军机处职官有军机大臣、军机章京，都是兼职。军机大臣由皇帝从满、汉大学士、尚书、侍郎、京堂中特选，或由军机章京升任，其权超越大学士。首席军机大臣称“领班”，余按资历地位分别为军机大臣、军机大臣上行走、军机大臣上学习行走等等。满、汉军机大臣无定员，初设定三人，以后增至四五人，最多时为六、七人。军机章京初无定额，由军机大臣在内阁中书及六部司员中传取任用。嘉庆四年（1799年）后改由内阁、六部、理藩院保送中书、郎中、员外郎、主事、笔贴式等官，由军机处预期考取“引见”于皇帝记名，以次传补。自此时起规定满汉章京各16人，分为二班，每班满、汉章京各8人，各以一人领班。另设额外汉章京，无定员。咸丰十一年（1861年）后，每班挑取满、汉各四人，兼任总理各国事务衙门章京，名为“额外行走”，但仍照常在军机处值班。
随军机处事权的扩大，成为“天下政务之总汇”，清统治者为避免“君权旁落”，采取了一些限制方法，以掣其权。如军机处印信收藏于“大内”，凡有应用印之官文书，须由值日章京亲到内奏事太监处“请印”，用毕即行送还。嘉庆四年又下谕：各部院衙门文武在臣、各直省督、抚、藩、臬，凡有奏事之责者，及军营带兵大臣等，日后陈奏事件，俱应直达朕前，不许另有副封关会军机处，各部院文武大臣，亦不得将所奏之事预先告知军机大臣。
军机处在其沿革中曾有反复。雍正十三年（1735年），弘历帝即位，于当年十月废军机处，改设“总理事务处”。原办理军机事务的大臣，有的改“协办总理事务”，有的回本任。乾隆二年（1737年）十一月，弘历又谕令大学士鄂尔泰等仍办理国机事务。军机处停两年后至此恢复，总理事务处废除。嘉庆年间，军机处更加巩固，职权日益发展，以至修会典时，将其列为正式机关。直至光绪二十七年（1901年），另设督办政务处，略分军机处之职。到宣统三年（1911年）四月，改设责任内阁，执政一百八十余年的军机处始告废止。
清王朝的中枢机构，由最初的议政大臣会议为最高中枢机构，到顺治年间设立内阁，辅助皇帝处理政务，削弱王公贵族权力，再到康熙时设立南书房，作为皇帝处理政务的机要秘书班子拟写谕旨，发布政令，压抑阁权，直至雍正时期设立军机处，掌握军国大政。内阁宰辅，名存实无；以及雍正元年（1723年）将掌勘察官府公事的吏、户、礼、兵、刑、工六科隶属于中央监察机关都察院，取消六科奏事中负责封驳皇帝诏旨的职权，都察院六科给事中和十五道监察御史合称“科道”，分别负责对京内外官吏的监察和弹劾，使自唐朝以来封国家监察机关“台”、“谏”并列局面合而为一，专制皇权不断得到加强，将以皇权为核心的清代封建专制主义推上了历史的最高峰。
征讨噶尔丹策零
康熙末年至雍正初，准噶尔同清朝的关系一度较为缓和。雍正五年（1727年），准噶尔珲台吉策妄阿拉布坦死，其长子噶尔丹策零继为珲台吉，立即派遣贡使到北京纳贡，奏报父亲亡故的消息。但清廷对于不久前在青海发动叛乱的罗卜藏丹津兵败后逃往准噶尔一事，一直耿耿于怀，此时要求噶尔丹策零将罗卜藏丹津解送回京。
