八国联军占领北京后，对北京居民进行了残暴的屠杀和抢劫。侵略军日夜包围各坛口，搜捕屠杀义和团。仅庄王府一处，就杀死烧死1700多团民。侵略军不仅在大街小巷“逢人即发枪毙之”，且闯进民宅乱杀乱砍。11国使馆成员也参加了屠杀，并以杀人数目互相炫耀。京内尸积遍地，腐肉白骨纵横。联军在京到处烧房，凡设过拳坛的王公府邸、寺院和民宅，“皆举火焚之”。大批珍贵图书档案被焚毁，在第二次鸦片战争中被英法联军劫余的《永乐大典》，又失去307册，珍贵图书被毁者数以万计。清中央部门的档案文稿，皆集中“在长安门内付之一炬”。许多重要档案资料被随意丢弃，长安门附近“满街破纸，皆印文公牍”。联军还到处奸淫妇女，屠杀幼童。联军占领北京之后，曾特许军队公开抢劫3日，后又以捕拿义和团搜查军械为名继续行抢。传教士、使馆官员也趁火打劫，大发横财。于是，皇宫、官衙、王府、宫邸、商店、当铺、钱庄、民户皆被洗劫一空。法军统帅佛尔雷一人就劫掠珍宝40箱，天主教北京大主教樊国梁自己承认的抢劫数字是“二十万三千零四十七银两又五十枚”；日本侵略者掠取户部所存之银“其数在百万镑以上”。北京“自元明以来之积蓄，上自典章文物，下至国宝奇珍，扫地遂尽”，所失“已数十万万不止”。
10月4日，《清议报》根据一个日本归国军人所述，报道了北京战后的惨状，往日巍然耸立的屋宇楼阁，几乎全被联军所辟击烧弃，再也找不到数百年来的庄严美观，留者仅有一二。街市被毁去十分之二三，居民们无法在京城居住，多四面逃避，以致兄弟妻子离散，一片凄凉惨淡。财物则任人掠夺，妇女则任人凌辱，不能自保。进入北京的八国联军，将校率军士，军士则同辈相约，光天化日之下大肆成群抢掠。民宦富豪之家，无一幸免此难。掠夺的什物，除金银珠宝外，还有书画、古董、衣服以及马匹车辆等所有值钱的东西。由于军人们不方便将抢来的东西都带走，于是他们便低价转售，因此京城里操奇之人一时颇多。此外，盗贼横行，粮食匮缺，偶尔有小贩出来，也免不了被兵士劫夺一空。所以，中国人连白天也不敢在街上单独行走。
11月17日，联军总司令瓦德西抵京。12月10日，联军设立“北京管理委员会”，在北京实行军事殖民统治。
慈禧“西行”
1900年8月14日，八国联军向北京发起猛烈攻击，慈禧太后连续五次召见军机大臣等人，众官员面面相觑，均无应敌之策，而且应召者越来越少，最后只剩下二三人了，满朝文武官员大多数逃离北京。14日晚，内城被八国联军攻破。8月15日凌晨，慈禧太后听说联军欲攻东华门，便慌忙穿上蓝色夏布衫，梳汉式头，扮成乡间农妇，在载漪、奕、载勋、载澜、刚毅、赵舒翘等十几位王公大臣的陪同下，由武卫左军统领马玉部及神机营，虎神营数千人护送，带着身穿黑纱衫的光绪帝，以及皇后、瑾妃、大阿哥浦和载漪、刚毅等出了西华门。当晚宿昌平，西太后自晨至夕粒米未进，当地百姓送来一些麦豆，她用手抓着吃，片刻即尽。困倦已极的西太后将就着睡在未及晒干的被单上。昌平县富商献驼轿3乘，西太后及光绪乃坐驼轿而行。
慈禧太后油画像8月16日出居庸关，17日慈禧等逃至怀来，即命荣禄、徐桐、崇绮留京办事。次日，广东布政使岑春煊率军前来护卫，慈禧等稍觉心安，即命岑春煊督理前路食宿。至鸡鸣驿，便以光绪名义下罪己诏，兼诫中外群臣，并下诏求直言。同时下令：“全权大臣李鸿章，著准其便宜行事，将应办事宜，迅速办理，联不为遥制。”不久，又命奕回北京，与李鸿章一起与列强议和。9月3日，到达怀仁，慈禧命在北京的部、院、卿寺堂官暨内廷行走者，除留京的以外，均率司员赴行在。9月10日，到达太原，以巡抚署为行，在这里一直住到10月9日。这期间，和谈仍在紧张进行，10月4日，法国照会各列强政府，提出六项要求作为和谈基础：一、严惩各国指认的主要罪魁；二、禁止中国输入军火；三、赔偿各国、各社团及个人的损失；四、北京使馆区永久驻扎联军；五、拆毁大沽炮台；六、京津之间择二三处进行军事占领，使大沽与北京之间畅行无阻。这些苛刻条件，慈禧反不以为然，为安抚列强，她命冈为被义和团杀死的德国公使克林德祭奠追悼。以“庇拳启衅”罪，削除庄亲王载勋、怡亲王溥静、贝勒载濂、载滢的爵位，罢免载漪、载澜、刚毅、赵舒翘、英年的官职。10月7日，诏令起驾赴西安。10月9日出发，并下诏改陕西巡抚署为行宫，令西安地方官员加紧修缮。途中，即依列强意愿，授任奕为全权大臣，会同李鸿章议商和约，刘坤一、张之洞仍参与会商。10月26日，到达西安，住进以陕西巡抚署改建而成的行宫。刚安顿下来，即下令削除载漪的爵位，与载勋、溥静、载滢一起交付宗人府囚禁。
