太平军“冲峰伍卒”号衣同治元年（1862年）春，太平军陈得才部西征攻打西安之时，回民领袖任武、赫明堂、洪兴等人领导了华州和渭河两岸的起义，同当地的汉族地主武装——团练展开了激烈的斗争。起义军攻占了孝义镇、羌白镇等地，起义势力已控制了渭南、大荔两县的大部分地区。起义军组成了18大营，由赫明堂、任武等分别统率，并推洪兴、任武为元帅，统一指挥。起义军以渭南、大荔为根据地，分兵四出，进而围攻凤翔、西安两府，一时形成了“东西南北、云合响应”的顺利发展形势。
清政府派胜保为钦差大臣来陕镇压，被回民军打败，又派多隆阿为钦差大臣前来镇压，仍被起义军屡次击败。于是多隆阿便使用分化起义军的手段，派人去“招抚”。有些起义军将领动摇，接受了“招抚”。这样，清军轻而易举地就进占了起义军的重要据点王阁村、羌白镇，给起义军带来了不利影响。最后起义军不得不退到陕西、甘肃边境的董志原，联合甘肃回民起义军，继续与清军战斗。与此同时，甘肃回民在平凉起义，很快占领了灵州、河州、西宁等地。起义军在斗争过程中，逐渐形成了四个反清斗争中心：一个是马化龙领导的以金积堡为中心，包括宁夏府和陇东在内的起义区；一个是马占鳌领导的以河州为中心的回、撒拉、东乡族起义地区；一个是先后由马文义、马桂源和马本源领导的以西宁为中心的起义地区；一个是马文禄领导的以肃州为中心的起义地区。起义军屡败清军，切断了陕西同甘肃的交通，占领了很多地方，清政府在西北的统治摇摇欲坠。
同治六年（1867年），清政府派左宗棠为钦差大臣率大量清军从湖北进入陕西镇压回民起义军。他在先秦后陇、”“先捻后回”的方针指导下，把捻军镇压下去以后，便集中全力进攻董志原的陕西回民军。在重兵进攻下，董志原的回民起义军向西撤退到金积堡一带与马化龙起义军会合。
同治八年（1869年），左宗棠的北路军猛攻金积堡。在长期围困下，金积堡的起义军虽然粮尽援绝。但起义军誓死抵抗，在“堡塞将破时，先刃其家属，或掷诸水火乃解衣格斗，死而后已”。但马化龙却在同治十年（1871年）十月，投降了清朝。左宗棠在受降后，对放下武器的回民，纵兵大杀不留一人，马化龙也被“凌迟处死”。
同年，左宗棠的南路军被马占鳌打败，损兵折将，但不久后马占鳌又率部投降。
第二年，左宗棠又集中兵力围困肃州，经过18个月，最后占领了肃州，马文禄投降后被杀。
陕甘回族人民的反清斗争，坚持了12年之久。由于缺乏统一领导，内部又不断有将领受招抚，结果遭到失败。
咸丰八年（1858年），贵州的普安大坡铺一带的回民起义，推举张凌翔、马河图与金万照等为首领，起义军以白巾帕首，自称白旗。几年后占有新城、兴义、普安、安南、贞丰、归化等州县，人数达十余万，在新城建立政权。
同治三年（1864年），贵州提督赵德昌率军进攻，起义军战败，张凌翔、马河图被杀。其余部继续坚持斗争。同治九年（1870年）贵州巡抚曾璧光在云贵两省军力进攻起义军。由于寡不敌众，坚持斗争达十四年之久的白旗起义军终于在同治十一年（1872年）彻底失败。领导人金万照被捕遇难。
中俄《瑷珲条约》
十九世纪五十年代初，沙皇俄国逐步控制了我国黑龙江口地区的主要据点，并占领了库页岛。此后，沙俄不断派遣侵略军武装“航行”黑龙江。
咸丰四年（1854年）五月，沙俄派遣穆拉维约夫率领舰船七十五艘，军队一千余人，闯入黑龙江。六月，到达黑龙江下游一带，随即屯兵筑垒，实行军事占领。第二年五月，穆拉维约夫率舰船一百多艘，军队三千人，再次在黑龙江上武装“航行”。这次航行运来近五百名俄国居民，在黑龙江下游占地筑屋，建立移民点，蓄谋永久霸占。
