不出宋友亮的预料，当倒幕军得到江户暴乱的消息时，便冒险绕过小田原直扑江户。可由于在小田原耽误了时间，等倒幕军到达江户时，幕府军已经平定了暴乱，由井正雪和长宗我部盛澄等一班骨干人员在锦衣卫的掩护下从海路撤退，逃亡中国。
于是幕府军以逸待劳，一举击破了宇喜多秀家指挥的倒幕军。于是倒幕军向京都溃退。
京都，是当时日本的国都、佛教中心、神道教圣地、文化艺术摇篮，位于本州岛中西部，座落在京都盆地北部，东距日本第一大湖琵琶湖仅5公里，东、西、北三面有丹波山地、比良山地和贵船山地环绕，市区随京都盆地向南面大阪湾敞开为巨型口袋形状地处低平盆地，三面环山。卡莫河、桂河等河流经市区与市南丽河会合。公元794年（延历13年），当时的桓武天皇为断绝佛教涉入政治的恶风，把皇都由奈良迁到长风，同时派人营造现在的京都城，随后把国都迁到京都，当时称之为「平安京」，京城型式制度完全仿照中国长安城的体制，桓武天皇并仿中国大唐的律令制度，整顿日本的政治，同时建立新的佛教宗派，使政教分离。在鎌仓幕府形成之前的一千多年中，京都可说是日本的政经文化中心，到了丰臣秀吉、织田信长时代，虽然皇权不张，但两朝大将军对京都的体制保护有加。
整个京都城城区房屋依盆地山坡而建，街道上下起伏，高野川和贺茂川在市区汇合成鸭川向南流入桂川，青山绿水，交相辉映，神殿古庙、皇宫御园分布在起伏的街道两侧，错落有序。城北中央为皇室所在的宫城，宫城之外是作衙署之用的皇城，而皇城之外是作为一般官吏、平民居住的都城。全城面积约20平方公里，呈长方形，街道纵横，对称相交，形如棋盘，因而日本人总喜爱称京都为“洛阳”、“洛城”
皇宫西南是幕府将军是在十几年前建立的二条城，也就是将军府。永禄十二年（1569），织田信长在足利义昭的居处开始兴建二条城。天正元年（1573），信长流放义昭后烧毁了这座城，然后在其它地方另筑二条御所，并将之献给城仁亲王。天正十年（1582），本能寺事变爆发。信长长子信忠在二条御所放火自刃。关原之战后，得到天下的家康在京都会见丰臣秀赖时重新修筑。这座二条城高墙深堑，戒备森严。虽然将军一般不住在京都，但他在京都拥有的宫殿跟皇宫的规模差不多，这个府第拥有良好的防御措施。建有东西约500米、南北约400米的高大围墙，并挖有壕沟。二条城内名为“鹂鸣地板”的走廊，人行走其上便会发出黄莺鸣叫般的响声，是幕府统治者为保全自身安全而设的报警机关。 本丸御殿和二之丸御殿为二条城的主要建筑。“二之丸”的建筑很有特色，殿内墙壁和隔门上画有猎野派画家的名画，精美绝伦。每年梅花和菊花盛开的季节是游览的好时机。
“什么？要朕去二条城？”后水尾天皇政仁一听到二条城这个名字就来气，三年前，德川家光邀请后水尾天皇造访二条城。 本来日本历史上只有作为臣子去谒见君主的惯例，但德川家光为了显示自己的地位和权势凌驾于天皇之上，提出要天皇到江户拜访将军。虽然后来改成了天皇出巡二条城，但由于二条城是将军在京都的行宫，后水尾出巡二条城也象征着天皇朝廷彻底向武家政权屈服。
“不~朕不去！”政仁拒绝道。
藤原吉政急了，“陛下，幕府军已经逼近京都了，臣已经排除使者向大明求援，我们只要固守待援，等到援军一到，陛下恢复天皇权威的日子就指日可待！”
虽然当初藤原吉政拍着胸脯说如果幕府要追究下来，他愿意承担一切罪名，但是现在一定要保护好天皇，没了天皇，也就失去了一切。所以，经过与宇喜多秀家等人的商议，众人决定把天皇及皇室成员全部迁移到二条城保护起来。虽然政仁一百个不情愿，但最后还是半推半就地被藤原吉政护送到了二条城。
五月一日，幕府大老酒井忠胜率领十万幕府军抵达已经被包围的京都城，由于倒幕军惨败，各路诸侯纷纷向幕府方面表示了效忠之意，再没人敢来进行所谓的勤王了。就连米泽藩的上杉纲胜也把岛津久光和毛利秀就写给自己的书信送到了江户，并亲自领兵五千人参加幕府的讨伐军。
酒井忠胜一到，立即命令攻城，蚂蚁般的幕府军队拼命攻向京都城。逃回京都的岛津久光、毛利秀就、宇喜多秀家和松浦镇信等人仓皇逃离京都，把藤原吉政和天皇撇在二条城不管了。
当天下午四点左右，幕府军队攻克了京都城，迅速向御所（皇宫）和二条城挺进。御所基本没有什么抵抗，因此幕府军队很快就攻了进去，但他们发现，天皇一家根本就没在御所里。
