燕师铁骑长驱南下，官府民间无不惊惧。朝廷的百万大军，竟难与燕藩一隅之兵匹敌。眼见似绵江山就要残破。燕军占领德州后，哨骑已先到了济阳县城外。
燕王派人捉了一些济阳城附近的人，向他们了解官军的虚实。
被捉的人中，有一个王省，是济阳县的教谕，后被放还，他认为如今朝廷有难，他恨自己是个文人。不能像瞿能父子那样斩将杀敌，血洒沙场，也不能像王指挥那样身被重剑，立马植戈而捐躯。
这次被俘，更是蒙受了奇耻大辱，王省回到县城，召诸生齐集明伦堂，为他们讲说君臣之义。他说：“此堂明伦，今日君臣之义何在？燕王叛逆天道沦丧！”
王省大哭，诸生也都痛哭。悲愤中，王省竟以头触柱而死。
千里赴燕上书的高巍，此时离开北平后只身南下。虽他有出众的游说之能却没能阻挡燕军的铁骑，他料朝廷与燕军之间免不了一番激战。然而他没想到官军溃如山崩。白沟河之役后，燕师所至诸城皆望风披靡。他刚走出河北便听说了官军惨败的消息，大路上不时见到溃散的伤兵败卒。
高巍在临邑遇到了山东参政铁铉。铁铉是一位身负济世之才的豪杰。李景隆北伐，他负责督饷。在他的指挥运筹下，官军粮饷无所匮乏。此时铁铉正在随军南撤的道中。高巍与铁铉酌酒同盟，感奋涕泣。他们一同来到济南，与都督盛庸相约誓死以守。
燕军留都指挥陈旭守卫德州，其他大军拔营南进。十五日，燕军行至禹城，在城北二十五里驻营。午后申时，燕军起行，连夜倍道而进；拂晓，来到济南城下，这时李景隆军尚余十余万，燕师欲乘其仓卒布阵未定而一举击溃之。
李景隆如惊弓之鸟，对突然出现在眼前的燕军又不及防备，一战即溃。燕军得马七千余匹，李景隆单骑而逃。
燕兵列阵围攻济南，铁铉督众悉力捍御。济南为江南屏障，是天下之枢会，为兵家必争之地。朝廷升铁铉为山东布政使，召还李景隆，改命左都督盛庸为大将军，右都督陈晖为副将军，以迎燕军。
济南城池坚固，将士齐心。燕王见不能马上攻克，就命人射书信入城劝降。
而城中也送出一书，朱棣一看，原来是儒生高贤宁所作的《倜王辅成王论》，其旨在请燕王罢兵。朱棣弃之于地，对之不予理睬。
燕军久围济南不克，就于筑堤坝拦截河水灌城。城中将士军民，人心大恐。
布政使铁铉镇定自若。他想出一计，一定教燕军三日之内撤兵。铁铉让守城人假装痛哭，大呼“济南急矣，亡无日矣！”撤去防守器械，以示无心防守，随后派千人出城诈降。朱棣见到济南终于投降，十分高兴，军中也为之欢呼雀跃。
出城投降的人伏地请求道：“奸臣不忠，使大王冒霜露，为社稷忧。谁非高皇帝子？谁非高皇帝臣民？其又奚择焉！唯是东海之民，不习兵革，闻大军压境，将谓聚而歼旃，是失大王安天下、子元元之之意也。请大王退师十里，单骑入城，臣等具壶浆以迎。”朱棣不加思索地答应了他们的请求。以朱棣之智虑，为什么会没能识破其中之计，连城中主帅并未出降这样的明显破绽也未注意？朱棣在白沟河胜后，长驱直下，上百万官军尚且土崩，久围之下的济南城显然已经进退无路了。
城中请燕军退避，燕王单骑入城也是可以理解的，他们担心投降后还会遭到无辜的杀戮，另外大军虽退，而双方的基本形势并未改变，城中是不敢轻举妄动的。还有一层，朱棣起兵近两年，对这种无休止的征战也有点厌倦。
朱棣急于得到济南，如果这样即使不能夺取南京，也可就此切断南北通道，划中原而自守，落得半璧河山。朱棣觉得济南如今已在掌中。于是，下令退军。
第二天十八日，朱棣十分得意，乘骏马徐行进城，随行的除为他张设伞盖的侍卫之外，仅有劲骑十余人。他们一行过了桥直至城下，城门为之开启。朱棣进入城门，只听迎接之人高呼千岁。
朱棣正在得意时，冷不防从城门上掉下一块铁板，原来是城上早已埋伏好了壮士，只待燕王进城便下铁板击杀之，不料铁板下得稍早，只将朱棣的坐骑砸伤，朱棣大惊，慌忙换了一匹马逃往城外。城外桥下也设有伏兵，相约燕王一旦进城，便断桥截其归路。伏兵见燕王刚进城便又向城外奔逃，仓促之间挽桥不断，竟让朱棣从桥上逃走。
此次朱棣上当险些丢掉性命他下令合兵围攻济南。铁铉令守城将士大骂燕贼叛国。朱棣大怒，以炮击城。城将破时，只见城上悬出高皇帝朱元璋的神牌，燕
兵不敢再发炮。朱棣起兵，虽口称“靖难”，实为夺位，貌似气壮，心实有亏。
朱棣相信武力，但也不能摆脱仍相信冥冥之中有神的主宰。如果高皇帝的神牌也敢轰击，那就使他的口称祖训露了陷，从而失去民心。
即使神不怪罪，也难以堵天下人之口。同时，铁铉还召精兵壮士出其不意地袭击燕军，燕军防不胜防，往往战败。朱棣很生气，但又一时无计。
道衍和尚，作为朱棣的主要谋士，随时都注视着前线的战局。他见到燕军将士疲惫，斗志消磨，觉得再打下去已经无益，不如休整以后再战，于是劝朱棣撤兵，他说：“师老矣，请暂还北平以图后举。”这时，都督平安将兵二十万，北上河间单家桥，意在袭击御河（即运河）切断燕军的饷道。又选善水士兵五千人渡河，进攻德州。燕王不得已而撤军。铁铉、盛庸乘势进击，光复德州。燕守将陈旭弃城而逃，官军军威大振。
德州激战之时，朝廷并未想出良策遏止燕军。他们再次把燕军退兵的希望寄托在战场之外。建文帝采纳了齐泰、黄子澄的建议，派遣尚宝丞李得北上，下诏赦免燕王之罪，劝兵罢兵，借以缓和燕军的攻势。
燕军其时锋芒正锐，自然拒绝了朝廷的劝说。李得未能完成使命，回到朝中反倒把燕王的道理说了一通。建文帝很是不满，将其投入监狱。
济南解围德州光复的消息传到南京，朝廷上下一片喜庆之氛。建文帝下令擢升铁铉为兵部尚书。
燕王撤军北还，战场的形势大为转变。朝廷打算乘胜北进。于九月，建文帝下诏，命大将军盛庸总率官军北伐，副将军吴杰进兵定州，都督徐凯等屯兵沧州，相互为犄角。
燕军撤退，使在固守中疲惫不堪的济南军民，暂时摆脱了体力与精神上的重负。他们的坚韧不拔的毅志得到了报尝，强敌在城下败北。山东布政使特进兵部尚书铁铉于九月在大明湖天心水面亭设宴向全城军民犒问辛苦，用胜利的事实进一步激发忠义之心。
在铁铉坚守济南之时，有位宋参军曾被署为赞画军务。凡守城之计，铁铉都与之商议而后定。例如今燕军撤退，他再为铁铉指说天下大势。他说：“济南，天下之中。北兵南来，其留守者类老弱。且永平、保定虽叛，诸郡坚守者实多。
郭布政（指郭贤）辈书生，公能出奇兵，陆行抵真定，南朝诸将溃逸者稍稍收合，
不数日可至北平。其间豪杰有闻义而起者，公便宜部署，号召招徕之，北平可破也。北兵回顾家室，必散归。徐沛间素称骁勇，公檄诸守臣，倡义集勇，候北兵归，合南兵征进者昼夜蹑之。公馆瑺北平，休养士马，迎其至，击之。彼腹背受敌，大难旦夕平耳。”宋参军的谋划，可以说是一条迅速破敌之计，若依计而行，也许朱棣会死无葬身之地了。但是，铁铉并未能接纳宋参军的建议。他选择了一条更为稳妥的办法。当然，他也有自己的理由。
铁铉认为，“军饷尽于德州，城守五月，士卒固甚。而南将皆孥材，无足恃，莫若固守济南，帝率北兵，使江、淮有备。北兵不能越淮，归必道济，吾邀而击之，以逸待劳，全胜计也。”然而二年之后，朱棣竟然舍弃山东而迳渡淮临江，此计于是为失算。
十月初四，燕军回到北平。自四月出师以来，燕军在白沟河力克强敌，且一路乘胜直下德州。此次虽受挫于济南，但从总体上看还是有了进展。朱棣下令整顿兵马，对有功将士进行了升赏。
朱棣还遣官祭祀阵亡将士及死于战阵的官军，并派北平知府唐靖祭雄县山川及白沟河之神。
这时，官军仍然在北进。平安率军抵达定州，败燕兵于铧山。燕将陈亨重受创，被抬回了北平，不久死去。官军气势正盛。朱棣不愿坐以待毙，他决定以攻为守，率师南进。然而，朱棣并不明言南下，只说去攻打辽东，其计划只有他一人知道。
燕军离开北平东行。这一天正是十月十六日。时值初冬，凛冽的寒气弥漫大地。一阵北风吹过，枯草抖动，卷起落叶，漫天飞舞。那树上残留的树叶，也不情愿地告别树枝，随风飘零。田地里的庄稼早已收割完毕，裸露的地面上留着一排一排的庄稼的茬头。只是偶尔还有一些没有玉米的玉米杆，那掐掉穗头的高粱，也寂寞地站在那里。
运河的水清澈见底，在晴空朗日下泛着白光。水缓缓的流着，有点懒散。自从元顺帝北遁后，运河上便不见了当年帆樯如林，漕船结队的景象。但洪武几十年之间，为了支持北边的军饷，仍须调运大量漕粮。如今南北开战，交通阻断，运河也失去了它昔日的光彩。
东进的燕军也犹如运河流水一样打不起精神，将士们都不情愿此次辽东之
行。他们弄不清为什么在官军北上时要离城远征，他们担心会失掉北平。大军行至通州，张玉、朱能不免发问：“今密迩贼境，出师远征，况辽北蚤寒，士卒难堪，此行恐非利也。”朱棣闻听此语，不禁一笑。
这时朱棣不能不向这两位近臣解释此行的目的。他说：“今贼将吴杰、平安守定州，盛庸守德州，徐凯、陶铭筑沧州，欲为犄角之势。德州城壁坚牢，贼众所聚；定州修筑以完，城守粗备，沧州土城，伐圯日久，天寒地冻，雨雪泥淖，修之未易便茸。我乘其未备，出其不意，假道以攻之，贼有土崩之势。今佯言往征辽东不为南伐之意，以怠其心。因其懈怠，偃旗卷甲，由间道直捣城下，破之必矣。夫今不取，他日城守完备，难于为力。且机事贵密，故难与议，惟尔知之。”
张玉、朱能闻言，如茅塞顿开，他们既佩服朱棣的深谋远虎，又羞于自己的愚钝，慌忙叩头称其高明。
大队人马过夏店后，朱棣密令都指挥陈旭、徐理等驾船先往直沽，造浮桥以济师。大军旋即回通州，循河面南。
诸将对大军反折南下，都迷惑不解。行伍中不免议论纷纷，而朱棣仍不将实情告之，他编造了这样一套神话。他说，夜间他见到天上有白气两道，自东北指向西南。根据占书，“执本者胜”，如今只利于南伐而不利于东征。天象既然如此显示，那是不能违背的。朱棣指天划地顺口道来，就好像是真的得了天命，诸将士怎能不信。
事实证明，朱棣此行，确收到了声东击西之效。驻守沧州的徐凯等早就谍知朱棣率军东征去了。他们为加强防备，派军士四出伐木，昼夜督工修筑城垣，根本未料到燕军会折道南下。燕军越过直沽，避开官军设防的青县、长芦、走砖垛儿、灶儿坡，直指沧州城下。燕军二更起程，一昼夜行三百里竟没有被官军查觉。
第二天黎明，燕军行至盐仓，与官军的数百哨骑相遇，尽行斩杀。燕军冲至城下，徐凯并不知晓，仍督军士筑城如故，及至发觉燕军已兵临城下才布署军士仓皇应战，许多士兵甚至来不及披甲执兵。张玉率壮士从东北攀薄登城，并派军截断官军退路。
经过一场激烈肉搏，沧州城很快便被攻克了，主帅都督徐凯，程暹，都指挥俞琪、赵浒、胡原、李英、张杰等均被擒获。官军一万多人被斩首。战马九千尽
为燕军所得。数千人做为俘虏。一场夺城之战就这样结束了。
朱棣下令遣散战俘，到日落时分尚有三千人待遣，这些人竟在夜间全部被谭渊所坑杀。谭渊的暴行，遭到朱棣的训斥。
朱棣将直沽的船只调往长芦装载，所得辎重、器械及降将顺流而北运到北平，同时亲自率师继续南征。朱棣担心驻守德州的官军可能出来拦截，便挥师从长卢渡河，循河而南，经过景州，来到德州城下。朱棣派人到城下招盛庸来战，盛庸坚守不出。
燕军大队过后，朱棣自将数十骑殿后，城中官军侦知，派出数百骑兵前来袭击，朱棣回兵败敌，生擒主将，斩杀百余人，余者皆降。
十一月十二日，燕军进驻临清，两天后移军馆陶，遣一队轻骑至大名，尽取官军粮船，夺粮焚舟。朱棣的目的在于切断南北饷道，并诱其出战。燕军继从馆陶渡河，先后到冠县、莘县、东阿、东平、汶上，并派出游骑到了济宁。
燕军从抓到的盛庸军中的两个运粮百户口中得知，盛庸军已离开德州进驻东昌，其先锋孙霖带兵五千在滑口扎营。滑口在山东平阴县西南三十里，是南北大路上的一个军事要地，从来为兵家所必争。
朱棣命都指挥朱荣、刘江、内官狗儿率精骑三千余，袭破其营，斩杀数千人，获马三千匹，生擒都指挥唐礼等四人，孙霖仅以身免。十二月二十五日，燕军继进东昌，与盛庸军主力相遇。
盛庸与铁铉听说燕军就要攻来，杀羊宰牛宴犒将士，且誓师励众，检阅精锐，布列火器，毒驽以待敌军。数月前，官军有济南、德州之胜，目前，虽滑口小败而士气犹盛。燕军此次南下，夺沧州、袭滑口，士气也正值高涨，这样看来，双方必有一番激战。
朱棣心中很高兴，他认为此次盛庸由济南南下，是由于粮道被切断从而缺饷所致，而所驻的东昌又素无积蓄，因而庸军将决一死战。破庸军只能以计。庸欲速战，燕则不战，庸欲不战，燕则扰之。他决定自领精骑绕出敌后，选择弱点，从而击之。若袭击一旦得手，大军便鼓噪前进，造成庸军腹背受敌之势，必可得胜。若袭击不便下手，也要骚扰其营以乱其心。
