列强的侵略越发猖狂，中华民族的危机日益严重，民众日益觉醒，反抗斗争愈演愈烈。光绪十年八月，法国远东舰队司令孤拔进攻台湾基隆失败后，率军舰、水雷艇13艘开入马尾港，扬言将击毁马尾船厂并占据福州以索赔军费。总督何璟借口朝廷和战未决，纵敌入门，还严谕各属不准先行开炮，否则“虽胜亦斩”，仅派遣将军穆图善守卫长门炮台。会办大臣张佩纶出驻马尾，召集扬武、济安、飞云、伏波、福星、振威、艺新、永保、琛航、福胜、建胜等11艘大小兵船，由扬武管驾张成（粤人）调度。张成不听各管带劝阻，令各舰集中停泊并靠近法舰。八月二十三日晨，法军下战书，主事者竟不通知水陆诸军备战。下午1时45分法舰突行开炮，而中国舰船尚未启碇，抛锚如故。在十分不利的情况下，福建水师官兵奋勇还击。旗舰“扬武”号前炮被击坏，用尾炮打击法军旗舰“伏尔他”号；“振威”号受到两艘法舰围攻，激战中被打坏船舵、打穿船体，官兵仍奋战不息，直至沉没前还发射一发炮弹，重创法舰。“福星”号盯住法旗舰“伏尔他”号猛击，最后因火药仓中弹爆炸，全船官兵壮烈牺牲。“飞云”号、“福胜”号也都奋战不退，直至沉没。
马尾海战中，福建水师军舰11艘、商船19艘在30分钟内全被击毁击沉。战事发生后，会办福建海疆事宜大臣张佩纶、船政大臣何如璋、总督何璟、巡抚张兆栋都惊慌失措，四处奔逃。直至八月二十六日马尾海战失败消息报到北京，清政府才正式宣布对法作战。
福建水师战败后，法舰在马尾周围大肆屠杀、破坏，炮击沿岸村庄，扫射遇见的船只。八月二十四日上午，法舰三艘驶到马尾造船厂外，用重炮和机枪射击，工场、仓库、船坞全被毁坏。孤拔还派遣海军陆战队登陆，企图占领福州，遭到陆上军民的坚决抵抗，不得不放弃登陆企图，于二十八、二十九日开出闽江口，沿江50多里炮台，也被法舰摧毁。
海战爆发前，闽县尚干乡几万人激于爱国义愤，由武探花林培基领衔，连续两次向督署和会办上书，要求自备粮食、武器，抗击侵略者，遭到无理阻挠。马江战役爆发后，乡民林狮狮等于夜间驾驶盐船，带上土炮，突袭敌军主帅孤拔座舰“伏尔他”号。侵略军还窜到马尾闽安镇抢劫，乡民愤恨无比，打开山寨，一拥而下，用扁担和锄头，打得敌人丢盔弃械，仓惶逃命。
三、社会经济发展
明清时期，福州社会经济进一步发展，商品化的生产和经营方式趋向发达。
农业方面，继续扩大耕地面积，加强水利建设。清光绪《闽县乡土志？政绩》载：明成化时，知府唐珣以“兴学劝农为先，尝创迎春亭于东郊，以省耕敛。令民垦江洲可以为田者，筑塘五虎，以捍海潮”。嘉靖时，知府汪文盛“尤注意水利，开上王旧港，塞新河，灌田四千余顷，瘠土均为沃壤”。
据明代郡中名士徐熥《修筑石门硖碑刻》记载：“万历二十年（1592），皇帝诏令闽中大吏，由侯邑周兆圣主持修堤阻水，当地百姓欢然相率捐缗钱，鸠工筑堤。堤横亘三十余里，高几丈、广几丈，不盈期而功告成。其沃壤可田，其溪下者潴为湖，其弃地令民茭牧其中，无不人人称便者。”
光绪《侯官乡土志？政绩》载：清乾隆时，潘思榘任福建巡抚，“为政以筹民食、亟赈恤、兴水利、缮城垣为先务”。
乾隆二十五年（1760），福州知府李拔到任，认为“福州滨海首郡，人文与邹鲁埒”。他自福宁府调任福州时，其《行部纪略》云：福州乃“人烟之所辐辏，货物之所充盈，贩竖之所贸迁，海艘之所捆载”，“诚东南一大都会也”。他曾作《福州城内水利考》、《福州水利考》等，主张“以水利为农桑之本”，下令各县加紧疏凿，随时修葺，以广利源。他勤政爱民，履任三载，惠浃人和，民众为之树去思之碑。
这时期福州的粮食作物以水稻为主，兼种麦、黍、稷、菽、甘薯等。据明陈世元《金薯传习录》载：万历二十一年（1593），长乐人陈振龙“久在东夷吕宋（今菲律宾），深知朱薯功同五谷，利益民生，是以捐资买种，并得夷岛传授法则，由舟而归”。试栽成功后，由其子陈经纶将番薯呈献给福建巡抚金学曾，加以推广，后人因此称之为“金薯”。甘薯的引进和推广，大大缓解了沿海的缺粮之困。
