托马斯神父随着施琅走到了中军大帐前十多步的地方，施琅瞟了他一眼：“你等着，我进去通报一下！”过了好一会儿，施琅才从营帐里出来，他身上带着酒气：“你在这儿等一会儿。”
营帐里的郑芝龙却和手下几个心腹将领在喝酒，由于一点顾忌也没有，因此不时有声音传出帐外，托马斯听到了就问施琅，“郑将军是不是在里面？”
施琅说道：“那是都督在和众将军们商议军务！你站远点，免得被你听了去。”说着施琅连推带拉地把托马斯拖出了十多步。
托马斯和一干荷兰士兵一直在台湾冬天的艳阳下站了有一个多时辰，终于，吃饱喝足了的郑芝龙命令接见荷兰使者。
托马斯连忙要进营帐，可通往大帐的路上站了两排手持大刀的明军士兵，发着幽幽寒光的鬼头大刀再次让托马斯神甫紧张起来。
进了大帐，托马斯神甫一手抚胸，冲着端坐在中央的郑芝龙：“弗雷德里克总督的使者托马斯见过郑将军阁下。”
“哦？你来有什么事情吗？”郑芝龙打着酒嗝。
“我们弗雷德里克总督大人认为与将军发生了一点误会，我们想与将军谈谈停火事宜，这里是我们总督大人给将军的一点小小的意思！”说完，他把礼单递了上去。
郑芝龙接过礼单看了看，大笑道：“嗬！还真大方，白银十万两，黄金三千两，还有一箱珠宝玉石。”郑芝龙哈哈大笑：“哎呀，总督大人实在是太客气了！”
托马斯一看，有效！也跟着呵呵的笑了起来，说道：“希望这能消解我们之间的误会！”
但是郑芝龙的话锋却是一转：“东西我收下了，但是要议和，首先要满足我们的两个条件，缺了一个那就免谈！”
“请将军阁下请说！”托马斯说道。
“第一，你们必须把抓去的大明百姓都给我放回来，黎灯灰、岑嘴蝙、尤蟋棍三人必须交给我们。第二，你们无条件投降，本将军保证你们安全离开台湾！我给你们一个时辰的考虑时间。一个时辰后，没有答复的话，我军立即攻城！”。
台湾城里，弗雷德里克总督和手下的军官们正在坐卧不宁的等托马斯神甫的消息，他们把希望全都寄托在托马斯神甫的身上了。
突然，城头上的哨兵飞快的来报告：“托马斯神甫他们回来了！”
听完托马斯神甫的汇报，弗雷德里克总督腾的站了起来：“我们不能屈服于这帮野蛮的土著，为了军人的荣誉，为了尼德兰，我愿意血战到底！”
“总督阁下，这是不明智的。”托马斯神甫连忙阻止他，“我观察了土著人的武器，他们的大炮不比我们少，火枪也不比我们少，更重要的是，他们的援军源源不断。这些东方土著与我们见到的其他土著不同，他们是有组织的职业军队。我们不是他们的对手，别忘了，城堡里还有许多的我国的平民那！”
其他的军官大都支持托马斯神甫的意见，主张暂时妥协，尽量拖延时间，等到巴达维亚的援军到来。最后，荷兰人终于达成一致，把抓来的中国土著都放回去，黎灯灰、岑嘴蝙、尤蟋棍交给中国军队。交接仪式在城外的原野里进行，饱受折磨的中国人向来迎接他们的亲人们哭喊着奔去，而早吓瘫了的叛徒黎灯灰、岑嘴蝙、尤蟋棍则被架着他的荷兰士兵交给了明军，负责交接的明军士兵看都没看一眼，就把黎灯灰、岑嘴蝙、尤蟋棍拖回了明军的营地。明军营地里，一片悲喜交集的气氛，饱经磨难的中国人与亲人抱头痛哭。每个人都把仇恨的目光投向了黎灯灰、岑嘴蝙、尤蟋棍，尤其是长美村受害的百姓和郭怀一。
“我以闽浙粤三省总督和安国公赐予的便宜行事之权，判决黎灯灰、岑嘴蝙、尤蟋棍三人凌迟处死！诸位可有异议？”郑芝龙大声对黎灯灰、岑嘴蝙、尤蟋棍三个汉奸进行了宣判。
“没有~~杀得好~~”
“杀得好~~”
郑芝龙以前的结拜兄弟之一刘香就曾帮着荷兰人打自己，所以郑芝龙对投靠红毛鬼的黎灯灰、岑嘴蝙、尤蟋棍也十分痛恨。最后，郑芝龙决定，黎灯灰、岑嘴蝙、尤蟋棍三人凌迟处死。
在百姓的叫好声和黎灯灰、岑嘴蝙、尤蟋棍受刑的惨叫中，郑芝龙又宣布对英勇不屈而被杀死的百姓每人发放一百两抚恤金（从没收黎灯灰、岑嘴蝙、尤蟋棍三人的财产中出了），其他受难的每人五十两补偿，同时，给全军将士每人发十两银子的奖金。
顿时，台湾城外的明军营地人，人人高喊大明万岁，欢呼声雷动。台湾城城头的荷兰人看了，心中五味杂陈。
第二天，双方开始谈判，荷兰方面派出了以托马斯神甫为首的谈判队伍，而明军方面则是以原荷兰通事何斌为首，成员都是一些中下级军官。荷兰方面一开始就要求明军解除对赤嵌的包围，重新向赤嵌城供水，为此，荷兰愿花巨款买水。但是被明军断然拒绝，明军提出的条件也是底线，就是：荷兰军队必须无条件投降，所有财物一律由明军没收，立刻离开台湾。投降的荷兰平民可以释放，但是士兵、军官、传教士必须由汉政府和荷兰的联合东印度公司谈判来决定他们的命运。明军的强硬立场和苛刻的条件使谈判不欢而散。