可是庸军则想以逸待劳，控制形势，持重而不急于交锋。朱棣于是亲率精骑冲击庸军之左翼，庸军不为动，再绕出敌阵，冲击其中军。庸军开阵故纵其入，
迅即将其团团围住。再说燕军大队人马见主帅出阵，士气风发，个个骁勇，都说见敌不杀更复何待！他们不等朱棣袭击敌后便纷纷冲上敌阵。而庸军中火器齐发，燕军尽为所伤，不得不败下阵来。
这时平安又率军赶到，与庸军相合，麾兵大战，燕王陷入重围而不得出。朱能、周长率番骑奋击东北角，盛庸等撤西南之兵前往抵御，燕王之围稍解，朱能冲入敌阵，奋力死战掩护燕王突围。大将张玉不知朱棣已经突围，拨马冲入敌阵解救燕王，连连击杀数十人，终于被创而殁。盛庸乘势猛攻，擒斩万余人，燕军大败。
此时夜幕四合，张玉战殁，主力败北，朱棣竟然不知，犹力战不已。待抓到两个敌兵，才得知燕军步军已退。朱棣也仓皇退兵。
第二天，两军又战，燕军又大败。败退的燕军便向北撤去，散乱的军伍辎重迤逦数十里之遥，烟尘滚滚，朱棣以百余骑殿后，官军步步紧逼。朱棣按辔搭弓，射其先锋，且战且退。及至高煦领华聚等来援，击退官军，朱棣方得逃脱。燕军西北上馆陶，返回北平。
这时，盛庸已将军情驰报真定，吴杰、平安遣官军四出邀劫溃退的燕军。燕兵为官军所获，多被披面、决目、刳心、剖腹者，其惨状难以目睹。就在一个多月前，燕军夺了沧州城，不是在一夜之间就坑杀了三千官军吗？弱肉强食，夫复何言！燕军退至馆陶已近年尾，后有追兵，前有拦截，从馆陶到威县数十里之路燕军竟然走了两天。到达威县已是正月初一。驰骋沙场，马革囊尸，方显出军人之壮勇，而值此辞旧迎新之时，燕军却无此豪情。
这时离北平还有近千里之遥，他们必须冲过强敌的防线，才能获得生的希望。
燕军退至威县，正遇上真定的官军二万兵马前来拦截。这时燕军已从仓皇混乱的溃退中稍稍缓了过来，溃散的军士大多回到自己的营阵，各级指挥系统也渐渐地恢复，朱棣又可以施展其指挥才能了，他将数千精骑埋伏于沿路，自率十余骑逼近敌军，装作是走投无路的样子。
朱棣勒住战马，对敌军喊：“我常获尔众，即释之。我数骑暂容过，无相厄也。”敌兵声称：“放尔是纵蝎。”他们不知是计，拍马而前，准备捉拿这个穷蹙的叛贼首逆。朱棣且斗且退，将追兵引入伏中，围而歼之，燕军方得夺路北上。
正月初五，燕军在深州再次击破平安、吴杰率领官兵的拦截。终于在正月十
六日回到北平。东昌之役，燕军精锐几乎全军覆没。朱棣起兵三年来，兵败未有如此之惨者。此战之后，盛庸军声大振，建文帝亲自为之享庙告捷。
据说，东昌之捷实为王度所谋划。王度，归善人，字子中，少力学，工文辞，以朋德荐为山东道监察御史。王度很有智谋，盛庸代景隆将军北伐时，王度就向盛庸密陈事宜，终于有东昌之捷。其后，景隆还朝，建文帝赦其罪而不诛，反而予以重用。李景隆竟为忌功而谗间盛庸，王度也因而见疏，终至事不可为。
正当前线东昌取得大捷，官兵们奋勇围追堵截叛贼朱棣的时候，建文帝正在为“凝命神宝”的告成举朝庆贺，“凝命神宝”是一块二尺见方的青玉大印。相传建文帝为皇太子孙时，曾梦见神人传达天帝之命，授以重宝。建文帝刚一登上皇位，有位使者从西方而还，献上从雪山上得到的一方青玉。这青玉二尺见方，质理温栗，极为上乘，实为世所罕见。
建文帝后来宿斋宫又梦见天神送宝的事，突然惊醒。于是他便命工匠将此玉琢为大玺，精刻细镂。从二年正月至今费时一年，始刻完成。其印文是建文帝亲定，为“天命明德，表正四方，精一执中，宇宙永昌”十六字。
自洪武建国以来，朝廷各宝玺大多四字，如皇帝之宝，皇帝行宝，皇帝信宝，天子之宝，天子行宝，天子信宝等，其他敬宗庙用“皇帝尊亲之宝”，赐守令用“敬天勤民之宝”，求经籍用“表章经史之宝”，已为异数。此凝命神宝之作，实为特例。
但十六字之宝却一也并非建文朝的发明，宋徽宗政和八年所做的“定命宝”，其文“范围天地，幽赞神明，保合太和，万寿无疆”，也是十六字。
但是到宣和年间，蔡京用事，有此夸张之举也并不稀奇，而不久有靖康之祸。
如今方孝孺号称正学，黄子澄等忠勤为国，竟在遍地锋火，国事难卜之际有此虚妄之举，实令人有所未安。
正月初一日，建文帝率领群臣祭祀天地宗庙，御奉天殿受百官朝贺。奉天门内外，旌旗蔽天，仪仗林立，鞭炮、鼓乐齐鸣，百官俯伏跪拜，万岁山呼之声上冲云霄。建文君臣们仿佛如此一来，便真的受了天命，从此之后便会宇宙永昌了。
不过，果真不久前线便传来了东昌大捷的消息，君臣上下又免不了一通祭享天庙，告东昌之捷的庆贺典礼。同时，又传来强敌败北，朱棣旋师，原为缓其师而罢免的齐泰、黄子澄，当然要公开恢复官职了。一时朝廷上下一派歌舞升平之
景象。
再说燕军兵败回到北平，自然要对东昌之役的教训做一番总结。诸将以东昌无功，纷纷免冠顿首请罪。面对俯伏在地的大小将校，朱棣深为他们的忠诚所感。
他请大家都戴上帽子起立还坐。他说：“其失在予，非尔等所致。”然而他并不是分析东昌之役中指挥上的得失得非，却指出其失在于督责不严，骄纵过甚。
二月初七，朱棣命僧人修佛会祭奠阵亡将士，朱棣亲临，含泪宣读了自己写的祭文。祭毕他说：“奸恶集兵，横加戕害，图危宗祀。予不得已起兵救祸，尔等皆摅忠秉义，誓同死生，以报我皇考之恩。今尔等奋力战斗，为我而死，吾恨不与偕。然岂爱此生，所以犹存视息者，以奸恶未除，大仇未报故也。不忍使宗社陵夷。令尔等愤悒于地下，兴言痛悼，迫切予心。”说着，朱棣将身穿的袍子脱下，当众焚烧了，诸将马上上前劝阻，朱棣不听。
朱棣说：“将士于予，情意深厚，予岂能忘。吾焚此以示同生死。死者有知，鉴予此意。”朱棣焚罢，虽恸不已。诸将士也都悲哭不止。朱棣焚袍其中也不乏痛切的自责，其中也不无对将士的深情。观者无不感动，阵亡将士家属无不流泪。
他们说：“人生百年，终必有死，而得人主哭祭如此，夫复何憾！我等当努力，上报国家，下为死者雪冤。”古人也并不都是奴性十足，他们要报效主人，但更愿为知己者、为尊重自己的人去赴难。死难将士的家属见朱棣如此，都纷纷请求从征自效。庄严肃穆的祭场上充溢着一派激越的壮志，朱棣已经把祭祀变成了一次誓师动员。
想起去年燕军师出北平，僧道衍来为之送行，曾满怀信心地说，此次“师行必克，但费两日耳！”如今众将士败还，不少人都要看他怎样自圆其说。不料道衍说：“两日，昌也，自此全胜矣！”道衍不愧是个老谋深算，圆滑机变的和尚。
他与朱棣一样，知道士气可鼓不可泄。朱棣说“胜负相当，未为大失”，道衍说：
“自此全胜”。他们非常清楚，此役只可胜，不可败。胜则龙飞，败则必死。他们决定再次南征，一雪东昌之耻。
二月十六，朱棣帅师南出。行军之中，他把诸将士召到帐中，对他们说：“尔等怀忠奋勇，协心同力，临阵斩敌，百战百胜。比者，东昌才战即退；弃前累胜之功，可为深惜。夫惧死者必死，捐生者必生。若白沟河之战，南军先怯懦，见战即走，故得而杀之，所谓惧死者必死也。刀锯在前面不惧，鼎镬在后面不惧，
临阵舍死，奋不顾身。
“故能出百死，全一生，所谓捐生者必生也。举此近事为喻，不必远鉴于古。
此实尔等所知也。有惧死后退者，是自求死。尔等毋恃累胜之功，漫不加警。有违纪律者，必杀无赦。恪遵予言，始终无怠，则事可以建，功可以成矣，其懋之哉！”二十日，燕军进驻保定。朱棣召集诸将商议作战计划。诸将分析说；“定州军民未集，城池未固，攻之可拔。”朱棣说：“野战则易以成功，攻城则难以收效，况盛庸聚众德州，吴杰、平安颉颃真定，相为犄角。攻城未拔，顿师城下，必合众来援，坚城在前，强敌在后，胜负未可决也。今真定相距德州二百余里，我军出其中，贼必迎战，西来则先击其西，东来则先击其东。败贼一军，余当破胆。”
将说：“二百里不为远，我军位于两贼之间，彼合势齐进，我必腹背受敌。”棣说：
“百里之外，势不相集。两阵相对、胜败在于呼吸之间，虽百步之内，不能相救，矧二百里耶！尔等无惮，试观吾破之。”第二天，燕军移军到紫围八方。时值二月下，已见春之消息，但早晚仍寒气袭人，空中水气，往往结露为霜。燕军从保定移军东出，浩荡的大军在雾霭中穿行。刀枪铠甲袍服上都结了一层霜花。在一片青蓝之中朱棣穿的素红绒袍本就十分耀眼。这时他的战袍上也结了一层霜花，宛转盘绕，就像刺绣的一条银龙。众将士无不骇异。他们纷纷称颂这是个吉兆。
朱棣说：“我与君等御难求生，诚非得己。且帝王之兴隆，历数有在，岂可必得。但冀幼冲悔祸，奸恶伏诛，宗社再安，吾得仍守藩封，尔等亦各安其所。
今凶焰方盛，社稷几危，吾日夜深忧，乃不思自奋，而以此为异，是亡惊惧之心，而动安逸之萌也。吾恐蹈沦胥之患矣。”众将士希望他们拥戴的是一条真龙天子。
他们切盼自己制造的神话变为现实，而朱棣不得不表示出有所克制。的确，现在谈龙飞还为时尚早，前途并不平坦。他们首先是求生，稍有不慎，便可能跌入深渊。
三月初一日，燕军缘滹沱河列营。这里正是官军往来之冲。燕军派出游骑，到定州、真定附近迷误官军，且借机寻战。十二日，朱棣听说盛庸已率军队来至单家桥，便率师由陈家渡渡河迎击，但未能与庸军相遇。
朱棣担心盛庸与真定守军会合，往返渡河三四次，急欲与之交战。燕军没遇到敌军，倒是在河侧遇到一只猛虎。那猛虎向大军示威，咆哮不止。但虎再凶猛，在数万大军面前也不在话下，壮士们刀剑齐加，不一刻，那只猛虎便毙命了。浩
浩大军格杀一只猛虎，实在不足为奇，但朱棣把它看作是得胜的吉兆，军威为之一壮。
二十日，燕军才侦知盛庸军在夹河，于是挥军直驱夹河，逼近敌军。
燕军在离敌营四十里处扎营。朱棣向诸将指授机宜。他说：“贼每列阵，精锐在前，罢弱在后。明日与战，以劲师当其前，摧其精锐，余自震慴。中军常去贼五六里列阵，严整待之。我以精骑先薄其阵，绕其背而击之，如掩扉之势，推之使前。贼行六里，气喘力乏，中军俟其奔过，随而击之，我蹑其后，乘势逐北，贼众必败。慎勿逆击之，贼必致死以期生也。”朱棣对此场战斗十分重视，务求必胜。他将自己的意图反复向诸将解说，还是怕大家不理解，于是，顺手抽出一支箭，在地上给诸将画了一幅军阵图，指图详说。诸将围在朱棣周围，仔细聆听。
为了更形象明白，朱棣又命军中的军官单独组成一队，逐一教授，反复申令约束，至为详备。
二十二日，朱棣带领诸将列阵前进，中午时分到达夹河。这时盛庸也列阵以待。朱棣先派出三骑到敌方侦察。他们见到官军阵前摆放着火车、火器、强弩、战楯。官军发现这三骑兵从阵前掠过，立即派兵来追。朱棣一直在阵中注意看前方的动静。这时，他勒马搭弓，待追骑将近，只听弓箭一响，追兵中一人应声而倒，追兵嘎然而止。己而追兵继续追赶，又被朱棣射倒一人。
朱棣连射中三人，追兵再不敢向前。朱棣命令骑兵一万兼载步卒五千，向敌阵推进。即将交锋时，步从翻身下马，攻官军左掖，官军拥盾层叠自蔽，燕军无法攻入。未战之先，朱棣便派人做了一批木欑，其长六七尺，末端横贯铁钉，钉末有钩。
作战时，投向敌方。攒穿入楯中，一时难以拔出，动则牵连，使楯失去防卫作用，士兵再乘其隙而攻之。燕军投掷木欑，官军纷纷弃楯而走，仓促中，所发火器也难以命中，有时反倒烧到自己阵中。官军乱了阵脚，燕军骑兵乘势冲入敌阵，直捣中军。在燕军的冲击下，官军开始溃退。
这时，燕中军将谭渊见敌阵尘烟腾起，知是敌军败退，便带军迎击。但败师如潮，势不可遏，谭渊竟在鏖战中被都指挥庄得杀死。时天已向暮，朱能，张武等率大军并进。朱棣也乘昏黑亲率劲骑掩出敌背，与朱能等合军，双方展开一场激烈的混战，死伤甚众，官军都指挥庄得，骁将楚智，皂旗张等皆殁于阵。庄得
本为皂隶，因功而擢为军官，在怀来之战中，官军失败，只有庄得一支军完整无损。
楚智曾经从冯胜、蓝玉、出塞征讨，后率军随李景隆讨伐燕军，每战必奋勇，燕兵只要远望见他的旗帜，便吓得发抖，到此时，因为坐骑陷落，被执而死。皂旗张，不知道叫什么名字，可力挽千斤，每战辄挥皂旗先驱，故名皂旗张。死时犹执旗不仆。这一仗，直打到天色昏黑，才各自敛军还营。
四野一片漆黑，一弯如钩的下弦月只在天上露了一面便向西落去。满天繁星默默地眨着眼睛，它们无法看清这遥远的大地上倒底发生了什么。在白天激战的土地上不时传来断续的呻吟。
朱棣和他的几十个亲从骑兵，找个就便的地方宿营了。他们已经习惯于这种东征西战的军伍生活。午前半天的行军，午后半天的激战，已经使他们筋疲力尽了。他们倒头便睡，把一切都交给来日了。
