从传送门逃到扭曲虚空的耐奥祖和他的手下遭到了基尔加丹的伏击，耐奥祖被禁锢在一大块冰中变成了巫妖王，他的手下则成了巫妖。然后，耐奥祖被投放到了荒凉寒冷的诺森德大陆，在那里，耐奥祖建立的庞大的亡灵军队，并消灭了对抗他的蜘蛛帝国。随后，巫妖王将他的意念延伸到了人类的领土，并且召唤所有愿意聆听他的声音的黑暗灵魂……
达拉然的大法师克尔苏加德因坚持研究被禁用的黑暗魔法而被认为是一个异类，但是他仍是法师议会肯瑞托的一员。在听从了巫妖王的召唤之后，他放弃了财产和地位，孤身前往冰封王座，在那里他将自己的灵魂献给了巫妖王。克尔苏加德随后回到了洛丹伦，并建立了诅咒神教，大批的对生活绝望的民众加入了他的教派。巫妖王指使克尔苏加德释放了瘟疫之源，凡是被瘟疫接触的人类死去，就会变成对巫妖王唯命是从的不死一族。
随着战争的结束，联盟各国的分歧越来越大，银月城的高等精灵和其他两个人类王国相继退出联盟。矮人国王麦格尼·铜须，法师议会肯瑞托的领导者大法师安东尼达斯，库尔迪拉斯王国的海军上将戴林·普洛德摩尔，艾泽拉斯国王瓦立安·瑞恩仍然坚定的团结在洛丹伦国王泰瑞纳斯的周围。很快，泰瑞纳斯和大主教阿伦索斯·法奥不知疲倦地为重建洛丹伦王国和帮助联盟的其他国家而努力。王子阿尔赛斯也成长起来，他在矮人国王麦格尼·铜须的弟弟穆拉丁·铜须的训练下成为了洛丹伦公认的最强战士，并加入由光明使者乌瑟尔领导的白银之手骑士团。而且他与吉安娜·普罗德摩尔公主——大法师安东尼达斯的爱徒的浪漫爱情被公众传为佳话。
被人类养大的兽人萨尔从人类社会逃了出来，结识了仍在为解放同胞而战的格罗姆·地狱咆哮，并在萨满祭司德雷克萨尔的教导下，学习了古老的萨满文化。在隐居的兽人酋长奥格瑞姆·毁灭之锤的帮助下，萨尔决定带领他的人民回归高贵的萨满信仰。在解放兽人的战斗中，毁灭之锤战死了，萨尔拿起了毁灭之锤那传奇般的战锤，穿上了他的黑色板甲，成为了新的兽人领袖。在麦迪文的指引下，萨尔带领兽人部落跨越汪洋到了卡利姆多大陆。
混乱之治
这时候亡灵天灾开始了，泰瑞纳斯国王并没有听取麦迪文的警告，只是专心于联盟内部问题。而亲眼看到自己的人民被扭曲变形成了亡灵一族的阿尔塞斯崩溃了，他将被感染的人民和村庄都付之一炬，他的导师乌瑟尔和女友吉安娜也因此抛弃了他。阿尔塞斯在杀死死亡灵巫师克尔苏加德之后，与穆拉丁·铜须结伴去寻找传说中的救渎之剑霜之哀伤。当被复仇蒙蔽了双眼的阿尔塞斯拔起霜之哀伤的时候，穆拉丁?铜须成为了第一个剑下亡魂。随后阿尔塞斯虽然杀死了死亡领主提托迪奥斯，但是他同时他也被霜之哀伤腐化而成为了耐奥祖的死亡骑士。
死亡骑士阿尔塞斯回到了洛丹伦，杀死了自己的父亲，并带领亡灵大军荡平了高级精灵的国家奎尔萨拉斯和它的首都银月城，复活了克尔苏加德，还杀死了自己的导师乌瑟尔。以巫妖形态复活的克尔苏加德将污染者阿克蒙德召唤到了艾泽拉斯世界上，阿克蒙德略施小技就毁掉了魔法城市达拉然。只有吉安娜听从了麦迪文的话，集结了她剩下的人民逃亡到了卡利姆多。
