为了让汤玛士和伯格因把弹道学和机械、化学知识传授给中国人，宋友亮决定第一，自己接受洗礼，加入天主教；第二，允许他们在海阳卫建造教堂并传教。第三允许汤玛士和伯格因要在海阳卫开办教会学校，但是教学内容除了神学外，还必须包括弹道学、机械学和化学等自然科学知识。第四，请耶稣会派出更多知识渊博的神父来充实这所学校。
这让汤玛士和伯格因很高兴，以前的来华传教士最多也就是开设教堂，公开传教而已，现在这个年轻的地方指挥官愿意皈依上帝，还允许开办教会学校，为进一步扩大传教培养人才。
“上帝保佑！”汤玛士在胸口划着十字。
不过这一决定遭到了吕文洲的反对，他认为堂堂大明子民，怎可以夷人为师？宋友亮便安排汤玛士和伯格因单独交谈了一晚上。汤玛士怎么谈的宋友亮是不知道，不过第二天一早，吕文洲做出了让步。
由宋友亮担任这个教会学校的校长，吕文洲和汤玛士为副校长，吕文洲负责教授传统的四书五经，汤玛士负责教授西洋自然科学、伯格因神父教授神学。
不久，在中西工匠的合作之下，海阳卫第一间教堂只用三天时间就造的颇具规模。汤玛士神父兴冲冲地来到工地，却愕然发现精美的雕花窗户上空空荡荡，一片玻璃都没有。
“虔诚的亚历克赛，为什么教堂的玫瑰花窗上没有彩色玻璃？那是天堂的窗户~”汤玛士问道。也称玫瑰花窗，为哥特式建筑的特色之一，指中世纪教堂正门上方的大圆形窗，内呈放射状，镶嵌着美丽的彩绘玻璃，因为玫瑰花形而得名。著名的玫瑰窗有法国巴黎圣母院的玫瑰窗等。玫瑰窗为教堂中彩色玻璃窗的一种，由于它的位置而成为装饰的重点，在阳光照耀时，把教堂内部渲染的五彩缤纷、眩神夺目。玫瑰窗忽明忽暗，斑驳陆离光影中，让人有一种恍若隔世的感觉。在哥特式教堂的西面典型构图中，一对塔夹着中厅的山墙，垂直的分为三部分。山墙檐头上的栏杆、大门洞上一长列安置着犹太和以色列诸王的雕像的龛，把三部分横向联系起来。中央，栏杆和龛之间，是圆形的玫瑰窗，象征圣母的纯洁（也有说法认为，玫瑰象征着弥赛亚，就是耶稣基督；圣经中玫瑰也代表古代的血液与女性崇拜）。3座门洞，都有周圈的基层线脚，线脚上刻着成串的圣像。
亚历克赛是宋友亮加入天主教后的教名，宋友亮耸了耸肩膀，答道：”亲爱的神父，那是因为我的工匠不会制作那种五彩缤纷的玻璃呀~！”
伯格因神父在胸口划着十字，笑道：”上帝保佑，那就由我来为工匠们传授第一课：如何制作玫瑰花窗上的玻璃吧！”
从此之后，海阳卫又多了一份新财源。第一批彩色玻璃一出炉，宋友亮立刻让锦衣卫以密报的形式送了一批去北京，献给崇祯皇帝。结果崇祯皇帝反倒是把宋友亮训斥了一番，谓之”不要沉溺奇淫技巧之物，玩物丧志”，马匹拍到马蹄上，吃力不讨好。
崇祯十一年八月，海阳卫的第一所教堂——圣约翰教堂落成，汤玛士神父和伯格因神父为宋友亮举行洗礼。
圣洗礼仪的举行由圣堂门口开始。汤玛士问宋友亮道：”亚历克赛，你向教会求什么？”
宋友亮答说：”求信德。”
汤玛士再问说：”信德为你有什么好处？”
宋友亮再答说：”得永生。”
汤玛士神色庄严的说道：”永生就是认识真天主和他所派遣的耶稣基督，愿作他的门徒，听他的圣言，遵守他的诫命，参加教友的团体生活和祈祷。这一切你都做到了吗？”
