粉碎“四人帮”后，在中共第一代领导集体中担任过要职的老一辈领导人就只有邓小平和陈云了。在确立以邓小平为核心的第二代领导集体的过程中，两位老人默契配合，相互合作，同心协办，在一系列重大问题上互相支持，实现了新中国成立以来我们党具有深远意义的历史转折。来源国家安全部原部长、原陈云秘书许永跃答记者问，参见《百年潮》2006年第3期。还有一种观点，认为陈云与邓小平在改革开放上相互合作、互相制衡、谁也离不开谁。一些重大问题，需要两人都同意才行得通。所以，中国改革年代的政治力量是双峰状态。由于邓小平所处的地位，这个山峰稍高些。
在1977年3月10日至22日，中共中央召开工作会议。这是粉碎“四人帮”后中共中央召开的第一次工作会议。参加会议的，有中共中央政治局委员，全国人大常委会、国务院、中央军委的领导人，各省、直辖市、自治区和各大军区、中央和国家机关各部委、军委各总部、各军兵种的主要负责人，共160多人。会议依照过去的习惯，按六个大区分成中南、西南、西北、华东、华北、东北六个组。中央直属的党政军各单位负责人不单独编组，分别参加六个组讨论。
这次中央工作会议的原定议程有三项：一、交流前一段揭批“四人帮”的经验，研究如何进一步深入揭批“四人帮”；二、商定今年的国民经济计划；三、今年下半年的工作安排。会议分两个阶段。考虑到当时全国计划会议就要结束，所以先请余秋里就《国家计划委员会向中央政治局关于一九七七年国民经济计划几个问题的汇报提纲》向会议作汇报说明，然后分组讨论。3月14日，转入第二阶段，讨论揭批“四人帮”和下半年工作安排问题。
陈云参加了这次中央工作会议，分在西南组。他除参加五次全体会议中的四次外，还参加了两次分组讨论。
3月13日上午，陈云来到西南组，并作了书面发言。这份发言，是陈云经过反复考虑后，先同胡乔木商量，随后听取耿飙、王震、萧劲光、王诤的意见，才提出来的。
陈云的发言首先高度评价了粉碎“四人帮”的意义，接着，他指出：“邓小平同志与天安门事件是无关的。为了中国革命和中国共产党的需要，听说中央有些同志提出让邓小平同志重新参加党中央的领导工作，是完全正确、完全必要，我完全拥护。”由于叶剑英、陈云等老同志的努力，使得邓小平得以在中共十届三中全会恢复所有职务。
在中共十一大上陈云继续当选为中央委员，同时他还是第四届全国人大常委会副委员长。这时，陈云仍然没有进入中央政治局。在几次中央工作会议上，都有人要求十届三中全会把陈云选进中央政治局，但始终没有被中央采纳。这时已恢复职务的邓小平在中央会议上提出要求陈云出来工作，结果也没被接受。
姚依林也回忆说：“在十一届一中全会上，所有小组都提了，要选陈云同志为政治局委员，邓小平、李先念同志也多次提过。”“直到十一届三中全会，大家攻得厉害，大势所趋，才解决这个问题。”姚依林在讨论历史决议稿小组会上的发言，1980年10月25日。
1977年9月9日，是毛泽东逝世一周年纪念日。28日，陈云在《人民日报》发表了《坚持实事求是的革命作风》的文章。文章针对“两个凡是”的错误，明确地把“实事求是”提到根本思想路线的高度。陈云指出：“实事求是，这不是一个普通的作风问题，这是马克思主义的根本思想路线问题。我们要坚持马克思列宁主义，坚持毛泽东思想，就必须坚持实事求是。如果我们离开了实事求是的革命作风，那么，我们就离开了马列主义、毛泽东思想，而成为脱离实际的唯心主义者，那么，我们的革命工作就要陷于失败。所以，是否坚持实事求是的革命作风，实际上是区别真假马列主义、真假毛泽东思想的根本标志之一。”《人民日报》，1977年9月28日。
陈云这篇文章所表达的基本思想，同邓小平提出的“我们必须世世代代地用准确的完整的毛泽东思想来指导我们全党、全军和全国人民”这一正确的主张相呼应，为不久后兴起的思想解放运动定下了基调。
在1978年底的中央工作会议上，陈云率先对一批重大冤假错案提出平反，在会上引起强烈反响。陈云当时还只有中央委员的名义和人大常委会副委员长的身份，但靠自己在党内的资格和威望，在拨乱反正上打开了一个缺口。
