在南京，金百合行动的第一批执行者是宪兵队。被调遣来的宪兵特别行动小队四处搜查，扣压所有中国政府的财产，炸开银行的库房，抢劫富家及中产阶级的商人和其他人士的黄金、宝石、珠宝、艺术品和货币。据说，在这一阶段，秘密宪兵至少收集了6000吨黄金，另外还有无数中国人喜欢储存的小金块、白金、钻石、红宝石、蓝宝石、艺术品和古董也遭抢劫。日本人做得如此彻底，甚至把尸体镶的金牙也敲下来。
当宪兵小分队忙于洗劫房屋的时候，金百合特别行动队的精英则把注意力集中于银行老板、行业协会首领、连锁当铺老板及帮派头目，所有这些人的身份事先都早已弄得一清二楚。“三合会”头目和黑社会的老大特别被盯住。他们中有人逃出城后，亲属被扣留作为人质。
因为日本人深知，在民间的富豪、大小商人以及地痞流氓黑社会手中的黄金、艺术品及祖传的遗产非常丰厚，大量的财富仍然是隐藏着的。他们先通过宪兵处理银行、博物馆，同时又通过黑社会劫夺藏而不见的财富，特别是来自于贩毒、酒、卖淫、赌博、走私和其他的非法行为所得的暴利上。
除了中国，日本还在东南亚其他国家抢劫黄金。在缅甸，数世纪以来，一些佛教组织积聚了数以吨计的黄金，浇铸的佛像总计8吨。这些金佛像外层用石膏掩盖，被涂成白色，还描出嘴唇和面颊，只有该组织的头目才知道这些石膏里面是纯金。日本军官来到佛塔和佛寺的第一件事就是打碎石膏菩萨，看里面是否藏着金子。
金百合行动在缅甸、老挝、柬埔寨和越南没收了许多金佛像，从新加坡运到马尼拉，然后再运往日本。1942年7月，一尊高达15英尺的金佛像被运到马尼拉码头，因为它过重，只能将其分割。但日本军官犹豫不决，担心这可能带来报应。结果这尊佛像被拖往一个简易机场，用两辆推土机连拖带拉，将佛像放入一个坑中，用泥土覆盖，准备以后来取。负责此项工作的军官后来调走了，这尊金佛像就被遗忘了。数十年后，在当地开发住宅时，这尊稀有的佛像才被发现。
日本入侵后，还使用了奴工加大了对东北地区金矿的开采力度，并迅速恢复了对一些原本废弃的金矿的挖掘。奴工的来源是取之不尽的，日本人也不用担心成本和风险。在其他国家，日本采取了相似的掠夺手段。在日军第25军占领了苏门答腊附近的本卡利斯岛后，黄金产量几乎翻了10倍，每年超过400公斤。在日本占领期间，其他地区金矿的产量也有类似的增加。
金百合行动出于贪欲也出于需要。1937年，日本黄金储备因为战争开支已减少了一半。因此，日本皇室成员亲自为抢劫物编制详细目录，随后将这些物品装上铁路货车和卡车，由参与金百合行动的军队贴封守护，运往上海。沿途的日本军官对冒犯皇室的事情都会三思而后行。这些战利品从上海直接船运日本，或由火车、汽车运往满洲处理。稀有金属进行分等，其他的首饰被融化后，重新浇铸为统一尺寸的金锭，然后再运回日本。
可以说，日本对亚洲财富的掠夺动员了全社会的力量，其掠夺的对象也包括被占领区的整个社会，日本军队既搜刮被占领国的国库、银行，也肆无忌惮地抢掠被占国平民的首饰乃至一切可以制造武器的金属物品，日本军队甚至大肆挖掘被占领国古墓，从其中掠夺财富。
日本劫掠的财富数目无法精确统计，但几乎没有人会质疑：日本掠夺的财富数额巨大。
“山下黄金”的秘密
1945年，日本投降后，民间一直流传“山下黄金”的传说：当日本快要投降的时候，菲律宾的一些岛屿上，一群劳工还在地下没日没夜挖着不知何用的隧道。几天之后，成吨的黄金和财宝被运往那里掩埋，永远地掩埋。当那些工人刚要爬上地面的瞬间，一声巨响，然后便是一片死寂，一切成为永久的秘密，只留下一个叫做“金百合计划”的传说。
日本所掠黄金的很大一部分也是从中国抢去的，而东北地区是在那场侵略战争中被日军占领时间最长、受害最深的地区。从“九一八”事变到日本投降的14年间，在疯狂侵略中国的同时，日本对中国进行了世界侵略史上极为罕见的掠夺与破坏。
