早在1640年，卫拉特各部曾与喀尔喀部达成盟约，制定《蒙古卫拉特法典》，以共同对付咄咄逼人的满洲。在清军锐不可当的进军之下，喀尔喀部最终选择了臣服，被纳入了天朝的朝贡体系。每年喀尔喀部须进“九白年贡”，即每年入贡一匹白驼，八匹白马。虽臣服于清廷，但喀尔喀内部也彼此争斗，内讧不已，这为噶尔丹的干预提供了机会。
对于准噶尔攻击喀尔喀，清廷最初以调停为主，不想过多卷入。清廷的本意是由达赖出面加以调停，不想五世达赖去世，之后的第巴桑结嘉措又全力支持噶尔丹的争雄大业。
噶尔丹兵强马壮，咄咄逼人，貌似不可抵挡，但在部落之中却面临着雄才大略的侄子策妄阿拉布坦的威胁。
策妄阿拉布坦是噶尔丹的亲侄子，其父僧格被杀时年方四岁，与母亲依附于噶尔丹，直至成年。十三岁时，策妄阿拉布坦就追随叔父噶尔丹，参与了一系列对外的征服战事，战功卓著。随着时间的推移，噶尔丹发现侄儿成了自己最大的威胁。尽管噶尔丹创立了准噶尔汗国，依照蒙古部传统，在策妄阿拉布坦成人之后，噶尔丹就该将汗位交还给侄儿。而立志于创设政教（喇嘛教—蒙古帝国）合一大帝国的噶尔丹，怎肯拱手让出汗位。
康熙二十八年（1689），噶尔丹派出刺客，准备杀掉二十三岁的侄子策妄阿拉布坦。在行刺的当夜，策妄阿拉布坦恰好不在大帐内，弟弟索诺木拉布坦被杀掉。策妄阿拉布坦发现情况不妙后，带了七名父亲僧格的旧臣及五千名部下，迅速逃回父亲僧格的领地博罗塔拉。博罗塔拉在今天的乌鲁木齐与伊犁之间，水草丰盛，土地肥沃，是块极好的游牧地。
噶尔丹得知侄子逃跑后，立刻带兵追击。策妄阿拉布坦此时得到僧格旧部的全力支持，反而击败噶尔丹，控制了准噶尔部本部领地。噶尔丹的雄心壮志，屡屡征战，想创建政教合一帝国的梦想，在准噶尔内部招到很多人的反对。所以当具有汗位继承权的策妄阿拉布坦起来对抗噶尔丹后，很快得到了有力支持。
在失去本部后，噶尔丹全力南下，发动了对大清的战争，以获得领地和物资补给。康熙二十九年（1690），噶尔丹狂驱直入，进至乌兰布通（今内蒙古翁牛特旗西南），此地距离北京不过七百里。整个京师一片恐慌，物价暴涨，民众纷纷出逃。战事的顺利，也使噶尔丹摆脱了与侄子战事中失败的阴影。噶尔丹豪情万丈，策马扬鞭，以草原霸主的气势，向康熙发出了“圣上君南方，我长北方”的挑战。
在乌兰布通，噶尔丹以两万军队迎战清军。噶尔丹指挥军队，事先占据山险，依河布阵。清军以密集队形冲锋，遭到重大伤亡，康熙的舅舅佟国纲也死于是役。但在后世文人的笔下，清军取得了辉煌的胜利，噶尔丹不得不求和后退。
实际情况是，军事上取胜之后，噶尔丹忧虑孤军深入，会被清军合围，遂向清军统帅福全提出停战议和。
福全没有看穿噶尔丹的意图，且噶尔丹主动提出议和，为福全提供了一个向康熙吹嘘胜绩的资本，于是欣然同意。在归途之中噶尔丹全军遭遇瘟疫，军力几乎损失殆尽，不得不与清廷保持和平，暂时偃旗息鼓，休养生息。休养数年，得到了西藏宗教集团的鼎力支持，噶尔丹恢复了军力，又开始出击，目标仍是喀尔喀蒙古。康熙三十四年（1695），噶尔丹再次入侵喀尔喀。
