强克捷是陕西韩城人，以练达在官场闻名。在上峰认为自己多事之后，强克捷自作主张，组织县内衙役前往李文成老家，将李文成及干将牛亮臣等二十四人捕获。酷刑之下，李文成等人却不露口风，强克捷无奈，遂将众人关入狱中。
九月初七日，山东教首冯克善与山西教首于克敏等人商议，认为十五日起事之期已近，断不可拖延。此时教徒已准备充分，不若直接攻打滑县，救出李文成，然后直隶、山东各地同时举义配合。
当日，天理教出动三千余人，攻进滑县。滑县中的衙役看到情势不妙，立刻溃逃。攻入滑县后，天理教教徒将李文成等人救出，又将强克捷全家及老书吏全家杀光。至于强克捷，他的下落及命运，官方与民间的记载中不一。
官方记载中的强克捷颇为英勇。天理教攻入城后，强克捷换上一身官服，昂然端坐于衙门之内，怒斥了天理教教徒之后被杀，全家殉难。事后，清廷予强克捷以厚封，入京师昭忠祠，谥忠烈。同时又尊奉他为韩城、滑县的城隍神，在韩城及滑县建祠堂祭祀，全家一起入祠享受祭祀，“一时天下皆知强公之功之伟”。
但在清代文人的记载中，天理教闹事后，强克捷跑得快极了，躲到邻县封丘一个朋友家中隐遁不出。得知一家都被杀死后，强克捷伤心欲绝，一度想自杀，被朋友给制止了。强克捷不出现，清廷以为他已死节了，就给了他最高规格的表彰。此时强克捷只有去死，才对得起皇帝，对得起给自己的封号。朋友给他做了精心准备，购置了好酒好菜好棺材为他送行。痛饮一夜之后，朋友劝强克捷可以上路了。这时强克捷却不想死了，朋友频频作揖，求他快去死吧。无奈之下，强克捷只好上吊了。
李文成滑县闹事的消息很快传到清廷中枢，军机处紧急调兵前往河南镇压。依照计划，李文成本要派出一批精干人员潜入京师，帮助林清攻打皇宫。不想滑县事泄，提前起事，所派人员也被耽搁。
虽然援兵未到，但林清仍在京外黄村宋家庄积极准备，以杀入紫禁城。
对于此次行动，林清是相当自信。此前有彗星出自西北方，光芒万丈，划破长空。此彗星在星相学上象征着王朝更替，天下易主，这更让林清增加了信心。到了嘉庆十八年，此年恰好有闰八月，历来即有“闰八月不祥”之说。天理教遂以“八月中秋，黄花落地”附会“闰八月”之说，以为千年之劫将至。
但在清廷官方公布的历书中，此年却无闰八月。在编定历书时，钦天监发现嘉庆十八年有闰八月。但如果在历书中排闰八月，则此年冬至将是十月三十日，而以前冬至都是十一月。每年清廷举行的郊祀大典，均在十一月举行。排出闰八月，必与祭祀相冲突，钦天监遂奏请将“闰八月”延后到了明年的二月。尽管如此，林清仍确定在此年的“闰八月”，即九月行动。
此次行动还有多名太监与官员作为内应。茶房太监杨进忠在宣武门外铁市铸造了数百口快刀，京内很多人知晓此事，但慑于杨进忠宫内太监的身份，也无人敢去过问。
曹纶和儿子曹福昌负责在城内策应。曹福昌探听到嘉庆将于十七日驻跸白涧行宫，当日京内王公大臣都要去迎接，京师空虚，建议林清改在十七日行动。此时“八月中秋，黄花落地”已遍传京师，林清认为如果不按时攻打，对应不上末日劫难之说，将会影响到整体起事，遂决定按时动手。
九月初十日，陈爽、陈文魁带了一百多人，化妆成小贩之类，分几路进入京师，约定十五日同时发动，攻打皇城。此几日之间，林清在城内开戏园的徒弟，将进城的教徒请去看戏，终日酣饮，言语之间，难免有所泄露，也无人过问。
九月十五日，天理教城内的教徒开始集合，准备进攻紫禁城。计划分两路，从东西分别攻入。
东华门一路由太监刘得财、刘金带路。行到东华门外时，教徒与运煤的所谓“煤黑子”争路，双方发生争执。天理教徒在冲突中露出所藏兵刃，守城官兵再糊涂也知道事情不妙，赶紧关门。陈爽带了众人急忙持刀涌上，边杀边冲，结果只冲入了陈爽、龚恕、王世有、祝真、刘进玉五人及太监刘得财、刘金。未进城的天理教徒分散开来，在城内四处藏匿。
入了东华门之后，刘得财想泄私愤，杀掉总管太监常永贵，没有按照计划直扑皇帝所住的养心殿，带了龚恕、刘进玉两人进入苍震门。龚恕、刘进玉两人进了苍震门后，先是砍倒一人。入了苍震门就是进了内廷，此处太监很多，太监虽然身体上有缺陷，拼命倒是可以。众太监一起围上，将两人击倒擒住。刘得财一看形势不妙，就跟着众太监后面大喊“抓贼”，“假意持棍打贼”，利用太监身份作掩护，得以暂时逃脱。
