从嗣母、大姐去世到手稿被盗后，万事俱废的伤感使陈独秀寻求书生雅兴的激情更为强烈了。他在给杨鹏升的信说：“弟拟求四个好友各写一小斗方，四个女画家各画一小斗方，装成四条屏以为纪念，近已各得其三，想求为兄写一小幅，嫂夫人倘喜作画，更为画一小幅，则或为完璧矣。尚蒙许可，得书即将纸寄上。”
因病而迫处闲暇时，陈独秀常常用心炼笔，并与欧阳竟无、台静农等研讨书法艺术。他有时到江津县城东欧阳竟无办的“支那内学院”游玩，与欧阳竟无谈文赏艺、切磋书法、聊天，或偶尔与同乡老相识、七十多岁的老进士苏鸿怡等人一起打牌。他在到江津风景区东门公园游玩散心的同时，也顺便到西门的康庄一带踏青赏景。此处背依青山，面临大江，万树桃花，遍地桔林，风景幽美，实是一个修身养性的绝妙所在。每每来到这个地方，他都流连忘返，不忍离去，常常不由自由地发出一声感叹：“此地风景甚好，得此佳景，平生足矣！”
这年9月，新任县长罗宗文慕名到陈独秀家作了礼节性的拜访。他来到石墙院，见到陈独秀，看他已经颇显衰老了。从他这副老态龙钟的情状里，罗几乎看不出陈独秀曾经是那样一个有影响的人物。陈独秀与罗大谈书法，并为他写了一个条幅，内容是杜工部的七律《曲江对酌》第二首的后四句：“穿花蛱蝶深深见，点水蜻蜓款款飞；传语风光共流转，暂时相赏莫相违。”
1942年春节前，陈独秀向欧阳竟无商借字帖《武荣碑》后，赋诗云：“贯休入蜀唯瓶钵，卧病山中生事微。岁暮家家足豚鸭，老馋独羡武荣碑。”好友朱蕴山见此诗后，心中极为不忍，买了几只鸭子去看望他，只见他独自在家，因胃病发作在床上打滚，情境十分凄凉。
伤逝
1938年，陈独秀胃病复发，血压高病发，甚至不能低头写字。至1940年，病情愈发严重，不能用脑，写作稍久，头部即感胀痛，耳鸣亦加剧。不久，陈又被查出患有心脏病，心脏不能再扩大半指，否则可能活不到三年。他的病情时好时坏，血压很不稳定，有时增高到上压210以上，常常头昏目眩。
1942年5月12日上午，陈独秀以中医的蚕豆花泡茶的偏方来治高血压。但此次所服的蚕豆花，采摘时遇雨，经数日始干，中有发酵者，泡服时水呈黑色，服后陈感到腹胀不适。次日清晨，陈独秀抱病坚持写完《被压迫民族之前途》一文，正好包惠僧来访。陈高兴异常，让妻子出去割了两斤肉回来，做了一碗红烧肉、一碗四季豆烧肉款待包。陈多吃了一些，晚上开始腹胀难忍，不能入睡，半夜将日间所食全部吐掉了。
5月17日傍晚，陈独秀上厕所时，因便秘晕倒在地。一个小时后才苏醒过来，全身冒冷汗。两个小时后又晕倒，开始发烧。
5月22日，陈独秀接连三次昏倒。邓仲纯打了强心针，他才苏醒。次日，江津县医院西医邹邦柱、康熙光到鹤山坪，给陈独秀用了肝油定通了大便，但病情并没有好转。
5月25日上午，陈独秀知道自己不行了，对何之瑜说：“我要和你分别了。谢谢你照看我。”何之瑜鼻子一酸，说：“应该的。”休息了一会，陈独秀说：“我的书，由你经手，送给北大。”何连忙点头。陈独秀躺了一会，又说：“我的书稿，你和松年、抚五等人商量处理。”何倾身说：“你放心。”
陈独秀看着潘兰珍说：“她还年轻，之瑜帮她找一个工作做，莫拿我卖钱。遇到合适的，再找一个人，今后一切自主，生活务自立。”并将狱中时友人赠送的五只古碗连同一部分稿费留给了她。潘兰珍泪流满面，呜咽地答应了。
过了一会，陈独秀叫潘兰珍去喊陈松年。陈松年进来后，陈独秀平静地说：“以后回家，把我的棺木和祖母的棺木都带回去。”陈松年哭着答应了。