这时期，经济作物也迅速发展，花生、甘蔗、蓝靛、烟草、茶叶、果树等品类增多，农、林、牧、渔多种经营发展。郊县乡民，从事织席、放蚬、养鸭、养池鱼、加工线面和种植蔬菜、桔柚、橄榄以及烧砖瓦、造舟船等业，就地取材，各营其生。
明清时期，福州成为全省纺织业中心之一。明代前期，太守毕亨于府门之右设织染局。据黄仲昭《八闽通志·土产》载：福州府岁贡绸缎425尺，所需用茧丝1328斤，分派各县缴纳。王世懋《闽部疏》载，福建各地土产经闽北下吴越，其中首记“福之丝绸”。
福州居民于家中置机，称“机房”，机户拥有相当数量的织机和织匠。有自织、代织之分。福州市内机房里、织缎巷、锦巷、横锦巷等，相传都是明代丝织业集中的工场、作坊所在，至今仍沿续旧称。弘治年间，福州织匠林洪“改机”，把五层丝织的改为四层丝，织出比过去更加细薄的丝织新品种，其产品有缎、绢、绸，装饰有闪光、阴花及龙凤等祥禽瑞兽图案，时价等同罗织品，质量远在纱、绫之上。随着改机的推广，产品需求量增加，织机和工匠数量大增，产品趋向商品化。由于织造技术提高，闽县与侯官涌现出一批可与“吴绫蜀锦”相匹敌、“美好无有”的名优产品，如土绢、丝布、线绢、草缎、帽缎、缎等，畅销海内外。
福州郡守李拔作《蚕桑说》、《种棉说》，认为“闽中天气和暖，理宜蚕桑”。他在内署试养“良丝厚茧，俱有成效”；试验植棉，也有成果。在他的倡导和推行下，福州地区的蚕桑、棉纺业风行一时。
清代，在福州城内水部绘春园（今南公园内）先后开办了农桑局和桑棉局，并分设蚕务学堂及育蚕缫丝传习所，分门以教，推动了民间纺织业的发展。乾隆《福州府志·物产》中，罗列福州地区的传统织品有：丝、绸、罗、改机、丝布、蕉布、苎布、葛布、麻布、颉（木棉）布等。
明清时期，闽县、侯官等传统酿酒业发达，生产的有红酒、白酒、葡萄酒三类。红酒即红曲黄酒，是闽中颇具特色的酿制酒品种。
清乾嘉年间，福州艺人沈绍安采用传统“夹纻”技术，创制出脱胎漆器，成为中国工艺品“三宝”之一。与角梳、雨伞合称“福州三宝”。其后，福州磨漆画、寿山石雕、软木画又称“榕城三绝”。
寿山石产于闽侯县北寿山村（今属福州市晋安区寿山镇）。寿山石开采和利用始于南朝，主要刻作石俑，供陪葬用。宋代开采渐多，已有专门采掘的矿坑。当时主要作为“嵌饰什器”，也有磨砻作印的，其所刻制的陪葬人物，十分精细而生动，山石名声开始显著。至清康熙年间，声价大升，上等的供上层人士把玩收藏，次等的用于镂刻嵌饰，或雕刻印章，供文房之用。乾隆《福州府志·物产》载：“寿山石的品位，以田坑为第一，水坑次之，山坑又次之。而其石色以田黄、艾绿为第一，丹砂次之，羊脂、瓜瓤红又次之。”“凡官斯土及游宦往来者，争相寻觅，山之精华既竭取之，旧藏家今亦不可得，价与珠玉等，而难得又过之。”康乾之间，寿山石开采甚盛，极品多用于进贡朝廷，以致资源枯竭，“山为一空”。
四、海上交通与贸易繁盛
明清时期，福州地区内地交通仍然依赖水路和陆路的驿道、津梁，海上航路则通往沿海及海外各地，商业贸易活跃，促进了对外经济文化交流。
明洪武五年（1372），朝廷赐琉球“闽人三十六姓”，其多为闽县河口人，有梁、邵、金、蔡、毛、陈、程、江、阮等姓，居于琉球唐营，俗称久米村。明王朝与琉球建立宗藩关系，允许琉球国定期朝贡觐见，或对新任国王实行册封。成化十年（1474），福建市舶司从泉州迁往福州，进出口岸指定在福州。闽县水部门外设置柔远驿即琉球会馆和进贡厂，以接待琉球来华进贡或朝觐的官员、商人，贮存货物。琉球国王感慕华风，向中国派遣王公贵胄子弟作官生，进入国子监，接受汉文化教育；另一部分自费留学的勤学生，则多在福州拜师学艺，所学有天文、历法、地理、堪舆、儒学、医学、律法、制糖、制瓷、制茶、制伞、造船、冶炼、书法、绘画、音乐、戏曲等。在福州师傅的悉心教授下，造就大批专业人才，推动琉球各个行业领域的技术进步。明清时期，琉球与王朝建立长期的贡属关系。政府对琉球建立了“册封”制度，选派博学多才的翰林院官员为册封使，组团前往进行谕祭、册封与考察、访问。福州人任册封使者共4人：明万历七年（1579），长乐谢杰（谢肇淛族叔）奉命任册封副使；清嘉庆十三年（1808），侯官齐鲲充正使；道光十八年（1838），侯官状元林鸿年为正使；同治五年（1866），侯官赵新为正使。他们都不辱使命，并有出使琉球的记录与诗文传世。
