2008年3月22日，台湾第12届大选举结束，国民党候选人马英九、萧万长以7659014票当选，得票率为58.45%，民进党候选人谢长廷、苏贞昌得票5444909张，得票率为41.55%。台湾完成了第二次政党轮替，国民党重新掌权。2008年4月14日，马英九任命东吴大学校长刘兆玄为“行政院长”。5月20日，马英九发表题为《人民奋起，台湾新生》的“就职演说”，正式走马上任。
马英九，1950年7月13日生于香港，祖籍湖南衡山，1952年随家人移居台湾。1967年加入中国国民党。1972年台湾大学法律系毕业。后赴美国留学，获美国纽约大学法学硕士学位、哈佛大学法学博士学位。马英九身高178厘米，容姿英俊斯文，许多媒体都曾以“年轻俊秀的政治明星”来报道马英九。
马英九曾在美国进行过短暂工作，曾任美国马里兰大学法学院研究顾问，美国波士顿第一银行法律顾问，美国纽约华尔街柯尔迪兹律师事务所实习律师。
马英九和夫人周美青育有两女，长女马唯中，次女马元中。
1981年，马英九从美国返回台湾，适逢蒋经国正在寻觅英文秘书，马英九经人介绍与其他数人被列于候选名单之中，最终，蒋经国把马英九安排在身边担任英文秘书，从事翻译工作。1982年马英九担任“总统府”第一局副局长兼蒋经国的英文秘书。马英九不仅形象清新、学历高、口才好，而且为人谦恭、温和理性，不结党营私，因此深得蒋经国喜欢。1984年6月，蒋经国力排众议，破格提拔年仅34岁的马英九任国民党中央副秘书长。1988年1月，蒋经国去世、李登辉上台后，马英九被调离“总统府”，由党务系统转往行政部门，出任“研考会主委”。1990年任“国家统一委员会”研究员。1991年马英九任“陆委会”副主委兼发言人，且当选为国民党不分区国民大会代表。1993年，马英九转任“法务部长”，由于“法务部长”并没有多大实权，故不少人揣测马英九是因为不属于以李登辉为首的国民党“主流派”所以遭“发配”命运，但马英九却因在任内大力肃贪、查贿、扫黑赢取了广大民众的认同，并攀上了政治生涯的另一个高峰，且炒热了“法务部”这个冷衙门。然而，马英九也得罪了不少国民党内的地方实力派人物，并引起李登辉极度不满。1996年，马英九被迫离开“法务部”，在“内阁”中出任位高权虚的“政务委员”。
1998年，经多人劝进与其父马鹤凌的劝说，马英九参加台北市长国民党内初选，当时马英九被国民党内人士认为是唯一有希望击败民进党候选人陈水扁的人。马英九在国民党内初选中胜出，成为该届台北市长国民党候选人。此次选举马英九首次接受民意考验。最终，马英九以51.13%的得票率击败陈水扁（得票率45.91%）、王建煊（得票率2.97%）等对手而获得胜选。2002年，马英九再次参加台北市长选举以寻求连任。最终，马英九以64.11%的得票率击败民进党籍候选人李应元（得票率35.89%）获得连任。
2004年台湾“立法委员”选举过后，连战宣布不再续任中国国民党主席。2005年2月，被视为国民党接班人的马英九宣布参选中国国民党主席。2005年7月，国民党主席选举结果揭晓，马英九以72.4%的得票率击败党内竞选对手王金平，取得国民党主席职位。马英九任国民党主席以后，国民党将面对的是当年12月的县市长选举。由马英九主导的这次选举，国民党一举拿下14席，连同“泛蓝”阵营的其他席位一共17席；民进党只拿下6席。马英九极力辅选的国民党周锡玮拿下了民进党执政多年、具有指标性的台北县。“泛绿”阵营长期经营的宜兰县及嘉义市也被国民党拿下。
2007年2月13日，因在台北市长任内“特别费”的使用问题，马英九被台湾“高等法院检察署”起诉。马英九曾承诺若遭起诉即辞去中国国民党主席职务，他乃于同日请辞国民党主席职务并正式宣布参加2008年大选。马英九于2007年8月17日被台北地方法院一审宣判无罪，检方随后提起上诉。2007年12月28日，台湾“高等法院”二审宣判，驳回检方上诉，维持一审无罪判决。2008年4月，台湾“最高法院”最终宣判马英九无罪。
2008年1月27日，马英九完成选举登记，以中国国民党候选人身份参选，并抽签成为二号参选人，最终当选台湾地区领导人。
这次大选后，台湾的政局和两岸关系都发生了重要变化：
（一）国民党重新掌权，实现了第二次政党轮替
这次大选后，台湾政局发生了结构性的重大变化：民进党“台独政权”终结，国民党重新掌权。