逃到卡利姆多的兽人因砍伐大量的森林与暗夜精灵发生冲突，格罗姆·地狱咆哮再次沾染了深渊领主玛诺洛斯的诅咒之血，并杀死了半神塞纳留斯。萨尔与吉安娜结成了一个暂时的联盟，并合力净化了格罗姆·地狱咆哮身上的诅咒。玛诺洛斯不甘心失败，但是格罗姆·地狱咆哮的全力一击彻底打破了他的诅咒，解放了兽人一族。
为了对抗燃烧军团，月之女祭祀泰兰德唤醒了沉睡的玛法里奥，还释放了被关押的恶魔猎手伊利迪安。在阿尔塞斯和巫妖王的操纵下，伊利迪安得到了古尔丹的头骨，并变成了恶魔。虽然他利用恶魔的力量毁掉了黑暗之门，但是他仍然被驱逐了。
在麦迪文的指引下，三方联手击败了前来吸取世界之树能量的阿克蒙德及他带领的燃烧军团部队。
冰封王座
战争结束，在南卡利姆多荒原定居的兽人在萨尔的领导下建立了一个新国家——杜隆塔尔。吉安娜也领导她的人民建造了海岛要塞——泽拉默。联盟中残存的高等精灵改称自己为“血精灵”，在卡尔萨斯王子的带领下走上了复仇之路。
由于亡灵族的背叛，基尔加丹又找到了伊利迪安。为了完成基尔加丹交给的摧毁冰封王座的任务，伊利迪安唤醒了沉睡在海底的娜加族——精灵女王艾萨拉的后裔。在大旋涡列岛，伊利迪安找到了萨格拉斯之墓，并借助古尔丹的力量，他找到了萨格拉斯之眼，并计划用它来毁掉冰封王座，但是随后而来的守望者玛维·影歌和玛法里奥破坏了这个仪式。在营救了被不死族围困的泰兰德之后，伊利迪安便进了传送门，前往外土以便逃避基尔加丹的惩罚，玛维仍紧追不舍。
血精灵仍在继续履行联盟的责任，在对抗不死族的战斗中，得到了娜加海巫——麦斯琪女士的帮助。大敌当前，联盟统帅加理瑟斯却因此将卡尔王子的血精灵一族全部关进了监狱。麦斯琪将卡尔救了出来，并带领血精灵一族，去了外土。在那里，二人合力救出了被玛维抓住的伊利迪安。在得到伊利迪安的承诺之后，卡尔宣誓效忠伊利迪安。在打倒外土统治者麦瑟格里登之后，伊利迪安正打算在这里暂时安身，不过愤怒的基尔加丹再一次找到了他。迫不得已，他只得再次去摧毁冰封王座。
由于伊利迪安使用萨格瑞斯之眼的能量攻击冰封王座的缘故，使得巫妖王的力量减弱。黑暗游侠西尔瓦娜斯也因此摆脱了巫妖王的精神控制，并准备开始复仇。她与燃烧军团的恐惧之王们联合一起对付正准备赶往诺森德保护冰封王座的阿尔塞斯。在克尔苏加德的帮助下，阿尔塞斯顺利的离开了洛丹伦。西尔瓦娜斯假意联合加理瑟斯攻陷了恐惧之王占领的洛丹伦的首都，随后就杀掉了恐惧之王和加理瑟斯。西尔瓦娜斯和她率领的不死族就控制了洛丹伦，她们自称为“被遗忘者”，成为一支新的力量。
到达诺森德的阿尔塞斯在地穴领主的帮助下穿过地下王国到达了冰封王座，并击败了前来摧毁冰封王座的伊利迪安。在挥动霜之哀伤击碎冰封王座之后，阿尔塞斯戴上了耐奥祖的头盔，与之熔为一体。
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