刘金带了陈爽等三人，走到熙和门口，与大批清军护卫相遇，结果被杀死两人，陈爽重伤被俘。
从西华门入宫的一路相对顺利，教徒打扮成贩卖柿子的贩子，将刀藏在挑担之中。到了西华门前，众人取出刀一拥而上，砍死门卫，在果房太监杨进忠和徒弟高广幅带领下，大部分人冲入皇宫。入了皇宫后，众人用白布缠了头，束了腰，由杨进忠带路，开始冲杀。
杨进忠在嘉庆十四年得了大病，被林清的徒弟治好，遂入了教，此后又发展了多名太监入教。此次林清对他许诺，如果带人杀入皇宫，事成之后封他为太监总管，可以发大财。财迷心窍的杨进忠就带了徒弟高广福一起做内应。
杨进忠与负责修补衣服的尚衣监太监结下梁子，一直伺机报复。入宫之后，杨进忠先将所有天理教徒带去尚衣监，将制衣太监全数击杀，又奔至文颖馆。文颖馆内都是弱不禁风的读书人，哪里是天理教的对手，被杀死数人。文颖馆中的工作人员陶凫芗躲入柜子，大气也不敢喘，只听天理教徒在外不停追问：“金銮殿在何所？”
在柜子里陶凫芗一声不吭，不吃不喝地躲了三天，以为外面已是末日来临，改天换地。如果不是搜索的清军发现他，估计也要饿毙于柜中。
在东华门外的护军统领杨澎增将东华门关闭后，听说有人从西华门进入，就急忙冲到隆宗门，将大门关闭。隆宗门是联系内廷与外廷枢纽，军机处值班房就在隆宗门内。
天理教一行人行至隆宗门外，却见隆宗门大门紧闭，就四处寻觅破城工具。在隆宗门外，天理教徒也有意外的收获，隆宗门外的一排箭垛上正好放着弓箭。十几个天理教徒抢到了弓箭，开始射箭。其中一箭射到隆宗门的门匾上，迄今隆宗门门匾上“宗”字旁尚存有铁箭头。
军机处的章京们当日正在办公，突听到隆宗门外杀声一片，无不惊慌失措，只求不要杀进军机处来。不想有个书呆子庆福，穿了身朝服，昂首端坐在军机处前台阶上。有人看到了就骂庆福穿成这个样子，不是找死吗？这书呆子却道：“今儿是十五日，大日子，必须正装。”军机处众人对他恨得牙痒，生怕他将天理教徒给吸引到军机处来，一把将庆福拖了进去。
天理教教徒此次入宫，目标是皇帝的住所养心殿。若是冲破隆宗门，杀到养心殿，当日则会有高价值目标可以捕获，皇二子、皇三子等人正在此处呢。陈文魁先是指挥众人撞击隆宗门，但没有撞开。随后又派人从御膳房上的矮墙爬上内右门西大墙，想攻入北边皇后居住的储秀宫。皇二子绵宁此时正在养心殿，看到对面墙上有人，一时惊惶失措。太监总管常永贵倒是冷静，建议用鸟枪将墙上的人打下。绵宁赶紧回屋取了鸟枪腰刀。清皇室重视皇子武功训练的好处也在此时显现，皇二子绵宁开枪连毙两人。陈文魁又改谋他途，再派两名天理教徒到御膳房寻路，也被太监打死。
宫内突然有此惊天巨变，京内的文武百官根本无从应对。庄亲王绵课、礼亲王昭琏、镇国公奕灏等人得讯后赶到神武门时，都踉踉跄跄，衣冠不整。此时又不知道有多少天理教徒杀入宫中，手中仅有的官兵不足百人。众人正自慌乱间，统领火器营的奕灏突然想到，该营士兵正在集结，准备前往河南滑县镇压李文成起事，紧急将火器营调入。
火器营驻扎在内城，须臾之间即赶到。火器营能这么快赶到，这还得感谢当年的军机大臣舒赫德。乾隆年间，本来预备将火器营调往外城。舒赫德坚称不可，认为一旦火器营调往外城，则内城没有精锐军队驻防，倘若有事，仓猝之间断然难以从快速抵达。乾隆遂听了舒赫德的意见，将火器营仍留驻内城。
火器营士兵一千余人到了之后，由众亲王分别统领，各持枪矛，踊跃而进。礼亲王昭琏碰到名将海兰察的儿子安成，过去轻抚其背，鼓励道：“你老子是条好汉，你可要帮他争光啊！”昭琏在《啸亭杂录》一书中，夸奖安成貌美，“少年白皙，美如冠玉”。今日正好有机会，危难之际，增进一下二人感情。
不一会儿，大队清军与天理教徒在慈宁宫的伙房相遇，一马当先的庄亲王绵课先射了一箭，射中一人，其余官兵纷纷开枪，天理教徒不支后撤。庄亲王绵课带队追到隆宗门外时，天理教徒正准备放火，被火器营官兵猛攻击退。
