清军占领西安后，多尔衮即命多铎按原计划移师进攻在南京建立的南明弘光政权，命阿济格部由陕北南下追击大顺军。李自成率大顺军先至河南，由于士气低落，拖家带口，行动迟缓，在内乡一带歇息多日，直到阿济格部清军追上后，才拔营南下湖北。三月，大顺军渡长江，在荆河口击败明将左良玉部将马进忠等驻军，旋又占领武昌。此时，李自成想夺取东南之地作为据点，到湖北时，留有军队几十万，遂改编为四十八部。把主要兵力置于东部，可同清军争夺南京，而把次要兵力置于北面，拒北来的阿济格部。结果阿济格部尾追而来，大顺军后方空虚，刘宗敏、田见秀领兵5000出击，不久败还。大顺军只得弃武昌东下。
四月，清军追至九江一带，直接攻入老营，大将刘宗敏、军师宋献策、明降将左光先、李自成的两位叔父和大批随军将领家属皆被俘。刘宗敏当场被杀，宋献策、左光先降清。丞相牛金星知大势已去，不告而去，躲入降清的儿子牛全的官衙内。
五月初，李自成率残部欲由江西西北部入湖南。行至湖北通山县境九宫山下，遭当地地主武装袭击。当时随身左右的仅义子张鼐等二十余人。二十余名战士均被击杀，李自成也于搏斗中身亡。至此，轰轰烈烈的大顺政权覆亡。
南明的兴亡
明崇祯十七年（1644年）三月，农民军李自成部攻陷北京，崇祯帝自缢身亡。四月中旬，消息传到明朝的陪都南京，参赞机务南京兵部尚书史可法立即召诸大臣会议立君。当时避兵乱至南京地区的近支宗室有福王与潞王，前侍郎钱谦益等东林党人认为福王刚不利于东林，于是向史可法进言，说福王虽然按伦序当立，但有贪、淫、酗酒等七大缺点，因此应该立潞王为帝。史可法以为然，但凤阳总督马士英为争拥戴之功，坚持要立福王，并密约江北四镇总兵黄得功、刘泽清、高杰、刘良佐拥兵护送福王至仪真。史可法只得接受既成事实，迎福王至南京。五月四日福王就监国位，十五日，即皇帝位，以次年为弘光元年。弘光帝名朱由崧，是万历帝之孙，福王常洵之子。
清铁炮弘光帝即位之前，多尔衮已率清军在山海关大败李自成军，入关后占领北京，传檄远近，大有一统天下之势。在这种危急时刻，弘光朝君臣却以为“君父之仇”稍稍得报，幻想偏安一隅，把主要精力放在内部的勾心斗角和奢侈享乐上。马士英因拥戴有有功入阁，但仍受命督师凤阳，于是大怒，向弘光帝揭发史可法等人曾有“七不可”之议，挤史可法督师于扬州，自己终于入阁掌握了朝廷大权。不久，马士英荐用崇祯初年被列入“逆案”的阮大铖为兵部尚书，军事、行政布置都以阮大铖的是非为准。而阮大铖憾于积年党争成见，终日以党同伐异，翻逆案、排东林为第一要务，一些较有作为的大臣如姜曰广、刘宗周等相继罢去，朝中充满庸碌之辈。
弘光帝贪图享乐，是个毫无进取心的人。即位数月就下令大选淑女，太监们乘机肆扰街坊，苏、杭等处民间为逃避选宫，竟然嫁娶一空。顺治二年（1645年）三月，有一个自称是崇祯太子的人来到南京，朝廷经甄别认为是假的，把他关进监狱里。但民众和一般官员出于对弘光政权的极度不满，宁愿相信太子是真的，京中人情激奋。驻守武昌的总兵官左良玉长期与马士英和江北四镇不睦，此时以太子事为口实，起兵东进，声称要除马士英等以清君侧，并保全太子。
顺治帝朝服像左良玉军沿江而下的时候正是清军南下进攻南明的时候，但马士英等以全力抵御左军，而置江北防务于不顾。四月二十五日，清军攻破扬州，史可法被杀。五月初十日，弘光帝正观戏酣饮，忽闻清军已经渡江，于是带数十内监仓皇逃出南京，文武百官毫不知情。第二天，马士英等人亦出逃，城中百姓拥自称“太子”者登武英殿，城中大乱。十五日，清军进入南京，弘光朝大批官员迎降。弘光帝逃至芜湖，不久也为清军俘获，当他被押解进南京时，百姓夹道唾骂，甚至投掷瓦砾。次年五月，弘光帝在北京被杀。
南京陷落时，明唐王朱聿键正流亡杭州，福建巡抚张肯堂等议奉唐王监国。闰六月二十六日，唐王于福州即皇帝位，改福州为福京天兴府，建元隆武。与此同时，浙东张煌言等人拥立鲁王朱以海临国，不奉隆武正统。而江西、湖广及两广的残明势力则都拥护隆武帝。
