南支全真教覆灭后，北支全真教一家独大，被蒙古朝廷赦封掌管天下道教，声威大振。虽后来蒙古贵族开始虔信密宗黄教，全真教逐渐式微，但在底层民众中依然传播甚广，全真道士也依然是不少王公贵族的座上宾。
在民间和贵人之中，全真教的势力虽然有所削减，但基本上还保持着一定的影响力。可在江湖上，全真教的势力却几乎全部瓦解。
元朝是中国历史上第一个非汉族人为主导的王朝，加上蒙古人统治残暴，天下百姓皆对其离心离德。近百年来，一直烽烟不断，各种起义层出不穷。
江湖上的各大门派，虽然没有哪个明目张胆的起兵造反，但也都对其保持敌对态度。因此，对于攀附元庭的全真教，各大门派也都是分外鄙视。全真弟子在江湖上的声望，并不比明教弟子好多少。
虽然有着元庭的支持，全真教不怕各大门派打上门来，但平日里弟子在江湖上走动，却经常被武林各路人士故意找麻烦。
久而久之，全真教在江湖上的行动便逐渐减少，影响力也渐渐减弱。时至今日，江湖上基本已没有全真弟子在走动，一般的江湖人士也少有再提及全真教。当年被称为天下第一大派的全真教，似乎已被江湖中人彻底遗忘。
不过全真教的人虽已不再江湖上走动，但全真武功却流传了下来。全真武学当年号称天下玄门正宗，自有其过人之处，因此全真教虽然现在在江湖上声名不显，但其实力却并不弱于六大派。
全真教的实力，江湖中人虽然都不大清楚，但却瞒不过和全真教交往甚密的蒙古朝廷。
此时已是元朝末年，天下烽烟四起，汝阳王李察汗才华出众，能力超群，一心想要挽救已是风雨飘摇的元庭。他细查天下，发现一直不服王化的江湖各大帮派，实为****之源。
正所谓祛病去根，找到了病因，就要开始着手解决。不过李察汗深知这些江湖上的“大侠”平日里高来高去的，用大军围剿来对付他们用处不大，唯有采用以江湖制江湖的方法，才能真正将他们消灭。
于是他开始四处找寻武林高手以为助臂，而实力雄厚的全真教自然不会被他放过。
汝阳王李察汗乃元庭重臣，面对他的请托，全真教哪敢怠慢。掌教孙玄平当即亲自来到汝阳王府助阵。
之后，李察汗因政务繁忙，对于对付中原武林各门派的事有些顾不上了，便将这件事交给了自己的女儿赵敏。包括孙玄平在内的一群高手，也便开始在赵敏的手下做事。
孙玄平虽然在赵敏手下听令，但他毕竟是全真教掌教，身份不同。他在汝阳王府，只是因为受了汝阳王的请托来帮忙，并不是他府上的武士客卿。因此他不像玄冥二老那样时刻追随在赵敏身旁，只在赵敏需要借助他力量时，才会跟在她的身边。
今日赵敏私会张无忌，没有招呼任何人相陪，所以孙玄平便留在王府休息。韦一笑到汝阳王府去放火，被他察觉。见有人在自己眼皮子底下纵火，孙玄平大怒，追着韦一笑就来到了万安寺。然后就在鹤笔翁的拜托下，和王桀交了手。
就在王桀和孙玄平交手时，塔中又是一根燃烧着的大木柱倒将下来，那宝塔梁柱烧毁后，砖石纷纷跌落，塔顶已微微晃动，随时都能塌将下来。还在塔上的范遥、周芷若、没绝师太三人东窜西跃，躲避火势。
塔下众人齐声大叫：“快跳下来，快跳下来！”
灭绝师太厉声道：“芷若，你跳下去！”
周芷若道：“师父，你先跳了，我再跳！”
灭绝师太恼怒范遥之前的疯言乱语，突然纵身而起，一掌向他的左肩劈下，喝道：“魔教的贼子，实是容你不得！”
范遥一声长笑，纵身跃下。
张无忌一掌击出，将他轻轻送开，赞道：“范右使，大功告成，当真难能！”
范遥站定脚步，说道：“若非教主神功盖世，大伙儿人人成了高塔上的烤猪，范遥行事不当，何功之有？”
灭绝师太伸臂抱了周芷若，踊身下跳，待离地面约有丈许时，双臂运劲上托，反将周芷若托高了数尺。这么一来，周芷若变成只是从丈许高的空中落下，丝毫无碍，灭绝师太的下堕之势却反而加强。张无忌抢步上前，运起乾坤大挪移神功往她腰后拍去。
岂知灭绝师太竟在他手掌拍到时，拚起全身残余力气，反手一掌击出。双掌相交，砰的一声大响，张无忌的掌力被她这一掌转移了方向，喀喇一响，灭绝师太重重摔在地下，登时脊骨断成数截。张无忌却也被她挟着下堕之势的这一掌打得胸口气血翻涌，连退几步。
却是灭绝师太对明教成见极深，宁死也不愿受明教的恩惠。
周芷若扑到师父身上，哭叫：“师父，师父！”其余峨嵋派众男女弟子都围在师父身旁，乱成一团。
灭绝师太道：“芷若，从今日起，你便是本派掌门，我要你做的事，你都……都不会违背么？”
周芷若哭道：“是，师父，弟子不敢忘记。”
灭绝师太微微一笑，道：“如此，我死也瞑目……”眼见张无忌走上前来，伸手要搭她脉搏，灭绝师太右手蓦地里一翻，紧紧抓住张无忌的手腕，厉声道：“魔教的淫徒，你若玷污了我爱徒清白，我做鬼也不饶过……”最后一个“你”字没说出口，已然气绝身亡，但手指仍然不松，五片指甲在张无忌手腕上掏出了血来。
范遥叫道：“大伙儿都跟我来，到西门外会齐。倘若再有耽搁，奸王的大队人马这就要来啦。”
张无忌抱起灭绝师太的尸身，低声道：“咱们走罢！”
周芷若将师父的手指轻轻扳离他手腕，接过尸身，向张无忌一眼也不瞧，便向寺外走去。
这时昆仑、崆峒、华山诸派高手早已蜂拥而出。只有少林派空闻、空智两位神僧不失前辈风范，过来合十向张无忌道谢。和宋远桥、俞莲舟等相互谦让一番，始先后出门。
张无忌以乾坤大挪移神功相援六派高手下塔。内力几已耗尽，最后和灭绝师太对了那一掌，更是大伤元气，这时几乎路也走不动了。莫声谷将他抱起，负在背后，与明教、武当群雄一起，奔出寺门。