海上交通依赖于发达的造船业，明清时期，福州所造之“福船”“高大如楼，可容百人”，既利于远洋航行，也利于海战。明永乐至宣德年间（1405—1433），三保太监郑和率船队七下西洋，于长乐太平港候风，整修舰船、补给上货、招添水手；其所用“宝船”亦多为“福船”。嘉靖四十一年（1562），戚继光率军从浙江援闽抗倭，所乘战船即为福船，船体高大，“乘风下压，如车辗螳螂，斗船力不斗人力，每每取胜”，最终平息沿海倭患。
造船业的发达，推动了对外交通与贸易，提升了福州作为港口城市的地位。福州港口贸易主要集中于闽县的南台和侯官的洪塘。明万历六年（1578），福建巡抚庞尚鹏倡建福州洪山桥，成为联结福州与洪塘的交通要道。明林燫《洪山桥庙记》：洪塘闹市“商泊北至江北者，南至海者，咸聚于斯，盖数千家云”。
清乾隆时，福建巡抚潘思榘《江南桥记》称：“南台为福之贾区，鱼盐百货之辏，万室若栉，人烟浩穰。赤马金皇，估艑商舶，鱼蜒之艇，交维于其下。”当时出口的物产，以茶、木、纸为大宗，虽非产自福州，而为巨商大贾营运所集，“必以福州为所”。南台江“江潮一涨，其待转运之船舰，帆樯犹林立焉。虽不足较量川蜀之旺，而亦一大商场也”。
随着商业贸易的繁荣，全国各地商家入闽者聚集渐众，因而有省内各地及外省会馆集中于福州城，如广东会馆、浙江布帮的三山会馆、汀州商帮的汀州会馆、浙江木帮的安澜会馆等等。各商帮以会馆为聚所，提供住宿方便，联络同乡感情，互相资济困难，商讨经营事宜。这对促进福州经济文化的发展有着积极的作用。
明末清初，郑成功率军驱荷复台。清康熙二十二年（1683），台湾重新纳入中央政权版图，翌年设台湾府，归福建省管辖。其后大陆百姓向台湾移民渐成热潮，经久不衰。台湾的社会经济渐趋繁荣，两岸的商贸往来更加密切。乾隆四十九年（1784）和五十五年，先后开放鹿港与泉州蚶江对渡、鹿港与厦门直航。乾隆五十三年，清廷开放淡水八里坌与福州五虎口之间的对渡。当时进入五虎口的台湾货物主要是农产品和土特产品，如大米、糖、樟脑、鹿皮、苎、麻等，从福州运往台湾的产品有竹、木材、水果、纺织品等。清初武夷茶传入台北种植，发展迅速，产量上升。到道光年间，开始返销福州，茶叶成为台湾的主要外销商品。闽台对渡口岸的商贸活动，促进了海峡两岸的经济文化共同发展。
明清时期，屡行海禁，阻碍了对外交流和海上贸易。清初“迁界”，更给福建沿海人民的生产、生活造成极大破坏。一些沿海民众铤而走险，突破海禁，下海谋生，或私渡到台湾垦殖定居，或自行下海捕捞与经商贸易。民间私商的海外贸易禁而不止，愈演愈烈，逐渐出现一些海上武装贸易集团或海盗活动。从明初至清朝鸦片战争、福州被迫开辟为通商口岸之前，福州港处于货物集散、转口贸易的重要地位，出口商品向来以丝绸、茶叶、瓷器为大宗。
道光二十四年，福州被辟为对外通商口岸，由于福州地处闽江下游，与上游武夷山产茶区相距不远，而且交通运输方便，在茶叶贸易方面具有优越的地位和很强的竞争力，出口数量直线上升。据海关资料统计，19世纪50年代下半期，福州茶叶出口量每年20—30万担，60年代40—50万担，70年代以后仍在继续增长，每年多在70多万担；1880年高达802113担，为历史最高纪录。80年代以后，有所下降。1888年和1889年，仍有50万担茶叶出口。福州茶叶绝大部分都输往英国，还有一部分运往澳大利亚、美国以及新西兰、南非洲、欧洲等国家和地区，故有“国际茶港”、“国际茶市”之誉。19世纪90年代开始，茶叶出口量锐减，成为福建对外贸易明显衰落的标志。
