光显寺二十二年（1683年）六月，施琅从桐山攻克花屿、猫屿、草屿，乘着南风行使并停泊到八罩。刘国轩盘踞在澎湖，沿岸筑起短墙，购置了腰铳，环围有二十多里作为壁垒。施琅派遣游击蓝理用鸟船进攻，敌舰乘涨潮从四面涌合。施琅乘着楼船突入贼阵，被流箭射伤了眼睛，血从帕巾溢出，但他督战毫不退却。总兵吴英接替了他，斩首级3000，攻克了虎井，桶盘二岛屿。紧接着施琅将100艘战船分列东西二路，派总兵陈蟒、魏明、董义、康玉率兵往东指向鸡笼峪、四角山，往西指向牛心湾，以分散敌人兵力。施琅亲自督领56艘船分成八队，以80艘船紧跟其后，扬帆直驰进去。敌方倾巢出来拒战，总兵林贤、朱天贵先入战阵，朱天贵战死。将士们从正中奋勇出击，从辰时战到申时，焚烧敌舰一百多艘，溺死的敌兵不计其数，终于攻下了澎湖，刘国轩逃回台湾。郑克塽大为惊恐，遣派使者到施琅军前乞降。施琅上疏奏陈，康熙允许接纳郑氏。八月，施琅统领军兵进入鹿耳门，到台湾。郑克塽率领属下剃了头发，跪迎于水岸，缴出延平王金印。台湾平定，从海道向朝廷报捷。奏疏传到京师，正值中秋佳节，康熙赋诗表彰施琅的功勋，再次授他为靖海将军，封靖海侯，世袭永不废弃，还赐予御用袍服及其他衣服物品。施琅上疏推辞所封侯爵，请求按内大臣的样子赐予花翎，部里讨论说没有这样的先例，康熙命令不要推解，并遵照他的请求赐予花翎。
清廷派遣侍郎苏拜到福建，与督抚及施琅商论攻下台湾后如何妥善处理有关遗留问题。有人提出应该迁移那里的人民，放弃那里的土地，施琅上疏说：“明末在金门设澎水标，从军地戍防地直到澎湖为止。台湾原来就属于中央教化不到的地方。土番杂处，没有划入版图。然而当时中国的老百姓偷偷去那里生活聚集，已不下一万多人。郑芝龙为海盗时，占氢台湾作为巢穴。到崇祯元年，郑芝龙接受明朝安抚，将台湾借与荷兰红毛鬼，作为互市的地方，红毛联结土番，招纳内地百姓，渐渐形成了边患。到顺治十八年，郑成功盘踞了这块土地，纠集亡命之徙，毒害海疆。成功传到其孙郑克塽，总共已有几十年了。一旦收复土地归回朝廷，妥善处理遗留问题，尤其应当周全详尽。如果放弃那里的土地，搬迁那里的人民，用有限的舟船，渡无限的百姓，不经历数十年，是难以完成的；如果渡载不尽，有人逃窜隐匿到山谷中，就是所谓的凭借寇兵而供给强盗粮饷。况且此地原来为红毛鬼所掌握，如果他们钻空子再来占据，必定暗中窥测内地，蛊惑人心。借重夹板船的精坚，在海外所向无敌，沿海各省，断然难以安然无虞了。到时再千辛万苦派兵远征，恐怕也不容易见成效。如果仅仅驻守澎湖，那么必定是孤悬在汪洋之中，土地单薄，远离金门、厦门，岂不受他们的制约，而能为我一朝独立统治吗？我想海上战氛平息之后，应淘汰内地多设的官兵，分别去防守二个地方；台湾设总兵一人、水师副将一人、陆军参将二人、兵八千；澎湖设水师副将一人、兵二千。开始时虽然没有添兵增饷的经费。但已是能牢固地防守了。那里的总兵、副将、参将、游击等官，规定二、三年转开到内地。那里土地的正赋杂粮，暂时实行蠲免。驻军现在先给全饷，三年后征粮接济日用，即可不必完全到内地转运。大凡筹划天下形势，一定要考虑周全，台湾虽在大陆以外的岛屿，但关联到四省要害，绝对不可放弃。同时我要绘地图进献。”疏入朝廷，下到议政王大臣等人中讨论，仍然设有定论。康熙召来廷臣询问，大学士李尉上奏说，应该如施琅的请求去做。接着，苏拜等人奏疏也表示可用施琅建议，同时在台湾设三县、一府、一巡道，康熙下令允许照此实行。
施琅又上疏请郑克塽交纳土地归顺效忠于清朝，应带同族亲属与刘国轩、冯锡范及明后裔朱桓等都到京师，皇帝诏令授郑克塽公衔，授刘国轩、冯锡范伯衔，都隶属于上三旗，其余职官及朱垣等，将他们安插在近省去垦荒。再上疏请求重申严行海禁，考核贸易的商船。朝廷命令照他的意见办事。