红日渐渐露出了地平线。平原上的日出，壮美绚丽，散乱的旌旗，横躺竖卧的士兵，战马，帐篷都染上了鲜红的轮廓。朱棣睁开双眼，原地坐起，他看到亲从们还在酣睡，实在不忍心叫醒他们。他伸了伸胳膀向远处望去，不好，怎么四周全是敌兵？原来昨晚在混敌中，他们竟在敌人阵中扎了营。他急忙叫醒了亲从。
他们都说赶快撤离，不然将无法逃脱。
朱棣看了看四周布满的敌兵，认为如此仓皇逃离，肯定会被敌人发觉而拦劫。
这几十个人是无论如何也难以逃脱的。他要大家不要害怕，只有如此这般才有可能安全离开这里。
他下令亲兵们整装上马，镇定自若，引马鸣角，大模大样地穿营而出。官军看到一骠人马穿营而过，而为首的一人气度不凡，正是首逆朱棣。他们怎么会竟在自己的身边？在惊愕中，官军士兵们还没弄清甚是怎么回事，朱棣他们早已穿营而出，待想起追赶，但为时已晚。
到了第二天，朱棣与众将军总结战争失利的原因。他说：“昨日谭渊见贼走，逆击太早，不能成功。兵法所谓‘穷寇无遏。’我先止渊，令其整兵以待，俟贼奔过，顺其势而击之，为是故也。然贼虽少挫，其锋尚锐，必致死来斗。大抵临敌，贵于审机变，识进退，须以计破之。今日贼来，尔等与战，我以精骑往来阵间。贼有可乘之处，即突入击之。两阵相当，将勇者胜，此光武所以破王寻也。”
朱棣整顿军伍，准备再战。两军摆开阵势，燕军在东北，官军在西南，好一场厮杀，朱棣临阵督战，张奇兵出入阵间，随机应变，一见燕军受敌，即驰赴之。诸将遥见燕王旗帜，皆欢呼震地，军士无不踊跃争进，自辰至未，屡进屡退，胜负未决。
双方将士都已疲惫不堪，各自坐地而息。已而复起再战，相持不退，又用弓矢交相射杀。这时突然东北风大起，尘埃涨天，沙砾击面。官军逆风畔目，咫尺不见。燕师顺风大呼，纵左右翼横击之，钲鼓之声震地。官军大败，纷纷弃兵而走，燕军追至滹沱河，践溺而死者不可胜计。燕军遣散降兵，尽获官军器械辎重。
盛庸退保德州。
朱棣收兵回营，尘埃满面，将士无从辨认。等到听见说话声音，大家才知道是朱棣，诸将趋前来见，相视大笑。
这次战斗一开始，盛庸很有骄意，认为此举必击败燕军无疑。诸将随身携带了金银器皿及锦绣衣服，准备攻破北平时大举宴会，后来战败，所带物品尽为燕军所得。反观东昌之役，燕军惨败，且折大将，众将士无不欲复仇血耻，故人人奋励。官军之败，还有一个原因，就是与盛庸互为犄角的吴杰等未能发挥作用。
吴杰、平安手下拥兵十万之众，二人也想与盛庸合兵，但军行至离盛庸八十里，听说盛庸已败，便退回了真定。双方激战时，如吴杰、平安能率众助战，胜负实未可知。既使庸军战败之后，吴杰等赴援，以久蓄精锐之师出击争战疲惫之旅，转败为胜，也是可能的。至于交战之中狂风骤起，而燕军恰值顺风，这真是所难料之事。燕军的胜利，只可说是侥幸险胜。
二十三日，朱棣遣使向北平报捷，不料官军万余驻扎于滹沱河南岸单家桥，扼守着道路，信使无法通过。信使当晚回朱棣军中报告。朱棣岂能容忍。第二天，他率兵北上，往击其营，一战即打败单家桥官兵。
同日，燕军移驻楼子营。朱棣分析了当前形势，驻在真定的吴杰与平安没能与盛庸合军，是因为吴杰等忌功。盛庸战败，正是吴杰要高兴的。这时该轮到他一显身手，独占其功。朱棣说：“吴杰等若婴城固守，则为上策。若军出即归，避我不战，则为中策，若来求战，则为下策。今其必出，破之必矣。”诸将说：
“吴杰听到盛庸已经打了败仗，必不敢出。”朱棣说：“不然。吴杰，平安拥众十万，不得与盛庸合者，以我军居中，隔离其势。今逗而不出，有旷期失律老师费
财之责。”他指出平安必出无疑。针对这种形势，他制定了一套策略，令诸军伪装解散，对外就称四出取粮，给敌人造成错觉。敌人得到消息，必然乘虚而来。
而燕军一出便回，严师待敌。平安一定中计而败。
燕军依计而行，军士解散，四出取粮。又有一些校尉荷担抱婴儿，假作避兵的百姓，奔入真定城，宣传燕军四出取粮，营中无备的谣言。真定守军听说此情，果然决定出师欲袭其不备。
闰三月七日，派出到真定刺探情报的都指挥郑亨、李远等报告，吴杰军现驻滹沱河北，离燕军七十里。朱棣暗想，吴杰出城果不出所料。他对诸将说：“贼不量力揣智，妄欲求战，譬犹乳犬之犯虎，伏雌之搏猩也。虽有斗，必死随之矣。
且盛庸既败，今复来，此天意所欲两败之也。”朱棣命诸军渡河。这时天色已晚，诸将请求明早再渡。都指挥陆荣甚至说：“今日十恶大败，兵家所忌，不可济师。”
朱棣态度非常坚决，他说：“吾千里求战，忧贼不出，百计诱之。今其在外，是贼送死之秋。夫时不再得，机惟易失。今时机如此，岂可缓也！借使缓之，贼退真定，城坚粮足，攻之不克，欲战不应，欲退不能，是坐受其蔽。若拘小忌，终误大谋。”说着，朱棣便策马首先渡河。
朱棣相信天命，故常以天吓之，甚至攻打沧州时伪造天象诱说将士，如今陆荣以阴阳家说阻止进军，他反而说不要拘小忌以误大谋。可见朱棣是一个明决的统帅，他懂得时机对战争常常起到决定作用，他虽不免迷信天命，但似更相信人谋。朱棣的决心，使诸将除了服从没有回旋的余地。
朱棣策马渡河，刘才执辔于侧。刘才见河水较深，骑兵可过，而步军、辎重则可能会被河水淹没。朱棣马上决定，骑兵从上流渡，步军、辎重从下流渡。成千上万的骑兵穿河而行，流水为之所逼，下游水浅，辎重等得以安全过河。朱棣率三千骑兵，循河西进，走了二十里，果然与官军相遇，于是便在藁城扎营。
这时夜幕已然降临，双方只是略作交锋便各自收兵还营了。但朱棣惟恐官军退回城内，便亲率数十骑逼近敌营而宿，以牵制敌军。燕兵犷悍，利于野战，故惟恐官军闭城不出，出又担心其复入。惜乎官军中无人识此机窍。不然，只需坚壁清野，燕军真的会陷入“攻之不克，欲战不应，欲退不能”的局面。用兵不仅在于人众兵强，还在于审时度势，敌已知彼。如此，则先有胜算在握。
初十，双方交战。吴杰军列方阵于西南。朱棣一见，不禁大笑，他向诸将指
说：“方阵四面受敌，岂能取胜？我以精骑攻其一隅，一隅败，则其余自溃。于是朱棣派兵牵制敌阵三面，而倾尽全部精锐攻其东北隅。双方展开了一场激烈的混战。
朱棣亲自带骁骑数百人，循滹沱河绕出敌后，突然间冲入敌阵，大呼奋击。
平安军中，树有用木头绑缚的望楼，有好几丈高。激战中，平安登楼了望，指挥官军发强弩射杀燕军。万箭如雨向朱棣射来，朱棣的旗帜上箭集如同猬毛，燕军死伤甚众。
忽然大风从天而降，飞屋拔树，声震如雷。平安无法再在木楼上指挥。燕军乘势四面冲杀，官军大乱，都指挥邓戬、陈鹏被燕军擒获。吴杰平安军退入真定城中。
这一仗，官军损失六万余，军资器械也多为燕军所得。然而燕军虽胜，也颇为不易。第二天，朱棣派人把那面箭如猬毛的军旗送还北平，并写信告诉太子，要谨慎收藏，留给后世子孙看，让他们得知今日御祸艰难。都督顾成是位久经沙场的老将。
顾成从小便随朱元璋起兵，见过各种激战。此时他因被俘已投入燕军，辅世子在北平居守。他看到这面战旗，不禁感动得潸然泪下，他对太子说：“臣自幼从军，多历战，今老矣，未尝见此战也。”所可异者，白沟河，夹河，藁城三战，燕军皆得风助，实为侥幸。
燕军乘胜南下，走顺德、广平、至大名，河北郡县多降附，形势急转直下。
朝廷听说盛庸在夹河被朱棣率军打败，顿时一片惶恐，一时间竟无人出高策对局势有所挽回，而是再次宣布贬逐齐泰、黄子澄，以取消朱棣兴兵的口实。上次，齐、黄被罢，朱棣不予理睬，这次齐黄被贬，更见朝廷的无能。朱棣知道朝廷是不会就此服输的，朝廷也明白朱棣不会就此罢兵。朝廷将齐黄明为窜逐，实派出募兵，朱棣抓住时机，上书朝廷申诉冤屈，在出兵上争取舆论，暗中秣马励兵以图再战。
朱棣起兵之理由，说是朝廷中出了奸臣，因而称自己的造反为“靖难”。现在“奸臣”已被放逐，朱棣起兵便失去了再进军征讨的理由。但根本问题并不在于有否奸臣，而是在于争夺皇位。如果说朱棣起兵之初对这次“靖难”胜利与否尚没有胜算的话，那么，现在经过了两年多的较量，朱棣已为自己打出了一个新
的局面，他拥兵甚众，足可以挑战皇位了。
朱棣也曾在白沟河被困，于济南受挫，在东昌败北，但无论怎样说，朱棣毕竟已经打出了北平一隅之地。北平、大宁、保定一带，均已在朱棣的掌握之中，如今更迫使朝廷放逐了它的两位肱股重臣，哪怕是名义上的放逐。时至今日，朱棣能够收手吗？他能够为朝廷的拙劣策划所欺骗吗？这显然不能。朱棣懂得，要取得真正的胜利还有一段艰苦的路要走。而且，他十分懂得舆论的力量。
如果说，在起兵之时他指斥奸臣乱政，朝廷加罪还会得到一些不明真相的人的同情的话。那么，如今朝廷不计其谋叛之罪，主动放逐所指奸臣，朱棣再不撤兵甚至仍无所表示便于理难容了。
可是朱棣绝不会按朝廷划出的道走。他首先要申明“是非曲直”，向天下宣告自己是无罪受罪，接着，他尖锐地指出如今朝廷不过是“外示窜逐之名，而中实主屠害宗藩之志”，朝廷的既定方针并没有改变。朱棣以“叔父”“至亲”的名义要求朱允炆“下哀痛之诏，布旷荡之恩”，既要承认错误又要实际撤兵，不如此，这场战争将继续打下去。按朱棣的说法，曲在朝廷，而且朝廷应该首先撤兵，至于自己则是在被迫自救。
再看朝廷方面，虽表面窜逐齐黄，暗里也用其谋，遣其出四处募兵。这时，方孝孺成为朝中的主要谋臣。此人虽博学方正，但缺少机变，不善权谋，与朱棣姚广孝之老谋深算，形成对照。
朱棣的上书至南京，方孝孺认为这正是缓滞燕兵的机会。他向建文帝提议对朱棣的上书给予回答，用来松懈燕兵的斗志。书信往还至少也需一两个月时间。
燕军久驻大名，又将值暑热淫雨季节，不战自罢。
这期间，官军各路兵马已逐渐集中，只待远路的云南军队来到，便可对燕军展开大战。方孝孺还建议，调辽东军马攻永平，调德州军马扰北平，其根本之地受敌，必然撤兵归援，那时，大军齐集，追蹑其后，定可一举而破燕兵。方孝孺敦促说：“事已垂成，机不可失。”建文帝听了方孝孺的议论，觉得很有道理，决定派遣大理少卿薛岩等奉诏到燕军宣布休兵。建文帝令方孝孺草诏，大致说：赦免燕王父子及诸将士之罪，使归本国，勿预兵政，仍复王爵，永为藩辅。
四月十六日，薛岩带诏北上燕军，他随身还携带了数千张用小黄纸印的宣谕，到燕军秘密散发，让燕军将士都明白朝廷的钦令，不要再追随叛贼。
薛岩，来到燕军。朱棣读罢诏书，冷笑说：“帝王之道，自有弘度，发号施令，昭大信于天下，岂可挟诈，以祖宗基业为戏耶！”岩等俯伏惶恐久之。朱棣说：“诏语如是，尔承命之言何如？”岩曰：“但欲殿下释兵，来谢孝陵，则兵可息。”朱棣曰：“宗藩阽危，祸难不已，社稷深忧，必执奸丑献俘太祖，以谢孝陵，我之愿也。所典之兵，受之皇考，以为护卫，用备不虞。制度已定，难以更改。
今欲释兵，是以徒手待缚，此奸臣谬计，欲以欺人，虽三尺童子不为所罔矣。”
朱棣说着手指怒目金刚般的侍卫将士说：“有丈夫者！”薛岩惶恐不能回答。诸将士持刀按剑，喧哗不已，要求杀死薛岩。朱棣自然也不相信诏书中关于撤军的许诺，或者说他自己根本不愿接受朝廷提出的条件。
然而朱棣知道现在朝廷既然放逐齐黄，既然派来命使，他也不能表现得气量过于狭窄。现在是他争取天下舆论的时候。他拦住愤怒的将士说：“奸臣不过数人，（薛）岩天子命使，毋妄言！”在众怒目而视之中，薛岩战栗不已，大汗淋漓。
他倒不一定是怕死，他自己也感到不解的是在这个场合本当慷慨陈辞，舌战群儒，而如今变得拙嘴笨腮，这样岂不有辱使命了吗？朱棣的话虽为他解了围，但他的心并不因此而安。朱棣对诸将说：“吾见薛岩等言媚而视远，此来觇我虚实，非求和也。宜耀武以示之。”于是，朱棣传令各军集合列队，请朝使检阅。薛岩整理衣冠，振作精神，依朱棣的安排阅视燕军。官军在前线失利，这是举国皆知事实，但数十万官军为什么竟会与燕军不能相敌呢？薛岩也真想看看燕军究竟如何。薛岩随燕军中官登高阅视，但见燕军营寨相连，一望无边，绵亘百余里。营间戈甲旌旗照耀原野，将士驰射操练，钲鼓宣呼，惊天动地。
薛岩本来是一介书生，虽身为大理少卿，哪见过如此阵势。燕军强大威武的军容，不禁令薛岩暗中咂舌。作为命使，薛岩受到款待，在燕军中一连逗留数日。
他对燕军的更进一步了解，使得他对这场战争还能否打下去产生了怀疑。他来这里，本来是为了传布钦命，劝说燕王，想不到却成了燕王的精神俘虏。
