崇德八年十二月，他以“盈庭聚讼，纷纷不决，反误国家政务”为由，与济尔哈朗宣布，“罢诸王贝勒管六部事”，削弱了诸王贝勒的权力，只让贝子、公等管理部务。而贝子、公要向摄政王负责。同时，又向各部尚书、侍郎和都察院分别发布谕令，要他们“克矢公忠”，听命于摄政王，否则决不宽容；又传谕都察院各官，要密切注意诸王贝勒的行动，有事应纠参者，必须据实奏闻，不许瞻循隐匿。顺治元年（1644年）正月又定：“嗣后凡外国馈送诸王贝勒礼物，永行禁止。”进一步限制了诸王贝勒同外界的联系，从而把更多的权力集中在摄政王手中。不久，济尔哈朗宣布：“嗣后凡各衙门办理事务，或有应白于我二王者，或有记档者，皆先启知睿亲王，档子书名亦宜先书睿亲王名。”济尔哈朗由首位退居第二，这当然不是他慷慨让贤，而是多尔衮巧妙地运用计谋取得的。这样，诸王参政的权力既被削弱，济尔哈朗也已在多尔衮之下，“王由是始专政”。这时，礼部也议定，摄政王居内及出猎行军的仪礼，诸王不得平起平坐，于是多尔衮实际上享有了帝王的尊荣。
多尔衮在争得摄政王首位之后，即着手打击政敌豪格。顺治元年四月初一，原来支持豪格的固山额真何洛会，告发豪格有怨言，语侵多尔衮，图谋不轨。借此，多尔衮以“言词悖妄”、“罪过多端”为由，要置豪格于死地。只是由于福临涕泣不食，豪格才免去一死，但被罚银五千两，废为庶人。同时，以“附王为乱”的罪名，处死了豪格的心腹大臣俄莫克图、扬善、伊成格、罗硕等。
至此，在短短的八个月内，多尔衮便集大权于一身。多尔衮这一系列做法，虽是个人的争权活动，但客观上对清政权的进一步发展却具有重要的意义，它使清朝的军政大权得以集中，指挥得以统一。这正是不久之后，清兵入关的必要前提和可靠保证。
名不正言不顺的“皇父”
几个月后，多尔衮抓住时机，一举占领了北京。在顺治元年九月（1644年），将两宫皇太后与幼帝福临迎到北京，清朝从此入主中原。
清军入关后，对于清朝应否建都北京，要不要统一中国等问题，在满洲贵族内部有着激烈的争论。当时，由于到处是战火，漕运不通，而这时的关外，则是“禾稼颇登”。因而八旗官兵安土重迁，对于立即移居北京，“多有怨苦者”。在这内外交困的同时，五、六月间又谣言四起，“有讹传七、八月间清兵东迁者”，“将纵东兵肆掠，尽杀老壮，止存孩赤”。在这种形势下，多尔衮的同母兄八王阿济格就主张，将诸王留下来镇守北京，而大兵或者还守沈阳，或者退保山海关，这样才无后患。
对于这样一个直接关系到清朝在全国统治能否建立和保持的战略问题，多尔衮非常坚定，他驳斥说：既得北京，“当即徙都，以图进取”中原，统一中国。特别是在目前人心未定的情况下，更不可弃而东还，动摇人心。他坚定表示：“燕京乃定鼎之地，何故不建都于此而又欲东移？”为了安定民心，多尔衮明确宣布：建都北京。并派遣辅国公屯齐喀、和托，固山额真何洛会等，去迎接幼主福临。他以破釜沉舟的决心，力排一切困难，决计建都北京，以统一中国。
入关后，多尔衮继续分兵南下，节节胜利。同时，他以摄政王的身份总揽朝纲，借鉴明朝的制度，制定清朝各项制度。此时的多尔衮实质上已经成为清王朝的缔造者和统治者。
多尔衮在北京立住脚跟的同时，在政治、经济等各方面，又进一步采取了一系列缓和民族矛盾和阶级矛盾的政策，以巩固阵地，扩大战果。其主要政策是：
取消加派。明末“三饷”（辽饷、剿饷、练饷）数目之多，已为明朝政府正常赋税的数倍，实是明末最大的苛政。这种无休止的加派，使得明末人民处于贫困交迫之中，人民对加派恨之入骨。多尔衮在顺治元年十月下令，革除三饷及正税之外的一切加派。于是，每年赋税减少了数百万两，穷困已极的人民得以缓一口气。
