这段时间，建康的桓玄越来越飘飘然，他认为北府军干将刘裕都听自己差遣，心头大患基本解除，现在要做的，就是给自己的声誉加分，水到渠成时，顺理成章爬上皇位。
桓玄采取了许多为自己加分的措施，在此略举两例：
一是假意北伐。他说要亲自带兵，收复胡人占据的中原，为此，他在朝堂上慷慨激昂，下朝之后马上做出征准备。过了两天，他单独进宫，逼皇帝下了道不准北伐的诏书。他要让全国人民都知道，桓玄为江山社稷，志向高远，即使马革裹尸也在所不惜。但，皇帝不让我北伐，我只得服从，没收复中原，怪不得我。
二是冒充清官。安排人拦轿喊冤，桓玄下轿，在大街上摆桌凳办案，故意让百姓围观，其结果当然是喊冤者三叩九谢，围观者热烈鼓掌（部分围观人是桓玄的家仆）。
桓玄的这些小动作，传到刘裕耳朵里。综合多方传来的消息，桓玄被一帮亲近小人包围，他已听不到真话了。其实，朝廷中有许多官员对桓玄的所作所为不满，只是他有兵权，官员们敢怒不敢言，再加上这两年天大旱，百姓困苦，民怨达到了极点。现在建康就是一个火药桶，只需要一个火星，就能燃烧爆炸。
时机到了！刘裕眉头一皱，计上心来。
刘裕叫来同族兄弟刘毅，交给他一封信，并作了番交代。
几日后，刘毅出现在桓玄府院里。刘毅说奉刘裕之命，有极其重要之事。桓玄叫左右退下。刘毅跪下，言辞恳切地说了一番“劝进”之言，并说这是刘裕的意思。桓玄心里听了甜滋滋的，但假意推辞，说自己何德何能，岂敢坐龙椅？刘毅说，你要是不答应，我就不起来。桓玄松口了，将刘毅扶起。落座后，刘毅拿出刘裕的书信，内容很简单，说族弟刘毅多次立功，现保奏为京口将军，请朝廷批准。
桓玄看完信，笑眯眯地说：“简单，简单，小事一桩。只要你们兄弟齐心辅佐，今后都是开国功臣，升官发财，子孙荣华。”
没过多久，朝廷正式文书下达，封刘毅为京口将军。
在桓玄看来，这是在自己称帝前，刘裕想趁机捞点好处，与自己作的交易。桓玄心想，只要你刘裕想官、想钱，就好办，就怕你什么都不想要，看来，搞定刘裕也简单。
最后的顾虑解除了，桓玄做着称帝前的各项准备，连龙袍都做好了。
刘裕此计，让桓玄彻底疯了！
桓玄之死
在一片或真或假的“劝进”声中，桓玄撕下了伪装，将姓司马的傀儡皇帝拉下马，自己坐上了龙椅，他定国号为楚，改元为“永始”，有江山代代传之意。
36岁的桓玄，正值人生的壮年，他君临天下，享受三呼万岁之乐。可惜好景不长，称帝不到两个月，刘裕在会稽振臂一呼，号召天下所有人讨伐篡位之贼。北府旧将最先响应，纷纷投奔刘裕。
见刘裕造反，桓玄慌了，连忙派荆州军将领，同族的桓修带兵镇压。
在湖州附近，桓修大败，细节就不讲了，因为桓修的才干与刘裕比起来，差了一大截。中国历史上，从布衣到皇帝的只有三人，那就是刘邦、朱元璋和刘裕。你想想，刘邦与朱元璋是何等人物，你就不必再怀疑刘裕的能力了。
桓修战败，建康不保，在荆州水军的护卫下，桓玄沿长江西退，他要到江陵重振旗鼓，阻止刘裕的进攻。
得到孙恩的几十艘战船后，刘裕很重视这支水军的建设。现在的北府军，是骑兵与水军“两条脚走路”，没有软肋了。
在江陵的江面上，荆州水军与北府水军对垒，一次决战后，荆州水军全军覆灭。
桓玄只得一路向西逃跑，进入益州（今天的四川和重庆）境内。
刘裕决定乘胜追击，亲自入益州消灭桓玄。在入川之前，他做了两件事：一是法理上恢复了司马皇室的统治，自己当权臣；二是写信给李流，请他务必派出少量人马，维护会稽的治安。
刘裕不怕李流在会稽做强做大吗？以前怕，但现在不怕了，他手中的人马早就不是一万五千人，而是近二十万人。他成了东晋最有实权的人，李流只是他争取的对象之一。不用打仗的方法，解决李流的武装，是刘裕最终的目标。
桓玄逃到益州境内时，急急如丧家之犬，惶惶如漏网之鱼，跟随的人一天比一天少。益州原来是他管辖的地盘，地方官也是他任命，但时过境迁，今非昔比，在利益面前，谁都可能出卖自己，所以谁都不能相信。桓玄不敢到官府，怕自投罗网，只得在乡间东躲西藏。
