送走何斌后，郑芝龙又立即召集所有的将领开会，讨论攻台方略。郑芝龙郑重其事地清了清嗓子：“大明皇帝和安国公的命令，本都督负责主持这次的攻台事宜。郑某自当恪尽职守，务求全胜，诸位也要戮力同心。这次进攻台湾事关重大，安国公给我全权调浙闽粤三省军队的特权，如果诸位有不听军令者斩！临阵退缩者斩！贻误军机者斩！泄露机密者斩！”郑芝龙杀气腾腾地说了四个斩字。
诸将一起应道：“末将必将效死！”
接连十多天，从南京、山东调来的精兵陆续到达福建。郑芝龙这次可是真的卖力，把自己在海盗生涯中积累的与夷人作战的经验是倾囊而授，由于军法严格，各军训练的也很认真。日后，这些参与攻打台湾荷兰殖民者的陆军就成了大明帝国最早的海军陆战队员。
二月八日，何斌带着手下一个小通事从台湾回来了，他给郑芝龙带来了好消息，首先是岛上不论高山族、雅美族还是汉族的百姓都恨透了荷兰红毛鬼，早已盼望天朝能派兵驱逐这帮恶魔，拯救他们于水深火热之中，因此，何斌已经联络好岛上的百姓首领郭怀一，约定将和郑芝龙约定时间起来反抗荷兰人，协助明军登陆。
其次是何斌派手下的小通事探清了地势。郑芝龙选定的鹿耳门位于赤嵌城和台湾城附近，是用武必争的要害之地。一入鹿耳门，就可以控制赤嵌城及其海港，可断敌出海之路，但是鹿耳门形势非常险阻，从鹿耳门附近登陆只有南、北两个航路。南航道在北线尾岛和一鲲身之间，通过南航道将在赤嵌附近登陆；然而在一鲲身沙洲上，荷兰人的热遮兰城堡以重炮控制了航道，在赤嵌的普鲁文查也是荷兰主要火力点，要想突破，必须付出很大的代价。 北航道在北线尾岛的北部，通北航道，将通过北线尾岛的北部和赤嵌西北的禾寮港登陆，这条航路迂回曲折，水浅沙胶，有许多的礁石，是疏于防范的一路，荷兰人只是在鹿耳门口沉了夹板船，他们认为无人能从这里通过，这里的水路不从炮台前经过。何斌派的小通事经过仔细勘察，找到了一条港路，是从赤嵌直下鹿耳门，平时水很浅，但涨潮是水深达四尺，再大的船也可以通过。
“何兄~~你真是雪中送炭啊！”郑芝龙对他大加赞赏，十分感激地握着何斌的手，“攻台将士和台湾百姓都要感谢你！”说罢，郑芝龙又压低声音说道：“你速速回去，与岛上的人联系，告诉他们大明王师将在二月十三日凌晨涨潮的时候登陆，他们在当天晚上就可以起事，吸引荷兰红毛的注意力，策应王师攻打台湾。小通事留下，给大军带路。”
何斌也是无比兴奋，他说道：“好，我这就回去，郭怀一是个急脾气，我怕他等不及！”
送走何斌后，郑芝龙立即召集各部将领，展开全面攻台的计划。
第一队刘国轩率领大船六十艘，小船一百艘，负责封锁基垄淡水海面，严密防止荷兰人在台湾南部的舰船出海。同时，要积极向岸上攻击，吸引敌陆军和海军的所有注意力，情况允许的话，可以占领鸡笼港，一举消灭敌人。
第二队郑芝龙亲自率领大船二百艘，小船二百，作为攻打荷兰人的主力，在金门料罗门驻扎。
第三队左前锋施大宣率领大船八十艘，小船一百艘，作为攻打台湾的第二梯队。决定分出一部分船只佯攻北线尾，牵制荷兰人的注意力，保证大军的顺利进击。
第四队是有顾三麻子和甘辉率领的北海舰队巨舰最为后盾，防止巴达维亚的荷兰舰队前来支援。
郑芝龙的作战意图是，先在澎湖集合，然后乘鹿耳门涨潮时机航渡鹿耳门，登陆禾寮港，切断台湾城和赤嵌楼敌军之间的联系，然后各个击破。当天下午，诸路明军在金门会合。
九日，明军从金门料罗湾出发向东南的澎湖挺进。
十日，明军抵达澎湖。在澎湖，明军分为三部分，一路跟随郑芝龙继续向台湾进军，一路在澎湖稍事休整做第二梯队，另一路，准备截击吕宋或巴达维亚的荷兰援军。
十一日，汉军抵达柑橘屿。十二日的下午，为了赶上明天凌晨的海潮，郑芝龙指挥大军出发了。
明军的军事行动一切进行的非常顺利，但是，台湾岛上却发生了变故。
且说，二月十日，何斌回到台湾后，径直去找郭怀一，这人在郑芝龙离开台湾后和何廷斌一样，留在了台湾，是台湾中国人的一个头头，他早就对荷兰人和西班牙人的压榨感到不满，可是一直没有机会反抗，毕竟洋人的火器实在太厉害了。这次，何廷斌为郑芝龙交代的事找到他后，两人是一拍即合。
