刘基回到青田，过着隐居生活，从来不跟人谈起他过去的功劳。青田县令一再求见，都被刘基婉言拒绝。有一次，县令换上便服，装扮个乡下人去拜访刘基。刘基正在洗脚，见来了陌生人，连忙穿了鞋子，把来人请进屋，热情地留饭。
刘基请教来人姓名，县令只好实说：“我是青田知县，特来拜见先生。”刘基大吃一惊，连忙起身作揖，自称是治下的普通百姓。打那以后，再也不跟县令见面了。
刘基住在家乡，仍旧很关心明朝的政事。有一次，明太祖派人到青田向刘基问天象吉凶。刘基说：“冬天刚下过严霜冻雪：接下来便是阳春季节。现在国家已经安定，希望陛下施政稍为宽和一点。”
平定东南
元至正十九年（1359年）正月，儒士许瑗拜见朱元璋。许瑗自小聪明过人，至正初，在两次乡试中，皆获第一。后会试不中，只得游荡于吴、越之间。许瑗在宁越见到朱元璋说：“方今元祚垂尽，四方鼎沸。夫有雄略者乃可驭雄才，有奇识者乃能知奇士。阁下欲扫除僭乱，平定天下，非收揽英雄，难与成功。”朱元璋说：“今四方纷扰，生民涂炭，对于英雄，有如饥渴，方广揽群议，博收众策，共成康济之功。”许瑗高兴地说：“如此，天下不难定也。”朱元璋非常喜，当即授许瑗为博士，留于帷幄。不久，以太平为股肱郡，任许瑗为知府。
五月三十日，朱元璋主要从宁越回建康，召胡大海说：“宁越为浙东重地，吾以尔才，故特命尔守。宋伯颜不花在衢，其人多智术。石抹宜孙守处州，善用士。绍兴为张士诚将吕珍所据。数郡与宁越密迩，尔要于同佥常遇春同心协力，俟间取之。此三人皆劲敌，不可忽也。”遂还建康。
九月，命常遇春率军进攻衢州。常遇春率众部用树栅把（衢州）六门围住，建奉天旗，造吕公车、仙人桥、长木梯、懒龙爪，汇集到城下，想以此为台阶登城。同时在大西门城下，挖地道攻城。宋伯颜不花全力防御，用苇草洒油，烧吕公车，用长斧砍木梯，筑夹城防穴道。常遇春奋力攻之，但是仍攻克不下，他以奇兵出击，突入南门城，捣毁了所架的炮，攻围非常激烈。元朝院判张斌认为已无力支撑，遣使请求投降，在晚上出了出小西门，迎常遇春大军入城，擒宋伯颜不花。遇春回到宁越，不久，改宁越为金华府。
十一月，胡大海、耿再成进攻处州。元处州守将参政石抹宜孙遣元帅叶琛驻扎在桃花岭，参谋林彬祖住扎在葛渡，镇抚陈仲真等住扎在樊岭，元帅胡深守龙泉，以抵抗胡大海的军队。由于士卒斗志低落，胡深丢下军队投降胡大海，并处州兵力空虚容易攻破。胡大海知此军情，立即出军樊岭，与耿再成合攻之，连续攻下桃花、葛渡二寨，遂至城下。十三日，石抹宜孙（又）战败，弃城逃走。建宁七邑都攻克，由耿再成统兵镇守。不久，石抹宜孙收集散兵，妄图收复处州，进攻庆元，耿再成又击败了他，石抹宜孙战死。
十二月，胡大海推荐浙江四贤人：青田刘基、浦江宋濂、龙泉章溢、丽水叶琛。时李文忠亦推荐三儒士：王、许元、黄天锡。朱元璋皆用之。
至正二十年（1360年）正月，封冯国胜为帐前总制亲兵都指挥使。三月，四贤人刘基、宋濂、章溢、叶琛到了建康，入见朱元璋。朱元璋甚喜，说：“我为天下屈四先生。”赐坐之后，与他们从容论述经史，谈论时事。并命有司创建礼贤馆以待他们。刘基自幼聪明绝人，凡天文、兵法、性理诸书，过目便领其要。至正初，举进士，授以高安县丞，官至江浙儒学提举。曾经建议剿方国珍，元朝不用，安置在了绍兴。后来朱元璋攻下金华，平定括苍，之后刘基乃指乾象说：“此天授，非人力也。”不久，朱元璋下命点制官孙炎派遣使者前去聘请刘基，刘基就决定前往金陵，呈述了时务十八策。朱元璋高兴地接受了。一日，朱元璋问陶安，“刘基四人之才何如？”陶安答：“臣谋略不及刘基，学问不及宋濂，治民之才不及章溢、叶琛。”朱元璋很同意他的看法。不久，任宋濂为江西儒学提举司提举，遣世子一同前往，拜他为师。任章溢、叶琛为营田司佥事，只把刘基留在自己身边，参预机谋。
