顺治去世之后，在孝庄的主持下，宣布先帝遗诏，由年仅八岁的玄烨继位，是为康熙皇帝，而孝庄文皇后则从此被尊为太皇太后。康熙失父之哀刚刚过去，十岁时又失去了生身之母。孝庄本来就十分疼爱孙儿玄烨，眼看着爱孙先后失去父母，对之更加爱护关心，义无反顾地担当了对他的抚育培养之责。正如玄烨日后所回忆：“朕自幼龄学步能言时，奉圣祖母慈训，凡饮食、动履、言语，皆有矩度。虽平居独处，亦教以？敢越轨，少不然即加督过，赖是以克有成”（见《清圣祖御制文二集》）。可见，孝庄对玄烨的饮食起居，言行举止，都悉心照料，而且十分严格，完全按照帝王的标准训练这个爱孙。为使玄烨自幼就接受满族文化教育，她又指示自己依赖的侍女苏嘛喇姑，既照料玄烨的生活，又教他说、写满语、满文。同时又让其入书房，请名师讲读儒家的《四书》、《五经》，且“必使字字成诵，从不敢自欺”，养成中国传统文化的深厚根基。在学习满汉文化的同时，孝庄还灌输“祖宗骑射开基，武备不可驰”的思想，让侍卫教练玄烨的骑射本领，如同读书写字一样，日有课程，终使玄烨弓马娴熟，箭不虚发，深深理解“念祖宗以来，以武功定暴乱，文德致太平，岂宜一日不事讲习”，而发奋学习文韬武略，为日后亲政治国奠定扎实的基础。
由于康熙年幼继位，因由索尼、苏克萨哈、遏必龙、鳌拜四大臣辅政。孝庄也教导玄烨参加辅臣议政，学习执政经验，并经常向玄烨灌输“得众则得国”的治国思想，要求玄烨“宽裕慈仁，温良恭敬”，时刻谨慎，勤于朝政，以巩固其祖父和父亲留下的基业，逐渐使玄烨在政治上成熟起来。由于辅政四大臣中的鳌拜思想顽固守旧，且独断专横，擅自弄权，康熙显然不满，终于在康熙八年，智擒鳌拜，结束了辅政时期，由康熙正式亲政。在铲除权臣鳌拜的过程中，史书虽未明说这是在孝庄指导下完成的，但从在此期间康熙帝频繁出入太皇太后寝宫记载的背后，不能不让人得出这是孝庄文皇后指点江山的结论。
康熙亲政之后，有关军国大事，仍常常向孝庄请教商议，正像《清史稿孝庄文皇后》传中所说：“太后不预政，朝廷有黜陟，上多告而后行”。因此，孝庄在世时，康熙朝前期发生的许多重大事件，孝庄多参与谋划决策。如康熙十四年（1675年），正当三藩作乱时，蒙古察哈尔部布尔尼乘机叛乱，严重威胁京师的安全，康熙十分忧虑。孝庄则适时向康熙推荐说：“图海才能出众，盍任之”，康熙即诏图海“授以将印”，领兵前往，很快平定布尔尼叛乱，使局势转危为安。这一切都说明孝庄文皇后不仅才干过人，而且眼力过人、胆识过人，只是不肆张扬、甘居幕后罢了。
身为一国之母，孝庄还以身作则，克己奉公地支持儿孙成就大业，顺治朝时，在国库发往灾区的赈济银款项中，就有孝庄文皇后宫中节省下来的上万两白银；到了康熙平定三藩之乱时，孝庄又先后两次拿出宫中银两、缎匹犒赏官兵，赢得了人们的尊敬。因此平定三藩后，康熙帝亲到太皇太后宫中报告胜利的喜讯，是有着恭贺祖母大功的意味的。
终孝庄文皇后一生，其拥有“太后不予政”的美名。康熙晚年曾深情回忆说：“忆自弱龄，早失怙恃，趋承祖母膝下三十余年，鞠养教诲，以致有成。设无祖母太皇太后，断不能有今日成立”。康熙对祖母也一往情深，他几乎每天上朝前，下朝后，都要到孝庄那里请示问安。当孝庄病重时，康熙精心侍奉，日夜不离。孝庄病逝后，康熙几乎痛不欲生。康熙之所以能成为一代有所为的封建君主，与孝庄的精心培育辅佐密不可分。
康熙二十六年（1687），孝庄文皇后病危。康熙帝五内俱焚，宁愿折己寿而为祖母添寿，亲自步行去天坛祈祷以不心诚。因时至寒冬，玄烨向苍天祈求时流下的泪水竟冻在了脸上，祖孙情深似海。但此时孝庄文皇后毕竟年事已高，十二月二十五日，历清初三朝更迭，为大清国殚精竭虑、鞠躬尽瘁了一生的孝庄文皇后，薨逝于北京故宫的慈宁宫，享年75岁。在弥留之际，孝庄文皇后仍不忘国事，谆谆叮嘱皇孙不要过于悲伤，要以国事为重，丧事处理要从简，皇帝除了丧服后就要听政，以免耽误了国家大事……孝庄文皇后的最后要求还是那么深明大义，怎能不赢得其后世子孙由衷的敬重呢！最后，孝庄文皇后累谥为“孝庄仁宣诚宪恭懿至德纯徽翊英启圣文皇后”，葬于清东陵（今河北省遵化）之昭西陵。
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