徐世昌以清翰林出身担任总统，利用群情厌战，痛恨军阀的心理，处处标榜“偃武修文”的文治总统形象，以示与赳赳武夫，穷兵黩武的军阀主政不同。当然，徐以“文治”标榜，是有政治资本的。宣统三年辑刊任东三省总督时“治绩”《东三省政略》；民国3年组织编订《退耕堂政书》刊行；民国6年又主持编成《大清畿辅先哲传》；次年辑印《水竹？人诗集》。与前几任民国总统无法同日而语。他在总统府设“晚清诗社”，与樊增祥、柯勋？、严修、易实甫、吴辟疆等清朝遗老和诗人，每周聚宴一次，分题拈韵，互相酬唱，作为粉饰太平之举，后有辑录之《晚清诗汇》刊行。在画家周肇祥家设画学研究会。创办中法大学的李石曾赴法，向法国当局赞颂徐为文治总统，法国拟赠以巴黎大学文学博士。徐即请黄郛捉刀撰成《欧战后之中国》一书，旋命吴世湘、曹秉章、许宝珩、谢宗陶审校，增益以史实及儒家伦理，以中英法三国文字印刷，特命朱启钤为专使，接受了巴黎大学学位。其沽名钓誉，显而易见。
徐世昌就职以后，发表了一系列文告、命令。11月3日下令整顿官风，命令说：“近顷国纪凌夷，官邪日肆。抚宇之职，纵匪为奸；征榷之司，敛财肥己；甚至假公义以侵帑，挟市道以猎官；刑宪不加其身，党援或庇其后；罔上溺职，无所创惩，非所以肃官方，端治本也。”表示要按法从严惩治，贪劣长官徇情容隐，或纠弹不力者，“并予究惩，不稍宽贷”；同时“奖掖廉能”。自己要“尊重法纪”“为国人先”。百官应“正己以资表率”，期以“仕途整肃风气转移，各奋天良，弼成民治，有厚望焉！”姑不论这篇民国元首文告形同封建帝王上谕，究军阀统治之实质，包括徐本人在内，窃国为侯，以权谋私，卖国肥己岂一纸惶惶命令所能矫治？！故而终徐之任，迄未惩办一个贪官污吏。就是徐世昌本人也不曾如命令中所表示的要以身作则，他就任伊始，先饱私囊。早在袁世凯任总统时曾开先例，新任总统到任例由财政部拨款150万元，总统留100万，余下50万分给各部部长。而徐到任后，由曹汝霖过付，徐照数全收，其他阁员应分肥之数悉入其私囊，曹不好索要，其他阁员也不能代索。总统月薪3万元，办公、交际费用每月各4万元。崇文门关税，清朝作为内帑。袁世凯、黎元洪、冯国璋继承了这种制度，据为总统府所有。徐任总统后，派其亲信刘鹤庆任崇文门税务监督，每月名义上报效徐4万元。全国烟酒事务署独立后，徐派其亲信张寿龄任督办，每月公开补助徐6万元。以上数项，徐每月可收入21万余元。至于总统秘密活动费，举办内外债时分润回扣，家用开支一切取之于总统府经费者，远在此数之外。三年半总统，徐世昌由原来连应试盘费都要人周济的穷秀才，成为宦囊丰满的百万富翁。徐氏惩治贪劣，奖励廉能的官样文章，只是“文治总统”的伪善标榜而已。
1919年1月，徐世昌写成《将吏治言》一书，颁行全国。该书引用孔孟“民为邦本”“民为贵”的思想，以为政在人，“设官分职，以民为极”。奉卫民治民为圭臬，“有卫民之官焉，今之督军是也；有治民之官焉，今之省长，以及道尹、知事是也”。划分督军、省长、道尹、知事四级官员职权范围，“以箴有位”。徐企图借此使“文武官吏，交相策勉，淬厉以图，庶几起衰救故，防患未萌，非惟不佞一人之私幸，其所以再造我全国之民者，抑亦诸君之大幸也。”民国以来，大小军阀拥兵自雄，割据一方，行政官员皆仰其鼻息。为了争权夺利，刀兵相向已成常事，兵锋所及，玉石俱焚、烧杀歼淫、残民以逞，何论“卫民”！各级官吏，层层盘剥，以聚敛为能事，“治民”只是害民的代名词。军阀们弁髦宪法，废立总统总理，制造政党，强奸民意，岂徐之一册《将吏治言》所能约束！对此，徐世昌并非无知，不过是出自“以文治武”的需要罢了。