咸丰六年（1856年）五月，沙俄军队，分乘百余只舰船，第三次在黑龙江上武装“航行”。他们在黑龙江中、上游建立军事哨所，设置村屯，屯集粮食，并于同年宣布设立以庙街为首府的滨海省，擅自把中国黑龙江下游地区划归为沙俄版图。
同年十月，英国发动第二次鸦片战争后，沙俄趁火打劫，加紧侵略扩张活动。穆拉维约夫指挥侵略军第四次武装“航行”黑龙江。不断向黑龙江下游和中、上游北岸移民增兵，遍设哨所，并宣布：“从明年航期开始，凡留在黑龙江左岸的居民，均属俄国管辖；不愿受俄国管辖的，都须迁到右岸；中国方面要是稍有反抗或集结兵力，俄国就要进兵右岸，收缴他们的武器，占领瑷珲”。这样，沙俄基本上完成了对我国黑龙江上、中游北岸地区的军事占领”。
两年以后，沙俄政府认为从政治上最终解决黑龙江问题的时机已经成熟。于是，乘英法联军攻占大沽、北京之机，再派穆拉维约夫率官兵数百人，在两艘炮艇护送下，闯入瑷珲，与清政府黑龙江将军奕山进行谈判。谈判一开始，穆拉维约夫就重弹沙俄“助华防英”的老调，向奕山勒索大片中国领土。他宣称：“中英正在交战，英国很可能表现出占据黑龙江口及其以南沿海地区的欲望；只有我国根据所订条约声明上述地区系归俄国占有时，才能遏止英国的侵犯”。而英国一旦“侵占了方便的沿海港湾，就有可能进攻满洲腹地”，因此，“中国政府当前尤须尽快了结此事”。随后他又抛出了“自卫”论，说“俄国为从海上保卫自己的领土，应当占有滨海地区，而为了建立滨海地区同西伯利亚的联系，应当在黑龙江建立居民点”，“为了双方的利益中俄必须沿黑龙江、乌苏里江划界，因为这是两国之间最合适的天然疆界”！然后，便拿出俄方擅自绘制的沿黑龙江、乌苏里江至海为界的“边界草图”，叫奕山看。对此，奕山据理力争。双方进行了激烈的辩论。会议历时四小时，没有结果。在以后两天的会议上俄方代表，不是无理取闹，就是耍弄花招，所以未能达成协议。
穆拉维约夫看到中国方面不肯屈服，便决定亲自出马对奕山施加更大的压力。五月二十六日，他身穿侍从将军的礼服，佩戴沙皇赐予的各种绶带和勋章，带着随从和卫队，来到瑷珲，以“最后通牒的方式”向中国方面提交条约的最后文本，企图逼迫奕山马上签字。奕山接阅夷文，看到并未删改，便援引历史事实，再次拒绝俄方的无理要求。
接着，穆拉维约夫把近几年沙俄武装侵占我国黑龙江地区的罪行，说成是为了“保卫”这些地方不受外国人的侵犯。对此奕山加以驳斥，穆拉维约夫大为恼火，又以英国人入侵中国相威胁，硬逼奕山签字，并说“这个条约对中国特别重要”，否则，“以后英国人在什么地方滋事，制造麻烦，那时只能责怪中国自己了！”奕山回答说：“要是英国人企图出现在黑龙江，我们将把他们抛到大海里去。”没等奕山说完，穆拉维约夫便大声叫嚷：“同中国人不能用和平方式进行谈判！我们不能再等了，我给他们限期到明天。”说完便怒气冲冲地离开会场。穆拉维约夫回船后，当夜俄军大肆以武力威胁，黑龙江左岸炮声不绝，陆屯水船，号火通明，故意进行挑衅。
在沙俄枪炮声的恫吓下，奕山终于屈服了，被迫于咸丰八年（1858年）五月二十八日与穆拉维约夫签订了不平等的中俄《瑷珲条约》，其主要内容是：
（一）黑龙江以北，外兴安岭以南的中国领土割给俄国，只有精奇里江以南至额尔莫勒津屯仍由中国人“永远居住”，归中国政府管理；（二）乌苏里江以东，包括吉林省全部海岸线及海参崴海口，划为中俄“共管”；（三）黑龙江、乌苏里江只准中俄两国船舶航行；（四）中俄两国在黑龙江、乌苏里江、松花江一带互相贸易。
