托马斯·阿奎那还公开批判了阿威罗伊主义者，指责他们以亚里士多德权威自居，而又篡改亚里士多德的原意。阿威罗伊主义者抨击基督教的非理性的信仰主义，但是他们在强调人类的认识能力的时候，孤立地突出了理智，把理智看作是一个独立的精神实体，甚至说这个精神实体是永恒存在的，是人人所共有的。托马斯·阿奎那对此指责说：“阿威罗伊学派的立场，既违反亚里士多德的意见，又违反真理。所以应当把它们看作杜撰的东西加以摈弃。”托马斯·阿奎那说：“事实证明，自古以来，人们并不像阿威罗伊在《灵魂论》第3卷注释中所设想的共有一个理智”，“理智之与人的肉体结合为实体，犹如形式之与质料相结合”，既然一种形式不可能和多种质料相结合，“所以某一个理智不可能为人人所共有”。“就作者使用各自的工具来说，音乐家使用乐器，建筑师使用机械。正如亚里士多德的《灵魂论》第3卷指出的，理智与肉体的关系如同作者与其工具的关系，所以正如建筑师不能用乐器来盖房子一样，这个人的理智不等于是另一个人的理智。”“狗的魂不能进入狼的身体，人的灵魂只能进入人的身体。而人的灵魂与人的身体有一定的关系，这个人的灵魂只能进入与其相应的身体里。所以，这个人的灵魂不可能进入另一个人的身体里。按照亚里士多德《灵魂论》第1卷的意见，人是运用自己的灵魂来认识的，所以这个人的理智与另一个人理智不是同一的。”总之，“理智并不是全人类只有一个，而且也不是永恒的”。
托马斯·阿奎那这一系列的反驳，用了近50个证明。在反驳、证明的同时，也阐明了自己的“理智灵魂”观点——关于灵魂是肉体的形式。托马斯·阿奎那说：“灵魂无非是其肉体的实体形式”，灵魂和肉体“两者结合，才成为一个现实存在的实体”。“因为人的肉体在有灵魂时和没有灵魂时，情况是不一样的，惟有灵魂使人成为现实的存在者。”他反对关于人是由灵魂这个实体和肉体那个实体组合而成的观点，也反对关于灵魂这个东西和肉体那个东西“偶然地凑合在一起”的观点。在他看来，灵魂是使肉体成为一个人的肉体的那样东西，人作为灵魂和肉体两个因素的合成物，是一个实体。人的一切行为都要归之于这个实体。肉体没有灵魂，就不是真正的肉体，而是—具尸体。只有灵魂和肉体相结合，才成为一个有理性的实体，一个有位格的人。托马斯·阿奎那主张，灵魂与肉体是一种“实质性的结合”，犹如热与火的关系，它们是有机的统一而组成的一个单一的实体。他主张人的心理和生理的统一，认为灵魂需要肉体，肉体也需要灵魂，二者实质地结合，才是一个完满而现实的实体。
关于灵魂的精神性和不朽性。灵魂的精神性和不朽性，是基督教教义的基本信条之一。在灵魂的非物质性问题上，托马斯·阿奎那认为，理智实体的活动能力是超越物质的．理智能够认识物质的东西，也能够认识乃至设想任何非物质的东西，这就说明理智本身不是物质的。他说：“假如理智是有形体的，它的活动就不会超越物体的范围，它只能认识物体。可是，这显然是不对的，因为我们认识许多非形体的东西。所以理智不是有形体。”，此外，托马斯阿·奎那还从理智能认识自我的角度论证了灵魂的精神性。他说，任何物的活动都是由这一一部分去推动那一部分，而“理智的活动却能返回自身，因为它之认识自我，不仅仅是部分地认识自我，而是完全地自我认识”。所以，那具有理智的能够自动的灵魂必然不是物质的，而绝对是精神的。在灵魂不朽性的问题上，托马斯·阿奎那推断：因为灵魂本身是精神性的，所以在肉体死去后它将不死不灭永恒存在；因为任何东西都自然愿意以自己固有的方式存在，所以具有理智的东西由于认识无限，自然愿意永久存在。他说：“自然的愿望不可能是徒劳的，所以人的理智灵魂是不朽的。”总之，“人天生都追求永恒存在，这一点从事物都追求存在上是明显不过的。可是，人由于理智不仅如同动物那样注意此时此地的存在，而且还认识绝对的存在。所以，人由于灵魂既知道永恒存在，还认识绝对而无限的存在”。
从托马斯·阿奎那对“理智灵魂”的阐述，我们也可以看出，托马斯·阿奎那把哲学和神学进行了新的结合，他已经开始使亚里士多德的学说基督教化了。托马斯·阿奎那对“理智灵魂”
的论证，几乎处处都渗透着亚里士多德的观点，但他们的结论并非完全一致。例如，亚里士多德曾主张灵魂不死不灭，并论述了灵魂与肉体的区别和联系，但结论是含糊不清的；托马斯·阿奎那在认同灵魂不死不灭的观点之后，断然肯定人死后灵魂继续存在……虽然它不可能发挥原来的作用，但依然是原来那个人的灵魂，待其肉体复活后将继续结为一体。这显然是基督教的教义而不是亚里士多德的学说了。基督教人士对此高度评价，说托马斯·阿奎那卓有成效地发挥了他的独特的创造性。