朱棣派中使护送薛岩出境。临别，朱棣对薛岩说：“归，为老臣谢天子。天子于臣至亲，臣父，天子大父。天子父，臣同产兄。臣为藩王，富贵已极，复何望，天子素厚爱臣，一旦为权奸谗构，以至于死。臣不得已，为救死耳。幸蒙诏罢兵，臣一家不胜感戴。但奸臣尚在，大军未还，臣将士心存狐疑，未肯遽散。
望皇上诛权奸，散天下兵，臣父子单骑归阙下，惟陛下命之。”朝廷根本不相信
朱棣会就此罢兵。朱棣也不会相信朝廷会真的遵守诺言。双方都在故作姿态，要求对方做出实质性让步。
薛岩回归南京，向建文君臣详说此次燕军之行。他带回来一个信息，燕军军容整肃。上下一心，战场上既不好对付，用计谋也难让其上当。
在使命往还之时，燕军与官军之间的较量也没有停止，双方都在做出新的布置，酝酿着一场新的大战。
薛岩出使燕军的时间是在四月十六日，就在五天以后的二十日，总兵官盛庸便令驿马传书吴杰、平安，领兵会合德州以图北进。薛岩离开燕营后不到十天，彰德各处及德州的兵马就袭击了燕军的运粮兵，杀死数百人，并活捉了指挥张彬。
五月十五日，官军又一次袭击燕军饷道。官军的行动令朱棣不能容忍，总兵官调兵的驿书，又被燕军截获。这些，都成了朱棣拥重为逆的新的理由。为博得舆论的同情，说明曲在朝廷，朱棣于十五日派指挥武胜再次上书朝廷，质问朝廷“遣使息兵”是诚是伪。
朱棣进一步蛮横狡辩，说自己拥兵是奉了“皇父明训”，朱元璋在世时曾命他节制北平、辽东、大宁、宣府的军马，既然受命于太祖，那么“岂可委捐”？
十分明显，这种狡辩是不合逻辑的。朝廷要朱棣撤兵，可以说与朱元璋命他节制诸军毫无关系。
朱棣说，如果朝廷真的“以社稷为重，宗藩为心，宣大信于天下”的话，就不会计较燕军所控制的蕞尔之地了。“普天之下，莫非王土，率土之宾，莫非王臣。”如果任何一位亲王都可以凭借武力，随意占领“蕞尔之地”，那将置朝廷管治于不顾，最后，他又摆出一幅只有他才是祖业维护者的架子。并企图用“亲亲之义”打动建文帝，而其核心要求是朝廷撤兵。
但是建文帝并不为其所动，将武胜关进锦衣卫监狱。
朱棣听到武胜入狱的消息，知道使节战就到此停止了。这也就等于是朝廷决定与燕军再次开战的宣言。
朱棣说：“今武胜既执，则志不可转。自古敌国往来，理无执使，但执使，即为挑衅。其所以若此是必欲见灭我矣。岂能匏系于此，为人所制乎？”朱棣分析了一下官军形势，他认为其精锐都集中于德州，其资粮，都须经过徐、沛。他于是决定调轻骑数千，烧其粮船。这样，则德州之饷必不给，众必瓦解。然后严
师待之，以逸击劳，以饱击饥，定会取胜。如此一来，朱棣派便遣都指挥李远等率六千骑，扰官军饷道。
为了接近官军，使之不疑。李远等人换上官军的甲胄，但又怕两军临阵，彼此不分，便约定临战时每个战士都要在身后插上一把柳枝。李远等人直驱东南，渐入官军控制的地区。他们一路来到济宁谷亭、沛县，敌人竟然没有发觉。
官军在此的全部积储付之一炬，粮船数万艘，粮数百万尽行焚毁，军资器械俱为煨烬。河水尽热，鱼鳖皆浮死，漕运军士惊骇而散。这一仗不仅使德州驻军的粮饷难以供给，而且震动了京师。盛庸听说官军粮饷被焚，派裨将袁宇领步军三万，邀劫其归路。李远知袁军逼近，就在村中设伏兵，而以少数骑兵将敌兵诱入埋伏。官军大败，战死万余人，损失战马三千匹。
朱棣驻军大名，在派兵赴沛县前后，分兵骚扰彰德。彰德在河南。由都督赵靖率师把守。府东北有尾尖寨，为晋以来所置古堡。地当要冲，路经险隘。官军在此也驻有军队，并动员当地百姓共同把守。以阻挡燕军饷道，与彰德相犄角。
朱棣设计，派骑兵数人每日往来于彰德城下，扰其樵采。守军来追则引去。城中乏薪，出于无奈，往往拆屋为炊。这时朱棣说：“贼窘迫，遥见人少，必来追，吾必擒贼，使其闭门，不复敢出。”于是，派人伏兵于城旁山麓，另派几名骑兵到城下诱敌。官军果出城来追，正中埋伏，仓惶奔入城中，从此不敢出城。继而，朱棣派兵进攻尾尖寨。通向尾尖寨的路十分狭窄，只容一人通过。元末大乱，乡民聚众自保，虽仅数百人，但数万兵攻之不能破。
朱棣分析形势，认为硬攻不易得手，只会白白死伤士卒。于是他决定暂缓进攻，待敌人稍有麻痹，再以计攻之。不久，燕军出钱找到一个熟悉路的人为向导。
命都指挥张礼带兵千余，乘月夜往攻尾尖寨。这天傍晚，天下小雨，张礼屯兵寨下。他挑选了勇士十余人偷偷攀登近寨，杀死守关者，留其一人引路直抵寨门。
燕军突然举炮，守军惊乱。
守寨军民以为其寨不可守，纷纷投降。接着，林县守军也率众举城而降。
尾尖寨攻下后，朱棣派人前去招降赵清。使人入彰德，说明来意，赵清令其传话给朱棣：“殿下至京城日，但以二指许帖召臣，臣不敢不至。今未敢也。”使者回报朱棣，朱棣甚喜。他想到了攻下南京之日，天下传檄而定，谁敢不从。燕军继续南进，离北平日远。南进既不能速决，北平则很有后顾之忧。这时，驻守
真定的平安料定北平空虚，就率兵北上进攻北平。官军营于平村，离城五十里，扰其耕牧。燕世子朱高炽督众固守，遣人急驰南下燕王军中告急。朱棣正担心德州的官军可能会乘虚北进，没想到平安军会进攻北平。
燕军急还师至真定。这时世子送来消息，说是北平被围，朱棣召都指挥刘江商议对策。刘江慷慨请行，并表示正在考虑如何对付。这时朱高煦也请求与刘江一同先行北上。刘江说，就这样走不行，如此疲于奔命，徒为敌人耻笑。过了一会，刘江计上心来。对朱棣说：“臣策成矣！”朱棣十分高兴，招呼备酒送行。刘江与朱棣约定：“臣至北平，以炮响为号。二次炮响则决围，三次炮响则进城。
若不闻第三炮则臣战死矣。臣若入城中，既闻外间救至，则守城军士勇气百倍。
宜令军士人带十炮，为殿者放炮常不绝声。则远近皆谓大军既来，平保儿必骇散矣。”保儿是平安的小名。朱棣大喜。决定就照刘江说的办。于是，他派都指挥刘江率千余人回北平。令其一路要虚张声势，造成大军回师的假象。他还嘱咐说：
“你引兵渡滹沱河，由间道而行，大张军声，多设间谍。若遇贼少，可击则击之。”
如果“贼众我寡”，便“昼为疑兵，多引旌旗，相属不绝；夜多张火炬，使钲鼓相应。”那样，“贼必谓大军回，惧而不进。汝急趋入北平。若贼来侵境，会守城军兵共击之。”然而虚张的声势，并没有使官军放弃袭击北平的行动。刘江回到北平，会北平守军出击官军，平安才败走，还师真定。
这时这场打了两年多的战争，已经渐入胶滞状态。朱棣大军徘徊转战于北平河南之间，难向南推进，官军阻止了朱棣的攻势；但却无法扼制燕军，而燕军骚扰饷道，又给官军带来了很大困难。交战双方都想要摆脱这种局面，各自在寻找新的机会。
朱棣共有四子，长子朱高炽为世子，此时坚守北平，但朱棣并不十分喜欢他，而更偏爱狡黠聪慧的朱高煦、朱高燧。朱高煦随朱棣靖难军中勇武善战，不仅屡有战功，而且曾救朱棣于危难，因而最受朱棣钟爱。
朱高煦本人当然也觉得凭自己的本领，不甘屈居人下。他也明白，如今随父王靖难，目的在于夺取皇位，而朱棣一旦做了皇帝，那世子就会成为太子，成为当然的皇储。这似乎不太公平。如此出生入死，岂能为他人做嫁衣裳！燕府宦官中有位黄俨，与朱高燧甚为要好。他知道朱高燧的心思，也了解朱棣的偏爱。他与朱高燧共谋排陷朱高炽，同样意在取而代之。
陕西布政使司佥事林嘉猷，是方孝孺的学生，与方孝孺同为宁海人。这位佥事在洪武年间以儒士身份赴四川校文，建文初年入史馆为编修。他曾因事到过燕王府中，知道朱棣朱高燧与朱高炽之间的矛盾。这事他曾对方孝孺说过。
此时，南北战争相持不下，方孝孺认为这是个很好的机会。他向建文帝建议利用这一矛盾，使朱棣、朱高炽父子互生嫌疑，迫使朱棣撤兵安定后方。于是，建文帝命方孝孺给朱高炽写信。派锦衣卫千户张安暗中带往北平，送给朱高炽。
朱棣带众兄弟南征北战，朱高炽留守北平，为自身考虑，当然也会竭尽全力。
他知道朱棣并不很喜欢他，而朱高燧又处处与之为难，自感处境艰难，因而时刻惕励，事父王兄弟惟恐不谨。这时朱高炽突然接到朝廷送来密信，不禁大惊。
南北兵戈相见，实为寇仇。虽然交战双方信使往还并不逾常情，但既为天子命使，为何不光明正大地送来而要派人潜身密行。其中必有奸计。一封密信已经将朱高炽置于尴尬之中。且不论信中所言何事，只要朱高炽接了，便会在朱棣面前落得个与朝廷私相往来的罪名，若不接此信，也无法向朱棣解释为何朝廷来人与自己联系。朱高炽不免左右为难。
朝中来人传书世子，在北平弄得满城风雨，朱高燧黄俨自然完全知道。他们认为这件事正好为他们提供了打击世子的机会，因而一听到消息，就派人驰赴军中向朱棣报告。
朱棣率军在外，时刻惦念家中，听说北平来人便急忙传进，原来是朱高燧寄信来，说是朝廷与世子通密谋，命其归顺，许封王爵。朱棣不禁大惊。朱棣最担心的是后方不稳，归路截断，朱高燧的话绝非空谷来风，不敢深信而又不能不信。
朱棣与世子之间嫌隙已非一日，他乘朱棣帅师在外而与朝廷联手也不是没有可能。
朱棣问这时侍立在侧的朱高煦，高煦自然不会站在世子一边，他说，世子从来便与皇太孙朱允炆相友善，高燧所报绝不会错。朱棣疑心渐重，且渐生怒火。
已经在盘算如何除去此心腹之患。正在此时，帐外忽报世子信使到。
原来，朱高炽与谋臣商议，终决定对朝廷的信不启封，将其连同送信人张安，一同送往朱棣军中，以此表明心迹。朱棣先读世子来信，又拆读朝廷给世子的信，不觉出了一身冷汗，遽然喊道：“嗟乎！几杀吾子！”他下令将张安囚禁。一场风波总算平静了。
朝廷仍在继续组织力量以对付燕军。盛庸传檄大同守将房昭引兵南下，房昭由紫禁关东进，袭击保定及周围诸县。房昭动员当地民众上山结寨，其首领授以指挥。千百户之名，房昭带兵驻守易州两水寨。两水寨在万山丛中，房昭想凭险久据于此，并进而窥伺北平。果能如此，将会对燕军造成威胁。朱棣说：“保定肱股郡，保定失，即北平危矣，岂可不援。”于是马上下令班师。
八月，燕师北渡滹沱河。到达完县境内，凡各处结寨自守者，悉击破之，朱棣令孟善镇守保定，同时调集兵力，待机破房昭军。
这时，谍报探得吴杰遣都指挥韦谅正在率兵万余为房昭转饷。朱棣便决定用切断敌军饷道的老办法，以瓦解房昭军。他说：“昭据西水寨，寨所乏粮耳。使真定饷入，昭得固守，未易拔也。”他亲率精骑三万，击破韦谅，又令朱荣等以兵五千围定州。
朱棣之意以为：房昭军被围，真定守军必来援救，但是不久前吴杰等被燕军战败，惊魂未定，其援兵所进必不锐猛。如果朱棣本人率一支轻骑袭击定州，故意给敌军留出空隙，真定守军必定会乘虚迅速来援。他令燕军据险以待，一旦援军到，朱棣便回师合击，必胜无疑。援军败，寨可不攻而下。
房昭寨久被围困，天已渐寒。而官军多南人，多惧寒冷衣单不胜霜月，朱棣令习吴歌者近寨唱歌，以动军士思乡之念。万山丛中夜夜吴歌四起，官军闻之往往洒泪，斗志尽解，甚至出现偷偷下寨投降者。
九月中旬，朱棣分兵赴定州。官军出真定，迅速北援。十月初一，由都指挥花英率领的援兵果然来到易县西南百里的峨嵋山下。朱棣率轻骑五千宵行。是日平明。亦赶来与围寨军合兵。官军都指挥华英、郑琦以马步军三万余列阵待敌，朱棣纵兵击之。
朱棣作战的老手法是善抄敌后，这时又令勇士执旗登山，潜出敌后，待占领敌后山头，便大张旗帜。官军见身后已布满敌兵，无不惊骇，斗志全消，纷纷溃败。官军被斩首者万余级，坠崖死者甚众。都指挥华英、郑琦、王恭、指挥詹忠等相继被俘，惟房昭、韦凉走脱。
破西水寨后，朱棣率师返回北平。这段时间里，驻守辽东的官军也在向西推进，守将杨文带兵包围了永平，并以游兵万余抄掠蓟州、遵化诸郡县，对北平造成威胁。驻守永平的燕军主将郭亮飞报北平。朱棣马上命都指挥刘江带兵往援。
刘江临行，朱棣向其面授机宜。朱棣料定官军闻知北平援军至，必会退回山海关。
他要求刘江“慎勿追之。”然后如此如此，则官军必败。
刘江到永平，杨文等果然退回。按朱棣的策划，刘江在永平驻守一段时间，然后大张旗鼓地，整饬队伍撤出永平，说是要回北平。刘江带大队人马缓行出城不过一二程之遥，复又收卷旗帜暗持甲兵乘夜趋回永平城中。
官军只知刘江撤出，却不知其撤而复归，杨文等又卷上重来，袭击昌黎。这一形势，完全在朱棣所料之中。刘江出其不意，大败官军，斩杀数千人，擒获将领王雄等人。
自从派薛岩投书以来，纵观这一时期的整个战场，对燕军并不有利。朝廷的运筹帷幄，也可谓深思熟虑，布置周密。朱棣带师远离北平，吴杰、平安、盛庸等遮其饷道，继而平安乘虚直捣北平，同时，房昭从大同入紫荆关，扰保定、易州，杨文自辽东经昌黎同时向北平推进。
