这里主要是指受灾地区的自然生态环境具备成灾的条件，即具有灾害源。这些成灾条件包含的内容相对广泛，地形地貌、河流分布、气候特点等都是导致自然灾害的重要原因。
如明代自然灾害最多的北京及周围地区为例，277年间共发生了673次自然灾害，占到了明代自然灾害总次数的17.03%，这里的灾害源就相当多。北京地区地处华北平原西北隅，属典型的大陆性季风气候，冬季环流造成气候寒冷干燥、雨雪稀少，春季环流形成大风干旱气象，夏季环流使雨量集中，易发生暴雨、冰雹等气象灾害，如果副热带高压长期控制又会出现伏旱，秋季环流则形成秋高气爽天气。从地形上看，北京地区西为太行山余脉西山山地，北和东北为燕山山地，中、南和东南地处华北平原西北角，每年太平洋暖湿气流即夏季风一旦到来，在北京西、北部山地便会出现地形雨，这是降水集中在夏、秋的主要原因。北京地区的卢沟河、潮白河等主要河流组成一个巨大的蘑菇型水系，上游在西、北山地散阔，进入平原后聚拢，下游复呈离散之势。每到夏秋降雨季节，各河上游汇聚山水，河水猛涨，进入平原，决堤四溢，形成洪涝。北京地区的地理位置及地形也是雹灾、地震等自然灾害多发的主要原因。冰雹的形成，一般由霰或冻滴在积雨云中随气流升降，不断与沿途雪花、小水滴等合并，形成冰块，当其增大到上升气流无法支持时，即降落到地面。密云、怀柔、宛平、昌平等州县处于北京北、西的山区、半山区，地形较为复杂，容易造成冷热气流的上下对流，形成降雹。再看地震，根据地质学研究，中国地处西太平洋地震带和地中海—南亚地震带之间。其中，西太平洋地震带包括了华北地区，北京地区处于华北最主要的大地震带，因此易发地震。
江苏地区的自然灾害在明代列各省区第二位，特别是水灾达到了256次，是水灾当时最多的省区。明代水灾的四种类型在江苏地区都有分布，该省区位于沿海地区，有着漫长的海岸线，容易受潮灾的危害；夏秋季节易受台风影响，极易出现大雨天气；此外该地区还处在我国的梅雨区内，春末夏初一般是连阴雨的天气。特别是河流决溢型水灾，更是给该省区带来无尽的灾难。明代，江苏省北部是黄河、淮河的下游地区，而南部则是长江下游地区，运河从南至北贯穿该省，此外其境内湖泊众多，这些都是导致河流决溢的潜在因素。以决溢最严重的黄河为例，决溢共达131次之多，占到了河流决溢总数的一半以上。而黄河的这131次决溢，分布在江苏省的就有37次之多，占到了总数的1/4强。
山西是明代我国地震最多的地区，共达到了153次之多，占到明代地震总数的13.20%。众所周知，地震是一种地域性很强的灾害，大地震只发生在地壳活动很强烈的地区，特别是岩石圈不牢固的地带。根据板块构造理论，地球的地壳是由六大板块构成的，各板块交接带正是地壳强烈活动带，是地震的策源地。通常把大地震集中的地带称为地震带。我国位于亚欧板块的东部，东与太平洋板块交接，南与南亚次大陆板块交接，历来是世界上地震活动频繁的地区之一。在我国内部存在着很多地震带，是地震活动的集中分布地区。而山西省位于我国最大的地震带——华北地震带内，其间的汾河谷地与陕西的渭河谷地相接，形成华北地震带最大的一个分支——汾渭地堑带，其地形特征在前面已经论述过，而山西省明代的地震几乎全部分布在汾河谷地及其延长带内。