第3卷共163章。其主要观点是，上帝是一切事物的最终目的．人的真正幸福在于瞻仰上帝。其中：第2—17章，论述善与恶；第18—63章，沦述上帝是万事万物的目的；第64～98章，论述上帝是万事万物的主宰；第99—110章，论述异象；第111—139章，论述伦理道德；第140一163章，论述赏善罚恶。
关于善与恶。托马斯·阿奎那说：“凡是存在的，都是善的。”“恶本身并不存在。”“人们通常用‘恶’这个名词，无非是指主体缺乏原本应有的东西。”“缺乏不是什么本质……而是‘对实体的否定’。所以恶不是事物的本质。”“任何事物都向往善，以善为目的。”“至善是最终目的。然而，至善只有一个，即上帝。”他认为，上帝是绝对的善，并且是其他一切善的原因。恶在某种意义上是没有原因的，因为它们不像善的事物那样具有实在性，恶由创造物的缺陷构成，但这种缺陷不是上帝造成的。
关于幸福。托马斯·阿奎那认为，“人的真正幸福不在于肉体的享受”，不在于感官的快乐，不在于受人尊敬和得到荣誉，不在于财富和世俗的权力，也不在于遵循规范干了什么好事。真正的幸福在于“渴望上帝”，模仿上帝而行善。实践善、获得善，即是说，认识和承认上帝，信仰和瞻仰上帝，才是幸福。然而，真正认识和瞻仰上帝的本性，现世的人们是做不到的，只有在来世靠上帝的帮助，靠超越自然的神圣启示才能达到。
关于伦理、道德。托马斯·阿奎那运用“神圣规律”，引申出爱上帝、爱邻居、崇拜上帝、真实信仰等，并且在本卷5章的篇幅中讨论了性伦理，提出私通、避孕、绝育、离婚、重婚、纳妾、乱伦、近亲结婚等都是不允许的。他认为，一夫一妻制是必要的，节育不是坏事，贞洁优于婚姻，它有利于人性修养和天人合一。
关于“甘愿贫困”。在中世纪的繁荣时期，为了‘克服教会内部滋长的糜烂倾向，教会采取了行乞修道制度，1216年成立的多米尼克修会，就是最早实行这种制度和影响最大的修会。他们以四方行乞的方式热情布道，宣传信仰，献身禁欲，反对异端和腐化，并且提倡会士参与社会活动，热心于学术研究活动和大学讲学。作为多米尼克修会会士的托马斯·阿奎那在这一卷中认为，“神贫”是宗教伦理的一个内心修养问题，是基督教会的一种美德。可是，托马斯·阿奎那的这种观点，在当时受到了非修会神职人员的猛烈攻击。他们谴责修会会士违反教义教规，逢人乞讨，过不劳而获的寄生虫生活。托马斯·阿奎那除在本卷中论述“甘愿贫困”外，还奉多米尼克修会会长之命，撰写了《对反对敬奉上帝和修会会士的反批判》一文进行反驳。此文章曾获得了教皇的嘉奖。
关于赏善罚恶。托马斯·阿奎那认为，人为了摆脱原罪和保持德行，就需要恩典的、超自然的上帝。其实，上帝一开始就预定了每一个人的命运，即哪些人获得并保持最终幸福，哪些人由于原罪不能得到幸福而永远受到天谴。对于一个想达到最终幸福的人，上帝的恩典和预定都是必要的。
第4卷共97章，讨论“三位一体”、基督降生和来世永生等神学问题。托马斯·阿奎那在这一卷的一开始就声明：“这一卷要讨论上帝启示给我们的一些事，它们超越人们的理智，但我们必须相信。”正如作者所说的那样，这一卷不像前三卷那样，几乎每一个论证都要援引亚里士多德的观点或理论，而是根据《圣经》和教会的传统训导加以论证的，如道成肉体、洗礼、圣餐、“三位一体”、死后复活等。具体讲，本卷的第一部分阐述的是通过信仰，上帝能够向我们揭示些什么，即“三位一体”说或上帝在创造世界中的作用；第二部分是神灵化身学说，即上帝通过耶稣基督的身体进入了他创造的世界；最后一部分，涉及的是肉体在天国的复活，以及帮助犯原罪的人走向天国的各种教会圣礼。
适观全书可以看出，托马斯·阿奎那与以往的基督教神学哲学家不同，他效法亚里士多德，不仅仅重信仰，而且注重理智及其作用，提出一切理性要从自然界开始，以可以感觉的现象为起点，通过理智抽象，上升为一般概念，最后达到确切的知识。
对于信仰的上帝，他认为同样可以从宇宙万物出发，通过理智的类比推理，去获得关于上帝的各种知识。不可否认，托马斯·阿奎那把亚里士多德的形而上学本体论用于基督教神学的论证，成功地为中世纪基督教会结构了一个独具特色的新型的形而上学体系。