二十七年（1688年），施琅去朝见康熙，康熙以情词真挚的话来慰劳他，赏赐十分优厚。康熙告谕施琅说：“以前你作为内大臣有十三年，当时还有轻视你的人。唯独我深深地了解你，待你很为器重。后来三个逆藩平定，只有海寇占天蓝地粉彩开光镂空转心瓶据在台湾，为福建祸害，想要消灭这些海寇，非你不可。我特别对你加以提升进用，你不负重托，一举攻克六十年来难以扫平的贼寇，并将他们消灭干净。可能有人说你恃功骄傲，我就命令你到京城来。又有说你应当留下不能再派遣出去的，我想盗寇动乱之际，用你还从不起疑，何况现在天下已经太平，反而怀疑却不派你出去？如今命令你再次赴任，你应该更加谨慎，以保功名。”施琅奏谢，说道：“臣年老力衰，怕不能胜任封疆的重任。”康熙说：“用将崇尚的是才智而不是力气。我用你也在于你的才智，岂能在于手足的力气呢？”命令施琅还任。三十五年（1696年），施琅在任上去世，终年76岁，赠为太子少傅，赐予祭葬，谥号襄壮。
施琅治军严肃整齐，通晓阵法。尤其善于水战，熟悉海上风向气候。一次施琅将要出师，正好李光地想赶紧回去，就问施琅说：“大家都说刮南风不利出战，如今就限在六月出师，为什么呢？”施琅说：“北风刮起来日夜都很猛烈。现在进攻澎湖，不可能一战就攻克下来。风起船只被吹散，将领如何作战？夏至前后二十多日，风小，夜尤为安静，战船可集中停泊在汪洋上。见机行动，不过七天，举事必定取胜。假使偶然遇有飓风，那么这是天意，不是人事先所能考虑到的。郑氏的将领中刘国轩最为勇猛，用其他将守卫澎湖，虽然战败，他们必定要再战。如今以刘国轩驻守，战败了就会胆怯，台湾可以不战而下。”到作战时，东南方向起了云，刘国轩望见，说是将起大风，极为欢喜。一会儿，雷声殷殷，刘国轩推开案桌，突然站起来说：“天命啊！今日将要战败了。”人们以为施琅一定会报父仇，将对郑氏下毒手。施琅说：“孤岛新附，一有诛杀，恐怕人心反复无常。我之所以要含忧饮痛，是以国事为重，不敢顾及私仇啊！”
康熙微服南巡
康熙帝即位后，经过二十余年的励精图治，创下了重要业绩，先后平定三藩之乱，击败沙俄侵略，收复台湾。国内形势得到了稳定。于是从康熙二十三年（1684年）起，至康熙四十六年（1707年）六次下江南巡视，也成为他的重要业绩之一。
自从宋代以来，黄河下游河道从河南经江苏北部入海，在淮阴附近与淮河运河汇合。明末清初，因战事频繁，黄河没有治理，因此水灾时有发生。顺治至康熙初年，即决堤八十余次。不仅淹没宿迁以东的今江苏淮安七州县，而且危及南北运输的命脉——运河，每年400万漕粮的北运，常因黄河水患而受阻。因此，康熙深知治河的重要性，早在平定三藩之前，就列入国家亟须解决的三件要务，书于宫中柱上。康熙二十三年十月，他第一次南巡到山东泰山，再到宿迁，查访了黄河北堤岸180里。随后到宝应、高邮一带，看见房屋泡在水中，于是登岸观察水势，找来当地老人，细问原因。再由扬州到京口，乘沙船西下，抵苏州而回。在南京，康熙帝亲自祭奠了明太祖陵墓，又赴高家堰检查堤岸工程，最后经泗水回曲阜，拜谒孔林后，由德州返回。康熙二十八年（1689年）正月，康熙帝开始第二次南巡，于二月到达杭州，渡过钱塘江拜谒禹陵，三月由南京起程回北京。康熙三十八年（1699年）二月，康熙与皇太后一同举行第三次南巡，他“亲乘小舟，不避水险，各处周览，”还登上堤岸，用水平仪测量地势水位，命令河道总督于成龙绘出河图。经过实地勘测，康熙帝认识到造成水患的原因，是“黄河逼近清口，黄水倒灌，以致淤垫。”于是洪泽湖的水位低于黄河，下游山阳、高邮等七洲县尽被淹没。针对此弊，他提出要“深浚河身”，加高两岸堤坝，使河水湍急，带走泥沙入海。康熙四十二年（1703年），康熙帝第四次南巡中，又查看了高家堰、徐家湾、翟家坝等处堤岸工程。两年后，康熙帝南巡到济宁，看到黄河情况已与初次南巡泛滥横行时大不一样。初次所见，两岸人烟树木历历在目，船高地低十分明显。二次南巡时，则只见两旁堤岸。至四次南巡中，船已低于河岸不少。显然浚通河岸、加高堤坝已经收到了较大效果。此后，黄河水患得到了较好的控制。康熙帝的最后一次南巡是在康熙四十六年（1707年）正月，他检查溜淮套后来到杭州，住至四月回京。他在谕旨中自称：“朕廑念河防，屡行亲阅，凡自昔河道之源流，治河之得失，按图考绩，靡不周知。”