反对贿赂。多尔衮对明末广行贿赂的恶劣作风也严加斥责。
打击太监势力。明末太监势力极为猖獗，除操纵朝政外，对一般百姓迫害亦甚。当时宫廷中，宫女多达九千人，内监更多至十万人。清入关后，太监的势力仍然非常嚣张，当年七月，太监要照旧例，到京郊各县皇庄去催征钱粮。多尔衮下令，不准太监下去征收，而改为地方官征收。这是对太监势力的第一次打击。对太监的第二次打击是，禁止太监朝参。经过这两次打击，太监在宫廷政治和经济上的势力得以收敛。
暂时妥协，平息反抗。剃发问题是清朝统治者执行的民族压迫政策之一，早在努尔哈赤时，汉族及其他各族人民凡是投降满洲的，都要以剃发作为标志。清兵入京后，多尔衮仍以剃发与否，“以别顺逆”。但他很快发现，“剃头之举，民皆愤怒”。于是，在进京的当月，多尔衮就改变前令，在剃发问题上暂时让步，使清朝在攻下江南重颁剃发令以前，在一定程度上缓和了同北方汉族人民的矛盾。另外，多尔衮对当时北方农民军和各地人民的反抗，采取大力招抚的政策，下令各地方官，按能否招抚农民军将士，定各官之功劳。对投降的农民军将士，则委以不同的官职。多尔衮这个重要政策，对于瓦解农民军的反抗，起到了一定的作用。河北、山东、山西等地，很快被招抚平定，使刚刚入关的清政权有了一个能够保护自己，进攻敌人的战略基地。
多尔衮有远大的政治眼光，他懂得维护满洲贵族的尊严和特权，并不完全等于依靠他们治理国家事务。所以，多尔衮在从根本上维护满洲贵族特权的同时，不断限制诸王、贝勒个人的势力，尤其是削弱、打击自己的政敌，使他们无法利用特权干涉国家重大决策和事务。入关之前，多尔衮就取消了诸王、贝勒在皇太极时代兼管部院事务的职权。入关后的一个长时间内，多尔衮接连派多铎、阿济格、豪格、济尔哈朗等亲王率领大批满族贵族，轮流到各地出征，使他们远离了统治中心，无法干涉国政。在南明基本被消灭后，当这些王公贝勒陆续回京时，多尔衮为了防止他们恃功争权，又用种种借口来打击他们的势力。最后，多尔衮由“叔父摄政王”被尊封为“皇父摄政王”。
可惜，骁勇善战的多尔衮并不长寿。在顺治七年十一月（1650年），因出塞外打猎而突然发病，于十二月初九日（1650年12年31日）病死在喀喇城，也就是今天的河北滦平，年仅39岁。当多尔衮的灵柩运回北京后，顺治亲率诸王大臣出城恭迎并颁布哀悼诏书，命令以皇帝的规格来安葬他。第二年，顺治又追封多尔衮为诚敬义皇帝。庙号成宗，升祔太庙。
身后凄凉的“摄政王”
多尔衮一死，年仅十四岁的顺治帝立即亲政。不久，就开始有人告发多尔衮生前曾谋篡帝位，而且话一出口，诸王大臣就纷纷响应，群起攻击。于是，刚刚亲政的顺治皇帝便下令以“阴谋篡逆”的罪名籍没了他的家产人口，将多尔衮削去爵位，撤出宗庙，开除宗室名分，没收家产，平毁陵墓，将其党羽凌迟处死，将其罪状昭示中外。多尔衮一下从巅峰跌入谷底。
传教士卫匡国记载：多尔衮的尸体被“挖出来，用棍子打，又用鞭子抽，最后砍掉脑袋，暴尸示众，他的雄伟壮丽的陵墓化为尘土”。
一百多年以后，乾隆才彻底为多尔衮平反昭雪。他称赞多尔衮：抚定疆陲，一切创制规模皆所经画，寻即迎世祖车驾入都，定国开基，成一统之业，厥功最著。乾隆指出：“宵小奸谋，构成冤狱。”认为多尔衮谋反，纯粹是奸臣的诬陷。
在我们了解了多尔衮一生的遭遇以后，特别是他身后遭到清算的这件事上，那么有关“太后下嫁”的疑团就不难解开了。
