扩廓帖木儿与孛罗帖木儿均为元末著名蒙古将领，负责镇压各地的起义军，他们手握重兵于外，专横跋扈。为了能够让他们更好地为元廷效命，顺帝赋予他们高位和特权。至正二十二年（1362）十一月，顺帝下诏授扩廓帖木儿为太尉、银青荣禄大夫、中书平章政事、知枢密院事、太子詹事，便宜行事。至正二十二年三月，命孛罗帖木儿为中书平章政事，位第一，加太尉。扩廓帖木儿与孛罗帖木儿二人在镇压各地起义的过程中，为了争夺地盘，逐渐产生矛盾，甚至起兵互相攻击。元廷屡次遣使前去调和，均不奏效，二人的仇恨日深。至正二十三年，御史大夫老的沙与知枢密院事秃坚帖木儿得罪皇太子，皇太子欲诛之，二人逃至大同，当时驻兵大同的孛罗帖木儿将他们保护起来。老的沙是顺帝的母舅，因此顺帝屡次劝皇太子不要继续追究，但皇太子坚决不从。于是顺帝传旨，密令孛罗帖木儿偷偷将老的沙保护起来。皇太子屡次派人前去索要老的沙，孛罗帖木儿均不同意。
当时中书右丞相搠思监、资政院使朴不花与扩廓帖木儿结党，准备借此事打击孛罗帖木儿。搠思监、朴不花诬陷孛罗帖木儿图谋不轨，而皇太子亦十分痛恨孛罗帖木儿。至正二十四年（1364）三月，顺帝下诏以孛罗帖木儿藏匿老的沙，谋为悖逆，解其兵权，削其官爵。拥兵自重的孛罗帖木儿拒不受命，杀死使者，发兵进攻大都，扬言捉拿搠思监和朴不花。而宗王不颜帖木儿、秃坚帖木儿等皆称兵与孛罗帖木儿合，上表言孛罗帖木儿无罪。顺帝被迫将搠思监和朴不花交给孛罗帖木儿，孛罗帖木儿随即将二人诛杀。不久监察御史奏准将搠思监剖棺戮尸：“搠思监矫杀丞相太平，盗用钞板，私家草诏，任情放选，鬻狱卖官，费耗库藏，居庙堂前后十数年，使天下八省之地，悉致沦陷。乃误国之奸臣，究其罪恶，大赦难原。曩者，奸臣阿合马之死，剖棺戮尸，搠思监之罪，视阿合马为有过。今其虽死，必剖棺戮尸为宜。”尽管如此，御史台大臣认为对搠思监的惩罚还是不够，便又奏准籍没搠思监的家产，流放搠思监的儿子宣徽使观音奴。
孛罗帖木儿诛杀搠思监和朴不花后，撤兵退守大同。这时皇太子恚怒不已，再征扩廓帖木儿兵，保障京师。至正二十四年五月，诏扩廓帖木儿总兵，调诸道军分讨大同。扩廓帖木儿与孛罗帖木儿是世仇，他们连年仇杀。至是，扩廓帖木儿乃大发兵，进攻大同，调麾下将领锁住率领不到一万士兵守护京师，又以部下青军杨同佥镇守居庸关，扩廓帖木儿则亲自到太原，指挥诸军。结果，扩廓帖木儿的军队又被孛罗帖木儿击败，孛罗帖木儿再次举兵进攻大都。危机之下，锁住带领东宫官僚跟随皇太子逃奔太原。同年七月，孛罗帖木儿、秃坚帖木儿、老的沙率军进入大都，顺帝成为他们的傀儡。八月壬寅，顺帝被迫下诏加孛罗帖木儿开府仪同三司、上柱国、录军国重事、太保、中书右丞相，节制天下军马。
至正二十五年，皇太子在外，日夜谋除内难，承制调遣岭北、甘肃、辽阳、陕西及扩廓帖木儿等军，进讨孛罗帖木儿。孛罗帖木儿大怒，将奇皇后逐出宫外，幽禁百日。不料这时孛罗帖木儿的部下，中书左丞相也速率军倒戈，形势发生逆转，皇太子之军逐渐居于上风。孛罗帖木儿连续损兵折将后，郁郁寡欢，每日与老的沙饮宴，荒淫无度，酗酒杀人，喜怒不测，人皆畏忌。七月，顺帝秘密遣人刺杀孛罗帖木儿，老的沙受伤北遁。九月，皇太子来到京师，诏拜伯撒里为中书右丞相，扩廓帖木儿为中书左丞相。十二月，擒斩叛臣秃坚帖木儿、老的沙。（《元史》卷四十五、四十六、四十七《顺帝本纪》；《元史》卷一百四十一《察罕帖木儿传》；《元史》卷二百七《孛罗帖木儿传》；《元史》卷二百五《搠思监传》；《元史》卷二百四《朴不花传》）
元朝末年，统治阶层荒淫腐化、互相倾轧，而农民起义风起云涌，尤其是南方各地，逐渐为起义军所控制。在多支主要起义军中，贫苦农民出身的朱元璋脱颖而出，势力不断壮大。朱元璋从至正二十三年开始陆续兼并各支起义军，在基本控制南方各地后，于至正二十七年（1367）率军北伐。在北伐的同时，至正二十八年（1368）正月，朱元璋称帝，定国号为明，建元洪武。明军一路北上，所向披靡，直逼大都。闰七月丙寅，顺帝御清宁殿，集三宫后妃、皇太子、皇太子妃，讨论向北逃亡。左丞相失列门及知枢密院事黑厮、宦者伯颜不花等谏，以为不可行，但顺帝坚持北逃计划。伯颜不花恸哭谏曰：“天下者，世祖之天下，陛下当以死守，奈何弃之！臣等愿率军民及诸怯薛歹出城拒战，愿陛下固守京城。”顺帝还是不听。至夜间，顺帝开健德门北逃。八月庚午，大明兵入京城，元朝灭亡。
顺帝先逃往上都，各地元军节节败退。洪武二年（1369）六月，顺帝又逃往应昌府。洪武三年（1370）四月，顺帝因痢疾死于应昌，享年五十一岁，在位三十六年。同年五月癸卯，大明兵突袭应昌府，皇孙买的里八剌及后妃并宝玉皆被明军俘获，皇太子爱猷识理达腊率十余名随从逃走。大明皇帝以元朝皇帝知顺天命，退避而去，特加其号曰顺帝，而封买的里八剌为崇礼侯。皇太子爱猷识理达腊逃至漠北和林后称帝，追谥顺帝为惠宗，改年号为宣光，继续统领着漠北地区，史称北元。