马英九开始组建新的“内阁”。新“内阁”的主要成员是：“行政院长”刘兆玄（原任东吴大学校长），“行政院副院长”邱正雄（原任“财政部长”），“行政院秘书长”薛香川，“政务委员”蔡勋雄（原任“环保署长”）、朱云鹏、张进福（原任“暨南大学校长”）、曾志朗（原任“中研院院士”）；“内政部长”廖风德，“外交部长”欧鸿炼，“法务部长”王清峰，“国防部长”陈肇敏（原任“空军总司令”），“财政部长”李述德（原任“台北市秘书长”），“经济部长”尹启铭（原任“经济部次长”），“交通部长”毛治国，“教育部长”郑瑞城（前“政治大学校长”），“主计长”石素梅，“卫生署长”林芳郁，“环保署长”沈世宏；“经建会主委”陈添枝（原任“中华经济研究院院长”），“青辅会主委”王昱婷，“农委会主委”陈武雄，“劳委会主委”王如玄，“原委会主委”章仁香，“陆委会主委”赖幸媛（原任“立委”），“国科会主委”李罗权（原任“中央大学校长”），“客委会主委”黄玉振（原“国民党文传会主委”），“人事行政局长”陈清秀（原任“台北市法规会主委”），“新闻局长”史亚平（前“驻澳洲副代表”），台北“故宫博物院院长”周功鑫（原任“辅仁大学博物学研究所长”），“金管会主委”陈树（原任“金融研究院董事长”），“退辅会主委”高华柱（原任“退辅会主委”），“原能会主委”蔡春鸿（原任“清华大学原子科学院院长”），“研考会主委”江宜桦（原任“台湾大学政治系教授”），“文建会主委”黄碧端（原任“教育部高教司司长”），“工程会主委”范良锈（原“桃园县副县长”），“体委会主委”戴遐龄（原“台北市教育大学教授”）等。
马英九办公室秘书长詹春柏、副秘书长叶金川，“海基会”董事长江丙坤（国民党副主席）。
刘兆玄，1943年生，湖南省衡阳人。1965年，台湾大学化学系毕业，随后赴加拿大雪布克大学化学系、多伦多大学化学系深造。1968年，加拿大雪布克大学化学硕士毕业，获得化学硕士学位。1971年，在加拿大多伦多大学，获化学博士学位。1971年至1979年，在台湾“清华大学”任副教授、教授。1987年任台湾“清华大学”校长。1997年12月至2000年5月，任台湾地区“行政院副院长”兼消费者保护委员会主任委员、“行政院”大陆政策指导小组召集人。2002年2月，任台湾“立法院副院长”。2004年8月，出任东吴大学校长，重回学术界工作，2008年5月任台湾“行政院长”。
2008年5月20日，马英九发表题为《人民奋起，台湾新生》的“就职演说”，走马上任，正式就任。国民党开始重新掌握台湾的权力。
2009年9月7日，由于应对水灾不力等多种原因，台湾“行政院长”刘兆玄率领“内阁”总辞。随后，马英九任命国民党秘书长吴敦义和桃园县长朱立伦分别接任“行政院正、副院长”，并很快完成了“内阁”的人事调整。
（二）国民党全面控制了“立法院”，成为“立法院”第一大党
2008年1月12日，台湾第七届“立委”选举（首次实施“单一选区两票制”）结束，国民党获113席“立委”中的81席（政党得票率为51.23%），超过了总席位的2/3，主要原因是：①新选制对国民党有利；②民进党形象败落；③国民党在基层占优势，成为“立法院”第一大党。加上亲民党、无党团结联盟和无党籍等“蓝营”势力，共获86席，“蓝营”占“立法院”总席位的3/4，掌握了“立法院”的主导权。
（三）在地方政权方面，国民党也占有优势
国民党在台湾25个县市长中拥有18席，在319个乡镇长中拥有173席。民进党在地方政权中，仅拥有7席县市长、35席乡镇长，过去长期鼓吹的“地方包围中央”的策略难以实现。
（四）马英九上台后政权基础趋于稳固，但执政的困难犹存
2008年5月20日上任后，马英九面临着岛内经济停滞、民怨升高的严峻形势。在这种情况下，马英九当局陆续采取一系列政策措施，全力稳定政局，使执政基础趋于稳定。主要措施有：
1.组建以“拼经济”为首务的“财经内阁”
马英九上台后，为了尽快兑现大选过程中提出来的、岛内民众最关心的“拼经济”的政治主张，大量选用行政经验丰富、财经背景强、形象清新的前国民党技术官僚和学者“入阁”。如“行政院长”刘兆玄、“副院长”邱正雄、“经济部长”尹启铭、“财政部长”李述德等，这些人士都精通经济工作。这种用人方针，对于开展经济工作是有利的。
2.理顺党政关系，优化党政合作
