在绍兴元年二月，宰相范宗尹被罢职，朝中相位空缺。秦桧见了之后异常眼馋，就到到处扬言：“我有两条妙计，可以耸动天下。”有人问他何以不言？秦桧故作神秘的说道：“今无相，不可行也。”到了这一年的八月，赵构果然拜秦桧为右仆射、中书门下平章事兼枢密院事。秦桧终于当上了宰相。其实秦桧还大树同党，排斥异己以固相权。秦桧一当上宰相，就对他的同党大加封官委职，随行人员王安道、冯由仪等人均封侍郎以上职，就连为他操橹划船的水手孙靖也当上了承郡郎。当时与秦桧同掌相权的还有吕颐浩，为了独揽大权，秦桧反比例同党上书赵构，要求与吕颐浩各掌其职，从而氢吕颐浩排挤出朝廷，只得去镇江另建一都督府。因为秦桧在朝廷任职时间不长，根基还不稳，行为又太过火，太露骨，招致人人侧目，群起而攻之，纷纷指斥秦桧是奸相，要求将其罢免。而宋高宗本人见秦桧任相以来毫无作为，就认为他只会说大话，无行动。就对大臣们说道：“秦桧曾说南自南，北自北，朕是北人，怎么能归北？又说为相数月，可耸动天下，今毫无动静，不可信也？”话中表示出了对秦桧已经失去信心，就罢免了秦桧，使之出任文华殿学士、提举江州太平观。而秦桧之党也随着秦桧的被罢免被逐出了朝廷。
宋高宗绍兴五年，金主挞赖派人来南宋，与宋人正式议和。从绍兴五年至七年，南宋是派右相张浚与金人谈判，可是效果不大。张浚是武将，属主战派，他的工作使赵构很不满意，张浚无奈之下只得离开相位去军队指挥打仗。张浚临走之时，赵构问道：“谁人可以代卿为相呢？”张浚不答。赵构想了一会儿又问道：“秦桧如何？”张浚叹了一口气说道：“陛下，此人心术不正，不可为相。”但为议和早日成功，赵构根本就没有把张浚的话放在心里，再度起用秦桧为相。绍兴八年三月，赵构拜秦桧右仆射、同中书门下平章事兼枢密使。秦桧又当上宰相之后，吏部侍郎晏敦对人说道：“奸臣为相，吾无所措手足矣。
”经过这几年的沉浮，秦桧较之以前成熟多了。他为了久居相位，大权独揽，就采取欲擒故纵的手法使赵构对自己坚信不疑。他对赵构说道：“大臣们畏首畏尾，多持两端，此不足断大事。若陛下决欲讲和，就请全权委臣，勿许群臣干预。”赵构听了之手说道：“朕独委卿。”秦桧担心赵构是一时之方，事后会再起变化，就又主新闻片陛下熟虑三日之后再说不迟。“三日之后，秦桧问赵构，赵构说和意已经非常坚决，全权委托于秦桧，可秦桧还是不放心，又说道：”请陛下再思三日。“三天之后，秦桧奏事，知道赵构和意坚决，就大张旗鼓，独揽大权，与金议和。他委任兵部侍郎张焘和王伦为议和代表，与金人谈判。
绍兴九年，金宋两国和议达成：金国归还宋徽宗的灵柩，送皇太后归国，并册封赵构为大宋皇帝；宋对金执臣子之礼，每年向金纳绢三十万匹，白银数百万两，并割让黄河以北的广大地盘给金以为报答；两国以黄河、大散关为界。这是一个不折不扣的卖国条约，赵构却闻之大喜，认为秦桧很是能干，赏赐有加，朝廷设宴庆贺三天，厌上官员均有封赏。然而此消息一经传出，天下无不沸腾。中书舍人吕本中、礼部侍郎张九成上疏，认为秦桧此举是卖国，秦桧是天下之罪人，但是他们马上就被秦桧赶出朝廷；枢密院编修胡诠上疏，要斩秦桧以谢天下，被秦桧枷锁于昭州；编修官陈刚中、赵雍同日上疏，亦被秦桧逐出朝廷。司勋员外郎朱松，馆职张扩、常明等朝官，联名上书：“自公卿大夫至六军百姓，莫不扼腕愤怒，天下将仗大义，问相公之罪者。”是时，张浚、韩世忠、岳飞等将领也纷纷上疏，指斥秦桧的卖国行为，尤以岳飞为甚，金宋议和后的第六天，岳飞就上疏赵构，说：“金人不可信，和好不可恃，相国谋国不忠，恐慌贻祸后世。今日之事，可危而不可安，可忧而不可贺，应训兵饬士，谨不虞，而不应论功行赏，贻笑敌人。”
但秦桧后面有赵构的支持，大片国土被全法的割让于敌，秦桧也稳坐相位。绍兴九年七月，金国主战派兀术杀死主和派挞赖，撕毁与南宋签订的和约，于绍兴十年四月，兵分四路大举南下，河南诸郡相继沦陷。宋高宗赵构闻讯之后，大惊道：“金人无信，奈何？”只好又起用主战派以解眼前之急。绍兴十年八月，南宋军队与金兵激战。张浚胜于长安，韩世忠胜于加镇，岳飞在河南六战六捷，并在河南朱仙镇大皮金兀术的精锐部队拐子马，兵锋所指，中原震动，就连在太行山专与南宋作对的农民起义军也加入了抗金的行列。岳飞更是豪气干云。
如趁此形势收复失地是完全有可能的，连何北的伪政权，金国的贵族都准备卷起细软逃往金国腹地。赵构对岳飞的忠诚渐渐情怨在心，只要稍有时机，就借题发挥，摧折一番，在这种情况下，刚直的岳飞又不善于克己顺从，悲愤之下，屡屡提出辞职。而在金兵压境，和议不成的情况下，赵构又离不开岳飞，只好以皇帝之尊求其还职，好言抚慰，这更加深了对岳飞的忌恨。要是让他恢复了中原，夺取了燕云，捣了黄龙府，岳飞岂不功高危主，成为他的心腹大忠？秦桧要加害岳飞，他能不暗自庆幸，假手于他吗？世人只晓秦桧为杀害岳飞是罪魁祸首，这当然不会错，却不知赵构为幕后怂勇者，罪更重一筹，这也正是赵构所老谋深算的。秦桧为主和派的首要人物，本来，和与战一样，本身并无非议之处。