噶尔丹策零对于送还罗卜藏丹津的事没有立即答复。雍正帝等了一年没见回应，以为噶尔丹策零可能准备叛乱，决定先发治人，对噶尔丹策零进行征讨。尽管朝廷中许多大臣认为出兵时机不宜，竭力谏止，雍正帝还是固执己见，派傅尔丹为靖边大将军出北路，岳钟琪为宁远大将军出西路，向准噶尔进军。
雍正七年（1729后）秋，噶尔丹策零终于决定派人押送罗卜藏丹津。但押解人员至伊勒布尔和硕，听到消息说岳钟琪正率军二万出哈密来攻，于是又退回伊犁。雍正帝在得知此讯后，命令暂缓一年进兵，调傅尔丹、岳钟琪回京议事。同时，雍正帝又谕令噶尔丹策零“请封号，所有属下悉编旗分佐领”。这一要求噶尔丹策零彻底臣服的谕令使噶尔丹策零非常不满。这时清军一部在科舍图卡伦一带放牧驼马，松于防范，噶尔丹策零乃会祃木特率二万军兵偷袭科舍图卡伦。清兵闻讯后赶来救援，双方激战七日。这一冲突急剧地恶化了清廷与准噶尔部的关系。
清代铁盔铁甲
雍正九年（1731年），清军北路傅尔丹部进驻科布多。噶尔丹策零闻讯后，于六月布置重兵准备进攻北路清军。同时又派人到傅尔丹军前诈降，诡称小策凌敦多布率军已驻察罕哈达，距清营仅三天路程，而小策凌敦多布之军现在只有千人。傅尔丹不知是计，贸然发兵，去“偷袭”敌营。噶尔丹策零以少量兵力引诱清军前锋，而将主力部队二万人埋伏在山谷中，直待清军全部进入埋伏后才突然向清军出击。清军毫无准备，在准噶尔军的攻击下伤亡惨重，立即溃败。傅尔丹虽然勇猛过人，此时也只能且战且退，回到科布多的时候，出击的一万人只剩下2000，副将军巴赛、查弼纳等均死于此役。这次战争史称和通淖尔之战，是清军在对准噶尔作战中损失最为惨重的一次。
噶尔丹策零在和通淖尔之战后自觉不可一世，准备进一步向喀尔喀方向进兵。他分遣大、小策凌敦多布乘机进攻科布多方向，分掠克尔伦、鄂尔海、喀喇乌苏等地。清廷在和通淖尔之战后改派顺承郡王锡保为北路军统帅，调整了北路的军事部署。锡保以丹津多尔济和额驸策凌率军迎击准噶尔军，双方在鄂登楚勒进行激战，自辰时至午时。准噶尔大将喀喇巴图鲁阵亡，被迫败归。
鄂登楚勒之役中准噶尔军虽然失利，但并没有遭到根本性打击，噶尔丹策零仍对喀尔喀地区跃跃欲试。他先是数次派人煽动喀尔喀各部反清，这一阴谋失败后，又于雍正十年（1732年）六月派小策凌敦多布率军三万深入喀尔喀克鲁伦地方，劫掠喀尔喀游牧地。
正效力于军前的喀尔喀蒙古赛音诺颜部首领亲王额驸策凌受命同将军塔匀岱在本博图山设防，小策凌敦多布乘策凌的游牧地空虚，以兵奔袭其塔米尔河畔牧地，攻破营寨，掳走其妻子儿女和部众，劫掠了数万牛羊。额驸策凌闻讯后割断发辫和所乘马尾立誓，一定要复仇。于是自率其军二万人，夜半由间道绕山后，黎明时自山顶直向准噶尔军冲击。准噶尔军大惊而起，仓促间无法迎战，只得抛弃辎重，慌忙逃窜。策凌乘胜追击，一路连败准噶尔军十余阵，最后追至喀尔喀大喇嘛哲布尊丹巴呼图克图的驻地额尔德尼昭。