李流是一个善于动脑筋的人，他知道重赏之下必有勇夫的道理。北府军贴出告示，凡杀桓玄者，不论出身，均赏银千两，或者当三品以上的官。
十几天后，一个人拿着告示，提着桓玄的人头来领赏。事关重大，刘裕叫来几个见过桓玄的人，打开装人头的匣子叫他们辨认，众人都说是。
毒杀
验明正身，确定是桓玄的人头后，刘裕心里的一块石头放下去了。他看了看送头的人，这人四十多岁，满脸堆笑，站在那里等着奖赏。
刘裕问：“你是如何发现桓玄的？”
这人答：“我家在道路上。我看见告示后，就注意观察来往之人。前天来了十几个人，有男有女，像是赶了远路。天快黑了，这行人没找旅店，我就主动请他们到我家住。晚上，我去偷听他们的谈话，果然是桓玄。第二天一早，我留他们吃饭，并放了毒药。”
刘裕注意到，这人说的是江浙话，不是益州本地人，问原因，这人说是因躲江浙战乱，一年多前迁到益州来的。
刘裕问：“你立了大功，是想当官，还是想求财？”
这人答：“我想在将军麾下，鞍前马后效劳，建立不朽功勋。”
听这人的谈吐，不像是个普通百姓，倒像是在官场混过的。刘裕问：“你有何本事，有没有为官的经历？”
这人马上跪下，说以前误入歧途，犯过大错，请将军海量相容。他说出了自己的身份——天师军孙恩所部主祭官韩山友。
刘裕问：“你为何离开了天师军？”
韩山友讲了孙恩败落，自己离开孙亮那段经过。刘裕看了韩山友一会儿，才问：“你既然在益州置了田产，为何又想出来做官？”
韩山友说：“虽然吃穿不愁，但天天守着几亩田地也没多少意思。我久闻将军威名，以前无缘投奔，恰巧桓玄送上门来，使我有了见面礼，才冒昧投入账下，望将军收用。”说完，韩山友五体投地，朝刘裕跪下。
刘裕看着像狗一样趴在地上的韩山友，说：“难得你认清道路。今晚我设宴给你接风洗尘。”韩山友听了大喜，连忙称谢。
说是设宴，其实只有刘裕和韩山友两人。韩山友先是说了一通马屁话，然后暗示刘裕拥兵自立，早登大位。刘裕听了时而冷笑，时而点下头。酒喝得差不多了，刘裕说早点休息，明日再考虑封你什么官，说完就走了。
半夜时，韩山友肚子绞痛，在地下打起滚来。他明白刘裕在酒中下了几个时辰才发作的慢性毒药。他挣扎一会，死了。
其实，刘裕看不起韩山友的人品，哪个得势投奔哪个，这样的人没有忠诚可言，凭什么活在人世。本来刘裕可以叫人一刀杀之，但他起了玩心，要让韩山友自己也尝尝被毒杀的滋味。
大一统
时光荏苒，日月如梭，一年很快就过去了。
这一年，刘裕成了东晋最后一个权臣，他采取多种方法，解决了地方势力割据的问题，中央政府的力量得到前所未有的加强。这一年，刘裕与李流相安无事，基本上做到彼此信任。李流派出少量兵力进驻会稽，维护治安。他本人在东阳享受天伦之乐。林巧生了孩子，是个女儿。那天，红莲将儿子抱来，两家人一起吃饭。林巧见两个小孩有几分像，就提出定娃娃亲。李流与石勇成了亲家。
李流为什么这么配合刘裕？他看清楚了，天下是刘裕的，这是无法逆转的趋势。他把自己掂量了一下，天时、地利、人和都不如刘裕，如果硬要争天下，定会祸及其身。李流不为自己考虑，也要为下一代考虑，为东阳几万将士的出路考虑。
在这一年中，卢循打下广州城，运用天师教做宣传，将兵力扩充到八万人。
此时，在晋朝地面上，没有归顺刘裕的，只有东阳的李流和广州的卢循。刘裕熟读《孙子兵法》，懂得“攻心为上、攻城为下”，“不战而屈人之兵”的道理，他对李流和卢循许以官职，进行招安。
刘裕给李流开出了招安条件：任命为东阳内史，不调离，不拆散军队，管辖东阳和会稽两郡，财税不上交朝廷，有任命属地官员之权。
经过反复考虑，李流同意了，率领手下的天师军易帜，穿上了东晋的军服。
与此同时，刘裕也给卢循开出了与李流差不多的条件，任命他为广州刺史。卢循接受了任命。这样，晋朝实现了大一统的局面。
皇帝虽然还姓司马，但谁都知道，那只是一个摆设。朝堂之上，真正说一不二的，是站在皇帝身边的刘裕。
在各方角逐中，刘裕成了最后的赢家。