此时各城门已关闭，几十名残余的天理教徒在宫内四处奔窜，却丝毫不畏惧。太监杨进忠看情势不妙，自己一个人逃走了。他的徒弟高广幅倒是太监中少有的有胆之徒，带了天理教徒从马道奔上城楼，在城楼上打出旗帜。迎风招展，旗帜上书“顺天保民”。众天理教徒以白布裹头缠腰，在城头上大张旗帜，白刃如雪，呼号奔走，也是清代仅有的一幕大剧。
无数清兵涌上城头，兵刃之声不绝于耳。高广幅持旗呐喊奔走时，却被镇国公奕灏一箭射中，跌下城楼，其他人或被格杀，或被俘虏。
京内大臣对于皇宫内的惊变不是很热心，有至日落后才过来探望者，甚至有在御河对岸逍遥散步旁观的，这自然激起了满族亲贵的无限愤慨。事情平息之后，嘉庆秋后算账，当日未入紫禁城与皇室共患难的大臣，如大学士刘权之、刑部尚书祖之望、礼部尚书王懿修等人，都被勒令退休。
在嘉庆朝担任了十几年首席军机大臣的庆桂，为人性格平和，在中枢数十年，规规矩矩，不敢有丝毫逾越，毫无过失。当时人认为他过于谨慎，近于迂腐。此年庆桂已八十岁了，当日坐轿子入了大内。进了大内后，恰逢事变，轿夫将庆桂扔在顺祯门。庆桂老先生昏昏沉沉地坐台阶上，也不知如何是好。有人过来告诉此事。老先生犹自不信，朦胧着老眼，从容地道：“你这话从哪里听来的？怎么可能有人如此横逆？”
由于事起仓猝，内务府没有准备大批火器营官兵的食物，就由庄亲王绵课出钱到宫外街市上购买，从门缝中送入供火器营士兵充饥。平息事变之后，嘉庆特意请所有的官兵大吃了一顿，作为犒劳。
至黄昏时分，入宫的天理教徒有投御河自杀的，有藏在城堞草丛中的，有匿入假山中的。领队的李五，在一名内应太监带领下，躲藏在一个石榻之间。天黑之后，火器营官兵严守城门，以防有人外逃。半夜时，宫内的接应太监张泰，在东华门城头上伏地爬行，伺机准备出逃，被奕灏擒获。审讯之后，才知有宫中太监暗通天理教。当日夜间，一名内务府的郎中与天理教教徒偶遇，被砍中肩膀狼狈逃命。
天理教教徒张文得藏在一隐蔽之处，看到一名带着水晶顶花翎子的清军军官，拿刀杀死一名天理教徒。愤怒之下，张文得跳出来持刀将军官砍翻。张文得被擒后，审讯时硬气地道：“我是习教弟子，一秉至诚，死而无怨。”
当夜，宫内到处是巡逻者，打更的木梆声整夜不绝。
十五日白天入宫的教徒七十二人，被俘、杀者有三十一人。
十六日凌晨，天初亮时，突然大雨如注，火器营士兵手中鸟枪的火绳被打湿。此时五凤楼中人声鼎沸，雷声四起，清军在雷雨之中，鸟枪无法激发，无不怨声载道。十六日清晨，宫内各处陆续抓获潜藏的天理教徒。
十六日夜间，在御书处的一处石缝中，清军又抓出教徒二十四人。为首的李五身手矫捷，拼死血斗，重伤后不久死去。十六日共俘获天理教徒二十七人，击杀十四人，至此事态平息。共有七十二名天理教徒杀入宫中，其间共击毙侍卫、太监等四十二人，击伤六十余人。
十六日，嘉庆抵达白涧行宫时，收到皇二子、皇三子的六百里加急奏报，方知宫中的此次惊天巨变。嘉庆看完奏报之后，浑身发抖，竟泪流满面。现场文武官员，也是一片慌张。此次天理教从天而降，突袭紫禁城，是历史上从来未有之举，予清廷之心理打击更是空前绝后。而天理教到底有多少力量，一时间也无从知晓，未来形势发展如何，也很难预测。有官员慌了神，奏请嘉庆立刻前往奉天，待军队调集之后再行回京。
军机大臣董诰则力主迅速回京。董诰对事态的判断较为清晰，他对嘉庆道：“这不过是场小动乱，不久就有俘虏要送到。”看着嘉庆还在犹豫要不要逃去奉天，董诰急了，大哭着劝告皇帝。嘉庆无奈，遂从了董诰的意见，继续进京。军机大臣卢荫溥此时正好扈从嘉庆，也帮着出谋划策，调兵遣将，以平息事变。
嘉庆被此次事件给杀怕了，吓惊了，看起来固若金汤的清国江山，却被几个底层小民搅动的摇摇欲坠。受此巨变，嘉庆心胆俱颤。十七日，行至烟郊行宫时，嘉庆颁《遇变罪己诏》，诏书最后称“笔随泪洒”。后来，在其他诗中，对此次事件的心理冲击，嘉庆写道：“齐豫骚动，阙下震惊，惟椎心挥泪，宵旰仰求上苍赦罪，此外更无可言矣。”