十五日，断绝了水源的赤嵌城宣布投降。这样，明军没费一枪一弹，就把这颗钉子给去掉了，而明军的后续部队也在源源不断的登陆。得知赤嵌投降的台湾城陷入一片恐慌之中，现在他们没有任何外援了，只剩下自己在孤军奋战了。
十六日，上午，在一片低沉的号角声中，二百多门大炮昂起了他们的头。郑芝龙派人给荷兰总督发出了最后的通牒，如果在巳时一刻荷兰人还不投降的话，明军将发动对台湾城的进攻。
弗雷德里克总督和部下就中国人的条件进行了反复的磋商，最后决定：血战到底，等待东印度群岛的荷兰海军支援。
巳时一刻，郑芝龙命令发动总攻。最先开口的当然是明军中的大炮了，两百多门大炮同时发出了怒吼，仿佛要发泄一下自己积郁心中已久的浓重怨气。密集的炮弹不断的倾泻在台湾城上，整个台湾城笼罩在烟火之中。而顾三麻子和甘辉率领的明军北海舰队也利用自己的舰炮自海上对台湾城发动了猛烈的炮击。整整轰炸了一刻钟的时间，考虑到有些大炮的炮膛过热，容易引起炸膛，于是郑芝龙命令暂停轰击，看看炮击的效果如何。轰击的效果应该说非常理想，整个台湾城看起来囫囵的地方不算太多，到处冒着浓烟，南面的城墙有几截也被明军猛烈的炮火给轰塌了。但是荷兰士兵依然在利用残存的工事顽抗，丝毫没有投降的意思。
这时，登州老八营之一的邓右扬建议采取挖壕沟的方式，迅速突击到城下，然后挖松台湾城的墙基，埋上几百斤炸药，轰塌城墙，然后一举攻克台湾城。
郑芝龙大喜，笑道：“不亏是在南京讲武堂读过新式兵法的。”于是郑芝龙立即命令暂停攻击，所有部队立即准备挖掘工具。城里被一阵猛烈轰炸给搞的晕头转向的荷兰人不明白中国人的意图是什么，在惴惴不安中度过了一个下午。夜幕降临，早就休息好了的明军在百姓的帮忙下，立即开始了挖掘坑道的作业。
台湾城外是一片原野，正好适合土工作业的要求，可以使明军在一夜之间突然出现在敌人的眼皮子底下。土工作业的顺序是由前而后，由点到线，先前后再左右，先建立射击阵地，再构筑交通壕，并有重点的加以掩盖，使明军大批人马在接敌运动中，都在地面之下，将可以避免许多的伤亡。
明军军中本来就备有职业的工夫，再加上当地百姓的帮忙。到了第二天清晨，守城的荷兰士兵被眼前的一幕惊呆了，发出了慌乱的惊叫声，划了清晨的宁静，把城墙上的荷兰人都惊起来了，许多人纷纷相互询问：“中国人冲进来了？”
弗雷德里克总督和部下的将领们纷纷拿着刀枪冲到了城头上，询问发生了什么事情。一名值勤的士兵指着前方，用颤抖的声音说：“总督大人，请看那里！”
弗雷德里克总督顺着他手指的方向望了过去，不禁倒吸了一口冷气：“我的上帝！”头天黄昏，看到城外的原野上的几里内还是一片平原，现在，纵横交错、如蜘蛛网一样的坑道却铺到了荷兰人的面前。他们被这纵横交错的坑道吓傻了，不知道该如何抵御中国人的进攻。
“我们投降吧！这样我们才有活路呀！不然，这些土著人会杀死我们！”有人说出了大家的心声。
“对对！我们快些投降吧！”许多人纷纷随声附和，毕竟是自己的生命比较宝贵，顿时要求投降的声音一浪高过一浪，所有人的眼睛都盯住弗雷德里克总督，弗雷德里克总督明白，即使自己不宣布投降，这帮人也会去投降的。他长叹一声：“投降吧！被延误的******啊！”
许多人欢呼一声，立即把城头悬挂的荷兰旗扔下了城，把白衬衫等高高挂起。不久，明军就接管了这座城市。弗雷德里克总督以下两千多的荷兰士兵和平民做了明军的俘虏。
台湾一战，俘虏荷兰人两千六百四十三人，缴获军舰一艘，大炮六十四门，枪一千三百支。另外，还缴获商人和殖民当局的银两一百八十七万两，黄金十六万七千两，珠宝玉器无数。应该说是一场大胜仗，明军的损失只是二十三艘小船，三艘大船，海军士兵一百四十三人，陆军士兵除了在攻打台湾城的战斗时伤亡一百二十一人外，其他竟然没有伤亡！这不能不说是一个奇迹，除了，郑芝龙的正确指挥外，在这里起主要作用的还是明军那威力无比的大炮了。整个的战斗过程除了大炮炮弹的耗费外，子弹基本没有消耗多少，这一仗日后载入了大明帝国军事教材里，成为经典的战例！
郑芝龙晚年也都一直引以为傲。