大明皇帝之宝至正二十一年（1361年）正月初一，中书省设御座，为小明王行庆贺礼。刘基怒说：“彼牧竖耳，奉之何为！”（对此）不予理睬。朱元璋召刘基问之。刘基就说自有天命在。朱元璋十分高兴，于是决定征伐，将小明王韩林儿杀掉。
至正二十二年（1362年）二月，金华苗帅蒋英、刘震等叛乱，杀死了参将胡大海等。李文忠急忙派遣何世明、郭彦仁等率兵讨伐。大海养子胡德济一听到这消息，引兵奔赴，李文忠也率将士至金华，镇压叛乱人民安定。
二月十一日，处州苗帅李之、贺仁德听说蒋英等杀死胡大海，也举兵叛乱，杀死院判耿再成、分省都事孙炎等。李文忠又调兵镇压叛乱，杀了贺仁德，收复了处州。三月，升同佥李文忠为浙江行中书省左丞，总管严州、衢州、信州、处州、诸全军马。
至正二十三年（1363年）二月，政府号召将士屯田。当时康茂才督率屯田得谷一万五千石，除军需之外，尚余七千石储存。朱元璋在其占领区实行屯田积谷，设税课司，制定茶法和盐法，经过几年经营，粮有积存，工商贸易发展（迅速），为军队作战，提供了充足的物质基础。
至正二十四年（1364年）正月，李善长、徐达等认为朱元璋功德日盛，乃率诸臣正式奉他为吴王。建置百官，任李善长为左相国，徐达为右相国，常遇春等为平章政事，汪广洋为右司郎中，张昶为左司都事。朱元璋对李善长等说：“卿等为生民计，本应给予推举加冕，然建国之初，当先正纪纲。元氏昏乱，威福下移，法度不修，人心涣散，遂致天下骚动。今将相大臣当鉴其失，协心图治，毋苟且因循充位而已。”七月初六，克庐州路，徐达、常遇春军戟入庐州，部将吴复首先打败，击溃了庐州骁将楼儿张。左君弼弃城逃到安丰，庐州城破。
至正二十五年（1365年）正月，徐派遣指挥张彬攻克辰州，傅友德攻克衡州，胡海攻克宝庆路。靖州军民投降。朱文正派遣参政何文烨、指挥薛显讨伐新邓仲谦，他们抓住了邓仲谦并斩之。升薛显为江西行省参考。此时，陈友谅已经削平，荆、襄依次皆下。五月，下令平章常遇春攻取湖、广、湘、汉诸郡。朱元璋曾与徐达、常遇春讨论襄、汉形势，说：“安陆、襄阳跨连荆、蜀，乃南北之襟喉，英雄必争之地。今置不取，将贻后尤。况沔阳新附，城中人民多陈氏旧卒，壤地相邻，易于煽动。比喻为树木，安陆、襄阳为枝，沔阳为干。干若有损，枝叶怎能不受牵连。今应该增兵守沔阳，而出师取安陆、襄阳，庶几不失其宜。”遂命常遇春军前往安陆，攻打之。时安陆让元同佥任亮据守，常遇春遣吴复将先锋从沔阳倍道径扌寿之。傅友德挥师进击，任亮兵大败，而且他身体七处受伤，被生擒，五月二日，安陆被攻克。常遇春兵又至襄阳，五月二十二日，守将弃城而逃。
七月初一，汤和率师袭击江西剧盗姚本所，并斩首，夺取永新州，戮左丞周安等。又下令汤和还常州。此时，元思州宣慰使田仁派使者使献镇远、吉州二府、婺川等十县、龙泉等三十四州。
至正二十六年（1366年）五月，命徐达、韩政等攻取安丰，把衬其四门，不分昼夜地连续攻击。不久，安丰被攻克。元将厅君弼逃往汴梁，忻都追奔四十余里才擒位。后元将竹真调兵来救，也被击败，败之而去。接着又在至正二十七年（1367年）正月，指挥戴德率兵攻取沅州。六月，相国李善长率诸臣劝谏朱元璋即皇帝位，朱元璋不答应。李善长等极力请求，说：“殿下起自濠梁，没有尺土，遂成大业。四方群雄，远近之人，莫不归心，诚见天命所在，愿早正位号，以安臣民之望。”朱元璋说：“我思功未服于天下，德未孚于人心，一统之势未成，四方之徒尚梗，若称大号，夫惬与情。自古帝王之有天下，知天命之有归，人心之无处，犹且谦让未遑，以俟有德。”“若天命在我，因自有时，毋庸汲汲也。”因此暂且不说此事。