1942年5月27日，包惠僧赶到了鹤山坪，得知陈独秀从上午9时起就陷入昏迷，打了强心针和平血压针，也没有醒过来。包惠僧站在床前，注视着昏迷的陈独秀，墙角旮旯里有一堆潘兰珍自种的马铃薯，增加了室内的凄凉感。
下午，邓仲纯翻了一会日文医书，怀疑陈独秀是大脑中枢出血。晚上，潘兰珍喊包惠僧进去，她一手托着陈独秀的头，一手拉着陈独秀的手，说：“老先生，包先生来了！”陈没有反应，潘兰珍用手拨开陈的眼皮，似乎有感觉，流出泪来。至同日晚上9点40分，陈独秀在寂寞中溘然谢世，终年64岁。
陈独秀的葬仪由他的生前友人操办，收到的社会各界人士捐赠的医药费和赙仪费共计法币33750元，其中蒋介石捐赠10000元，朱家骅5000元，段锡朋、王星拱、陈立夫各2000元。此外，胡小石、欧阳竟无、高语罕等人也有所赠。医药费及丧事费用总支出为38753.01元，超支的5000余元则由北大同学会垫付。陈的衣衾、棺木、墓地均为江津当地资本家邓蟾秋、邓燮康叔侄张罗。6月1日，陈独秀的灵柩被安葬在江津县大西门外鼎山山麓的康庄墓园。参加葬仪者有朝野名流三四十人，其中有教育部次长、国民党中委段锡朋，左右乡邻壮丁不期而会者一二百人，沿途护卫，且放鞭炮以示景仰惜别之意。陈的坟墓前临长江，背依青山，左右则有橘林环绕，墓碑上镌刻着“陈独秀先生之墓”的字样。
1943年1月，陈独秀葬仪在江津“康庄”前坡举行。墓文为：独秀陈先生之墓（葛康俞书）。左一为邓燮康，墓碑左侧四为潘兰珍，左侧三为邓蟾秋，左侧二为邓燮康之妻胡道芬，墓碑两侧女孩为邓敬苏（左）、邓敬兰（右）。
当陈独秀的灵榇运到茔地康庄时，国民党卫戍司令部特派得力人员亲临监视。江津县党部也再三盘问邓燮康与死者的关系，邓答：“我们不过是朋友而已。”又问：“什么时候认识他？”答：“只不过抗战以后，他到江津来住，我们才认识。”问：“你为什么对于他的丧事这样热心！替他买棺材，办丧事？”答：“不过因为陈先生从五四运动以来，在文化界有很大的贡献。现在江津穷窘以死，身后萧条，而陈先生的朋友又都是寒素书生，无法张罗。我们为本地士绅，平素又钦慕其为人，现在他死在那里，我们不忍看他陈尸于室，不能收殓，故尔出面为他张罗。”问：“你和陈某有政治关系没有？”答：“我是商界中人，且从事银行业务，一个单纯的商人。我的叔父——邓蟾秋——专门信佛，均无丝毫政治关系！”
陈独秀病逝后，消息绝少见于报端。《大公报》论道：“如此一代人杰之死，此时此地，实有不胜寂寞之感。”
静尘在《我所知道的陈独秀》一文里写道：“假使陈独秀在十年或二十年前，噩耗传来，无疑将引起全中国或甚至全世界的大冲动；可是这个时候，他的死不过像一片小小的瓦片投到大水里，只在水面上略略掀起几圈微波。死非其时，这情景对于一位怪杰的陨落真是最凄惨不过的。”
王森然说，跟他一起致力于新文化运动的人，或居党国显要，或受社会崇拜，“呜呼先生！满腔热血，洒向空林，一生有毅力，无用武之地，吾不反为先生惜，吾惊为民族哭矣”。
1947年6月，按照陈独秀生前遗嘱，陈松年托福建一位行善的木商人，用木排载上沿江而下，将陈独秀的棺椁迁回故乡怀宁。为防止国民党破坏，陈松年在棺材上写的是陈独秀考科举时的名字“陈乾生”。此时，世界仿佛早已忘记了陈独秀。有人感慨道：陈独秀“江津寂寞，安庆亦寂寞矣”。陈松年将陈独秀与其元配夫人高晓岚合冢，立碑“先考陈公仲甫之墓”，“文革”中被毁。