隆武帝好读书，比较了解民间疾苦，即位后欲有一番作为。但当时清军不断向南方推进，大局已难以扭转，而且闽中一切军政大权实际都把握在郑芝龙兄弟手中。郑芝龙原为海上大盗，受抚为总兵官，封为伯爵，在福建有极大的势力。他虽然以自己的势力拥戴隆武帝，却不愿意出闽进取。顺治二年（1645年）底，大学士黄道周兵败于江西，被俘，清军逼进赣南。顺治三年（1646年）六月，清军克浙东诸邑，郑芝龙即通投于清军，尽撤闽界守军，清军长驱直入，隆武帝自今福建南平逃往今福建长汀。六月二十八日，隆武帝被乱军杀害。隆武之后，其弟朱聿钅奥浮海至广州，由大学士苏观生等拥立为帝，改元绍武，但仅维持了一个多月。这年年底，清军攻陷广州，朱聿钅奥被围，绝食死。
顺治三年八月，隆武帝遇难的消息传到广东，两广总督丁魁楚、广东巡抚瞿式耜等议以正在肇庆的明桂王朱由榔监国。十日，实行临国，颁诏西南，以丁魁楚、瞿式耜等为大学士。十一月十八日，即皇帝位，改次年为永历元年。当时南明政权的势力范围，除广西、贵州、云南及广东一部外，尚有何腾蛟支撑于湖广，而郑芝龙之子郑成功起兵海上，也尊奉永历帝为正统。
永历帝庸碌无能，初年大权被身边的太监掌握着。顺治四年（1647年），清军攻占肇庆，进而占领广东全境，并进一步攻取广西的梧州、平乐、今广西桂平等地。永历帝面对一连串的军事失败，对策只是不停地逃亡、转移，先由广东至广西，并企图逃入湖南，由于瞿式耜等力劝，才止于广西北境的全州。后来又被军阀刘承胤劫至湖广的武冈，任其跋扈。八月，清军在湖广方面攻克今湖南邵阳，永历帝再向南逃，经靖州、柳州，本来想到南宁，因受阻只得回桂林。顺治五年以后，永历帝又长年逃亡于广西、广东、云南以至境外的缅甸，军情的险恶和他自身的无能使永历帝成为中国历史上最为行踪不定的一个皇帝。
凉帽顺治五年（1648年），在江西的降清将领金声桓和广东的降清将领李成栋先后叛清归明，南明军在湖广战线也收复一些失地，形势一度有所好转。但永历君臣没能控制住局势，顺治六年、七年，清军再克江西、广东及湖南、广西大部分重要城市，何腾蛟、瞿式耜先后牺牲。永历帝再次开始大逃亡，于顺治八年（1651年）被张献忠大西军余部孙可望挟持，第二年安置于广西贵州交界处的今安龙，改称安龙府。
此后数年间，永历帝完全在孙可望的掌握之中。孙可望及大西军将领李定国、刘文秀等都封为王爵。孙可望甚至要逼永历帝让位，拟自建国号为“后明”。其间由于大西军余部的参与，南明军在广西、湖广、四川等地都有所进取，形势有所安定，但永历帝及其文臣却备受孙可望的侮辱逼凌。在上报孙可望的银米开销册上，甚至直书：“皇帝一员月支若干，皇后一口月支若干。”永历君臣只能隐忍以苟延残喘。
顺治十三年（1656年），孙可望与李定国决裂，相互攻击。李定国至安龙，护送永历帝入云南，以昆明为滇都。明年七月，孙可望反判，兵败，奔长沙降清。此后永历朝内部较稳定，稍具国体，但其势力范围仅余滇、黔两省而已。
顺治十五年（1658年），清朝命贝子洛托及洪承畴、吴三桂等率军分三路进攻南明。十月，清三路大军会师于贵州今贵州福泉，李定国组织力量抵抗，但终于战败。十二月，清兵抵曲靖，李定国等保护永历帝撤离滇都。顺治十六年（1659年）正月，清军入昆明，永历帝在崇山中仓皇奔逃，从人所剩无几，最后逃入缅甸。在缅甸的永历流亡政府的境况非常悲惨，居草庐，短衣跣足，大臣家甚至三天不能生火做饭。永历帝则仍然迷茫混日。
云南既定，清廷命吴三桂镇守之。顺治十八年即南明永历十五年（1661年），吴三桂发兵至缅甸边境，威胁缅甸交出永历帝。十二月，缅方向吴三桂献上永历帝及太后、太子。次年四月十五日，吴三桂在昆明将永历帝及太子绞死于市。不久后，率余部在滇南坚持抗清的李定国亦病逝，其子以所部降清。
史可法血战扬州
公元1644年，北京被李自成攻破，崇祯身亡的消息传到明朝陪都南京，兵部尚书史可法等南京的大臣面向北京痛哭流涕，遥祭崇祯皇帝。“国不可一日无君”，史可法等人商定在逃往南都的皇族中选一人承大统以图中兴。