11月28日，出访归来的王震参加了中央工作会议。他在发言中表示，听说了陈云提出的一些问题，很高兴。他向中央建议：“陈云同志过去是党中央的一位副主席。不少同志要我向中央反映，建议选陈云担任副主席。”
12月1日，邓小平在会议讨论时说：至少加三个政治局委员。少了也不好。陈云兼纪委书记，再加邓大姐、胡耀邦。够格的人有的是，如王胡子，也够格。
12月3日，在西北组会上，姚依林发言说，邓、李副主席提出要大家酝酿陈云、邓颖超、胡耀邦、王震四位同志参加政治局，我完全拥护。我完全赞同王震同志提出的陈云同志担任党的副主席、参加政治局常委的建议。陈云同志担任副主席、参加常委，有利于党的事业，有利于加强党的安定团结。十一届一中全会陈云同志未能进政治局，干部、党员和群众是有广泛议论的。中央工作会议简报，1978年12月3日。
姚依林接着说：
“我不赞成那种‘陈云同志一贯右倾’的说法。全国解放以来，他在毛主席的领导下，在任弼时同志逝世后参加书记处，主持财经工作。在全国财经统一、稳定物价、抗美援朝、粮食统购统销、资本主义工商业公私合营、制定第一个五年计划等方面，他的主张是正确的，是经得起历史检验的。关于反冒进问题，陈云同志究竟有多少错误？究竟有没有错误？当时批评他的那些论点，究竟是否站得住脚？这是值得认真研究的。实践是检验真理的唯一标准。我们现在计划中讲的许多问题，还是采用了多年以前陈云同志讲过的观点。例如，陈云同志说过，搞建设要在有吃有穿的基础上。他曾对我解释这个观点，说明只能提有吃有穿，不能提吃饱穿暖，这两者是有区别的，但是没吃没穿是搞不了建设的。他还讲过，我们的平衡只能是紧张的平衡，但是不能不平衡。我认为这些道理至今仍然是适用的，现在我们的计划，还是紧张的平衡。我认为，陈云同志当时不同意那种不顾人民生活、只热衷于搞工业化的观点，是正确的。三年困难时期，陈云同志执行调整、巩固、充实、提高的八字方针，提出的解决问题的措施，对扭转当时困难局面，起了积极作用。
这样，大会经过充分酝酿，12月10日，对人事问题作出如下决定：拟增补陈云为中央政治局委员、常委、副主席，增补邓颖超、胡耀邦、王震为政治局委员，准备提交十一届三中全会审议通过。在随后召开的中共十一届三中全会上，中央工作会议的人事提请全被通过。
陈云的当选是众望所归，得到中央全会一致热烈拥护。在西北组会议上，肖华代表韩先楚、霍士廉、谭启龙、宋平、李瑞山、王任重、于明涛、李学智联合发言，指出：“陈云同志是我党久经考验的、德高望重的领导人，他在党的建设和经济建设方面的丰富经验和卓越才能是全党公认的，他多谋善断、实事求是、联系群众的工作作风是我们学习的榜样，他进入政治局和常委，一定会使我们党中央的领导核心更加坚强，更好地领导全党去实现四个现代化。”《陈云传》，中央文献出版社2005年版，第1507页。
全会还选举产生了以陈云为第一书记的中共中央纪律检查委员会。这是保障党的政治路线贯彻执行的一项重要措施。这次十一届三中全会选举成立中央纪律检查委员会，是中央工作会议召开前，中央政治局常委和中央政治局作出的决定，并责成中央组织部提出候选人名单。中央组织部认为：“我们党已经多年没有设立纪律检查机构，林彪、‘四人帮’又把党的纪律废弛得不像样子，中央一旦恢复纪委，全党同志都注意是由哪些同志在这方面担负起拨乱反正的责任。”所以，这次挑选的中央纪委候选人，“注意了党性、组织纪律性较强，能坚持原则，作风正派，办事公道，看问题比较全面，党内信得过的同志”。
1978年10月25日，中央组织部提出了一个中央纪委候选人初步名单。11月30日，中央政治局常委对中央纪委的组成问题作了指示，中央组织部又听取了陈云的意见，对候选人名单作了调整，于12月2日上报中央。12月10日，中央政治局常委将这份候选人名单批交中央工作会议征求意见。在这以前，12月1日，中央政治局常委在召集中央工作会议部分与会者谈话的会上，邓小平在讲话中提出由陈云兼任中央纪委书记的建议。12月16日，中央组织部向中央政治局常委报告说：“经工作会议各小组认真讨论，基本同意12月2日上报的名单，同时提出了增补和调换的意见。”中央政治局在对候选人名单又作了调整后，才提交十一届三中全会审议和选举。