马英九上任后，一度因过于强调“党政分离”，刻意排斥党务系统参与决策，甚至为做“全民总统”而任命“深绿人士”赖幸媛为“陆委会主委”，引起了国民党党务系统的强烈不满和反弹，导致部分施政措施遭到党籍“立委”的掣肘，如“监察院”、“考试院”个别提名人选被“立法院”封杀等。马英九因党政关系不顺受到内外双重压力，不得不逐步理顺党政关系，强化与国民党中央及“立委”的沟通联系，吸纳党务系统参与重大政策制定。
2008年11月22日，国民党召开第十七次代表大会临时会议，大幅度调整中央权力结构，增设由“立委”与县市长组成的5位副主席（分别是曾永权、吴敦义、蒋孝严、朱立伦、黄敏惠），同时规定，国民党保留5个中常委名额给“内阁首长”，进一步强化和改进党政协调机制。
通过这些措施，党政合作逐渐趋于顺畅，为马英九执政创造了有利条件。
2009年7月26日，国民党举行党主席和党代表选举，马英九以93.87%的高得票率当选新一任国民党主席。2009年10月17日，国民党召开第十八次全党代表大会，马英九正式接任国民党主席职务，连战、吴伯雄任国民党荣誉主席。
10月17日，中共中央致电国民党中央委员会及马英九，祝贺国民党“十八大”的召开，国民党中央复电中共中央表示感谢。同日，中共中央总书记胡锦涛致电连战和吴伯雄，对他们任国民党名誉主席表示祝贺，连战和吴伯雄复电胡锦涛表示感谢。
3.优化行政运作机制
在新的复杂形势下，以学者为主且多是“老臣回朝”的刘兆玄“内阁”，上台伊始就多次出现政策制定粗糙、危机处理缓慢、与基层民意脱节等状况，如提早宣布油价解冻引发囤油恐慌、“内阁”成员绿卡风波、扩大内需方案争议、勘灾慢半拍等，对急于创造政绩的马英九造成较大冲击。而马英九上任之初也因主张“府院分离”在一些重大政策上“退居二线”，受到民意责难。为了摆脱被动局面，马英九响应民意“亲上一线”，并专门建立行政部门沟通协调机制，审慎评估各项政策效果，谨慎对外发言，并勤下基层听取民众意见。另外，他请党籍“立委”专门成立“快速反应小组”，对马当局各项施政进行补充说明，加大政策宣传力度，及时导正舆论。经过逐步调整，马英九当局施政运作渐趋顺畅，行政效率有所提高。
由于受国际金融风暴冲击、“拼经济”效果不佳（2008年第三季度，台湾经济出现了负增长，全年的经济增长率也由上年的5.7%减少为1.82%。马英九承认，大选时承诺的“633”政见可能要到第二任期届满才能实现。所谓“633”，即经济年增长率达到6%，失业率降为3%，人均年收入达到3万美元）、马英九施政魄力不足等因素影响，马英九上台后的总体施政表现未达到预期，使原来对马英九寄予厚望的民众开始失望甚至产生不满，马英九的民意支持度不断下降，执政压力进一步增大。
4.调整地方行政区划
2009年7月2日，台湾“行政院”核定，台北县、台中县市、高雄县市及台南县市升格或合并升格为“直辖市”。升格后，由“行政院”所属的“直辖市”变为5个：台北市、新北市（原台北县）、台中市、台南市、高雄市。此次县市升格是近60年来台湾地方行政区划最大的一次调整，对台湾的政治格局产生了很大的影响。
5.规划产业发展方向，确定新兴产业项目
2009年2月，马英九召开当前经济情势因应对策会议，正式提出将观光旅游、医疗照护、生物科技、绿色能源、文化创意、精致农业六大产业作为关键新兴产业，列入今后重点扶持的产业对象。同年5月以后，台湾“行政院”陆续制订了“生技起飞钻石行动方案”、“观光拔尖领航方案”、“绿色能源产业旭升方案”、“健康照护升值白金方案”、“精致农业健康卓越方案”、“文化创意产业发展方案”等。为了实现这些方案，台湾当局在2009年8月提出的2010年总预算中，共编列420亿元新台币作为这些方案的专项经费。
6.开展对外工作，拓展国际活动空间
马英九上台后，台湾当局在重视改善两岸关系的同时，积极推动“活路外交”政策，采取弹性、务实、不挑衅的策略拓展国际活动空间。两岸通过非正式渠道，就台湾涉外事务具体个案进行沟通与协商，取得了一定的进展。台湾当局的国际活动空间有了明显的扩大。台湾与主要国家和地区的关系都有了发展。如2009年，英国、爱尔兰、新西兰等多个国家给予台湾免签证待遇。在参与国际多边领域活动方面，经过两岸沟通与协商，2009年，台湾首次以“中华台北”的名义，作为观察员身份参加第62届世界卫生大会（WHA），并成为“国际贸易资讯暨合作机构”的赞助会员。