何斌到郭家的时候，郭怀一正在磨刀，那是一把金丝大环刀。郭怀一看见何斌来了，非常高兴，拎着大刀就迎上来了：“何长老，你可来了啊！”
“刀~刀！”何斌指了指他的刀，赶紧闪到一边，“你的刀我可知道，别伤了我！”
“哈哈哈！”郭怀一豪爽地放声大笑，用力挥舞了几下大刀，“放心，我这宝刀只喝那红毛夷的血，是不会伤了自己弟兄的。只是多年不使，这刀有些生锈了，这功夫也有些搁下了~”
何斌笑道：“那你还是赶紧再磨磨，就要到用它的时候了！”
“当真？快跟我说说，”郭怀一急急的催问道。
何斌压低声音说道：“你挺好了，大明王师将在二月十三日凌晨涨潮的时候登陆，郭兄弟你们在当天晚上就可以起事，到处放火，吸引荷兰红毛的注意力，策应王师攻打台湾城！”
“好，我这就召集长老们商议！”郭怀一一把扯过一把竹椅，“何长老，你先坐着，我这就让家里的给您备酒菜！”
何斌直摇手，“不麻烦嫂子了，这顿酒你要记着是你欠我的。我说完正事就得走，现下没功夫喝你酒！”
何廷斌就把郑芝龙的布置详细的说了一遍。郭怀一兴奋的把大腿一拍：“好！总算盼到这一天了！不过，你认为，大哥真的能行么？和兰人的武器可是厉害呀！海上咱们不怕他，可是在陆上，我们够戗呀！”他对郑芝龙的势力表示怀疑。
当晚，郭怀一立即召集附近各村的长老议事，名义上是说安排夏忙，实则是试探各方反应。
久美村长老说道：“今年庄稼长势很好，但是收割下来，缴了荷兰红毛规定的苛捐杂税就所剩无几，一家老少要吃要穿，怎能应付得过来？”
太美村长老叹了口气，说道：“可不是吗！咱们村有一些家里男丁少、孩子多的村民，景况更为凄惨，田里的这点收成，要是都归自己所有，尚且难以保证全家人的温饱，再让荷兰人夺走一多半，那全家就得挨饿受冻了。”
连台村长老说道：“没错！红毛番还说如果没有他们的同意，就禁止我们捕鱼，还对我们课那么重的税！这鱼又是他们红毛番的，这让我们到哪里说理去啊？”
庄港村长老也说道：“原本满7岁以上的汉人每月缴交的人头税，如今暴增一倍,税吏和荷兰士兵又经常利用晚上挨家挨户催收,并乘机敲诈勒索,恶形恶状，大伙儿都希望郭长老能够帮助咱们出出主意。”
1640年8月1日起，荷兰联合东印度公司开始向在台湾的汉人征收每人每月60仙（60Cent，即0.25里尔）的人头税，这相当于一名工人月薪的四分之一，一名厨师月薪的八分之一。那时荷兰人征收如此重的税，荷兰公司却并没有提供类似今日现代政府所谓的国民中小学义务教育、劳动保险、医疗保险或国民年金等制度。故此一人头税，可以说是相当于每个月替荷兰人白做四分之一的苦工，这对汉人而言是何等沉重的剥削！
郭怀一朗声说道：“诸位为红毛所虐待，不久都将被逼死。同是一死，不如大家一齐起来，跟红毛拼一拼。战而胜，台湾就还给我们，大家同享自由；否则，也不过一死。”郭怀一告诉他们汉军大队人马将在十三日抵达，要求大家在十二日晚上准备起事，协助明军登陆。各村长老都非常高兴，纷纷摩拳擦掌，准备与荷兰人做个了断，出一口受压迫十几年的恶气。村民们听了郭怀一的慷慨陈词，觉得事实确是如此，在走投无路的情况下，也就只好拼一拼了。
久美村、太美村、连台村、庄港村长老纷纷表态，一定要和荷兰红毛血战到底，唯有民进村长老黎灯灰、岑嘴蝙、尤蟋棍三人一言不发。
郭怀一瞪了他们一眼，说道：“三位长老，何故一言不发？”
黎灯惠眨巴着一对老鼠眼睛说道：“我们当然是追随左右了，是吧！”黎灯灰朝岑嘴蝙、尤蟋棍使了个眼色。
岑嘴蝙、尤蟋棍连忙说道：“对对，那是当然！”
“好，那咱们就说定了！”郭怀一笑道：“大伙儿回去准备准备！”
郭怀一不知道，黎灯灰、岑嘴蝙、尤蟋棍三人早就与荷兰人暗地里勾结，把反荷势力的消息偷偷向荷兰人报告，这些年来靠出卖抗荷志士，黎灯灰、岑嘴蝙、尤蟋棍三人大赚黑心钱。由于何斌的事一直被郭怀一隐瞒着，因此才没有被荷兰人发觉。这次，这次这三个大汉奸一听明军要来了，郭怀一这帮人还要起事，心里暗暗高兴，寻思自己立功请赏的时刻到了。他们可不认为挥舞长枪大刀的明军能击败有火枪大炮的荷兰人，于是，第二天一大早黎灯灰、岑嘴蝙、尤蟋棍三人就偷偷跑到台湾城的荷兰总督弗雷德里克那里去告密了，而准备起义的老百姓们却还不知道他们中间出了叛徒。