战场以外与之配合者则有张安行离间之计。弄得朱棣在内几乎误杀世子，在外也只能穷于应付。然而似乎稳操胜算之局竟似与朱棣打成个平手。官军所以不能得胜，固然由于朱棣不敢贪功冒进而断然撤军，维护根本，但官军诸路未能及时配合，因而错过了取胜的机会。
在盛庸与朱棣大战没开始之前，派房昭出紫荆关、杨文出山海关，直捣北平，以盛庸牵制朱棣主力，使之不得还救北平，则北平未必不能攻克。
然而，官军在德州、真定相继失败之后。辽东、大同才先后来会师，而杨文，房昭未能很好地配合，真定之兵又未能尽力阻挡朱棣北还，盛庸在德州又无所作为，最后终被朱棣个个击破。官军的调动运转不灵，朱棣的机变善战，在这里都能看得清楚。
朱棣善战是不容置疑的，然而彻底打败强大的官军，也绝非轻而易举之事。
此时算来，朱棣已经起兵三年，众将士前仆后继，浴血奋战，虽然常乘胜逐北，但也屡陷险境，所克城邑，兵去旋复为朝廷守。三年所得只永平，大宁，保定三府，许多骁将勇士战死疆场血染黄沙。朱棣的部下欣然跟随他南征北战，倒并不全然由于朱棣善于驾驭。
在他们看来，朱棣是个龙种，迟早会当皇帝。一旦朱棣做到皇帝，拥戴他的人便都会成为功臣而飞黄腾达。他们实在是为了自己而战。转战三年，风霜雨雪、
剑影刀光，使众将士厌倦了。他们迫不急待地要把朱棣抬上皇帝的宝座，自己也好平步青云。现在不是除了北平之外又得了三府吗？就做这几府的皇帝也好！在北平做个小皇帝，画疆自守，也不是不可以，可是朱棣拒绝了这一具有诱惑力的建议。他对群臣说：“我之举兵，所以诛奸恶，保社稷，救患难，全骨肉，岂有他哉！夫天位惟，焉可必得？此事焉敢以闻？待奸恶伏辜，吾行周公之事，以辅孺子，此吾之志，尔等自今甚勿复言。”其实朱棣心里比诸将士更急，当皇帝是他梦寐以求的目标，可是他也比诸将士眼光更远大，胸怀更雄野。他绝不会偏据北方一隅的，他要做个堂堂正正的大明皇帝。他这个心事，如今还不是宣布的时候。就此当小皇帝，或明言将来要就大位，岂不自乱了阵脚？现在虽有北平、永平、大宁、保定诸府，而天下之大，朝廷之势力未消，真的较量下去，胜负之数并不清楚。
然而，朱棣志在必胜，也确有获胜的胆魄。现在权且还称为保社稷，大不了不过行周公辅成王之事，藏起锋芒，收揽民心，朱棣确是个玩弄权术的高手。遥想其父朱元璋起事之时，朱升建议他“高筑墙、广积粮、缓称王”，二人一拍即合，收起锋芒，积蓄力量，静观群雄相斗，待其非败即伤时，出而收拾残局，稳稳当当地登了大位。
朱棣此举虽然并非出自乃父亲授，但他抓住了权力之学的精髓，也难怪有人称他酷类先帝了。可是，朱棣与众将士的这一讨论，毕竟暴露了他们有当皇帝的打算，而朱棣更声称“天位惟，焉可必得”，有不得已的难言之隐，此事张扬下去对他们的形象极为不利，特别是不能让后世史臣知道。
朱棣的一番话，没能使群臣死心，都认为朱棣可能是故作谦逊之辞。这可能也是周公定下的规矩，帝王即位，要有臣民三次劝进，一示帝王谦谦有礼，二示其事顺乎民心，接着宁王朱权又来三劝，朱棣仍然坚辞。三劝而后，朱棣仍然不允，看来这回是真的了，不可再劝了。
朱棣虽不同意马上即皇帝位，但对众将士的忠心是颇为嘉许的，他心中自然十分高兴。他不能让众将士就此一无所得。他下令赏赐将士，给有功之臣加官进爵。
朱棣赏赐将士的同时，又将投降的顾成升授为后军都督府右都督，决心再次南伐。
燕王回到北平，朝廷上下不免沾沾自喜，廷议都说燕师山没劳苦，军力薄弱，他们爱听前线的捷报，并不认为形势会有什么危险，他们甚至故意扣压坏消息而假装听不见。而有时官军确也能打一些胜仗。如就在本月，平安便在杨村打败了燕将李彬。
然而形势正在潜伏着危机，一些明眼人已经看得清清楚楚。早在这一年六月，观海卫指挥张寿，酒后不禁说了几句真话，认为国事危急实堪忧虑，不料这话犯了当政者的大忌，观海被以“妖言”罪处死。
建文君臣提倡以儒家学说治国，对宦官约束很严。尽管宦官奉命出使、监军等等是皇祖朱元璋留下的陋规，但自那时起，宦官便不得为所欲为。后来一些中官奉使四方，依势侵暴吏民，各处多有告诉。朱允炏下诏所在有司逮治，决不留情。
这一严厉措施，颇招致了宦官们的不满，其时河北、山东战事方殷，这些宦官都希望燕军能够得胜。这样不仅可以报仇，而且由于拥戴之功将来肯定不会吃亏。于是一些被黜的不法中官，先后北上投奔了朱棣。就是那些仍留在南京的，也无不怀有二心。
如今朝廷倾全力阻击燕军，致使燕军迟滞河北，难得南进。而相比之下，南京的防卫显见空虚。这些宦官们就悄悄将南京宅虚之状密报燕王，意在诱其避开大军，直捣南京。
宦官们所提供的消息，使得企图摆脱不进不退的困境的朱棣，豁然开朗。他慨然叹曰：“频年用兵，何时能止？要当临江一决，不复返顾矣！”朱棣决心直下南京。
这时官军主力全集中河北山东一带，把守南京门户的是驸马都尉梅殷，这年十二月朝廷派他为总兵官镇守淮安，防止燕军南下。
梅殷，字伯殷，是河南侯梅思祖的从子。他天性恭谨，有谋略，尤长于弓马。
洪武十一年，成了朱元璋的乘龙快婿。其所尚之宁国公主便是朱元璋的第二个女儿。朱元璋的大女婿李祺，是韩国公李善长之子。
洪武二十年，李善长牵连到胡惟庸案叶被杀，这时李祺已死。梅殷在诸女婿中便为长了。在十六个女婿中朱元璋最喜爱梅殷。那时，曹国公李文忠典国学，梅殷受命巡视山东学政，因为事情办得出色，朱元璋曾经赐敕褒美，夸赞他精通
经史，堪为儒宗，当世无不以为荣耀。
朱元璋晚年，诸王势力强势。朱元璋为之很是忧虑。他曾把梅殷密秘召到身边，嘱咐他将来辅佐皇太孙。如今燕王发难已经三年，日日向南方逼近，正是梅殷出力之时。他召募淮南民兵，号称四十万之众，严阵以待。朝廷还派左军都督佥事徐真，右军都督佥事马傅率偏师北进御敌。
朱棣出师之前亲自撰写祭文，祭奠天下阵亡将士。被祭奠者不仅有燕军中之阵亡者，也还包括官军中之战死者。不管如何公开宣传，朱棣心里很清楚，这场战争实际是他发动的。驱天下之兵马于刀兵之阵，陷南北之人民于祸乱之中，即使上天不谴责，民心也是不会嘉许的。朱棣惯于争取民心的手法，他的祭奠，不过是想让更多的人为他去死，杀了人，还想让人称颂他的仁义之心。
同时，朱棣还将在永平擒获的辽东指挥王雄等七十一人释放，令其归还本卫。
王雄等临行前，朱棣向他们进行了一番说教。当然仍是“奸臣浊乱朝纲，废成法屠我诸王昆弟以危社稷”，因此不得已而起兵的一番话。
但这时朱棣不仅以释放战俘故意示恩，而且又常把天下生民挂在嘴边。他说：
“每战擒获将士，思其皆我皇考旧人，为奸臣驱迫战斗，盖出于不得已，实非本心，念其皆有父母妻子朝夕盼望，悉放遣之。故今亦释尔等。”杨文军队在蓟州、遵化一带纪律不佳，给无辜百姓带来不少祸患。朱棣抓住这一点，指斥杨文暴虐，这不仅更显己之高致，而且意在离间其上下之心。朱棣这一举动收到了效果，王雄等无不被感动得痛哭流涕，对于杨文则颇生怨愤之心。朱棣此时释俘，更有深意。他每当南征，总不免后顾之忧，辽东一翼之官军如同他心腹之患。如果王雄等回到辽东能对杨文有所掣肘，那么他的南征就可大大放心了。
十二月十二日，朱棣誓师南征。他要争取民心，竭力把燕军打扮成义师。但古来兵匪一家，少有行军不祸及无辜者。朱棣虽然指斥了辽东官军的残暴，但他同时感到必须对自己的部下加以约束。
半个月后，除夕将近，朱棣的大军驻营蠡县汊河。燕军的目的是避开真定和德州的守军，从二者之隙直插山东进入淮北。但德州与真定之间，也不一定会毫无阻挡，时刻都可能遇到官军的游骑。朱棣首先派李远带八百骑兵侦察官军动静，扫清道路。
官军并没有因为新年而放松戒备，大年初一，李远来到藁城，正遇上驻守德
州的都指挥葛进领马步官军万余人渡河北上。李远兵少，不能硬拼，他抓住战机，乘官军渡河还没结束，出兵击之。官军见到燕兵冲来，稍稍退却进入林间，意在邀李远来战。
这时双方都下了马徒步而战、短兵相接。官军见李远兵少，产生轻敌之念。
李远一退，官军便追，殊不知这是李远诱敌之计。李远乘机分兵潜入敌后，把官军的马匹全部放跑。李远突然反攻，官军退却，发现马匹已经不见了，军心大乱，李远带兵乘势冲杀，官军大败。这一仗官军被斩首四千余级。许多军士溺水而死，不少马匹落入燕军手中，葛进逃脱。
燕军首战得胜，朱棣大为高兴，赐玺书慰劳李远，称赞他的轻骑八百，出奇应变，破敌万人，其功壮伟，即与古代名将相比也不为过分。尤其是这一天是新年的第一天，本来寒冷凄穆的军旅之中顿时充满了喜庆气氛。朱棣下令对能奋忠效力的李远所部将士加以褒奖，前锋交战都指挥以下以至军校，皆升一级。
燕军南下的同时，官军则在北上。他们想在朱棣退回北平时候乘势出击。平安带领数万兵马从真定出发，意欲收复通州，朝廷正月初一下令魏国公徐辉祖率京军往援山东。李远在藁城击败的葛进，即是官军北上之先锋。
朱棣锐意南进，又派朱能带一千轻骑往衡水哨探，正与平安北进之兵相遇。
不幸的是平安的兵一战而败，损兵七百余，失马五百余，指挥贾荣也被生擒。
朱棣挫败了东西两翼之敌，便又带兵从馆陶渡卫河下东阿，拔东平，陷汶上，所向披靡。再向前推进就是孔子的老家曲阜了，但朱棣率军并未进曲阜之境。因为既然是自称仁义之师，那么在圣人面前便不能不装得是通达情理的一般。
这场战争，不仅是军事上的较量，也是道义上的抗衡。朱棣逐渐地意识到争取军心民心的重要性。燕军经过馆陶时，朱棣见一士兵因病卧倒在道旁。他立即命身边的人牵过自己的从马，扶病员骑上，未想身边的人都说，大王的从马士卒不宜乘。朱棣说：“人命至重，马岂贵于人乎？今病卒不能行，不以马载之，则遂弃之耳。战用其力，病而弗顾，是爱人不如爱马也，宁辍马以乘之。卒既获济，马复何损！”燕军继续向南进，正月十五日攻沛县。本城知县名颜环，字伯玮，庐陵人，是唐代大书法家鲁国公颜真卿之后，聪敏介直，能文章，善事父母，友于兄弟，睦于族姻，乡党称其六行无异辞。
建文元年，朝廷征求人才，伯玮以贤良应选，受命担任了沛县知县。燕王起
兵之初，李景隆屯兵德州，淮北民终岁转饷。颜伯玮善为规划，调度有方，使民不告劳而使德州粮饷不困。建文三年六月，燕军掠济宁，游兵过沛县，沛人窜匿，伯玮设法招徕。后为阻止北军南下，朝廷命于此地没立丰沛军民指挥司。颜伯玮乃召集民兵五千人，筑为七堡，坚守待敌。
但后来由于山东战事告急，三千人被调去充实前线。所存仅疲弱不堪战斗之兵。这时，燕军突然南下，伯玮知力所不敌，便派遣县丞胡先百夫长邵彦庄密至徐州告急。但援兵竟久而不至。伯玮知道败不可免，便命其弟颜珏、其子颜有为还家侍父，让他们告诉父亲，“子职弗克尽矣！”而自己下定决心与城共存亡。
颜珏清楚知道自己职位卑微，再则大势已难以挽回，不敢企望垂名青史，但为人臣者便当尽臣节，而临死犹不忘救生民于水火。六月十三，燕军攻破县城东门，守城指挥王显竟开门投降了。颜伯玮见自己尽节的时刻已到，便仔细服好冠带，登上公堂，向南礼拜，痛哭大呼：“臣无能报国矣！”自颈而死，时年五十岁。
燕军破城而入后，主簿廖子清，典史黄谦也都被执。燕将想释放廖子清。子清不愿偷生，表示：“愿随颜公地下。”慷慨就义。燕将又派黄谦往徐州招降，黄谦坚决不从，也从容赴难。
燕军进逼徐州，支将王聪进攻萧县。知县郑恕率众拒守。城破，郑恕殉难。
此次朱棣挥军南下，意在长驱直入。但以徐州当南北咽喉之地，岂能不思夺之。即使夺取后弃之而南进，也可使徐州的守军不敢摄其后方可。况且这时燕军已令各营军士四出筹集军粮，正是燕军虚弱易遭攻击之时。朱棣与诸将商议了一个破敌之计。
燕军将重兵埋伏于九里山下，且以百余骑藏于演武亭。朱棣命几个骑兵往来徐州城下，意引城中守军出城。官军虑有埋伏，坚守不出。燕军见状便在城外烧毁民房又向城中大喊大骂，有一个骑士还向城上射了一箭。直到傍晚，这些人才撤回。第二天，这批人又来到城下挑战。城中守军不胜气愤，便打开城门，派五千人渡河追击燕军。
追兵刚涉河之时，便听一声炮响，燕军伏兵冲出，官军仓促应战。这时朱棣本人带领几名骑兵绕出敌后，断其归路，使敌人腹背受敌。官军崩溃，众人争相夺桥入城。不料，桥突然断裂，士兵们纷纷落水。被杀死或溺水而死者，竟有三、四千人之多。守军吃了这一亏之后，再也不敢出城，哪怕是燕军单骑往来城下，
也不为所动。燕军在徐州城外逗留近将一月，得以从容整修筹粮，竟不受城中守军干扰。