击败张士诚
张士诚系泰州白驹场人，曾贩盐为生。元至正十三年（1353年）五月在泰州起兵。在十余年间，转战江淮一带，势力大增。至正二十三年（1363年）九月，他在平江建立东吴，自称吴王。拥兵数十万，占据着江浙、淮南的富庶地带，挖制了东至大海，北至济宁两千余里的地区。
至正二十四年（1364年），朱元璋消灭陈友谅，在应天建立吴（又称西吴），也称吴王。他对诸将曾说，现在江南只有我和张士诚两人。我有几十万大军，等待有利战机等到，把张士诚的势力消灭掉，统一中国就有指望了。张士诚与朱元璋以两吴并存，实力相当，这在朱元璋看来张大诚自然而然地就成了他统一中国最大的劲敌。
至正二十五年（1365年）二月，张士诚发兵20万，夺取西吴的诸暨，造庐室，建仓库，分别驻屯精兵数万于城北隅，下定决心要攻克。西吴严州行省右丞李文忠领兵解救诸暨，命部下张左右翼待之，自己亲率精锐中军猛攻大败东吴军。杀死张士诚军数数以万计，俘获同佥韩谦、元帅周遇等600人，军士3000，马800匹，缴获武器铠仗如山。这年十月，朱元璋发布征讨张士诚的文告并，部署自己手下的诸军，向东吴发动了有组织有计划的围攻。朱元璋在发兵之前，根据当时双方军事形势，制定了先取通州、泰州诸郡，剪除肘翼，然后再攻浙西的作战计划。
张士诚有大军数十万，但分散在各地。张士诚自己是个贪官求封的草莽之辈，其部下也喜追逐官位财货，军无纪律，作战能力很差，根本不是西吴军的对手。朱元璋命大将徐达、常遇春率师进攻，先后夺取通州、泰州、高邮、淮安。十一月，张士诚犯宜兴，徐达率精兵渡江，攻破宜兴擒张士诚士兵三千余。十二月，张士诚进犯江西吉安，又被朱元璋守将击败。
至正二十六年（1366年）正月，张士诚率水师数百艘，侵犯江阴，朱元璋亲率大军，水陆并进，前往讨伐，在江阴守将吴良的纵兵夹击下，大败（张土诚部），俘获士卒2000人。四月，命部将攻取濠州。濠州是朱元璋老家，自郭子兴弃城后，多次为他人所据。至正二十二年（1362年）张士诚从西吴手中夺去濠州，派守将李济守之。朱元璋命李善长以书招降，李济不理睬。朱元璋说：“濠州吾家乡，今为张士诚窃据，是吾有国而无家也！”随即命韩政等奋起进攻濠州之，韩政督兵以云梯炮石四面并攻，城中不能支持，不久，李济以城投降。至正二十六年（1366年）夏，朱元璋派出的西吴军，已全部占领江北之地，迫使张士诚退守长江以南，取得了第一阶段的重大胜利。
淮东诸郡已经平定，朱元璋召集中书省、大都督府臣讨论攻伐张士诚的第二个阶段。朱元璋说：“张士诚占据姑苏，多次侵扰吾近地，成为了吾境内之敌寇，不可不讨。诸公其熟计之！”李善长说：“张合适久攻。然以臣愚观之，其势虽屡屈，而兵力未衰，土沃民富，又多积储，恐难猝拔，宜候隙而动。”徐达进言：“张氏骄横，暴殄奢侈，此灭亡之时也。其所任骄将如李伯升、吕珍之徒，皆龌龊不足数，惟拥兵将为富贵之娱耳。居中用事，英、蔡、叶三参军辈，迂阔书生，不知大计。臣奉主上威德，率精锐之师，声罪致讨，三吴可计日而定。”朱元璋听后，十分高兴，对徐达说：“诸人局于所见，独汝合吾意，事必济矣。”于是命诸将检阅士卒，做好一切战争准备，只等择日出师。
朱元璋攻伐张士诚的第二阶段的目标，是夺取浙西的湖州和杭州等地。