额尔德尼昭左依高山，右有大河，地形非常险要。额驸策凌熟悉地形，先期赶到，控制了要路，同时命满军背水布阵，自己则亲率劲旅万人埋伏于山侧。准噶尔军日暮时候抵达额尔德尼昭附近，只见到临河的清军，乃发起冲击，准备攻占要隘。此时策凌伏兵四出，准噶尔军突遭袭击，乱作一团，被斩杀者以万计。小策凌敦多布收拾残部，乘黑勉强逃出重围。
额尔德尼昭的惨败极大地打击了噶尔丹策零的气焰。雍正十一年（1733年）冬，噶尔丹策零被迫再向清廷请和。雍正帝也因连年用兵，劳师动众，愿意和平解决同准噶尔部的冲突。雍正末年至乾隆初，清廷多次同噶尔丹策零交涉，议定了以阿尔泰山为准噶尔与喀尔喀的游牧界限。噶尔丹策零还遣使进京纳贡，表达了求和诚意。以后十多年的时间，噶尔部同清廷一直保持和睦关系。
平定大小金川
大小金川为川西大渡河上游的两个支流，分别源自松藩西北巴细土司和理番县西雪山，左今四川小金县崇化屯汇合，因沿岸富有金矿而得名。该地“万山丛矗，中绕洶溪，”形势险阻，交通不便。其民多为藏人，世居石堡之中。明代隶杂谷安抚司，与绰斯甲布、革布什扎等九土司与之接壤。顺治七年（1650年），清廷封小金川头人卜尔吉细为土司；康熙五年，又给大金川头人嘉勒塔尔巴“演化禅师”印，使二人分掌大小金川。雍正元年（1723年），清廷因嘉勒塔尔巴之孙莎罗奔随清军平藏有功，授为安抚司。后莎罗奔势力渐强，谋取小金川等地，以其女阿扣嫁给小金川土司泽旺为妻，泽旺生性懦弱，为其妻所制。乾隆十一年（1746年），莎罗奔劫持泽旺，夺其印信，经四川总督出面干涉，镇放回泽旺。乾隆十二年（1746年），莎罗奔出兵攻掠革布什扎、明正两土司，四川巡抚纪山派兵前往镇压，反被打败。清廷闻报，调平苗有功的云贵总督张广泗为川陕总督，统兵镇压莎罗奔叛乱。
张广泗调三万大军分两路进攻大金川：一路由川西攻河东，一路由川南攻河西。是年六月，张广泗进驻小金川之美诺。莎罗奔恃险抵抗，以石筑垒，号称“战碉”，大小林立，清军受阻，难以前行。乾隆十三年（1748年）四月，清廷命大学士讷亲为经略前往督师，又起用前大将军岳钟琪为提督、原领侍卫内大臣傅尔丹为内大臣兼统领驰往军前效力。讷亲位高气盛，一至军前，即下令限三日攻取噶拉依，并以军法严办谏阻者，于是三军震惧，极力进攻，每得一碉均死伤官军无数，总兵任举、参将贾国良等相继战死，攻战数月，未能前进。讷亲损兵折将，不得不依靠张广泗等，但张广泗轻视讷亲不懂军事，又不服位出已上，故诸事推诿，“阳奉而阴忮之”。张广泗所用向导良尔吉为泽旺之弟，平时与阿扣关系暧昧，为莎罗奔充当耳目，将清军动向随时报与莎罗奔知道，更使清军陷入困境。后岳钟琪奏劾张广泗误用奸细良尔吉，讷亲亦劾其劳师靡饷，清廷遂于是年九月改派大学士傅恒为经略总统金川军务，把张广泗、讷亲革职。十二月杀张广泗、讷亲。