燕王准备开赴宿州。朱棣外祖父徐王便居于此地。这徐王姓马，是高皇后马氏的父亲。元朝末年，马公以杀人亡命定远。在那里他结识了郭子兴，并把自己的三女儿托付给郭子兴。这三女儿后来被许配给朱元璋，就是后来的马皇后。朱元璋做皇帝的时候，马公及其妻郑氏都已经死了。他们并没赶上好日子。
洪武二年，朱元璋追封马公为徐王，郑氏为王夫人，同时在太庙之东建立祠堂供奉烟火。祠堂落成之日，马皇后亲自奉安神主，在祝文中自称“孝女皇后马氏谨奉皇帝命致祭。”洪武四年，朱元璋又命礼部尚书陶凯到宿州的坟前立庙，朱元璋亲自撰文致祭。马公夫妻在黄泉之下落得个身后之荣。
宿州已现在众人眼前，朱棣告诫众将士说闵子乡是外祖徐王坟之所在，无得骚扰，违者不宥。既然朱棣一再标榜自己为高皇后嫡生，受到父母的钟爱，便不会放过这表现机会。他派都指挥李让前往徐王坟致祭，并颁钞锭赐给徐王亲族。
因为在军旅之中，朱棣不愿拿也拿不出更多的东西去换取外祖之乡感戴。他想这一万锭纸币就够了。反正这时纸币还值些钱。不用说元朝近百年间是通行纸币的，就是洪武年间也仍然强制推行纸币，民间如有擅用金银贸易的是要问罪的。
燕军到宿州，朱棣担心徐州守军会从后面追赶上来。他就派派留都指挥金铭带领游骑到景山一带哨探。官军探得金铭孤军在后，便来追赶。但金铭并不惊慌，他们列队徐行，乍进乍退。官军见此状，怀疑金铭是朱棣所设的诱敌疑兵，因而不敢上前交战。金铭故意拖延时间，待大军已经走远，便引军渡河南下。金铭来到河边，官军也已赶到。
这时只听得炮声大作。官军以为是中了埋伏，慌忙退却准备迎战。官军还没有布阵完毕时，金铭已乘乱过了河。原来，朱棣事先在河对岸只布置了都指挥冀英等少数几名骑兵，约定金铭等来到河边时鸣炮，造成设伏的假象，以掩护其过河。官军列好阵，见到河对岸并无伏兵出现，倒是金铭已经逃之夭夭，赶赴与主力汇合。官军深悔失策，但眼看着放走敌军而无计可施。
燕军接着开进蒙城，驻于涡河。这时官军主力明白了燕军南进的意图。回师追击燕军，平安率马步军四万人为先锋已经赶到。
平安的行动已为燕军知晓。朱棣命朱高煦守住大营，自己率精骑二万人带三
日干粮到离开大营百余里的地方设下埋伏。朱棣设想滨河一带林木丛密，平安军必定怀疑有伏，而肥河一带地平少树，平安军一般不会怀疑燕军在这里设伏。他命令每个士兵都要准备一束火把，使列道相连。
朱棣还告诉留守大营负责警戒的士兵如见到举火，就是与敌人发生了大战，守营大军可以相机行事。一火既举而众火相应，敌人误以为遇到了燕军主力，必会惊慌溃散。如是小战，则不举火。
朱棣等在此接连埋伏了几天，粮食差不多吃完了，也没见官军的踪影。诸将沉不住气，纷纷请求回军，朱棣态度坚决，他断定明后天官军一定会来到。第二天，各位将领又纷纷请求回师，这时是马无草料，士无粮食，他们认为这是“未遇敌而先自困。”朱棣并不为诸将的请求所动摇，他心中自有主意。
朱棣说：“贼引众远来，锐竭求战。彼深知大军南行，必袭我后，若败其前锋，则众夺气。”他打了个比方，说这如同锐利的兵器锋芒一旦摧折，其刃自钝。
朱棣仍劝众将按甲于此，再耐心等待一段时间。诸将拗不过朱棣，只得听从命令。
待到这天傍晚，朱棣命令胡骑指挥款台带领几名骑兵悄悄刺探对方情况。朱棣虽劝说诸将，其实心中如焚。他辗转反侧，难以入睡。四鼓时分，只听营外一阵马蹄声，他料定必是款台侦察回营，从床上一跃而起。他急于了解到敌人的情况，以证自己的决策是否正确。款台向他报告说敌军已经在离淝河四十里的地方下营了，他们都听到了敌人的更鼓，根据情况判断，敌军将到我们这边来。
朱棣明白就里，这才一块石头落了地，几日来紧锁的心情顿时舒展。他脸上渐渐露出得意的神色，他料想这又是一招胜算而无疑，不禁说到：“贼入吾彀中矣！”拂晓，朱棣便命胡骑指挥白义、正真、都指挥刘江各领百骑出兵迎敌。他们依旧利用诱敌入伏的老计策。他们将大部分人连续埋伏在沿路，而以十余骑掠过敌营并对敌人侮辱谩骂，挑其出战。他们商定，若敌来追，便不战而退，直到与伏兵相合。
上次从徐州南下，都指挥金铭蒂兵诱敌，是以虚当实，官军唯恐有伏不敢追击，上了大当。而这次诱敌，是内实外虚。朱棣料定，敌人接受上次不追击金铭的教训，一定会再次上当。
白义、王真他们还按朱棣所说在行囊中装满了草，伪充束帛，用以诱敌。遇敌追，则弃之于地。
到了中午时分，白义等果然与敌军相遇，这正是平安所率的官军主力。平安见到燕军不过几名散漫的骑兵，未加思索，立刻下令追来。王真等佯败走，行囊纷纷堕地。一些追兵利于财货，竟相拾取。这一跑一追不觉已走了二十余里，突然燕军埋伏呼喊冲杀而出，王真率壮士直冲官军鏖战，官军死伤无算，王真在燕军中夙称骁将，猛虽猛，但后军不继，被平安军包围了。王真受了重伤，仍杀敌数十人，他的力量渐渐不支了。
王真知道自己不行了便说：“我死也不能死在敌手。”遂自刎而死。王真是燕王的爱将，是咸宁人，洪武中，起于卒伍，积功至燕山右护卫百户，燕兵起攻九门、战永平、真定，下广昌，徇雁门，从破沧州，追南兵玉滑口，俘获七千余人，累迁都指挥使。燕王曾对臣下说：“诸将奋勇如王真，何事不成！”此时见到王真战死，真是痛如剜心。他气冲牛斗拍马上前亲自迎战。
此时，平安带三千骑兵驻立北岸高坡，朱棣带亲随骑兵迎来。平安麾下有一位胡骑指挥火耳灰者，这人素号骁勇，他本在燕王帐下供职，后来因公务调往京师，现在竟出现于前线与燕王对阵。只见他手持兵器直奔朱棣而来，眼看二人之间就差十步之远近，情况十分危险。正在这时，只听一声弓弦弹响，一箭飞出，正中在火耳灰者的马上。那马倏然倒地，火耳灰者从马上滚下，燕军一拥而上把他生擒了。
火耳灰者部下有一个哈三帖木儿也是个骁勇过人的骑士。他看到火耳灰者被擒，竟毫不犹豫地持稍冲突来救，没想到又有一箭射中其马，哈三帖木儿同样成了俘虏。燕军还想用同样的方法擒获平安，但平安早已逃得无影无踪了。这一仗，燕军还抓获了林帖木儿，所擒者都是青一色的胡骑，斩首数千余级，获战马八十余匹。
战斗刚结束，诸将便向朱棣叩头祝贺。到了这个时候，他们方佩服主帅的料事如神。幸亏朱棣没有听他们的话，否则真可能丧失此破敌的机会，那便大错特错了。朱棣对诸将的恭维十分得意。他毕竟有大将风度，善于收拾人心。
朱棣说：“卿等谋非不善，而事或有相乖。无苦自贬抑。但有所欲言则言之。
勿惩偶不中而遂默。安危与卿等同之。”他们生死的命运已经系在一起了。诸将的忠勇是绝对可靠的。既要突出自己，又要让众将感到自己的感情无处不在，这是居人上者不可缺的一项艺术。
火耳灰者被释放后没走，他愿在燕营中效力，而且成了朱棣的带刀宿卫。朱棣身边的人都耽心火耳灰者的忠诚，认为他虽然是燕军旧部下，又索称骁勇，但在官军中时间久了，其心难测，令其举刀在主帅身边是不适宜的。
朱棣听罢哈哈大笑，说：“彼皆壮士，况有旧恩！今复生之，必知所报，毋用怀疑。”于是火耳灰者被命为指挥。哈三帖木儿为百户。诸将都叹服朱棣的坦荡胸怀和推诚任人的大度，心中更暗自确信自己在侍奉一位明主。然而他们根本想不到，在火耳灰者投奔燕邸之初，即已与朱棣以生死相许，这些憨直的蒙古人是不会轻易背其旧主的。他们在阵前接连被擒获，这其中也是有其原因的。
第二天，朱棣派遣胡骑指挥薛脱欢领军前往宿州哨探，那里是敌人重兵所在，燕军南下可要闯过这一关。这时燕军已深入到官军牢牢控制的地区，不但远离藩邸，而且四面都是敌军，随时都可能遭到围击。燕军欲胜只速战一策。
而敌军此时正驻宿州，广积军粮，作持久打算。朱棣知道与官军硬战是不划算的。他决定仍用釜底抽薪的办法，派兵骚扰粮道，切断其供给。他派都指挥刘江将兵三千往徐州阻截官军粮道。
刘江竟然畏惧不前。朱棣大怒，欲将刘江处死，在诸将竭力乞请下才获免。
朱棣又派都指挥谭清领兵百余再往徐州。他到徐州遇到运粮官军运粮船便进行袭击，取得了一些胜利。既而谭清又循河而南，至淮河五河口。
这五河在凤阳府东北，东南有漴河，西北浍河、沱河，东北潼河并于此合流入淮，故称五河口，地之西北有上店巡检司。位于涣水（浍水）和淮河的交界之处，是官军运粮车船的必经之地。谭清带兵沿水陆烧毁运粮车船不可胜计。谭清回军走到了大店，不料遇到了官军。谭清兵马少，受到官军包围。谭清且战且行。
在危急之中，只见前面烟尘滚滚，突然出现一队人马。谭清大惊失色，但见那队马之中大旗上醒目地写着一个“燕”字，原来是朱棣亲自带兵赶来接应。随之冲杀的有火耳灰者，出入敌阵，手刃十余人。官军溃败，谭清引众军冲出重围，之后又与朱棣合兵向官军反击，官军大败，向南遁走，宿州失守。
官军向南败走，燕军随后追击，前后相距不过十余里。朱棣派遣都督陈文、李远前往淮河哨探，又击败了淮河守军，夺得几百匹马还差点夺了他们的浮桥。
四月十四，官军依然南逃，燕军紧随其后，相继来到小河。小河又名睢水，西从河南永成县流入，东至睢口，注入黄河。朱棣说：“贼势窘迫，必求一战，
我据险以待之，使进则槛其吭，退则拊其背，不日之内可擒矣。”他命令都督陈文、内官狗儿去河北要冲之处断水为桥，令步兵辎重先行过河，骑兵随之，然后派兵把守此桥，以困敌军。
第二天，何福率官军沿河布阵，达十余里，成左右包抄状，缘河向东推进。
朱棣常领骑兵应战，官军骑兵哪里是燕军的对手，胆怯至极，一战即溃。何福命步军蜂拥而上，争夺渡桥，又为陈文战败。何福率军上前应援，两军展开游战，斩陈文于阵中，官军乘势冲杀过桥，平安转战至北坂，挺枪向燕王刺来，眼看就要刺中，而平安的坐骑忽然马失前蹄，燕军番将王骐见燕王危急，冲入阵中，拽起燕王便走。朱棣二子朱高煦率都督张武，内官狗儿率一批勇士猛然间从林冲杀出来，与朱棣率领的骑兵合为一股，声势再起，官军不能阻挡，大败。
燕军越杀越勇。前后斩杀官军二万余人，不少人渡河逃命溺死水中，尸体堵塞，河中一时为之断流。官军将领丁良、朱彬也成了俘虏。此时，官军退回南岸，燕军也不能过河，两军隔河形成对峙之状。
几天下来，战事并无明显变化，只是天气越来越热。这时官军的粮食已使用尽了，士兵只能采野菜充饥。朱棣得知官军的情况，说到：“贼众饥甚，今与之相持，彼居南岸，便其馈饷。更一二日，运粮稍集，贼众得济，难以破之。”朱棣想乘官军粮饷不济之机，一举打败官军。于是他下令留下守桥士卒千余人不动，暗中亲自带大军辎重向东转移，在离官军三里的地方，乘半夜渡河到南岸，绕到官军之后。燕军调动完毕，官军竟然没有发觉，到了第二天早晨才发现。于是官军马上又将队伍调转，与燕军对阵。
二十二日，燕军与官军在齐眉山发生了激烈交锋，这座齐眉山不是在易川西南百里的齐眉山，当年平安引真定之军援救房昭，曾经败绩于易县齐眉山。
这座齐眉山在安徽凤阳府灵壁县西南三十里。山八字开，如同两道眉毛并列，因此称为齐眉山。两军激战，自午时至酉时，互有伤亡，不分胜负，此时大雾弥漫，战阵中难辨敌我，于是双方各自收军还营。
第二天一早，官军借大雾掩护撤离营地。大雾虽然可以隐蔽军事行动，但也给行军带来不便。官军竟然在大雾中迷失方向，在山麓绕了很久而没能离开原地。
到中午，雾气散尽，官军发现仍在原地，不禁大惊，而此时燕军已经追来，官军被迫拒守，挖壕堑以御燕军。
官军所到之处，都要挖壕筑垒，有时，士兵通宵修筑好的壕垒即将完成，第二天一早又放弃撤离，为此士兵疲惫不堪，使战斗力大受影响。与此相对的是燕军行军。不挖堑壕，不筑营垒，只是分布队伍，列戟为门，因此将士可以得到充分休息。
燕师长驱南下，有如破竹之势，深入朝廷统治的中心地区，所遇的阻力越来越大。官军不仅在粮饷供给上而且在后继援军方面都占有优势。另外，当时天气已经日渐炎热，主要是湿气薰蒸，使来自北方的士兵大为不适，他们体力困乏，甚至染上疾病。多日的相持，使燕军产生厌战情绪。一些将领纷纷向燕王请求择地休息士马。
二十三这一天，诸将相继来到燕王帐下，又向燕王提起此事。他们说：“今我军深入，与敌相持。盛夏行师，兵法所忌。况淮土燕湿，暴雨连作。我军畏热，倘生疾疫，则非我之利。”他们七嘴八舌提出解决办法，有人说：“小河东平野多牛羊，且二麦将熟，粮食充足。若渡河西择地驻营，休息士马，观畔而动，万全之道也。”面对众将的请求，朱棣心中十分着急。他已经几天没有解甲了。他没想到诸将会如此畏难，他颇有愠怒，说道：“兵事有进无退！”接着，他又耐下心来对诸将解释说：“卿等所见，拘于常算，非知通变者也。夫两敌相持，贵进忌退，今贼众屡败，心胆俱丧。粮道匮乏，士有菜色，日夜待，众志荡离，亡在旦夕。”长自己的志气，灭敌人的威风，是一个统帅必备的素质，朱棣也很善于此道。