康熙南巡的另一个目的，是为了查访江南的吏治民情，笼络团结汉族士大夫。江南是明朝的心腹之地，物产丰富，人才荟萃。而自清兵入关以后，在江南扬州、嘉定等地进行了血腥镇压，引起汉族士大夫的普遍抵触情绪。为了改变这种状况，康熙在南巡途中广泛接见当地的名士闻人，屡加慰抚，亲自赐扇、题匾，如为江南著名学者胡渭题匾：“耆年笃学”。他还亲自前往明太祖朱元璋的陵墓祭祀，分封曲阜孔府孔氏家族，以示尊重汉族的传统文化。这些都起到了笼络人心，消除对立情绪的作用。在南巡中，康熙还通过耳闻目睹的了解，对吏治进行考察，发现了一批人才。河道总督靳辅，因治河与康熙帝意见相左，被革职。康熙在几次南巡中，发现他的政绩卓著，以致“联繁河干，遍加谘访，沿淮居民感颂靳辅政绩，众口如一，久而不衰。”于是康熙帝毅然决定再度起用靳辅。御史廓，因开罪权贵，贬至知县，康熙于南巡中得知他“居官甚善，百姓至今感颂”，便破格于途中任命廓为湖广总督，令其“驰驿赴任”。
春夜宴桃李园康熙在六次南巡中，勤于公事，不讲排场，巡访所需费用及供应物品，大多数出自内务府开销。沿途所设行宫，也比较俭仆。途中护卫人马，仅三百余人。他多次告诫臣下，南巡是“为百姓阅视河道，咨访闾阎风俗”，“非为游观也”。严禁地方官员布置豪奢供应。在第二次南巡中，他行至南京。尽管康熙帝的六次南巡不可能做到毫不扰民，在南京、杭州等地由李煦、曹寅安排的行宫也是相当豪华的，但与其前其后的各代皇帝相比，从他南巡的主要目的看，他的六次南巡还是应当作为正面业绩予以肯定。
雅克萨的胜利
顺治年间，中国军民击毙了沙俄侵略头子斯捷潘诺夫，将沙俄侵略者赶出了黑龙江中下游地区，但他们仍占据着黑龙江上游的尼布楚城等待时机，策划着新的侵略活动。康熙四年（1665年），俄军重占雅克萨城，并建堡筑寨，勒索财物，设置殖民农庄，奴役和镇压当地中国人民。康熙十五至二十一年（1676—1682年）沙俄又利用清廷全力镇压南方“三藩之乱”、无暇北顾之机，派出大量军队入侵黑龙江各支流，并调集大批枪炮、物资到尼布楚、雅克萨等地，加强侵略力量。对此，清朝政府多次提出交涉、抗议，警告他们必须停止对中国的侵略。沙俄侵略者不但置若罔闻，反而变本加，公然在中国领土上设立据点，强征贡赋，开采银矿，烧杀抢掠。清政府忍无可忍，遂于“三藩之乱”平定之后，立即集中力量，准备武力驱逐沙俄侵略者。
事先，康熙帝总结了三十多年来与沙俄斗争的经验，进行了周密、细致的准备工作。康熙二十一年（1682年），他亲自出柳条边墙至吉林乌喇，航行于松花江上，视察边防情况。同年八月，又派副都统郎谈、公彭春等率数百人至雅克萨附近侦察地理形势和水陆交通。十二月，清廷在瑗珲和呼马尔建城驻兵，贮存粮食，修造船只，作战前准备。康熙二十二年（1683年）十月，清廷以萨布索为第一任黑龙江将军，着手扫除俄军在黑龙江中下游设置的侵略据点。与此同时，当地各族人民也纷纷拿起武器，以各种形式打击沙俄侵略军。在牛满河上，奇勒尔人打死俄军十余人；精奇里江的鄂伦春人和飞牙喀人也先后击毙俄军多名。在各族人民的配合下，清军相继拔除了许多俄军据点。至该年年底，除尼布楚、雅克萨等少数地区外，侵入黑龙江流域的沙俄侵略者基本被肃清。
在加紧军事布署的同时，清政府始终未放弃谋求政治解决的努力，曾通过各种途径表示，只要沙俄停止侵略活动，清朝愿与之保持和平。直到大兵进发雅克萨之前，康熙帝还写信给沙皇，劝其迅速撤回雅克萨之兵，“互相贸易遣使，和睦相处”。但是，沙俄政府将清方的和平努力看成是软弱可欺，不但不予接受，反而继续扩大侵略。他们调整了侵略黑龙江地区的军事指挥机构，任命熟悉当地情况且以骁勇著称的弗拉索夫和托尔布津分别担任尼布楚和雅克萨督军，又增调援军，贮存粮草，加固城防，还派普鲁士军官拜顿在托博尔斯克召募哥萨克来中国助战。至此，清政府已别无选择，只有下决心以武力将侵略者赶出中国。