现在的中国工商银行沈阳分行沈河支行所用的建筑，就是百年前的东三省官银号的老宅，在这幢屹立在沈阳城朝阳街长安寺巷的老建筑前，有一具石狮子，石狮下一块石碑记载着东三省官银号的身世。
东三省官银号在光绪三十一年也就是1905年成立，鼎盛时期在全国设有分号99处，是当时东三省最大的地方银行，由东三省巡使张作霖操控，奉军六次入关都是以东三省官银号为经济后盾。张学良将军在东北主政期间，正是依靠东三省官银号整顿了东北金融秩序，稳定东北币制。“九一八”事变以后，东北全境沦陷，日本关东军每到一处首先抢占的就是交通运输线和金融机构。
当时东北地区主要的金融机构有：东三省官银号，东北地方政府的官办银行，资本2000万元；边业银行，奉系军阀势力设立的，资本525万元；吉林永衡官银行，省政府的金库，资本1000万元；黑龙江省官银行，资本200万元。四银行还在沈阳设立了“辽宁省城四行号联合发行准备库”，该四行号是东北金融界的决定力量，此外，还有中国银行和交通银行在东北的分支机构。
“九一八”事变次日，东北地区最大的金融机构——东三省官银号被日军占领，日本人如获至宝，在门口贴上“擅入者枪毙”的字样。当日晚间，日军用载重汽车将官银号内的现大洋运走。
据后来沈河支行的资料记载，东三省官银号被日军占领，库内存有的66万斤黄金和200万元银元被日军劫走。由于数字巨大，就连当时负责编写沈河支行门前石碑说明的赵建宏也有点儿怀疑，“毕竟这个数目太大了”。此后，赵建宏也到省、市档案馆查阅过相关资料，但是并没有权威和统一的说法。见过当年东三省官银号金库的赵建宏说，地上和地下的金库共5个，每个达300到400平方米。而66万斤黄金这一数字，来源于从事沈阳地方志工作的伯金地的《东三省官银号始末》，而伯金地也是货币研究专家，当赵建宏对此数字表示怀疑时，伯金地曾斩钉截铁地表示不会错的。
与赵建宏的初始怀疑相一致的是，沈阳市文史研究馆编写的《沈阳历史大事本末》一书对当年日本人从东三省官银号掠走的黄金记载为16万两，这些数字都差距甚远。
但直到现在，曾在沈阳市地方志办公室工作过的伯金地仍坚持“66万斤黄金”这一数字，数字来源主要是《奉系军阀的官僚资本》一书。该书是20世纪80年代出版，共100多页的小册子，对当时的记载非常详细。据伯金地的说法，日本占领东三省官银号时，张学良没来得及运走那么多钱币，根据奉系当时的财力，这个数字也是可能的，“从史料看，当时日本人把一部分黄金运回本国，另外很大一部分则转移到长春，为伪满洲国筹备资金”。
至今，“山下黄金”到底是传说还是史实，一直没有得到学界和官方的澄清。中国社会科学院近代史研究所副编审卞修月，长期从事抗日战争人员及财产损失研究。他说：“‘山下黄金’目前还是一个传说吗？不知道，因为没有任何的资料。但是，它有可能存在”，“也不是没有资料就无法研究，但研究下去的难度很大。大陆和台湾两地资料的分散，大陆档案资料的难以利用，已知资料中的复杂数据换算、单位换算、统计整合等都将是一个浩大的工程”。
为战争提供经济后盾
百岁老人孙竞寰从1927年起就在沈阳从事银行工作，他先后在张作霖的边业银行、日本人的伪满洲中央银行、国民党开办的“中央银行大南门支行”工作过。“其实，这几家银行都是一家银行，就在现在的大南门”。
据孙竞寰回忆，边业银行是张作霖开办的，它与官方的东三省官银号都是东北最大的银行。1927年边业银行成立时孙竞寰就在这里工作，是负责存放款的组长，那时他才二十出头。
孙竞寰说，“九一八”事变之前，银行每天热热闹闹，生意很好。为了巩固纸币的作用，银行从上海购买了7000两黄金，作为储蓄金。“黄金装在7个大木箱里运来，每个箱里装1000两。”
这些黄金在日军进来前一直放在银行里，也没有被兑换。当时的纸币是银本位的，100元可以换100块现大洋，但是不能与黄金兑换。“九一八”事变后，这家银行被日本人控制，改名为“满洲中央银行”。孙竞寰也被调往牡丹江分行工作，直到1935年回来。
