1902年，鲁迅在江南矿路学堂毕业了，根据个人申请，学校决定把5名成绩优异的同学派到日本留学，但是有一名学生因家里反对而放弃了这个机会。于是鲁迅匆匆回绍兴，告别了母亲和弟弟，由上海乘船，东渡日本。
当时的日本，是世界上最大的中国留学生之乡。1894年，这个大清皇室的眼里小小的“弹丸之国”，竟打败了他们经营多年的北洋舰队。于是清政府便派遣大批的青年和官僚来到这个用军舰证明了自己是先进之邦的国家。
鲁迅先到达了日本的横滨，不久又转到了东京。4月，鲁迅开始在东京弘文学院普通科江南班学习。这时的鲁迅是兴奋的，也满怀着希望。
弘文学院是为中国学生办的一所留日预备学校，来这里的中国学生多数是中国旧式文人，有的拖着长辫子来到这里，怀抱各种各样的志愿。有的是为了在改革的风潮中赶时髦，说不上什么抱负；有的确是想学点新的本领，好回去挽救垂危的王朝；也有的是借此来玩一玩，看看岛屿国家的风光。
这些留学生们生活得很舒适，在上野樱花开得烂漫的时候，他们时常成群结队在那里悠闲地赏玩。他们本来拖着长辫子，现在因为留学生必须戴制帽，便把大辫子盘在头上，直顶得帽子高高耸起。也有散开辫子，盘得平平的，摘下帽子来，油光可鉴，宛如小姑娘的发髻一样。鲁迅看到这种模样，从心里感到一种莫名的反感。
但并不都是这样，也有一些留学生和非留学中国人胸怀大志。有从事反清运动的革命者，如孙中山、章太炎、邹容、梁启超等，他们的文字和宣传感染着鲁迅。
鲁迅用功地学习着日语，经常要学习到深夜才睡觉。由于勤奋学习和资质过人，他的日语学得十分扎实，成绩优异。这为他汲取外国文化的有益营养，创造了有利条件。鲁迅的日语水平，曾赢得日本友人的普遍好评，称赞他是“能讲一口漂亮日本话”、“精通日语”的中国人。
当时，中国资产阶级革命派正在东京进行反清活动，留学生中分为反清与保皇两派。鲁迅经常参加反清的集会。
鲁迅还毅然剪掉了象征清朝统治的辫子，并在断发照片上写诗明志：“我以我血荐轩辕”，表示了他誓为祖国人民解放而献身的决心。
鲁迅作为第一个剪掉辫子的人，他在留学生中引起了强烈的反响。一位清政府学监，扬言要停鲁迅的官费，送鲁迅回国，后来因为学监自己的辫子也被革命党人强行剪掉，这事才不了了之。
在课余时间，鲁迅还大量阅读近代科学、哲学和文学的书籍，尤其喜欢拜伦、尼采、希腊以及《离骚》，同时开始考虑改造国民性问题。
有一天，一家日本报纸上登载着这样一条消息：
一位名叫本多的日本博士到中国旅游。别人问他：“你会说中国话吗？”
他回答：“不会。”
“你不懂中国话，到中国旅游能行吗？”
“能行！”
“是否需要翻译给你带路？”
“不需要！”本多说着，把手杖举起来，用力一挥，接着说：“这手杖便是他们的话，他们都懂！”
这则消息分明就是在说日本人用武力就可以征服中国人，也是对中国人的极大侮辱。鲁迅读到这个消息时气愤不已，好几天都吃不下饭，睡不好觉。
有一次，鲁迅的名字“树人”被人写成“孺人”。鲁迅看后笑着说：“孺人，我变成官太太了。可是即使我成了女子，也不愿做官太太，还不如叫我孺子，虽然是乳臭儿，也比官太太强。”
同学听了，开玩笑地说：“孺子可教也。”
鲁迅说：“这个‘可’字，不如改为‘请’字好。唐朝时，日本曾向我国请教，今天我们在此留学，是向日本请教，也许过不久，日本又得向我们请教。”
这些生活中的小细节都显露了鲁迅心中强烈的爱国之情。