70年代末，安庆当地有关部门拨款200元，草草修复，并以陈独秀后代的名义立一新碑，文曰：“公元一九七九年十月九日，陈公仲甫字独秀，母高太夫人合葬之墓，子延年、乔年、松年、鹤年泣立”。直到1987年，当地有关部门又拨款20000元，对陈独秀墓地进行扩修，并改立高2米、宽70厘米的新碑，上书“陈独秀之墓”。陈独秀之墓又两次扩建，并立“无字碑”，以待后人评说。
1984年，罗学蓬陪诗人孙敬轩去江津访陈独秀当年的墓地，当地一位农民指着门前一大块长满绿油油牛皮菜的菜地，告诉他们：“陈独秀的坟圈就在这里，我把它挖出来种菜了。”随后又很惊奇地说：“陈独秀是个坏人呀，既是坏人，为啥又有这么多人来看他？”孙说：“陈独秀不是坏人。”农民问：“不是坏人，莫非他还是个好人么？”孙沉吟片刻，说：“他是一个犯过大错误的大好人。”农民的眼睛就鼓得很大。
当孙、罗二人听说他家的猪圈里有一块陈独秀的墓碑时，马上随他进了猪圈。果真是陈独秀的墓碑！墓碑上端已缺了左角，碑上的“独秀陈先生之墓”中的“独”字没有了“犭”，变成了一个“虫（蜀）”字。这块墓碑已被当作一块圈板石，与其余的石板一起铺在猪圈里，上面屎尿狼藉，不堪入目……
评叹
1942年陈独秀去世，陈铭枢挽曰：“谤积丘山，志吞江海，下开百劫，世负斯人！”
鲁迅曾经评价刘半农、陈独秀和胡适的为人。他说：“假如将韬略比作一间仓库罢，独秀先生的是外面竖着一面大旗，大书道：‘内皆武器，来者小心！’但那门却是开着的，里面有几枝枪，几把刀，一目了然，用不着提防。适之先生是紧闭地关着门，门上贴一条小纸条道：‘内无兵器，请勿疑虑。’这自然可以是真的，但有些人——至少是我这样的人——有时总不免要侧着头想一想。半农却是令人不觉其有武器的一个人。所以我佩服陈胡，却亲近半农。”
蔡元培说：“近代学者人格之美，莫如陈独秀！”
李维汉说：“他（陈独秀）是我党领导人中，少数几个不搞阴谋的人。”
有人说：“在北大常年衣中国武袍者，每油垢斑斑，章行严在甲寅杂志中，记陈氏在东京衣西装，其襟上有蠕蠕动者，问为何物，陈氏徐徐答曰：虱耳。衣上之虱，固偶有之，而虱居衣中不以为意者，现代文人亦只有陈氏，诚可与王荆公后先辉映了。”
王文元评价陈独秀说：“给陈独秀做一个总的评价。照我看来，陈独秀这个人，虽然政治上是失败的，理论上有局限，但是他不仅是现代中国最勇敢的思想家，而且是历史上伟大的革命家之一。”
1934年，陈独秀的学生王森然得知陈在狱中刻苦读书、潜心著述时，为陈将精力过多放于政治而惋惜道：“先生书无不读，又精通日文、法文，故其学，求无不精；其文，理无不透；雄辩滔滔，长于言才。无论任何问题，研究之，均能深入；解决之，计划周详；苟能专门致力于理论及学术，当代名家，实无其匹。其个性过强，凡事均以大无畏不顾一切之精神处理之。无论任何学说，必参己意以研究之，无迷信崇拜之意。故每当大会讨论之际，其意见迭出，精详过人，常使满座震惊奇绝，或拍掌称快，或呆目无言，诚为一代之骄子，当世之怪杰也。惜仍以指挥行动之时多，精心研究学术之时少，虽有专一、有恒、自信之美德，致不能完成其哲学理论之中心，使先生终为政治家不能成为革命理论家，可胜惜哉。”
高语罕在《预挽》中写道：“喋喋毁誉难凭！大道莫容，论定尚须十世后。……对你的死都绝对地沉默，他们不愿(或不能)论你的功罪，他们不愿(或不敢)辨你的黑白，他们想在沉默中，使人忘却你的一切！”
1942年9月，陈中凡写下了长达八千言的《陈独秀先生印象记》，开篇便是哭陈独秀的一首《哀词》，中有句云：“生不遭当世骂，不能开一代风气之先声；死不为天下惜，不足见确尔不拔之坚贞。……口可杜，身可诛，穷坚老壮情不渝！”