清政府感到此条约有失国威，拒绝批准。直到咸丰十年（1860年）中俄订立《北京条约》时才予承认。
此条约的签订，不仅使黑龙江以北、外兴安岭以南六十多万平方公里的大片领土被俄国侵占，而且俄国还获得了经由黑龙江前往太平洋的通道。
《天津条约》的签订
第二次鸦片战争期间，英法军队攻占广州后，接着在咸丰八年（1858年）四月，到达大沽口外，美俄两国公使也随同北上，四国公使分别照会清政府，要求派全权大臣进行谈判。于是清政府派直隶总督谭廷襄前往大沽。英法借口谭廷襄非全权大臣，无随便行事之权，拒绝谈判。俄美公使假充“调停人”，单独和谭廷襄周旋，麻痹清政府。英、法军队在俄、美掩护下，做好了一切战争准备，于五月二十日对大沽炮台发动突然袭击击。炮台守军奋起还击，顽强抵抗，但因驻在大沽的文武官员对抵抗毫无决心，纷纷逃跑，致使大沽失陷。英法联军随即溯白河而上，直逼天津城下，扬言要攻打北京。
清政府闻讯后，急忙派大学士桂良，吏部尚书花沙纳赶赴天津议和。在谈判开始时，英国提出公使驻京，“江路一带，至海之源，各处通商，并在各省任凭英国人民，自持执照，随时往来，英国在要紧地方设领事馆，如有不法之徒，就近交领事馆惩办”等要求作为议和草约的基本条件。六月十一日，桂良等在英国胁迫下，顾不得咸丰的意旨，对英法完全屈服。但咸丰不同意全部接受英法的要求，他斥责桂良等说：“若必事事皆准，何用大臣会议耶？”命令他们再行交涉，并请普提雅廷出来“说合”，“杜其不情之请”。但是咸丰的愿望又一次落空，英国反而提出更多的要求。英国除更明确地要求公使“长远驻京”以外，还要天津开港、镇江、南京先立码头。到二十五日，英法逼桂良等接受他们所拟定的全部条款，一字也不予改动，中文约本的译文也完全由他们决定。咸丰无奈终于同意了英法的要求。
在谈判过程中，威妥玛、李泰国的态度特别蛮横，动辄开口吓。桂良等在奏折中一再表示自己所处的屈辱地位。桂良等在淫威慑伏下，订立了《天津条约》。
中英、中法《天津条约》分别于六月二十六日和二十七日签订。中英《天津条约》共五十六款，附约一条。中法《天津条约》共四十二款，附约六条。
美俄两国以“调停人”的名义，早在中英、中法条约签订以前即六月十三日和十八日，已诱骗清政府签订了中俄、中美《天津条约》。俄约十二款，美约三十款，两国不费一兵一卒而从清政府取得许多权利。四国公使还与桂良等商定，第二年与中国互换批准书。
咸丰重宝（当十）这四个《天津条约》的主要内容有：
（1）外国公使常驻北京。改变了以往只能在香港、上海活动，而不能与清朝中央直接打交道的惯例。
（2）开放牛庄、登州、台湾、潮州、淡水、琼州、汉口、九江、南京、镇江为通商口岸；外国人可在各口岸租房居住，买地建礼拜堂和医院。
（3）外国人可自由进入内地传教、通商、游历，外国商船和军舰皆可驶入长江各口。
（4）扩大领事裁判权，规定外国人之间任何纠纷，犯罪，中国官府都不得过问；中外民人之间的案件，由中外双方官员在外国领事监督下“会审”。
（5）对英赔款四百万两，对法赔款200万两。
（6）减低关税。
随后桂良、花沙纳在上海会同两江总督何桂清等，于十一月八日和二十四日分别与英、法订立《通商章程善后条约》各十款，内容主要是：承认鸦片贸易合法，每百斤征税三十两；一般商品抽时价百分之五的关税；洋货运内地只要再抽百分之二点五的进口税，即可畅行无阻；各海关税务邀外国人帮办。
《天津条约》及《善后条约》，进一步破坏了中国的主权，便利了西方列强对中国的经济侵略。
太平军进攻上海