但此时情况已发生变化，早在四年之前，喀尔喀部的领主，云集在内蒙的诺论诺尔，宣誓属于清王朝，自此喀尔喀成为大清领土的一部分。此次噶尔丹对喀尔喀的进攻，等同于对大清的直接宣战。
准噶尔部的威胁，边陲的无限纷扰，雄心万丈的噶尔丹，终于引发了康熙的三次亲征噶尔丹。
康熙三十五年（1696）二月三十日，康熙下令兵分三路，讨伐噶尔丹。中路军由康熙亲自统帅，直指克鲁伦河。西路军由费扬古统帅，分宁夏、归化两路，以截断噶尔丹退路，东路由黑龙江将军萨布素统帅。此战共动员军力十五万人，每名士兵准备了八十天的口粮，动员马匹在二十二万匹以上。康熙的亲征，也得到了策妄阿拉布坦的支持。策妄阿拉布坦向康熙表示，如果噶尔丹“逼近我土，必竭力擒剿”。
行军途中，康熙下令东路军暂停前进，在水草丰盛之处喂养马匹，等候命令。中路军一路行军顺利，很快抵达目的地克鲁伦河，等待西路军截断噶尔丹退路。康熙亲自登上高山，以望远镜极目远眺，大山纵横，草原连绵，雄兵密陈，甲胄如林，他现在所等待的就是西路军切断噶尔丹后路，与噶尔丹做最后交战。
西路军经过的路线，多是苦寒贫瘠之地，行军困难。经历诸多风险，西路军在行军七十七天后，最终有一万七千人到达目的地昭莫多，切断了噶尔丹的退路。
噶尔丹得知康熙亲征消息后，带领全军快速撤退，他想以空间换时间。在广阔的草原之上，来去纵横，自由翱翔的只能是准噶尔的健骑。拖上一个月，清军后勤补给必然断绝，万千雄师，不劳噶尔丹动手，就会饿毙于无边草原之中。然而，清军及时地切断了他的退路，噶尔丹唯一的选择就是正面交锋。
为了冲开退路，噶尔丹与妻子阿奴哈敦亲自率军冲锋。看着噶尔丹挥刀血战，准噶尔的将士们无不卖力，这不单单是为了噶尔丹，为了自己，更是为了随军出战的妇孺们。战至傍晚时，清军突袭噶尔丹军后方的辎重和妇孺。妇孺们的哭喊声，辎重里弥漫而起的烟尘，顿时动摇了噶尔丹军殊死决战之心，于是全军大败，主力损失殆尽。噶尔丹带了数十人拼死冲出包围，妻子阿奴哈敦也战死于此。
康熙与噶尔丹两个霸主的交锋，也使此场战役受到西方世界的瞩目。跟随康熙出征的法国传教士张诚，战后将战况发往欧洲，刊登在法国报纸上，让欧洲人也得以了解了此次战役。
此战清军虽获大胜，但噶尔丹仍然潜逃。噶尔丹在准噶尔人心中具有崇高的宗教地位，只要他不死，必然会再次崛起，带领着虎狼般的健儿们骑马南下，挑战康熙。
康熙视噶尔丹为心腹之患，下定决心加以铲除。此年康熙第二次出塞，亲征噶尔丹。此次亲征历时九十一天，未能擒获噶尔丹。康熙三十六年（1697）二月，康熙发动了第三次亲征噶尔丹，在塞外寻觅良久，终未获得噶尔丹踪迹。
就在此年的三月十三日，五十四岁的噶尔丹病逝。噶尔丹是一个传奇人物，他本来也可成为成吉思汗这样的征服者，被后世传诵。只是他碰上了国力鼎盛，又秉承了白山黑水之间骑射雄风的康熙，只能黯然谢幕。法国传教士张诚在他的日记里曾说过，如果噶尔丹不是遇上了英武过人的康熙，不是雄才大略的侄儿策妄阿拉布坦的叛离，等待他的也许将是另一个命运，世界历史也将是另外一个写法。