在西安平定下来的慈禧，早已将路途风餐露宿的苦难掷之九霄云外，她下令各省应解京之钱粮均转输西安。南漕改道，由汉水入紫荆关，溯龙驹寨入西安。先后从各地调来500多万两银两，70多万石粮食，又过起了锦衣玉食的奢靡生活，每顿饭的菜谱有100余种，每天的花费达200多两银子，就这样，她认为比北京节省多了。
珍妃之死
珍妃为光绪帝妃。其家族为满洲镶红旗，姓他他拉氏。珍妃生于1876年（光绪二年），其祖父裕泰曾任刑部右侍郎、湖广总督、闽浙总督等职，其父长叙曾任工部侍郎、礼部侍郎等职。1888年（光绪十四年）珍妃与其姐姐同时被册封为光绪皇帝的珍嫔、瑾嫔。1894年（光绪二十年），珍嫔与瑾嫔又同时晋封为妃。
珍妃思想开朗，性格豪爽，敢做敢当，不畏邪恶。珍妃长得很漂亮，五官清秀，神态端庄。她聪明伶俐，才思敏捷，擅长书画、下棋。思想上受压抑、政治上被监视、行动上不自由的光绪皇帝能有珍妃这样一位天生丽质、通情达理的人陪伴在身边，自然景施眷宠。
慈禧太后年轻守寡，更兼生性乖戾阴毒，对光绪皇帝与珍妃的恩爱，十分看不上眼。珍妃受宠，隆裕皇后很忌恨，经常在慈禧耳边拨弄是非；加上珍妃性格倔强，不会曲意奉承，更招致慈禧滥施淫威，找碴行罚。在中日甲午战争期间，其家庭教师文廷式和堂兄志锐为主战派，他们时常通过珍妃影响光绪帝。因此，引起主和派忌恨。珍妃遭受廷杖，并被降为贵人。在戊戌变法中，珍妃通晓大义，支持维新，经常通过自己的亲信太监将宫中一些密事告知其弟志锜，志锜再转达维新党人。变法失败后，光绪帝被囚禁于瀛台。珍妃当众受辱挨打，被贬入冷宫。珍妃被禁锢在皇宫东北角景祺阁后面的小院内，行动毫无自由，衣食极为恶劣，时间长达两年之久，受尽折磨。
1900年8月15日凌晨，八国联军已攻进北京城，当时慈禧听说联军欲攻东华门，便慌忙更换农装，携带光绪皇帝，在十几位王公大臣及数千兵弁的护送下，仓皇出西华门和德胜门，经颐和园、居庸关等处，向太原方向逃难。临走时还忘不了处置珍妃，将珍妃从囚所里提出，假意表示要带珍妃西逃。珍妃表示：“国难当头，我不走，而且皇上也不该离开京师。”慈禧听后冷笑一声，抢白说：“你死在眼前，还胡主张什么！”并声称：现在兵荒马乱，洋人进来，万一出了什么事，丢了皇家的体面，就对不住祖宗，让珍妃赶快自尽。珍妃宁死不走。此时在场之人，呆若木鸡，谁也不忍下手。光绪帝与瑾妃眼泪汪汪，几近晕厥。于是慈禧命李莲英指挥，崔玉贵、王德环执行，将珍妃推到院内一口八角琉璃井旁。光绪帝闻此，心如刀绞，忙跪下求情，慈禧厉声斥责光绪，转身令手下人快执行。珍妃喝令太监不准靠近，径自走到井边，纵身投入。崔玉贵马上向井内扔下两块大石头，而后慈禧一行仓慌出逃。珍妃就这样被残害致死，时年仅25岁。
1901年11月，慈禧等人返回北京。为了掩人耳目，对外宣称：珍妃为了免遭洋人污辱而投井自杀，并给珍妃恢复名誉，又升为贵妃。慈禧下旨要珍妃家人来打捞珍妃遗体。志锜含泪将姐姐遗体打捞上来，草草埋在北京西直门外田村。1915年3月，珍妃棺柩由北京移至清西陵梁格庄行宫暂安，同年11月，以贵妃葬仪，安葬在光绪陵旁的崇妃园寝。逊帝溥仪册谥为“恪顺”。
清政府秉侵略者旨意惩办“祸首”
李鸿章、奕与11国驻华公使举行专门会议，讨论惩办“祸首”问题。先是，八国联军提出严惩“祸首”作为“议和”的先决条件。美国政府在致德国电文之中说：“各大国须合力逼清政府严惩罪魁，庶免日后祸患”。英国外交大臣索尔斯伯里也认为：“与其旷日持久为中国越俎谋内治，不如将来列入和约条款，使酿祸者永不得用事，则中国自尔太平矣”。其惩办“祸着”的目的是非常明显的。