当时，章太炎、邹容、秋瑾等革命家，也已先后到达日本，革命的声势很大，革命活动相当频繁。各省留学生为宣传反清的革命思想，主办的书刊也像雨后春笋般在东京出版了，如《浙江湖》、《江苏》、《湖北学生界》……
在弘文学院，鲁迅结识了浙江班的许寿裳。鲁迅比许寿裳早半年来到日本。从此，许寿裳成为鲁迅终生的挚友。有一次，两人聊起中国人的命不值钱，竟都潸然泪下。
或许是因为欣赏西方文学家、科学家的思想与精神，鲁迅常和许寿裳讨论什么是理想的人性，中国国民性最缺乏的是什么，病因何在之类的问题。
鲁迅除了看书、跑书店，与许寿裳进行思想交流，给《浙江潮》写稿之外，还与革命救国热情高昂的留学生群体一起活动，这曾给鲁迅带来了不少的快乐。
鲁迅这时已经对变成保皇派的改良派人物彻底失望了，而对新兴的革命党深为敬佩。他开始深思如何通过革命来唤醒民众。
有一次，鲁迅凄然地对许寿裳说：“中国人的生命在历史上一直是不值钱的，特别是当了异族的奴隶之后。”
他深深地叹了一口气，与好友探讨起中国的国民性有哪些弱点，提出了三点疑问：
1.怎样才是最理想人性？
2.中国国民性中最缺乏的是什么？
3.他的病根何在？
这三个问题几乎成了鲁迅一生苦苦探索的课题。
1903年，也就是鲁迅到日本后的第二年，他不仅在翻译和创作方面做了不懈的努力，在科学翻译和科学介绍方面，更是做了不少工作。
鲁迅最初的关于文学和科学的译著，就在《浙江潮》上发表。1903年6月出版的第五期上，登了鲁迅翻译法国作家雨果《随感录》中的一篇故事，题名为《哀尘》，连同一篇兼有翻译和创作成分的《斯巴达之魂》，一并登载在“小说”栏里。
《哀尘》原名《芳梯的来历》，所译的这个片段是雨果自己叙述的在1841年目睹的一个下层妇女被侮辱、被损害的事实：在一个冰天雪地的腊月里，一个无赖少年，无端用雪球戏弄一个贫苦的妇女。这个妇女自卫时却被巡警看到，他颠倒是非，将这个妇女无辜监禁6个月。
鲁迅在这篇短短的译文中，融进了鲜明的爱憎。他憎恶那个无端凌辱妇女的无赖少年，把他的名字译成“频那夜迦”。这名字是印度神话中的一个恶神。
鲁迅用他的第一个译品表明：
他的心，是属于被损害的、苦难的兄弟姐妹。
而《斯巴达之魂》是鲁迅公开发表的第一篇文学作品，充满了青年血气的慷慨悲歌。写这篇文章，正是俄国向清政府提出不平等条约，日本的留学生拒俄运动高涨之时。
在这期间，鲁迅发表了根据外国作品改写的小说《斯巴达之魂》，论文《中国地质略论》，与友人合编关于中国地质和矿产分布状况的专著《中国矿产志》，还翻译科学幻想小说《月界旅行》、《地底旅行》。进一步表现了青年鲁迅爱科学的热情和强烈的爱国主义精神。
鲁迅希望通过自己传播自然科学知识的努力，促使祖国人民从蒙昧中解脱出来。另一方面，这些自然科学知识，也为日后他成为伟大的思想家打下了良好的基础。
少年时代的鲁迅，曾亲身体验过祖国医学落后给他带来的痛苦，他希望自己能成为一个有真才实学的医生，好去救治那些和父亲一样求助无门的病人。
后来，鲁迅在求学期间知道了日本的明治维新就是发端于医学的进步，尽管这种记载可能有夸大失实之处。但这对于寻求救国之路的青年，具有很大的吸引力。
1904年4月，鲁迅完成了在弘文学院的学业，他没有虚度年华，在这个学院里，他不仅为考入专门学校作了学业上的准备，也为他一生创造的辉煌业绩作了重要的知识准备。