1919年12月4日，颁布了将柯勋？所著《新元史》增入正史，使二十四史增为二十五史。同年发布命令仿印四库全书，因故未成。
徐世昌上台即“改弦易辙”，发动“和平”攻势。在就职通电中说：“极愿以诚心谋统一之进行，以毅力达和平之主旨”。不但国内人心厌战，当时的国际环境也有相同的趋势，徐世昌就职时，第一次世界大战已近尾声，帝国主义很快要重返亚洲，为争夺中国进行角逐。就职第三天，美国总统威尔逊在贺电中要中国早息争端。由美国返任的美国公使芮恩施转达美国总统劝中国速谋统一的意向。英国公使朱尔典在外国使节贺徐就职时，代表公使团致词，希望中国南北统一早日实现。同时，英、法、美、意、日五国驻广东领事还奉各国政府训令，向广东军政府提出“和平劝告”。欧美各国的“和平”矛头指向日本及其支持的皖段独霸中国的局面。国际和平压力增强，国内和平空气日益浓厚。10月23日，社会名流熊希龄、张謇、蔡元培、王宠惠、庄蕴宽、孙宝琦、周自齐等二十四人，通电成立和平期成会，熊希龄、蔡元培分任正副会长。各省反响很大。11月15日，徐世昌鉴于对自己有利的国内外形势，在北京召集北方各省督军会议，张作霖、曹琨、倪嗣冲、张怀芝、孟恩远、赵倜、王占元、陈光远、阎锡山、蔡成勋、卢永祥以及黑、湘、甘、陕、苏、川、浙、闽各督军代表，参战督办段祺瑞及全体国务员均出席会议，作出五项决议，如南方不提苛刻条件，一致赞成和平统一方针；欧战已停，参战督办处改为边防办事处；收束军队；先从调查军队实数入手；整理财政，责成各省照章报解中央税收；预筹各省善后。11月16日，徐世昌发布停战令。23日，军政府也发布停战令。南北军阀从战场走向谈判桌，北方总代表为朱启钤，南方总代表为唐绍仪。1919年2月20日，南北议和会议在上海开始。
在派出代表公开谈判的同时，徐世昌又派人分赴桂、粤、川、黔、滇，暗中与南方的岑春煊及实力派陆荣廷等联系，通过秘密渠道达成局部妥协，以为釜底抽薪。当时北京有一家小报载一上联征对，文曰：“北有东海（徐世昌），南有西林（岑春煊），看这两个东西，怎样调和南北。”正如该联寓意，徐世昌的分化政策很快就触礁搁浅，毫无结果。
议和会议一开始，就因彼此分赃反复争吵，断而复续，谈谈打打、打打谈谈；段祺瑞不甘心把吞进去的东西再吐出来，在北方代表中安插安福系分子，同时在徐世昌下达停战令后，指使陕西督军陈树藩向民军发动进攻。并派驻豫奉军许兰洲部和直系张锡元部赴陕西助战，且致书陈树藩说：“徐氏胆小气敛，小事可以通融，大事万难让步，请弟放心为之，限阴历年内务必联合各军平陕，如弟力有不足，再当以国防军相助。”掣肘徐世昌，破坏议和会议。
上海议和开始后，南方首先提出停止参战借款，取消参战军，陕西停战等问题，并要求撤换陈树藩。北方代表因得不到北京复电指示，不能负责，于3月2日向北京政府提出辞职，议和中断。和会导演者走向前台，3月4日、5日，英美公使分别晋见徐世昌，“询问”议和情形；7日，英、美、法、意四国公使联合向北京政府施加压力，提出缓付参战款，参战军不得用于内战。外国使团迫使日本停付参战款，日本和北京政府公布中日军事协定全文。3月4日，徐世昌重下陕西停战令，全国各界渴望和平，不愿议和长此僵持中断，上海商会等53个团体3月18日集会，并派代表会见北南方总代表，促请恢复和谈。