忽必烈的罪状二就是他与蒙哥在财权上发生争夺。当是在蒙哥手下的侍臣寒至旃被忽必烈收买，偷偷将大汗国库里的钱财供应忽必烈。在掌管陕西、河南、邢州三地期间，忽必烈唆使其幕府人呐把应归蒙哥大汗的一些税收擅自送往忽必烈自己的幕府。蒙哥汗也感爱到了忽必烈的野心，不给以限制不行，于是他采取了各种措施。首先，解除忽必烈的兵权，令他在家养病。其次蒙哥派其亲信大臣阿兰答儿、刘太平脱因等到陕西、河南钩考钱谷，并委阿兰答儿为行省丞相，刘太平为参知政事，授予权柄。
阿兰答儿等到了河南之、陕西之后，搜罗当地的酷吏，组成了钩考局，召集陕西宣抚司、河南经略使大小官员，发布了一百四十二条条例，对他们进行钩校括索，大开千许之风，罗强罪名，随意处死大臣。阿兰答儿等设钩考局的主要目的是削夺忽必烈控制地区的民政，财赋大权，打击忽必烈的政治力量和实行汉法的计划。忽必烈一回到关中之后，便有不少官员向他反映了这一事实，忽必烈十分生气，说道：“不如本王现在马上返回和林，向大汗澄清真相。”可是这时谋士姚枢在一旁默不作声，等众人走了之后，才对忽必烈说道：“王爷，请少安忽躁！您仔细思想一下，大汗为什么要这么做呢？”忽必烈思忖片刻说道：“本王也弄得不是十分准确，望先生明示。”姚枢不慌不忙地说道：“王爷，您如今声望显赫，为天下人拥戴，必会引起某些人的莫名嫉妒。大汗轻信小人之言，必生戒心。”忽必烈听了之后如梦方醒，赶紧说道：“先生所言极是，所言极是呀！”
紧接着忽必烈又问道：“那依先生之见，本王该怎么去做呢？”姚枢说道：“依臣之愚见，王爷不如立刻赶回和林去，无须辩解，全当根本就没有发生这件事，大汗自然就不会对王爷怎么样的！”忽必烈又问道：“那阿兰答儿的钩考局之事呢？”姚枢捋须微笑道：“王爷只要将家眷也带到和林去，做长久住下去的打算，大汗便会马上下令撤退钩考局的。”忽必烈听了之后还是有些不太放心，姚枢却从容不迫的说道：“王爷请试想，大汗不放心的人就是王爷，可是现在王爷现在已经回去了，就说明王爷根本就没有二心，大汗的钩考局还有存在的必要吗？”忽必烈听了姚枢的话之后才彻底消除了疑团，采纳了姚枢的意见，将大部队留在了关中，仅带着数百名亲兵，携带着妻儿回到了和林。
蒙哥汗见自己的亲弟弟回来了，似乎意识到自己误听小人的谗言，冤枉了亲弟弟。于是君臣大礼行过了以后，蒙哥汗特设家宴为忽必烈接风洗风洗尘。兄弟二人寒暄一阵后，蒙哥对忽必烈说道：“皇弟远征大理，日久身劳，故而召归休养，别无他意。今日皇弟为何丢下了军队，自己回和林来了！”“大哥！”忽必烈突然之间眼含热泪，略带哭腔，说道：“陛下，我们乃是一母所生，亲同手足。如今大哥做了大汗，小弟岂敢有二心。军队本是大汗的军队，小弟只是代大汗暂统领。我回到和林，实在是因为日夜思念大哥，梦中常梦到与大哥想见叙旧；小弟的妻儿在南方生活不惯，常常回忆起大漠的生活，所以小弟没有得到大汗的允许，便忽匆匆地私自回来，望乞恕罪。”说完跪倒尘埃施礼，抱住了蒙哥的双腿放声大哭。
蒙哥哪里知道忽必烈心里做何感想，仍蒙在鼓里，他完全相信忽必烈所说的一切，听完忽必烈的一番诉苦之后，自己竟然也潸然泪下，伸出双手把忽必烈搀起，用好言好语安慰道：“朕误听了奸臣之言，以至冤枉了皇弟，望皇弟饶恕朕的鲁莽。”“大哥，你实在是折煞小弟了！千错万错，都是小弟和错，大哥何必自责呢？”忽必烈一脸惶恐慌的表情说道。接着两人对坐哭泣了一会儿，彼此便不再说些什么了。蒙哥汗在宴会之后就下了一道令，撤销在陕西的钩考局。第二天，兄弟二人促膝畅谈，商酌今后的作战计划。忽必烈为进一步的消除蒙哥对他的怀疑，主动提出为蒙哥在漠南另造一处皇宫，答为扫灭南宋的一个据点，并请蒙哥居住于此，以便于进行总指挥，蒙哥同意了忽必烈的建议。蒙哥尽管撤销了钩考局，但是对忽必烈的戒心并未完全消除。自他即位之后，七年来一直住在漠北，把漠不关心南的军事经营完全交给了忽必烈。到了1256年，他突然作出了亲征南宋的决定，其目的在于通过战争来提高自己的声望，夺回中原军政权力，削弱忽必烈在漠南汉地已造成的影响。
蒙哥命他最小的弟弟阿里不哥留守和林，诸王塔察儿率师东路，自率主力军经过六盘山、大散关等处四川。1257年冬，蒙哥渡漠南，次年十月渡嘉陵江至白水江。十一月，攻下长宁，顺流东下，至大获山，南宋守将杨大渊率众全部投降。蒙哥汗派人与南、东两路军联系，六个月后，派往两处的人都回来了：南路军畅通无阻，已经进军至长沙；东路军却仍然阻在大胜关以北，离主攻的目的地襄樊还有很长的距离。因为东路军的塔察儿指挥不力，所以节切败退。蒙哥闻知之后火冒三丈，立刻下令解除塔察儿的兵权，在不得已之下只得改命忽必烈统领东路蒙古军。忽必烈在开平接到蒙哥汗的命令，便让妻子和长子驻守开平，自己率领军人，日夜兼程向前挺进。他军纪严明，行军路上，不准士兵随意抢夺财物，所以颇得民心。他们冲破了南宋的一道道关口，势如破竹，一直打到了南宋的鄂州。