傅恒到军前，杀良尔吉、阿扣等人，切断叛军内应，又增调邻省兵力，尽撤各地守碉、攻碉之兵，与岳钟琪等制定集中兵力，直捣中坚计划。时乾隆帝因金川用兵二年，连诛二大臣，耗饷近千万，用尽全力却未能成功，命傅恒撤兵。傅恒因金川旦夕可破，弃之可惜，仍请进兵。乾隆帝决计罢兵，寄谕千言，命速班师，而傅恒不及奉诏，已与岳钟琪分兵两路，连克碉寨，直扑莎罗奔老巢勒乌围。叛军慑于清军兵威，且粮食将绝，险阻尽失，遂致军心动摇。莎罗奔从前曾随岳钟琪入藏平叛，素服其治军有法，后岳钟琪督川陕时，又奏给莎罗奔印信，至是遂向岳钟琪请降。岳钟琪亲率十三骑至叛军营中，示以诚信，莎罗奔等顶经立誓，投降清军。乾隆十四年（1749年）二月初五日，莎罗奔带领喇嘛、头人等焚香跪迎大学士傅恒等。傅恒赦其死罪，命仍为土司。是为第一次平定金川之役。
乾隆皇帝礼冠上的顶珠乾隆中叶，莎罗奔老，其侄郎卡继为大金川土司，不断侵犯邻近土司。乾隆二十三年（1758年），郎卡出兵攻掠小金川及革布什扎土司，四川总督开泰传谕劝阻，郎卡不听，仍侵犯邻境不休。乾隆三十一年（1766年），清廷命四川总督阿尔泰征调大金川周围九土司之兵会剿大金川。时九土司中与大金川土地相邻、兵力相当者，东有小金川，西有绰斯甲布，其余皆弱小。阿尔泰未能利用小金川等制约郎卡，反以苟且息事为本。郎卡遂与绰斯甲布土司联姻，又以其女嫁小金川土司泽旺之子僧格桑为妻，于是三部联合，其余土司难与抗争，只得俯首听命，郎卡死后，其子索诺木继土司职，于乾隆三十六年（1771年）诱杀革布什扎土司，而与他有“攻守同盟”之约的僧格桑也率小金川之兵攻扰鄂克什、明正两土司，并公然与清军为敌。清廷命阿尔泰率军进剿，阿尔泰按兵打箭炉（今四川康定）半载不前，清廷遂将阿尔泰赐死，命大学士温福赴四川督师，以尚书桂林为四川总督，再次统兵前往镇压。温福由汶川出西路，桂林由打箭炉出南路，夹攻小金川。僧格桑割地求援于大金川，索诺木派兵授助。乾隆三十七年（1772年）春，桂林克复革布什扎，温福进占资里及阿喀，逼进小金川。五月，桂林派部将薛琮统兵3000，带五日粮，欲截小金川后路，不意反被其困于墨垄沟。薛踪派人向桂林请援未果，致使全军覆没。清廷将桂林革职拿问，以阿桂署四川总督，代统其军。十一月，阿桂率部连夺险隘，直捣叛军巢穴，十二月进抵美诺，僧格桑逃往大金川依索诺木。清军乘胜进兵，占领底木达，俘泽旺，传檄索诺木交出僧格桑，索诺木不应。十二月十三日，清廷以温福为定边将军，阿桂、丰伸额为副将军，舒常、海兰察为参赞大臣，率兵进剿。乾隆三十八年（1773年）春，清军六路大军会攻大金川。索诺木增筑碉垒，据险抗守，严密十倍于小金川。温福重蹈张广泗复辙，采取“以碉攻碉”之策，建碉卡一千余座，所率二万余人大半分散于各碉。是年夏，温福屯兵大金川东都木果木，每日置酒高会，不听诸将之劝，致使军心浮动。索诺木唆使小金川头目煽动降卒复叛，作为内应，又于六月初一日夜袭陷提督董天弼底木达大营。初二日，索诺木派兵占据要隘，切断清军粮道，温福仍骄傲轻敌，不加戒备。初十日，叛军突袭木果木清军大营，攻占碉寨，抢夺炮台，温福仓惶应战，中枪而死，各卡清军相继溃散。海兰察等闻警赴援，收拾残兵万余人。是役，清军被歼3000余人，提督马会、牛三界，副都统巴朗、阿尔纳素，总兵张大经等皆战死，小金川再度落入叛军之手。