朱棣又说：“我所以引其南来者，贼军多南士，久劳于外，孰不思家，若大败之后，各归故里，岂复能合？”朱棣很巧妙，他把本来是南军的优势反说成是弱点，若说思乡，燕兵远离故上，不是更要思归吗？朱棣可称得上是个诡辩家。
接着他又说不能渡河的理由。
朱棣说：“一渡小河，懈我士心，且贼粮饷已达淮河，相去不远。如敌得到粮饷接济，军势复振，我军便难以与之久战了。今应乘彼饥疲，截断其粮道，可以坐困，不战而屈之。”最后，朱棣又强调说：“我军深入，利已在我，不可少缓，容贼为计。”孤军深入，为兵法大忌，朱棣硬说形势有利，诸将当然不能满意，所以仍然七嘴八舌地提出反对。这时，只有朱能站出来，支持朱棣的意见。
朱能说：“用兵未必常胜，岂可因小挫系自阻？项羽百战百胜，竟亡；汉高
履败而终兴。自殿下举兵以来，克捷多矣，此小挫何足置意，但当以宗社为重，整兵前进耳。”朱能说罢，朱棣大为赞赏，抚掌叹道：“尔言深合吾心。”诸将听燕王与朱能都这样说，虽然不同意但也都不作声了。朱棣知诸将仍旧不服，但此时他已不能强行命令，他想试探一下有多少人愿意跟着他走，他估计多数人可能会支持他。于是他说：“有欲渡河者从左，不欲者右。”此话一出，多数纷纷站到了左边，只有少数几个人站到了右边，而王忠立于中间，不做可否。朱棣见众将的表现大出所料，不禁怒道：“欲渡河者，任其所之！”诸将见朱棣发怒，也都不敢再说了。这是一次决心与意志的较量。最后，燕王还是以其坚忍不拔，取得了决策的主导权。
战争胜负，往往在瞬息之间，而粮饷则是军队的命脉。朱棣决定派兵截断官军粮道，并以此分散官军兵力，他派遣朱荣、刘江等将领轻骑出击。他嘱咐说：
“若贼众，尔等且战且行，以挠其力，慎勿与鏖战。引之渐近，可驰来报。”当时官军何福欲移军就粮，朱棣亲自率大军紧随其后，白天命游骑扰乱官军的樵采，夜间派勇士偷袭官军营地，使官军不得休息。官军被迫分兵护粮。而朱棣为此又是几天不解甲了。
四月二十五日，何福带军移至灵壁，与平安合兵。并筑深堑高垒，想以持久战拖垮燕军。但朝中馈饷受阻。当时朝廷馈运粮五万石，平安率马步军六万人押饷。二十七日，朱棣率精锐万余人前来截断饷道，并派朱高煦带数万人伏于林间，以待官军战疲，突出击之。
结果官军在燕军冲杀下被一截为二，行伍大乱。这时，何福动用在灵壁的全部兵马前来援救，斩杀燕军数千，燕军的攻势才稍被打退。而此时朱高煦在林中的伏兵又起，朱棣又带兵反击，形成对官军的夹击之势。官军渐渐不支，何福遂败走，退入营中，堵塞垒门，坚守不出。
因为军粮不济，何福军不能长久支持，这天晚上，何福与军士谋划突围。他下令要求军士到第二天一亮，听到三声炮响便开始突围，向淮河一带就粮。第二天一早，朱棣不给何福喘息之机，率大军向官军营垒发起进攻。朱高煦带众将士率先登上营壁，众人蚁附而上。
这时燕军发出三声炮响，营中官军以为是自己突围的信号，纷纷向营门涌去，两军相遇，官军猝不及防，大乱。营门拥挤无法冲出，许多人从营壁上向外跳下，
掉在堑壕，被燕军杀死。指挥使宋瑄力战而死，何福单骑逃去，平安遂败。左副总兵都督陈晖前来援救，也败。
于是陈晖、平安以及右参将都督马溥、都督徐真、都指挥孙成等三十七人都成了燕军的俘虏。同时被俘的官员还有内官四人和监军副都御史陈性善、大理寺丞彭与明，钦天监副刘伯完、指挥王贵等一百五十余人。燕军缴获马匹二万余。
燕军攻破营垒，朱棣一再传令不许妄杀，军官因此投降的达十万人。这是官军空前的一次惨败。
平安带兵长期驻守真定，多次打败燕军，曾斩杀燕军骁将数人。燕将都对他惧怕三分，无人敢直接与他交锋。现在平安被俘，燕军欢声动地，说：“平安，平安，吾属自此获安矣！”燕军官兵无不想将平安处死，但朱棣深知平安的指挥才能，不忍将其处死。朱棣派都指挥费等将陈晖、平安等人送往北平。
平安感朱棣不杀之恩，终于投降了燕军。对于在军中被俘的文官，朱棣将他们一律放还。但陈性善自感监军兵败，有辱诏命，无颜再见皇上，便郑重地穿好朝服骑马跃入河中自杀了。其友黄墀、陈子方也同他一起投河自杀而死。彭与明撕裂冠裳，改换姓名与刘伯完等都不知去向。王贵因监护军饷而被俘，被朱棣释放后，取道凤阳，跟随知府徐安参与防守任务，仍与燕军作战。
朱棣带兵南下之日，正是北方空虚之时，建文帝接受齐泰、黄子澄的建议，调都督杨文，率领辽东兵十万直发济南，与铁铉合兵，以断绝燕军的退路。但这支军队刚到直沽，便遇到了燕将宋贵等人的拦击而失败，竟无一人到达济南。这时已是五月初一日。
此时，朱棣的军队继续向南挺进，五月初七到达泗州。泗州在凤阳府地界内，在府正东偏北二百一十里。南滨淮河，有汴水自城北向南流入。凤阳府是朱元璋的老家。朱棣一进泗州境，顿觉思潮翻涌。
朱棣自就藩离开南京，便未到凤阳来过，他又想起了当年与众兄弟们一道回老家祭祖坟的情景，父亲太祖高皇帝希望他们个个成材，以大明江山之牢固，没想到高皇帝驾崩大家便兵戈相向，虽此时燕军大兵压境，泗州竟是一片祥和景象，根本看不出有战争的准备。
火军开到泗州城下，只见城门洞开，守城将领指挥周景初等早已率众等候在城外，原来他们是要献城而降的。周景初先命人通报了姓名，然后向朱棣施礼。
朱棣说：“未攻城而先降，何也？”周景初说：“此处寺中有一僧伽神最为灵验，水旱疫疫必祷于神，有疑必卜问，吉凶悉响应。殿下兵未至，臣等斋诘祷于神，问‘降与守孰吉？’是夜梦僧伽神告曰：‘兵临城，速降则吉，不降则凶。是以即降。”朱棣说：“人心之灵，妙于万物，尔先觉，故神亦告。”朱棣大喜，下令为周景初等人升爵。周景初不战而降，并说托神的旨意，也许是一段附会的故事。
有人怀疑周景初早已暗中通结燕军，上面一段话，不过是为了掩人耳目。看其投降后马上被升爵，便可知这种推断大致不错。
在泗州令朱棣触景生情的，还因为这里是朱明皇室祖陵的所在地。祖陵在泗州嫔城之北，是朱元璋祖父朱公的墓。朱元璋出身贫寒，祖父之墓最初不过一黄土。朱元璋即皇帝位后，不仅加修了封土，而且设了祠祭署，有一名奉祀官专门管理祭祀，设了陵户二百九十三户。
到洪武四年，又在此地建立了祖陵庙。庙中奉祀德祖、懿祖、熙祖的神位。
洪武十九年，朱元璋命皇太子朱标前往泗州修缮祖陵，在祖陵郑重地埋葬了三祖帝、后的冠服，这祖陵尽管虚多实少，却极具象征意义。在宗法君主制社会中，对祖宗的崇拜是至为神圣的，更何况是皇帝的祖宗！朱棣带领部下恭敬虔诚地拜谒祖陵，不禁潜然泪下。他说道：“横罹残祸，几不免矣。幸赖祖宗神灵庇佑，今日得拜陵下。霜露久违，益增感怆。尚祈终相庇祜，以清奸憝。”朱棣拜毕，在陵前伫立良久，又前后左右看了半天才离去。
这时，一些住在祖陵周围的父老乡亲也陆续来到军门。这时朱棣的王号早被废除，论身份，不过是庶人，但他毕竟是龙种而且此时他带大兵压境，将来南京的宝座落在谁手，难以定论。父老们前来见朱棣，真说不上是欢迎他或拥戴他，更确切地说，他们不过作为第三者，坐山观虎斗，最终乐见其成而已。朱棣高兴地接见了各位乡亲父老，赐给他们牛酒及钞币，并加以慰问，然后命人送他们离开。
淮河是进入京师（今南京）的第一道屏障。燕军兵临淮河，使京都朝野大为震惊。大将盛庸带领马军、步军数万人、战船千艘，列于淮河之南岸。燕军列于北岸，与官军相对。
当时渡过淮河向南京进军的路线有三条，一是走凤阳，二是走淮安，二是直趋扬州。朱棣召集诸将，商议行动方案。有人主张先取凤阳，切断官军援军之路，
发大兵进攻滁州，夺取和州，集船渡江，再派一支军队，向西攻打庐州，夺取安庆，这样便可控制长江天险。另一些人说应先取淮安为根本，然后攻打高邮、通、泰，直抵仪真、扬州，这样可以放手渡江，无后顾之虞。
但这两条路线都有困难，朝廷为堵截燕军南下，已在凤阳、淮安等地布置了重兵，当时担任凤阳守将的是都督同知孙岳，知府是徐安。
燕军南下，从泗州只有突破淮河直趋扬州一条路可取，朱棣说：“凤阳楼橹坚完，所守坚固，非攻不下，恐震惊皇陵。淮安高城深池，积粟既富，人马尚多，若攻之不下，旷日持久，力屈威挫，援兵四集，非我之利。”他提出乘胜鼓行，直驱扬州、仪真，因为这两城防守单弱容易攻取。而得到仪真、扬州之后“则淮安、凤阳人心自懈，我耀兵江上，聚舟渡江，夺取镇江，连攻常州、遂举苏松及江浙，西下太平、抚定池州、安庆”。到那时，“江上孤城，岂能独守”。朱棣为诸将描绘一幅顺利夺取南京的美妙图画。
朱棣摆出一副要渡河的架式。他命将士将船只靠在岸边，编造竹筏，扬旗鼓噪，虚张声势。与此同时，朱棣命丘福、朱能、狗儿等带数百人西行二十里，偷渡淮河。这里官军并无防备。燕军过河，从后面逼进军营，鸣炮发起进攻。这突降的燕军使官军一时如坠雾中，营中大乱，指挥官盛庸无法控制局面。在混乱中，盛庸来不及上马，被部下架上了船，才得脱险。燕军偷袭成功，官军不战而溃。
大批战船被燕军缴获，大队人马顺利渡过淮河，同日，燕军攻克了盱眙。
五月十七日，朱棣派遣都指挥吴玉前往扬州招谕。官军在扬州设防严密，但扬州守将分战降两派。扬州卫指挥王礼便是主张举城。监察御史王彬、镇守指挥崇刚坚决抗战，夜不解甲，婴城固守。他们发现了王礼的异常举动，便将他囚禁了起来，其党徒也都被关入了监狱。
朱棣命人射箭送信绐城中，申明有能缚王御史降者，给予三品官。但王彬身边常有一力士相随，此人可力举千斤，人们惮于力士的勇武，无人敢靠近王彬。
王礼的弟弟王宗，为救其兄，便给力士的母亲送了大批礼物，通过她将力士骗出，乘王彬解甲而浴的时候，将其抓获。千户徐政、张胜等带领舍人吴麟等数十人将王礼从监狱放出，并抓获了指挥崇刚，开门迎降。崇刚、王彬不屈而死。
可以看出，当时朱棣的势力早已暗中伸延到南方，王礼等的出降是早有预谋的。当时与朱棣暗中勾结的，还不止王宗、徐政、张胜、吴麟这些，另外，扬州
卫指挥佥事李政，扬州卫舍人柳琮，扬州卫副千户王仪等都是拱手而降的。
五月十九日，朱棣带兵至天长，扬州卫的王礼等一行人便赶来军门求见了。
燕军兵不血刃，扬州城便落入燕军手中。朱棣命王礼同都指挥吴庸等谕下高邮、通州、泰州，接着扬州府高邮等卫指挥王杰率众来降，通、泰相继归降，扬州府江都县知县张本也率众来降。二十日，燕军西上六和，打败驻守官军。至此，江南的门户已完全打开，燕军加紧整备舟师以待渡江。
燕军控制了江北郡县，朝中君臣忧心如焚。二十日，建文帝下罪已诏，并派御史大夫练子宁、右侍中黄观、翰林修撰王叔英、刑部侍郎金有声、国子祭酒张显宗等四出征兵，号召天下勤王，同时将被放逐的齐泰、黄子澄召还共同策划防守大计。
苏州知府姚善，宁波知府王、徽州知府陈彦回、松江同知周继瑜、乐平知县张彦方、前永清典史周缙等，先后起兵入卫。建文帝命姚善兼督苏州、松江、常州、镇江、嘉兴五府之兵。
这时方孝孺向建文帝献策说：“事急矣，宜以计缓之，可遣人许以割地，稽延数日，东南募兵当至，北兵不习舟楫，我借长江天堑，与之决战于江上，胜负未可知也？”建文帝乃请得皇太后之命，派遣庆城郡主前往燕军议和。
庆城郡主是朱元璋从兄蒙城王朱重的四女，辈分上应是朱棣的从姐。亲叔侄之间的纠纷现在要由这位堂姐来调解了。
朝中上下，期盼郡主此行可稍缓燕军，及郡主还京，说朱棣无意停止南下，无不大惊。建文帝再以此事问方孝孺。方孝孺说：“长江可当十万兵，江北船只遣人尽烧之矣，北兵岂能飞渡？况天气蒸热，易以染疾，不十日，彼自退。若遽渡江，祗送死耳。何足以当吾师！”按方孝孺的判断，北兵不至于立即可以渡江，这样，四方援兵便可赶到。但他没有想到的一个因素是沿江卫所有不少将士早已暗中投降了朱棣。
燕军面对长江天险，确实是遇到了困难，北岸的船只多已被焚毁，用什么渡江，这要靠众将士齐心协力了。于是有人出主意，挑选了一些老家在南方善于泅水的士兵，用猪皮囊充气环系在腰间，泅水偷渡进入南岸，对南方的船只能夺的夺，不能夺的予以焚毁。几天中，燕军夺了不少船，也毁掉了官军的许多船。
燕军中有一个士兵叫作钮阿卜，本是燕山卫的一名士卒。但他的老家在江苏。
长期离乡在寒冷的地方当兵，早就厌倦了。燕兵进到江北，又勾动了他的思乡之情，他决定一走了之。于是悄悄离开军营，凭着年轻时练就的好水性浮水过江，逃回老家。