4月1日，直系之长江三督王占元等及吴佩孚联名通电朱、唐，请重开和会。4月6日，陕西停战。7日，议和重新恢复。北方提出裁汰兵额，地方自治，发展地方经济，军民分治和善后借款等一揽子方案，但绕开国会问题。南方则提出包括国会问题的十三点方案。双方逐条辩论。正式会议外，又以“扃门会议”秘密谈判。国会问题是双方争论的焦点，南方揭猎木的“护法”，即以恢复1917年被非法解散的国会为主旨，也是政府存在的法律根据；北方以维护安福国会为根本。安福国会是段祺瑞操纵的政治工具，也是徐世昌任总统的法律根据，政治生命系乎于此。双方争论激烈，寸步不让。会议多日，因2亿元善后借款对双方均具有吸引力，仅就军事问题和善后借款达成初步协议。徐世昌又授意北方代表提出从完成宪法入手的折衷方案，即由旧国会议员在南京召开宪法会议，完成宪法二读之手续，追认徐世昌为总统。然后公布宪法，解散南北新旧两国会。目的是满足南方护法要求，保全自己的总统地位。奔走京、沪之间的吴鼎昌致电朱启钤：“同人态度似应强硬，力往决裂一方做去，再以金钱为饵，或可使少川（唐绍仪字）就国会问题之范围。”徐世昌等指示李纯与陆荣廷暗中接洽，以150万元收买陆荣廷，同时收买南方总代表唐绍仪。软硬兼施，一面以强硬手段对付少川，一面只好不惜牺牲金钱。其手法仍蹈袭袁世凯的老谱。
折衷方案触及安福系最敏感的法统根据，4月15日，安福国会咨请国务总理钱能训和全体阁员出席议院会议，提出质诘。17日，330余名安福系议员联名通电，指责讨论国会问题是“越权擅议”，“紊乱国宪，动摇国本”。议和会议再次陷入僵局。5月6日巴黎和会中国外交失败。议和会议一度恢复，联名致电巴黎和会中国专使。要求拒绝对德和约。一致对外的口号并未使会议产生转机，5月13日再度破裂，南北代表宣布总辞职。1920年6月，和议重开，但不久北方发生直皖战争，南方发生粤桂战争，南与南不和，北与北不和，南北又复不和。10月30日，徐世昌抓住岑春煊、陆荣廷、林保怿、温宗尧，以粤桂战争失败逃跑，通电取消军政府、取消两广自主之机，发布统一善后令，想过一过统一中国的大总统的瘾。次日，孙中山、唐绍仪、伍廷芳、唐继尧联名通电，宣布军政府依然存在，否认伪统一，指斥徐擅颁统一令，迹近儿戏。徐无视孙中山等的通电，热衷于成立什么统一善后会议事务处，公布国会改选日期，任命陆荣廷督办粤边防务，谭浩明为广西督军。但西南仍成分裂之势。次年，孙中山任非常国会大总统，南北对立如故。南北议和无形消失，徐世昌所倡导的和平统一终成泡影。
以“文”临“武”疲于周旋，无可奈何花落去
1919年5月，巴黎和会中国外交失败消息传来，全国震动，徐世昌正“征求”各方意见，准备在和约上签字。舆论大哗群情激奋，北京学生罢课游行示威，“五四”运动爆发。5月4日，北京政府逮捕游行示威学生30余人。段祺瑞等24日通电各省督军省长，力主和约签字。罢课、罢市、罢工，抵制日货以抗议帝国主义侵略，拒绝和约签字的运动向全国发展。徐世昌变本加厉，限期北京学生复课，以步军统领镇压学生不力，换上任东三省总督时的王怀庆。但学潮仍方兴未艾。6月1日，徐公布青岛问题真相，并为曹汝霖、陆宗舆、章宗祥洗刷罪责，表扬其“公忠”。同日下令各校学生即日上课，查禁联合会、义勇队，违者严办。王怀庆连日逮捕近千人，并令军警驻扎学校，监视巡逻。学生运动依然如故，军警捕不胜捕，迫于全国爱国运动的压力，北京政府不得不撤去军警，释放被捕学生，交由学校管理。