很快，从捉获的俘虏那里得知天皇在二条城的消息，着实让酒井忠胜吃了一惊，他开始觉得这件事情很棘手。二条城防御的坚固他是知道的，即使能攻进去，里面的机关也足以让他们吃不少的苦头，更何况天皇在里面，是无论如何不能让天皇受到丁点损伤的。无奈之下，酒井忠胜命令手下不得动用大筒（大炮）、铁炮和弓箭，只能用刀枪硬攻，免得误伤天皇。虽然天皇只是一个橡皮图章，但是万一受伤，自己还是担待不起的。
幕府军队的又一轮攻击开始了，藤原吉政在二条城的部队是岛津家留给他的一千支火枪和一千多名自愿勤王的义士。这帮人虽然只有两千左右，但是由于幕府军投鼠忌器，空有大炮、火枪却不敢使用，而防守一方却什么顾忌都没有。防守的部队利用弓箭和火枪顽强地抵抗着幕府军队的进攻，幕府士兵们一波一波的涌上，一片片的在弹雨中倒下，战况极其惨烈。
且说岛津久光、毛利秀就、松浦镇信和宇喜多秀家一路狂奔逃到了毛利家的领地，惊魂未定的毛利秀就开始后悔，自己怎么就鬼迷心窍起兵了呢？
岛津久光却是埋怨道：“都是藤原吉政那个大笨蛋，说什么明军和朝鲜军欺凌百姓，下层藩士们有怨言。事关生死的时候，在乎这种虫鸣干嘛？”
松浦镇信说道：“现在说什么都没有用了，如果这才再战败，恐怕就不是减封这么简单的了，恐怕要灭族啊！”
“那怎么办？再去大明讨救兵吗？”毛利秀就问道。
宇喜多秀家思考了一会，说道：“也只能这样了，我看明人所要的，无非是允许商人在日本经商开设店铺，事成之后，我们给他们在平户、长崎和美保关设立唐人商馆就是了。”
“可是，我们现在再去求人家，对方肯出兵吗？这么出尔反尔，是不是~”松浦镇信觉得现在倒幕军的处境很尴尬。
“我们可以请宗君出面！”宇喜多秀家说道。
“对，他和明人很亲善，而且也没有参与请明军撤军的事，他应该能说上话！”岛津久光大喜，“我这就派人对马！”
“事不宜迟啊！”毛利秀就催促道。
“禀报主上，有一个自称长宗我部盛亲之子——长宗我部盛澄的求见。”一个小姓闯进大帐内。
宇喜多秀家眼眉一抬，“长宗我部家的后代？”
“是的，他还带了许多足轻和明军来~！”小姓答道。
“明军？”毛利秀就如同黑夜里看到了曙光，“他们在哪里？”
“刚刚在美保关上岸！”小姓答道。
“迎接~~赶紧迎接！”毛利秀就赶紧去换正式的衣服。
可还没等毛利秀就出发，就有一大批长州藩的藩士前来请愿，阻止毛利秀就去迎接明军。
原来宋友亮的大军虽然撤出了日本的本州，但是却将孔有德部和刘体纯部两万人留在对马岛、郑森部和田见秀部两万人留在琉球国、周国卿和张鼐部两万人留在了釜山、尚可喜和耿继茂部留在了朝鲜北部的咸京一带。如今日本倒幕军求援，于是逐鹿大军立刻倾巢而出，扑向日本。
最先在日本登陆的是孔有德部和刘体纯部的两万兵马，以及朝鲜军先头部队朴中环的五千兵马，这两万五千人马刚一上岸，就把美保关附近方圆十里给扫了一遍。长州藩此时是个穷藩，穷藩之下的老百姓更加穷的叮当响。实在搜刮不出什么油水的明朝联军，只能把附近的日本女人统统带回军营****。
有些下层藩士的妻女也被明军带走了，可他们敢怒不敢言，只好来向藩主请愿。毛利秀就寻思着也不是个办法啊，明军迟早是会走的，可藩士们是留下来陪自己一辈子的。怎么才能有一个两全其美的办法呢？这时候，毛利元就的智慧遗传终于在毛利秀就身上体现了。
他找到岛津久光和松浦镇信，说道：“想必大家也听说了吧，明军和朝鲜人一上岸，就抓走了美保关附近所有的女人。”
岛津久光等人默然不语，其实在九州和平户等地登陆的明军所作所为也查不到哪里去。
“我们既要明军的帮助，也需要藩内藩士的效死，所以我相处了一个两全其美的办法！”毛利秀就笑道：“设立专门为明军服务的慰安所，招募民间女子自愿充当慰安妇，每次服务之后，再向明军和朝鲜人收钱。”
“那藩士们的妻女~~”宇喜多秀家问道。
“都说了是自愿的，如果藩士们的妻女自愿去，那就是藩士自己的事，总不能再怪到我们头上来吧？”毛利秀就说道：“当然，我们也要在藩内下令，禁止藩士和家臣们的女眷随意外出，更不能靠近那些慰安所。”
“嗯，如果放任明军和朝鲜人恣意妄为，那么日本人的血统就会大大不纯。牺牲一部分人来换取大日本血统的延续和纯正，还是值得的！”宇喜多秀家点了点头，欣赏对毛利秀就说道：“不亏是毛利元就的子孙啊！”
