蛋白质工程的中心内容就是改造现有的蛋白质，合成新的、自然界并不存在的蛋白质，以满足人们的需要。
这些蛋白质主要是酶。它的功能是多方面的，比如说生产奶酪必须用一种叫T4的溶菌酶来杀菌。这种酶在温度接近67℃的时候，3个小时以后活力就仅剩下0.2%，无法维持正常生产。如果把溶菌酶的结构改造一下，给它动个手术，同样是在67℃的工作温度之下，同样是经过3个小时以后，这种经过改造的溶菌酶的活力一点儿都没减弱，从而大大提高了奶酪生产的效率。干扰素是一种治疗癌症的特效药，它遇热容易变性，即使把它放在零下70℃的低温环境里，也只能保存很短的一段时间。如果利用蛋白质工程把干扰素的结构改造一下，它就可以保存半年之久。
在基因工程中，蛋白质的生物合成必须依靠很多酶，其中有一种叫核糖核酸的转移酶，它的功能是搬运不同的氨基酸。专门搬运酷氨酸的核糖核酸转移酶叫酷酸核糖核酸转移酶，如果给这种酶作个小手术，它的催化能力能一下提高25倍。
蛋白质工程在治理环境污染的领域里，也在发挥重要作用。比如在一些动物、植物的细胞里有一种金属硫蛋白，它们能与镉、汞等重金属结合，从事改造蛋白质的工程师们把这种蛋白质的结构改造了一下，就使它们的治污能力提高了几千倍。
蛋白质工程还能大幅度提高农作物产量。人们发现一种氧合酶能使植物的光合过程大大加快，科学家就通过蛋白质工程改造了这种酶，结果大大提高了植物光合作用的效率，给农业生产带来了巨大的经济效益。
蛋白质工程是20世纪80年代才兴起的，但它发展非常迅速，作为新一代的生物工程，它在工业、农业和医学方面起着重大的作用，人们称它为第二代基因工程；把21世纪称做是蛋白质工程的世纪。