6月10日，始将曹、陆、章三人免职。次日，徐世昌和钱能训向国会提出辞职，并于12日通电全国。国会对徐辞职未予批准。准钱辞职以龚心湛暂代。在全国民情激愤之时，徐世昌及段祺瑞操纵的亲日国会仍决定以和约签字为宜。山东各界代表到北京向总统请愿，徐一面情词恳切予以肯定答复，一面致电中国代表即行签字。26日留法学生和华工包围中国代表公寓，不准其前往签字，陆征祥等拒绝在和约上签字，并发表声明。徐世昌等只得接受这个既成事实。7月10日，下令宣布了拒绝和约经过，要国人“勿再嚣张”，上下一体、共济艰危。旋签订对奥和约，宣布与德停止战争状态。
日本企图就山东问题同中国直接交涉。1920年1月23日，广州军政府致电北京，首先反对中日交涉。京、津学生游行讲演请愿，遭到军警殴打、逮捕，徐世昌严令禁止学生干政，并解散北京学联及教职员联合会。3月5日，吴佩孚反对山东问题由中日直接交涉，并于13日、16日以第三师将士、旅长名义两次通电各省反对。3月30日，山东籍北洋将领王占元、吴佩孚等48人联名通电，力争鲁案，态度暧昧的北京政府才通电各省表示不直接交涉。
徐世昌就职宣言中“以启民智”为中国立足将来世界之本，但在“五四”运动中，他视学生爱国有罪，逮捕拘押，甚至要解散大学，迭次申令严禁学生干政，所谓“民智”者，也还是“民可使由之，不可使知之”的货色。“五四”新文化运动高涨，科学、民主的新思潮以及社会主义倾向，猛烈冲击着封建宗法制度的堤防，激进的民主主义者也号召同祸国殃民的军阀、官僚、政客作斗争。而徐世昌背道而驰，于10日下令举行秋丁祭孔。又以亲信张凤台所请，提倡颜李之学；倡导“笃实学术，端正会风”，重印《颜李丛书》，亲自为《颜李师承记》作序说：“今世变日新……而不顾名教凌夷之祸。惟习斋、恕谷之学，合道义，赅体用，事事征实，而无偏倚之弊也。”1920年5月，在清朝太仆寺旧址设立四存学会，四存即颜元所说：“存人、存性、存礼、存治”。徐世昌自任名誉会长，张凤台任会长，李见荃为副会长。并附设四存中学，后又增设四存小学。次年，发行《四存月刊》，徐亲自撰写《？斋述学》等文章，鼓吹尊孔读经。对抗新文化运动。徐世昌之意，企图倡颜李之学“转移风气”遏止革命潮流。四存学校有惩于“五四”学生干政而设，学校有一条严格的戒律，即学生不准干预外事，因此，四存学校学生从来不参加北京各学校学生的罢课游行活动。徐世昌在清末仍允其弟入新式学堂就学，而“五四”运动以后就竟严禁儿孙入学，其两孙即在家延师讲读，防止沾染“过激”思想。
徐世昌以“文”临“武”，周旋于各派军阀之间，操纵各派争斗来维持其地位。其出任总统时，皖段即从“徐与北洋派关系甚深，平日于直、皖之间，尚无偏倚，又系文人，举任总统即可以平直系之心，而于己亦无力能加限制也。”徐出任后，段虽无国务总理的头衔，北京政府却在其掌握之中，但直曹、奉张都想问鼎北京政权，而且皆有帝国主义支持的背景。日本因段的“武力统一”政策及媚外卖国行径经“五四”运动的打击越来越丧失人心，遂在扶植皖段的同时，又扶植奉张，美、英回到中国这块角逐场后，放出“和平”空气，导演“南北议和”，正是针对日本独霸中国的现状而来的。吴佩孚以一个师长，在北洋军阀中辈分较低，敢于领唱“罢战主和”，和皖段大唱反调，正是此种背景使然。此时，徐世昌正是漂浮在直、奉、皖及美、英、日争斗的波涛上的一叶危舟。
