官10%。军队总员额为38.5万人，其中陆军19.9万人，海军5.6万人，空军5.5万人，联勤约1.5万人，后备0.6万人，宪兵1.5万人，“国防部”机关与直属部队3.9万人。
第二，实行“军权本土化”。陈水扁控制军队的一个重要手段是大量提升台籍将领、扶植亲信。仅在陈水扁担任台“三军统帅”的头6年内，就晋升了600多位将领，平均一年晋升100多位。同时，陈水扁对台军原来的高级将领进行大规模的调整，以达到安排亲信、掌控军队的目的。2004年7月，陈水扁对台军100多名将领进行调整，将级军官几乎全数被大洗牌，调整比例占现有将官1/4以上，调整幅度之大在台军历史上是少见的。
第三，提出“决战境外”战略指导思想。2000年6月，陈水扁提出了“决战境外”的口号，将李登辉时期“固守防卫、有效吓阻”的“消极防御国防政策”，调整为“决战境外”的“积极防御政策”。2002年，陈水扁又在台湾“行政院2003年度施政计划”中，要求在大陆发起攻击之前实施“先发制人”与“先制攻击”的“双先战略”。
第四，极力与美国、日本拉关系，并大力采购美国的先进武器。
为了推动“台独”的发展，陈水扁公开提出了“一边一国”等主张。2007年3月4日，陈水扁在“台独”所组织“台湾人公共事务会”成立25周年的宴会上，抛出了“四要一没有”的“台独”主张。他说：“第一，台湾要独立，台湾是主权独立在中华人民共和国以外的国家；第二，台湾要正名，台湾是参加联合国进入国际组织最好的名字；第三，台湾要“新宪”，台湾是要走向正常完整的国家，需要一部合时、合身、合用的台湾“新宪法”；第四，台湾要发展；第五，台湾只有国家认同分歧的问题，只有统独的问题，只有前进或者后退的问题，绝对没有左右路线的问题。”
2002年8月2日，“世界台湾同乡联合会”（简称“世台会”，是一个“台独”组织）第29届年会在日本东京池袋举行，共有来自世界各地的台湾同乡会会员500多人出席会议。李登辉的二女儿李安妮、台湾团结联盟（“台联党”）主席黄主文出席了会议。这次会议的主题是“台湾心、台湾魂”，活动主轴是“确立文化两国论”与“加速台湾正名活动”。陈水扁在台湾“总统府”以视讯直播的方式向大会致词，提出了两岸“一边一国”、“公投台湾前途”等项主张。他主要讲了三点：一是主张台湾走自己的路。他说：“我们必须要认真思考，要走自己的路，走我们台湾的路，走出我们台湾的前途。什么叫‘我们台湾自己的路’，很简单，也很清楚，非常明白，我们自己台湾的路就是台湾的民主之路、台湾的自由之路、台湾的人权之路、台湾的和平之路。”二是“台湾是我们的国家，我们的国家不能被欺负、被矮化、被边缘化及地方化，台湾不是别人的一部分，不是别人的地方政府、别人的一省，台湾也不能成为第二个香港、澳门；因为台湾是一个主权独立的国家，简言之，台湾跟对岸中国一边一国，要分清楚。”三是“中国一直不放弃对台湾使用武力，在国际上打压台湾，这对台湾人民的感情有很大伤害，中国说的所谓‘一个中国原则’或‘一国两制’就是对台湾现状的改变，我们不可能接受。只有2300万伟大的台湾人民，才有权利对台湾的前途、台湾的命运和现状来作决定。而有需要的时候要如何决定？就是我们长期追求的理想和目标，也是大家共同的理念——公民投票，公民投票是基本人权，也是2300万人民的基本人权，是不能被剥夺和限制的，个人要诚恳地呼吁和鼓舞大家，要认真思考公民投票立法的重要性和迫切性。”
陈水扁的讲话引起了极大的反响。“台独”分子欢呼雀跃，认为这与李登辉的“两国论”相同。国民党和亲民党表示反对，认为这只会给台湾带来灾难。中共中央台办、国务院台办新闻发言人就陈水扁鼓吹“台独”发表谈话，指出，陈水扁的“这些言论与李登辉‘两国论’如出一辙，充分暴露了他顽固坚持‘台独’立场的真面目，是对包括台湾同胞在内的全体中国人民的公然挑衅，也是对国际社会公认的一个中国原则的公然挑衅，必将对两岸关系造成严重的破坏，影响亚太地区的稳定与和平。”“世界上只有一个中国，大陆和台湾同属一个中国，中国的主权和领土完整不容分割。反对‘台独’分裂，实现国家统一，是我们坚定不移的立场，决不允许任何人以任何方式把台湾从中国分裂出去。我们严重警告台湾分裂势力，不要错判形势，立即悬崖勒马，停止一切分裂活动。”
陈水扁上台后，“台独”势力有了迅速的发展，“台独”的政治、经济、选民、组织和族群基础都有所加强。“台独”阵营在重要选举中的得票率由党外时期的20%左右，增加到41%～51%。“台独”势力在快速扩张的同时，其构成结构也在不断发生变化：第一，“台独”势力由原来的以中产阶级为核心，开始加速向劳工农民阶级和大资产阶级渗透，各阶层对泛绿阵营的支持度均有不同程度的提升；第二，族群基础不断扩大，由以台湾闽南人为主体，逐步向客家人、原住民、外省人渗透；第三，“台独”势力由以南部为堡垒，逐渐向中部、北部地区扩张。