噶尔丹死后，遗体当日即被火化。部下准备将骨灰送去西藏交给六世达赖，不想被策妄阿拉布坦截获。此后，清廷一再要求策妄阿拉布坦将噶尔丹骨灰和后人交出。策妄阿拉布坦将噶尔丹的儿子交给了清廷，但拒绝交出骨灰和噶尔丹的女儿，因为这与准噶尔部的风俗不合。依照准噶尔风俗，如果与已死人的骨灰及其女儿为仇，将为世人所不齿。
清廷以断绝关系、停止贸易相威胁，策妄阿拉布坦不得不交出了噶尔丹的骨灰及女儿，但对清廷的不满已经滋生。
康熙三十七年（1698）九月十二日，噶尔丹的骨灰送抵北京，被高高悬挂于城门上示众，随后骨灰被捣碎撒在刑场上。康熙视噶尔丹为最大敌人，三次出塞未能将之擒获，只能以此种方式宣示自己的胜利。噶尔丹的小儿子色卜腾巴尔珠尔被擒获后移送北京，因为年龄还小，被拘禁起来待成年后再斩首。这小厮在监狱里无忧无虑，贪吃贪玩，养的白白胖胖，“自到京城，从未患病。”康熙知道后说他是“候斩之人，自有候斩之福。”后来康熙也没有处死色卜腾巴尔珠尔，让他做了个侍卫。
1698年，策妄阿拉布坦正式成为准噶尔大汗。康熙以为由他把持准噶尔，断不会造成威胁。策妄阿拉布坦表面上对清朝恭顺进贡，暗中发展实力，扩充吞并了哈萨克各部。准噶尔的左翼是喀尔喀，右翼是西藏，康熙三次亲征，不过将准噶尔部赶回阿尔泰山以西，但准噶尔仍然持续对喀尔喀用兵，并待机干预西藏事务。
自噶尔丹死后，第巴桑结嘉措失去了同盟者，与拉藏汗的关系也开始恶化。第巴桑结嘉措千方百计对拉藏汗进行排斥打击，甚至买通侍卫，想毒死拉藏汗。拉藏汗发觉后，动员兵力，于康熙四十四年（1705）攻杀第巴桑结嘉措，废仓央嘉措，另立伊喜嘉措为六世达赖喇嘛。
拉藏汗的行动遭到了拉萨城内喇嘛们的痛恨，聚集起来要保护仓央嘉措。为了避免喇嘛们的伤亡，仓央嘉措自愿受缚，并被解往北京，途中死在青海湖附近。仓央嘉措生性浪漫，写下了大量情诗，有“情僧”之称，若不卷入政治斗争，必在文坛留下更多妙笔。
仓央嘉措被废后，青海的藏人与蒙古和硕特部贵族对拉藏汗新立的达赖拒绝接受，又在青海塔尔寺另立噶桑嘉措为达赖。这样，同时出现了两个六世达赖。一些第巴桑结嘉措的余部此时投奔策妄阿拉布坦，并请他入藏干预达赖喇嘛之争。策妄阿拉布坦的介入，使得局面更加复杂，而准噶尔部与清廷之间维系了二十年的和平局面也被打破。
在成功吸引清军主力于哈密、吐鲁番等地之后，借女儿嫁给拉藏汗的长子噶尔丹丹衷为契机，策妄阿拉布坦派兵进入西藏。
策妄阿拉布坦表示要与拉藏汗结为亲家，将自己的女儿嫁给拉藏汗长子。拉藏汗对这门婚事背后的阴谋是心知肚明，一直加以反对，不想儿子却迷上了策妄阿拉布的女儿，表示如果不与她结婚，就要自杀，爱子心切的拉藏汗只好同意儿子去娶亲。
康熙五十五年（1716），策妄阿拉布坦以护送噶尔丹丹衷和女儿二人返藏为名，派准噶尔名将大策凌敦多布率六千人入藏。另派一支三百人的小部队前往青海，准备劫持在塔尔寺的达赖喇嘛，这支小部队被清军发现后消灭。