直、皖矛盾在“五四”运动中更加加剧。段祺瑞想以安福系亲信王揖唐取代镇压学生运动无能的钱能训；徐世昌则欲以任东三省总督时的部属周树模出组新阁。双方争执不下，遂出现了财政总长龚心湛暂代的过渡局面。继而正式组阁的靳云鹏，即是皖系中人，也是徐的门生，同曹锟、张作霖均是儿女亲家，故为各方所接受。靳内阁在人选问题上又成为争执的焦点：段坚持以李思浩、姚震、朱深、曾毓隽任“三长一秘”（即财政、司法、交通三总长及国务院秘书长），徐、靳提出的人选遭到段祺瑞、徐树铮和安福国会的反对。段祺瑞颐指气使，对靳云鹏不假词色，大加责斥，致使靳多次提出辞职。徐世昌敷衍拖延，直曹、奉张电请留任。最后李思浩任财政总长，朱深任司法总长，曾毓隽任交通总长，放弃秘书长职，同时否定靳提出的教育、农商人选。内阁人选问题暂时解决，但直、皖矛盾仍未缓和。
吴佩孚于1920年1月通电撤防北回，直曹、奉张结成七省反皖联盟，段祺瑞积极部署，将借“参战”名义编组的“参战军”（已改名“国防军”“边防军”）调回至北京附近待命，并拟在郑州设立司令部，在河南与直军决战。直曹奉张也积极策划。3月，张作霖借做寿邀请反皖各省督军代表在沈阳举行秘密会议，推荐其亲家张勋代倪嗣冲为安徽督军。4月9日，曹锟又借追悼直系阵亡将士之名，在保定召开八省联盟会议，5月14日，靳云鹏辞职，海军总长萨镇冰暂代总理。6月，吴佩孚北撤至保定，奉军四营也以“拱卫京师”为名，由独流移至廊坊。直、皖剑拔弩张，战争一触即发。徐世昌电召曹锟、张作霖入京与段祺瑞协商，段对靳复职和安福系三总长退出内阁两点勉强同意，至于解散安福俱乐部，撤回北方和议总代表王揖唐，解除徐树铮兵权等，均非段所能接受者，6月29日，徐再邀段、张会谈，并提出折中性办法，段不表可否。次日，皖系要人会议激烈反对，主张徐将边防军改归边防督办直辖外，其他概予拒绝，会谈失败。7月1日，曹吴发表反皖通电。6日，徐邀请张再作最后调停，因段坚持要惩办吴佩孚而使会谈毫无进展。次日，张作霖离京赴军粮城，且发表“局外中立”宣言。奉军以军粮城为中心7万余人，形成援直围皖态势。徐世昌看到倒段形势成熟，于7月4日不顾段祺瑞反对，下令裁撤西北边防军总司令，西北筹边使由李垣护理，特任徐树铮为远威将军，所辖部队归陆军部管辖，段闻讯怒火冲天，于7月5日，下令边防军紧急动员。次日，召开阁员和军政首脑会议，发布声明讨伐曹、吴通电，呈请徐世昌将曹锟、吴佩孚、曹瑛三人褫职，交段祺瑞亲自拿办。徐世昌害怕激起曹、吴反抗，不敢下令，段、徐（树铮）派重兵围困总统府，徐世昌被迫依允，于7月9日，下令将吴佩孚开去本兼各职，交陆军部惩办，曹锟褫职留任，以观后效。同日，段成立定国军总司令部，自任总司令，徐树铮任参谋长，分兵三路以待。直系闻惩办曹、吴令下，发表早已拟好的《驱逐安福系宣言书》《为讨伐徐树铮告全国各界书》。同时，曹锟在天津誓师，任吴佩孚、王承斌为前敌正副司令，指挥中、西路，曹瑛指挥东路。吴发表讨段、徐通电，宣称“亲率三军，直向神京、驱老段，诛小徐”。14日，张作霖发布派兵入关通电，奉系助直倒皖态度明朗。14日直皖双方交火。同日，徐世昌下令各路军队退回原防。密云欲雨几个月的直皖战争，首尾五天，以直胜皖败即宣告结束，段祺瑞于19日引咎辞职。徐世昌派员征询直系罢兵条件，吴领衔直系军师旅长镇守使通电提出条件，徐世昌一一照办：免去段祺瑞督办边防事务兼管将军府事务各职；废除西北边防军总司令一缺；通缉重办皖系祸首徐树铮、曾毓隽、段芝贵等15人；解散安福俱乐部；撤销对曹锟、吴佩孚的处分。皖系从此风流云散，一蹶不振。