提起祸首，劈头就碰上如何对待那拉氏的问题。沙俄原来就扶持后党，同英国展开霸权的争夺。俄、法主张议和，英、日则曾公开支持光绪帝，对亲俄的西太后不满，很想置她于“祸首”的席位，以扶植光绪帝，所以拒绝同李鸿章谈判，宣称“中国立有合例政府方可开议”。两方相持不下，后来，鉴于西太后一再表白悔祸谢罪的诚意，英、日表示让步，承认“皇太后为合例”，开始就惩办“祸首”问题举行谈判。
1900年9月25日，清政府发布第一道惩办谕旨，将载勋、溥静、载濂、载滢革去爵职；载漪撤差、停俸，交宗人府严加议处；载澜、英年交该衙门严加议处；刚毅、赵舒翘交都察院、吏部议处。
列强对清政府惩办“祸首”敷衍应付十分不满。驻京各使会商，必“先办祸首十一人一律正法”，方可开议。并令联军向西进攻，占领保定、正定、紫荆关等地，对清政府施加压力。清政府乃于11月13日发布第二个惩办“祸首”谕旨：载漪革去爵职，和载勋一起永远监禁；溥静、载滢一并交宗人府圈禁；载濂“闭门思过”；载澜停止公俸，降一级调用；英年降二级调用；刚毅本应从重治罪，病死免议；赵舒翘革职留任；毓贤发征极边，充当苦差，永不释回；董福祥革职留任，带亲军数营回甘。
1901年2月5日，驻华公使与奕、李鸿章举行专门会议，讨论惩办“祸首”问题。2月7日，驻华公使团发出照会，根据奕、李鸿章预拟的惩办方案提出具体意见。2月13日，清政府完全“照许施行”，发布了第三个惩办“祸首”谕旨：载漪、载澜发往新疆，永远监禁；毓贤即行正法；载勋赐令自尽；刚毅追夺原官，即行革职；董福祥革职降调；英年革职，斩监候；徐桐、李秉衡革职，撤销恤典。同日，又根据驻华公使团照会，谕旨徐用仪、许景澄、袁昶、立山、联元5人开复原官。驻华公使团对此仍不满意，再次给清政府施加压力，西太后、荣禄等怕联军发动新的进攻，更怕“祸将及身”，终于最后彻底屈服。2月24日，清政府发出第四道惩办“祸首”谕旨：载漪、载澜定为斩监候，加恩发往新疆，永远监禁；刚毅定为斩立决，病故免议；英年、赵舒翘赐令自尽；启秀、徐承煜著奕、李鸿章照会各使交回，即行正法；徐桐、李秉衡定为斩监候，已临难自尽，免予再议。
随后，清政府又根据驻华使团开出的《外省庇匪仇教》名单142名，分别进行惩处和查办。4月29日清政府颁布上谕，以义和团起事后各省焚烧教堂、伤害教士、教民，致酿事端等罪名，分别惩处地方军政官员50余名。西太后为满足列强要求，8月19日，最后一次公布了惩办各处官绅人等50余名的上谕。清政府前后公布3批“凶犯”名单，共惩处100余人。这些被惩处的官员，上自王公贵族，下至文武官绅。而围绕着惩办“祸首”的交涉，从开盘议价，到拍板收盘，花费了将近半年的时间，顽固派几番挣扎，力图保存一部分势力，以便东山再起，到头来还是全军覆灭。
《辛丑条约》的签订
早在北京陷落之前，慈禧太后就任命李鸿章为议和大臣，和庆亲王奕一道与八国联军议和。这时，她把心思全用在了和谈之事上，她殷切盼望和谈早日成功，说：“我一日不见京电，便觉无措。然每见一电，喜少惊多，实令人胆怯。”在西安的首席军机大臣荣禄电告在京的全权大臣奕、李鸿章说：“两宫目下的处之境甚苦，务须体上意，早安大局。”
1900年12月24日，英、俄、德、法、日、美、意、粤8国及未参加战争的比利时、西班牙、荷兰共11国公使订立了12条和约，向清政府提交了《议和大纲》12条，不准讨论，迫使清政府同意。
远在西安的清廷，为迎合列强，下诏会议变法，要求军机大臣、大学士、六部、九卿、出使大臣、直省督抚参酌中西政要，条举以闻。同时诏谕直省官员保护外侨，违者重谴。并继续追究“纵匪肇乱首祸诸臣罪”，对削夺载澜的官爵，与载漪等人一起谪罚新疆禁锢，其他官员或免职，或论斩等等。又下诏自责，“以当时委曲苦衷示天下，并诫中外诸臣激发忠诚，去私心，破积习，力图振作”。