凤阳总督马士英与阉党余孽阮大铖等奸党也想立一皇族承大统，操纵南明政权，为此他们选中胸无大志，纸醉金迷的福王。马士英握有南都的实权，又串通好四镇总兵及诚意伯刘孔昭等人，强行拥立福王为帝，史可法从国家利益、民族大义出发，为避免引起内部冲突，团结四镇总兵共扶明室，以图复兴，也表示赞同。这样福王朱由崧于公元1644年正式称帝，第二年起改元为弘光，成为南明第一个皇帝。弘光帝封史可法为东阁大学士兼兵部尚书、高弘图为东阁大学士兼礼部尚书，马士英为东阁大学士兼兵部尚书继任凤阳总督。其他官员都有分封。
马士英向弘光帝上一道奏折：清兵即将南下，为确保南部安全，推荐史可法去扬州督师。弘光照批。马士英设计调走史可法后，又陆续将高弘图、姜日广、吕大器等一一调离南都，使整个南明王朝的大权都落在了马士英等奸人手里。
马士英此举引起一片哗然。但史可法以大局为重，决心“鞠躬致命，克尽臣节”，径赴扬州。
史可法，河南祥符（今开封）人，生于1601年。青年时代，他发愤读书，其间受东林党影响颇深，立志报国。今日国事艰难，清兵压境，他认为报效祖国的时候到了。
他驻守扬州，积极作好迎战准备，昼夜不懈。他派高杰、黄得功、刘良佐、刘泽清率十余万明军严守庐州、泗水、淮北、临淮“江北四镇”，作为保卫南京的屏障。
弘光帝以为北方有史可法督师，清兵又在陕西一带围剿李自成等农民军，而南京又有长江天险。他尽可以在南京享半壁江山之乐，做一个太平天子。每天纵欲饮酒，不理朝政。国家大事全交马士英处理。马士英向弘光帝推荐阮大铖，弘光照准升他为兵部尚书，此时南明小王朝已成为马士英天下。他安插亲信，收罗党羽，卖官鬻爵，一时间南明小王朝上上下下一片乌烟瘴气。当时流行一首民谣很能说明问题：“中书随地有，都督满街走。监纪多如羊，职方贱如狗。相公只爱钱，皇帝但爱酒。荫起千年尘，拨贡一呈首。把尽江南钱，填塞马家口。”
弘光的美梦很快就破灭了。在他继位的第二年，也就是顺治二年三月清军平定陕西后，挥师东进，直向南京攻来。
小朝廷一片黑暗，军阀之间还不断内讧。这给史可法调动、指挥，带来了很大困难。他只好千方百计协调各方关系，以增强抗清的力量。兵马未到，第一封劝降书已到史可法手中，多尔衮致书史可法，信的意思是说，清兵已剿灭农民起义军，为崇祯皇帝报了仇；清军是顺天意合民心的，你们不应擅立弘光小朝廷，识时务者为俊杰，应削号就藩以降清朝；否则大军压境玉石俱焚等等。
史可法立即给多尔衮回了一封信，义正词严地拒绝了他的劝降，郑重声明弘光朝是合法的，揭穿了多尔衮劝降的目的。
当时镇守武汉三镇的左良玉拥有七八十万明军，系明军主力所在；但他调转矛头，直指南京去“清君侧”。
马士英、阮大铖惊慌失措，忙调各路兵马——包括史可法在内，与左良玉对抗。好在左良玉在九江病故，内战才告停止。
这给清兵可乘之机，轻而易举地攻下淮安、泗州。
史可法急忙奔回扬州。
十月十五日，清兵兵临扬州城下。
此时此刻，史可法守的是一座孤城。城内仅有守军数千，而他发出的援救重镇扬州的命令，却没有一将一卒来援。
扬州城被豫王多铎包围似铁筒一般。开始，多铎围而不攻，以为大兵压境，史可法只有投降一条路可走。但他派出的使者都被史可法赶了回来。
史可法带给多铎的信息是：“城存与存，城亡与亡。我头可断，而志不可屈！”
多铎遂下令攻城。
但史可法与军民一起昼夜守城，把清兵一次次攻势全挫败了。清兵在城下丢下了不少尸体。
多铎大怒，又派使者入城，声称：如不投降，将以重炮攻击，城破鸡犬不留！
史可法一如既往，大义凛然地回复了多铎。多铎也暗自钦佩，说：
“吾出师以来，史可法是吾所见的真正的大丈夫也！”
多铎纵马围城而行，发现西门防守严密，决定以炮火轰击；西门若破，其余自然土崩瓦解。
在炮火不断轰击下，城墙出现了一大缺口。清兵蜂拥而入。
史可法亲自到缺口与清兵拼杀。由于他身先士卒，大大地鼓舞了士气，士兵们同仇敌忾，一鼓作气，把清兵挡回去一小半儿。
史可法作为最高军事统帅，自然会料到战局将会如何。因此，他早已把给妻儿的遗书写好，并托一史姓结义兄弟军官抚孤。
接着，大批清兵从缺口冲进城来。