拉藏汗明白准噶尔军入藏的含义，于是拒绝了准噶尔军进入拉萨，并利用拉萨的城防与准噶尔军对峙，同时派人去北京求援。双方对峙至1717年11月31日，在城内喇嘛的策应之下，准噶尔军攻入拉萨。拉藏汗带领全家躲入布达拉宫，在准噶尔人的全力围攻下，拉藏汗带了次子和重要将领，从一个暗门骑马出逃。在后方追兵迫近时，逃亡者遇到了一个带有双重栅栏的深沟，拉藏汗的马吃了一惊，没有跳过深沟。落单的拉藏汗奋勇抗击追击者，最终被杀。拉藏汗之死，结束了和硕特部统治西藏七十五年的历史。
1718年2月，清廷收到拉藏汗求援的奏报，同时也获得了拉藏汗被杀的消息。准噶尔部控制西藏，又得到了达赖喇嘛支持，如果以宗教为号召，策妄阿拉布坦进而统一蒙古各部不无可能，这将对清廷造成巨大威胁。
康熙如何能容忍准噶尔造成的威胁，调集各地军队，出兵西藏。清军以为入藏的准噶尔军只有六千人，且经过长久战斗，必然不堪一击，入藏之后过于轻敌。准噶尔军以逸待劳，反将清军包围，导致清军大败。
此次大败，让康熙极为震怒。在精心准备后，康熙五十九年（1720），康熙调集三十万大军，分三路出兵攻击。八月，三路大军分别攻入西宁、拉萨、乌鲁木齐。进入西藏的六千准噶尔军只剩五百人逃回伊犁。随后，原先在青海西宁塔尔寺的噶桑嘉措被迎到布达拉宫，正式坐床，成为达赖喇嘛，而拉藏汗所立的六世达赖则被送到北京囚禁。
利用此次机会，清廷将西藏直接纳入中央控制，并消除了持续二十三年的达赖之争。但清廷对准噶尔的用兵，并未直接削弱准噶尔的实力。准噶尔以区区六千兵力，就调动了清廷各省三十万大军，分三路在西部作战。对于清廷来说，此次军事行动费用太过高昂。故而西藏平定之后，清廷即与准噶尔达成和议，而清军进攻准噶尔部中心伊犁一事也被暂停。准噶尔战事暂停之后，康熙也即去世。
雍正登基后，初期忙于内政，对准噶尔部以和议为主。雍正元年（1723）二月，对于帮助清军进入西藏的青海各王，清廷一一予以封赏。不想一封赏，就赏出问题来了。
罗布藏丹津本是青海和硕特部唯一的亲王，他以为赶走准噶尔部之后，将由他接替死去的拉藏汗，统治西藏，不想清廷对他只是“加俸银二百两，缎五疋”，而和硕特部对西藏长达七十五年的统治，却被清廷以“藏人治藏”的方式剥夺。此外，原先的郡王察罕丹津又被封为亲王，使青海出现了两个亲王，这严重削弱了罗布藏丹津在青海的统治，让罗布藏丹津极其不满。
不久，罗布藏丹津在青海起兵，并得到准噶尔部和青海宗教领袖的支持。是年十月，清廷以年羹尧统领大军，进军青海。战事很快就被平息，罗布藏丹津率残部逃往准噶尔。此战之后，青海被纳入清廷版图。对于在此次战事中兴风作浪的喇嘛寺院，清廷也从以往的鼓励政策，一转而为控制打压。
青海战事停息之后，准噶尔部向清廷表达了和平的愿望，这也是沙俄进逼的结果。
在北方，准噶尔部面临着沙俄的步步进逼，不得不向清廷寻求和解。双方试探性的谈判，一直持续到了雍正五年策妄阿拉布坦死后方才停止。
策妄阿拉布坦死后，儿子噶尔丹策零提出，要到西藏为其父“煎茶设供，广行释教以安众生”，这不由得让雍正心生警惕。