宋友亮答道：”都做到了。”。
汤玛士为宋友亮祈祷，带领他进入圣堂，参加圣道礼。
汤玛士神父带领宋友亮进入圣堂就位后，伯格因神父开始举行弥撒，由圣道礼仪开始，先念集祷经，然后由读经员念读经——厄则克耳先知书卅六章和答唱咏，求主赐给我们一颗纯洁的心和新的精神。然后再念读经二圣保禄宗徒致迦拉达人书，告诉我们，领洗后再无种族之分，都属于基督。我们既因圣洗与基督同死，也因圣洗与基督一齐复生。最后由汤玛士神父念圣若望福音第三章，耶稣告诉尼苛德摩说：”人除非由水和圣神而生，不能见到天主的国。”说明圣洗圣事为得救的必要性。当然，这一切都只能由汤玛士和伯格因两个神父自己来完成。
宣读福音后，汤玛士神父率领全体教友（其实只有伯格因神父一人）为宋友亮祈祷，求主光照他的理智认清他所犯的一切罪恶，感化他的心痛改前非，重新做人，做天主的好儿女，然后同宋友亮一起念痛悔经。发真心痛悔，这一项非常重要。倘若宋友亮没有痛悔，圣洗只赦免原罪，不赦免本罪，领洗后尚须办妥当告解，以赦免本罪。发痛悔后，汤玛士神父为宋友亮祈祷，求天父因圣子耶稣的苦难和复活，救宋友亮脱离黑暗的权势，以基督的恩宠坚强他，在人生的旅途中不断的保佑他，然后为他领洗圣油，并为他覆手，领他进入圣洗礼。
施洗时所用之水，必须经过祝圣，或在授洗当时，或在复活前夕。在祝圣水时教会祈求天父，偕同他的圣子和圣神降到水上，使那些要受洗的人，得由水和圣神再生。
圣洗既救人于罪恶和魔鬼的奴役，为此教会要求要受洗的人公开声明弃绝罪恶和魔鬼。汤玛士神父问宋友亮说：”为得享天主子女的自由，你弃绝罪恶吗？”
宋友亮答说：”弃绝！”
汤玛士再问说：”为脱离罪恶的奴役，你弃绝引人犯罪的人、地、事物吗？”
宋友亮答说：”弃绝！”
汤玛士又问说：”你弃绝万恶之源的魔鬼吗？”
宋友亮答说：”弃绝!”
宋友亮公开声明弃绝罪恶和魔鬼后，才能宣发教会所承认的信德。汤玛士问宋友亮说：”你信全能的天主圣父创造天地吗？”
宋友亮答说：”我信。”
汤玛士再问说：”你信我们的主耶稣基督，天主的惟一子，由童贞玛利亚降生，受苦受难，死而复活，现今在天上享受光荣吗？”
宋友亮答说：”我信。”
汤玛士又问说：”你信圣神，圣而公教会。诸圣的相通，罪过的赦免，肉身的复活和永恒的生命吗？”
宋友亮答说：”我信。”
汤玛士开始为宋友亮授洗：宋友亮宣发信德后，已到了受洗的时刻。
汤玛士遂在宋友亮额上倒水三次，同时口念授洗经文说：”亚历克赛，我因父及子及圣神之名给你授洗。”天主就藉此圣洗赦免宋友亮的一切罪恶：原罪、本罪和罪罚，引他进入天主圣三的永生，成为天主的儿女，基督奥体的肢体。教会大家庭的一份子。
施洗后，汤玛士为新宋友亮授圣油、授白衣、授蜡烛。口中念念有词：此油乃坚振圣油，为主教所祝圣，表示由圣神赋与你的恩惠，使你与基督相合为一，分享他司祭、先知和君王之职，以得永生；授白衣表示你已获得新生，心灵圣洁，成为基督的人。所以应常 保持心灵的圣洁如同这白衣一样，直到我们的主耶稣基督的审判座前，以获享永生；授蜡烛表示你在基督内已成为光，应更加努力在言行上成为光明之子，直到基督再来的那一天。