没有想到，阿卜在靠近南岸时却遇上了官军的运粮船。官军健卒都抽调到作战部队中去了，运粮的都是老弱士兵，他们对突然出现在眼前的燕军士兵惊骇不已。阿卜在官军运粮船前也担心被捉，他虚张声势，壮起胆来向运粮官军大声恫喝说：“燕兵即将大举过江，你等要想不死，就赶快随我投降，否则将会被杀得一个不剩！”阿卜本想将运粮船吓走，自己好逃脱；没想到这些运粮老弱军上竟真的跟着他投奔了燕军。阿卜逃跑回家没成却立了功，后来得了奖赏并被提拔。
六月初一，朱棣命都指挥吴庸集合高邮、通州、泰州的船于瓜州，命内官狗儿，领都指挥华聚为前哨，进至浦子口。浦子口与京城隔江相对，是离亦城最近的北岸港口，朱棣可能是要作一试探，看能否在这里渡江。
官军在这里设防严密，燕兵遭到激烈的抵抗。大将盛庸在浦子口迎战燕军，将其打得大败。一仗下来，燕王感到虽然京师近在咫尺，可是并不容易攻克，况且长江天险在前，渡江也是个大问题。难道就此罢手，议和北还吗？朱棣决不甘心于功败垂成。方在迟回之间，朱高煦带领蒙古骑兵赶来。朱棣心头的一缕浮云一扫而光，立刻振起了精神。他仗剑，一手抚着朱高煦的背说：“勉之！世子多疾。”的确，每到征战的关键时刻，都赖朱高煦的缓急相救，因此他得到朱棣的深深倚重。远在北平担任留守的世子朱高炽，怎能与这个跟随左右驰骋疆场的儿子相比呢！朱高煦也自恃勇武，又多有战功，希望能得到更多的宠幸，朱棣“世子多疾”的暗示不是说他将来有可能代替世子吗？可惜朱棣英鸷洞彻，目前，这场与侄儿之间的拼杀尚未了局，又种下将来诸子兄弟之间拼杀的祸根。朱高煦听了父亲的话，大受鼓舞，带众与官军拼死战斗，很快扭转了战局。盛庸兵退屯高资港。
高资港在长江南岸，与江北瓜洲渡相对。朱棣大兵集中在瓜洲：此前派狗儿等到浦子口不过是去探一下虚实，盛庸判断燕兵可能会在瓜洲渡江，因此在高资港严阵待敌。朝廷感到大战在即，恐盛庸独立难支，便派遣都督佥事陈率领舟师前往援助，但陈却降了燕军。
这时官军担任监军的，是兵部侍郎陈植。陈植亲临江上，慷慨誓师，决心遏
止燕军于长江以北。但官军中有个都督名叫金甲，却倡言燕兵不可抗，不如缴械迎降。金甲遭到陈植的严厉斥责，被指为不知逆顺，不懂君臣大义。他恼羞成怒，竟将陈植杀死，投降了燕军。临阵之际官军将领的纷纷叛变，使官军力量大遭破坏，盛庸已成孤军。
而此时朝廷中暗中与朱棣勾结的大臣，也不断派人前来向朱棣献渡江及入京城之策，江南的防守，已从内部垮了下来。朱棣决定抓住战机，强渡长江，向帝座发起最后的冲击。六月初二，朱棣带领部属来到江边，面临江南已经设好香案牺牲。旌旗肃穆，幡带当风，将士们列队而立。在渡江人前朱棣要亲祭大江之神。
几年的征战，能否成功就在渡江一举了。他希望江神能够保他们顺利渡江。朱棣带头向江神恭敬地礼拜，众将也随之行礼。
礼毕之后朱棣从侍者手中接过祝文，高声朗读道：“予为奸臣所迫，不得已起兵御祸，誓欲清君侧之恶，以安宗社，予有厌于神者，使不得渡此江。神鉴孔迩，昭格予言。”读毕再次施礼。
第二天，初三，朱棣又集合部众举行誓师。
朱棣对大家说：“行百里者其半九十，若等勉之！吾既至此，奸臣当已魂飞魄死，然困兽犹斗，不可不虑！”这一天，燕军大举麾师渡江。这又是一场空前的临江决战。当年孙刘联军曾在赤壁大败曹操南下之军，创造了以少胜多，以弱胜强的著名战例。如今的形势则完全不同，燕兵以叛逆之师自北方而来，远离后方又不习水战，朝廷方面不仅是以正击邪，而且兵多势众，表面上，官军从高资港上下，沿江二百里都设有防军，但不幸的是，将心叛离，防线早从内部开始瓦解。而燕军则乘胜鼓勇，孤注一掷，志在必得。
朱棣率师渡江，舳舻交错，旌旗遮天蔽日，戈矛如林，金鼓之声震耳。这一天天晴气朗，微风轻吹，水波不光。千万艘战船横穿江面，如履平地。
燕军一路南下捷报频传，早在南京传为神兵，虽然忠于朝廷的文武仍主张坚决抗战，但在士兵中却对燕兵有一种无名的恐惧。燕军船只犹如一片黑云从江面上压过来，官军整军以待，等他们逐渐靠近。眼看燕军已到了眼前，朱棣指挥前锋鼓噪登岸，数百名精锐紧跟也冲了上来。
盛庸带兵起而应战，但无法抵挡燕军的锐猛之师，旋即崩溃。官军士兵纷纷丢掉武器向山上逃隐，盛庸乘单骑逃走。来不及逃走的，纷纷解甲投降。为了南
京的防守，朝廷调来大批海船，列于江面上，此时也都归降燕军。
燕军在没有遇到顽强抵抗的情况下顺利地渡过了长江。受到胜利鼓舞的诸将纷纷要求直接向南京进发，但朱棣提出要进攻镇江。镇江在高资港之东，二地紧邻。朱棣说：“镇江为咽喉之地，若城守不下，往来非便。譬之人患疥癣，虽不致伤生，终亦为梗。先取镇江，断其右臂则彼势危矣。”朱棣命投降官军的海船上挂起黄旗，在江中往来。镇江城上的守军遥望江中船只旗帜换颜色，知道他们都已投降了，在惊恐之余，都感到大势已去。镇江守将指挥童俊早有异志，见时机已到，便率众投降了燕军。
在京师周围，镇江乃是要害之地。当燕军临江京师紧张备战之时，刑科给事中常熟人黄钺因父丧，丁忧在家。方孝孺前往吊唁时，他们曾屏去闲人讨论国事。
黄钺说：“苏、常、镇江，京师左辅也。唯镇江最要害，守非其人，是撇垣而纳盗也。指挥童俊，狡不可任，奏事上前，视远而言浮，将有异志。”他一直关注着镇江的防守，当然会注意到镇江的守将。一个人的内心，常常会通过眼睛表现出来。童俊既已心怀二意，那么当他在皇帝面前奏事时就会“视远言浮”。童俊的投降，证实了他的判断。
初八，燕军进驻龙潭。在这里可遥见钟山了。朱棣一望钟山，不禁泪下。诸将不解其因，问道：“今祸难垂定，何以悲为？”朱棣说：“往日渡江即入京见吾亲。比为奸恶所祸，不渡此江数年。今至此，吾亲安在？瞻望钟山，仰怀孝陵，是以悲耳。”朱棣说至伤心处，弄得诸将也跟着掉了不少的眼泪。
燕军日日逼近京师，宫中的气氛更加日趋紧张。靖江卫王府长史萧用道，衡王王府纪善上书中论战守大计，对当政大臣颇有批评。建文帝将上书交给群臣讨论，想不到一位当政大臣竟盛气谩骂二人。右副部御史练子宁对这位当政大臣的专横很是不满，怒而言道：“国事至此，尚不能容言者耶？”这位骂人的当政大臣自知国事弄到这步田地，自己有推卸不了的责任，也感到了惭愧。但面对燕军的南下，举朝上下仍然计无所出。有的建议建文帝逃往浙江，有的建议逃往湖湘，众说纷纭莫衷一是。
前线的坏消息一个接着一个，沿江海船都已投降了燕军，燕师渡江，镇江守将投降，一向不懂得着急的建文帝此时忧心如焚。他徘徊于殿庭之间，看着身边一群噤声不语的文武官员。他们平日里高声阔步，谈古论今，如今竟拿不出个安
邦救国之策！建文帝忽然停住脚步，令内官传方孝孺进宫。
方孝孺此时正在家中养病，但宫内宫外的事，他一刻也未从心中放下。听到皇帝召见，他赶忙强起赴朝。建文帝问：“今事已急，请问先生计将何出？”方孝孺早在路上想好了要说的话，略加思索，便答道：“今城中尚有劲兵二十万，城高池深，粮食充足，尽撤城外民舍，驱民入城，足以为守，城外积木悉运入城。”
方孝孺提出的办法，正是坚壁清野的办法。他希望燕军在城外得不到物资支持，不能久驻，同时固守坚城以待援军。
建文帝听从了方孝孺的建议，于是下令调遣军民商贾及诸色人臣，赶赴城外，日以继夜，拆除屋宇，搬运物资，不给燕军留下任何可用的东西。拆下的砖瓦木料越积越多，家园毁坏后搬出的物资到处都是。
当时天气炎热，拆物运物的人们又得不到休息，苦不堪言，时间长了不免嗟怨之声。形势日益紧张，督役的人限令尽快物资运完，实在运不了的，便放火烧了，大火连日不息。与此同时，另一批军人民夫在日夜加固京师的城墙，夯土喊号之声不绝于耳。人多手杂，指挥不善，修筑又不得法，刚筑好的一段墙又被震塌了，只好再筑。
方孝孺仍希望能借和谈推迟燕兵的进攻。他又向建文帝建议说：“前遣郡主未能办事，今以诸王分守城门，再遣曹国公李景隆，茹尚书（茹）、王都督（王佐）往督龙潭，仍以割地讲和为辞，用觇其虚实，且以待援兵至。那时，选精锐数万，内外夹击，决死一战，可以成功。万一不利，则车驾幸蜀，收集士马，以为后举。”于是建文帝下令谷王朱、安王朱楹分守都门，派李景隆等往见朱棣。
李景隆、王佐等来到龙潭燕王帐下。按明朝礼制规定，亲王地位下天子一等，公侯以下都要向亲王匍匐行礼。李景隆虽位至曹国公，仍不能不跪倒，兵部尚书茹都督王佐更不在话下了。
燕王的封号早已在建文元年被削除了，但此时他们又不能不对朱棣以燕王相称。燕王雄武自有一股威风煞气，一般人见了，都恨不能敬而远之，曹国公见了竟低头不敢仰视，伏在地上惶恐地流下汗来。这倒不是因为他在地位上低燕王一等，而因为他是朱棣手下的败将，而此次来是有求于朱棣。倒是朱棣先开了口，说道：“勤劳公等至此，雅意良厚。”话中不无讥讽，李景隆一时语塞，意说不出话来，他再三叩头之后才说了要求割地请和的话。
这下又惹出朱棣一大套话来。朱棣说：“公等今为说客耶？始吾未有过举，辄加大罪，削为庶人，以兵图逼，云‘大义灭亲’。吾今救死不暇，何用地为！
且今割地何名？皇考混一天下，为天子、诸王裂土分封，各有定分，割地说，此又奸臣之计也。吾今之来，但欲得奸臣耳。公等归奏上，但奸臣至，吾即解甲免胄，谢罪阙下，退谒孝陵，归奉北藩，永祗臣节，天地神明在上，吾之此心，明如皎月，不敢渝也。”朱棣又借此机会宣传了一番。
李景隆空手而回，建文帝再问计：“不欲割地，计将安出？”李景隆说：“彼必欲得罪人，然后可以退师。”建文帝又命李景隆再出城，让他对朱棣说：“有罪者俱已窜逐于外。无在京师者，俟执来献。”但李景隆迟疑不肯出城，他请求建文帝命在京诸王与他一道去见朱棣。
李景隆与谷王朱、安王朱楹一道再次来到朱棣驻地。朱棣见了诸王态度自是不同，一则他们是亲兄弟，二则是在京诸王也遭到建文帝的不同处分，他们是同病相怜，正好借此互通声气。朱棣与朱楹等互道劳苦问候，朱棣说：“吾为奸臣所逼，危如累卵，今幸见骨肉！奸臣不轨，欲次第见倾，若落彀中，则覆诸弟如剿耳。”朱棣说着，又流下了眼泪。诸王提到割地请和的事，朱棣说：“诸弟试谓斯言当乎否乎？诚乎伪乎？果出于君乎？抑奸臣之谋乎？”谷王朱等现在虽被建文帝派遣，但在建文即位之初，他们都曾是防范的对象，因此他们对朱棣的话很能听得入耳。他们纷纷说道：“大兄所洞见是矣。诸弟何言？诸弟之来，岂得己哉！”朱棣再次表白说：“吾此来但得奸臣而已，不知其他。”于是李景隆、谷王在一次宴请之后，再次空手而回。
六月十二，建文帝派人秘密前往各地催促援兵。到各地去的人都带有用蜡丸密封的建文帝的谕令。但这时燕军已逼近京师，严密防查从京师出来的人，他们大都被燕军抓获，极难离开京师。而此时王叔英募兵于广德，姚善起兵于苏州，练子宁募兵于杭州，黄观募兵于上游。
为了取消朱棣的口实，被他指为奸臣的齐泰、黄子澄再次离开了京师，齐泰到广德从王叔英，黄子澄往苏州从姚善。但由于募兵行动得太晚，形势已对朝廷不利，王叔英在广德募兵意无人响应，黄子澄想航海到外洋征兵也没有结果。即使募到兵也来不及赶赴京师了。建文帝盼援兵不见，一筹莫展，与方孝孺执手而流涕，只好命徐辉祖等分道出御。
这时谷王朱、曹国公李景降等把守金川门，以城中兵力而言，尚可抵挡一阵。
但守城诸将并不心齐，甚至左都督徐增寿也被发现与朱棣勾结，心怀贰志。一日在殿廷上，徐增寿徘徊不安，群臣从他心神不定的神态看出他要图谋不轨，打算作燕军的内应。御史魏冕、大理丞邹瑾忍无可忍，决心防患于未然，一步冲出朝班，抓住徐增寿便打，十七八人也一同拥上动手，并请求皇上立即将徐增寿处死。
可建文帝仁柔心肠，竟宽宥了他。
六月十三日，燕兵进至金川门下。金川门为京师北门，面对大江，最为冲要，把守此门的正是谷王朱和曹国公李景隆。因为朱棣了解南城中尚有实力，一时还摸不清底细，不敢冒然攻城。
朱棣还是先采取了攻心战术，他先命人请皇嫂来军中，皇嫂即其兄懿文太子妃常氏，常氏来到后，朱棣向她又述说了一遍建文帝的罪状和兴兵的原因，仍想把自己带兵前来说成是合法的。同时，他命人用箭向城中射入一封给弟妹的书信，想瓦解京师的防守，采用“不战而屈人之兵”之策。
当然，朱棣仍担心会遇到官军的激烈抵抗，勤王兵四集，便派遣先锋刘保、华聚等领骑兵千余，到朝阳门，探望虚实，得知城上防守松懈，方下令整军前进。