首先，如果太后确实下嫁给多尔衮的话，在多尔衮死后尸骨未寒的情况下，没有人敢出来陷害他。另外，如果多尔衮确实娶孝庄为妻的话，那么他就成了顺治皇帝的继父。顺治这么搞倒搞臭多尔衮，那他就等于承认自己曾经认贼作父了。
关于“太后下嫁”这个传说，还有一个根据就是多尔衮的称号，叫“皇父摄政王”。有人说如果太后没下嫁，怎么会称为“皇父摄政王”呢。其实多尔衮的称号是一步步抬高的。在清朝入关以后，顺治元年（1644年）十月，他被册封为“叔父摄政王”，到了顺治二年的时候有个御史上奏说：叔父是皇帝的叔父，不能大家都叫叔父，所以最后经礼部议定，就给他的封号抬高为“皇叔父摄政王”。到了顺治五年，经过部院大臣的集体讨论，进一步把他的称号抬高为“皇父摄政王”。从此以后，在清朝的公文里头，多尔衮的称号都是“皇父摄政王”。
顺治帝究竟与多尔衮有何深仇大恨呢？多尔衮的罪名是“阴谋篡逆”，然多尔衮至死也未称帝。连乾隆帝都看到：多尔衮“扫荡贼氛，肃清宫禁，分遣诸王追歼流寇，抚定疆陲，创制规模，皆所经画；寻奉世祖车驾入都，成一统之业，厥功最著。王果萌异志，兵权在握，何事不可为，乃不于彼时因利乘便，直至身后始以殓服僭用龙宾，证为觊觎，有是理乎？”顺治帝与多尔衮的矛盾实际上是两种文化激烈冲突的反映。
顺治帝原本是作为汉文化“皇子继承”和满文化八和硕贝勒共议国政的一个折衷，被满文化的代表人物多尔衮推上皇帝宝座的。顺理成章，满文化不但主宰了清初的政局，也主宰了清初的宫廷。
从清初政局看，多尔衮率清军入关，在击溃李自成数十万农民军的同时，以安置满族“东来诸王、勋臣、兵丁人等”为由，三次下令“圈地”；逼迫汉民“投充”旗下，强制实行落后的农奴制。原来的小农变成了奴隶。奴隶逃亡，即行重治窝主的“逃人法”。留容逃人做工甚至住宿的均算窝主、加之连坐，丧身亡家的不知几千万人。多尔衮又以颁布“剃发易服”、“不随本朝制度剃发易衣冠者杀无赦”的命令拉开征服天下的序幕。“留头不留发，留发不留头”，有蓄发者立执而剃之，不服则斩，悬其头于剃头挑子所缚高竿上示众。江阴、昆山因之被屠城，嘉定因之被三次屠城。汉族人民激烈反抗，多尔衮则一意孤行实行民族高压政策，竟下令“凡有为剃头、圈地、衣冠、投充、逃人牵连五事具疏者，一概治罪。奏本不许封进！”
从清初宫廷看，君权旁落于代表满文化八和硕贝勒共议国政制的多尔衮之手，孝庄为了维护儿子的皇位，不得不冒着内外的风言风语经常与多尔衮会晤商议国事；多尔衮且行“皇父”之权，主宰顺治婚姻，为他迎娶蒙古博尔济吉特氏皇后并阻碍他对汉文化的学习；多尔衮本人因袭被汉族士人耻笑的满族旧俗——不仅在同太后关系上不检点，且幽禁豪格后公然册立其妻为妃。而顺治已在皇帝之位。这皇帝是汉文化意义上的皇帝。顺治不能容忍这一切，要求实现和证实自己至高无上的皇帝地位，这是他与多尔衮水火不容的根本所在。
多尔衮率领他的民族驰入崭新世界，为多民族的融合发展作出了贡献。而在清初造成重大负面影响的“圈地”、“投充”、“逃人法”、“剃法令”等弊政，则是后来导致他与顺治之间在治国见解上格格不入的一个重要方面。所以，他死后，顺治就忙着否定他执政时的一切政策，改行文治，以建立一个与中原王朝并无二致的大清皇朝。事实上，顺治也不见得比多尔衮开明多少，因为多尔衮实行的那些高压政策，也是在清朝最初进入中原之后那种四面受敌的情况下不得不采取的，而顺治时期情况有所缓和，所以才有余地改弦更张。说到底，顺治对多尔衮如此仇恨，更大原因是在于多尔衮担任了几年的摄政王，让顺治这位少年天子觉得自己的权威都笼罩在多尔衮的光环之下，没有皇帝的威仪，所以才要在多尔衮死后进行狠狠的报复。
