启圣疏奏：『郑锦以台湾为穴，必不降，招抚无益。其伪武平侯刘国轩为贼渠魁，请赦罪许授公爵，并赦伪将军吴淑罪许授侯爵；若二人解体投诚，则锦势孤，海寇可立灭』。报闻，启圣遣中书张雄说国轩归正。国轩曰：『海潮未涸，艨艟终不断绝，何以国轩一人为轻重』？坚不降。
夏五月，总督姚启圣同将军赉塔、提督石调声击败刘国轩于潮沟。
国轩据果堂寨与吴淑等率众万余谋夺江东桥及溜石山寨。启圣同赉塔、石调声击败之。
冬十月，官军攻坂尾寨，不克。
贼新筑坂尾寨，以吴淑守之，与国轩相犄角。官军攻之，失利。已而大雨，寨西墙圯，淑压死，国轩驰视，哭之曰：『吾失一臂矣』！
宁海将军喇咯达、副都统沃申败贼于东石，获伪总兵陈深。
十九年春正月，巡抚吴兴祚遣水师提督万正色攻海坛镇，克之。伪将朱天贵走据南日、湄洲诸澳。正色连败之，追至崇武臭涂。天贵遁入铜山澳。
兴祚疏言：『臣自去冬新造战船工竣，当即配驾出洋进剿。若过二月，风帆转南，我师反在下风，难以制胜；莫若乘今风势利便，先攻海坛，毁贼门户』。乃遣正色由闽安镇出洋，而自率标兵诣同安。贼望风披窜，正色尾追至平海，与兴祚师会贼奔臭涂官军又追及之天贵以数舟遁入铜山澳。未几，率所部战船诣总督姚启圣乞降。
二月，总督姚启圣同将军赉塔、提督石调声率兵进攻玉洲澳。刘国轩走厦门。郑锦归台湾。伪总兵苏堪等以海澄降。巡抚吴兴祚、提督万正色克厦门及金门。国轩复走澎湖。
国轩察军心动摇，连夜驾小舟至厦门见锦陈状。锦大恐，亟率眷属登舟归台湾。国轩泣挽之不听。观音山一带贼兵见锦离汛，拔寨尽起。启圣令兵七路并进。至海澄，堪与陈昌等开门纳款。时国轩犹固守厦门，遣兵踞〈氵丙〉洲、浔尾二处要路。兴祚等发红衣炮攻之，大战于围头，进扼料罗。料罗者，通台湾港道也。贼在厦闻之争先夺艘欲遁。国轩手刃数人，不能制，仰天恸曰：『数载之功，废于一旦，天实亡我，非战之罪也』！遂登舟走澎湖。兴祚等入厦门，得大小船数百艘、粮数万石、火炮盔甲器械不计。复遣兵攻金门，并克之。疏请置重兵弹压，分设海坛、铜山、金门、厦门四镇而以水师提督居中控驭，驻札厦门。从之。
秋八月，康亲王班师回京。
冬十月，弛界禁。
总督姚启圣、巡抚吴兴祚疏请以界外荒田七分还民，三分配给投诚弁员，上可停支俸饷，下可使民复业。朝议从之。
邵武贼江几、杨一豹皆降。
二十年春正月，海寇郑锦死。
锦之败归台湾也，其母董氏召而数之曰：『冯、陈之业衰矣！犹有先君黄洪之刃在，庸可赦乎？若辈不才，徒累维桑，则如勿往』！锦愤恨而死。初，锦妻唐氏无出，爱妾昭娘生子克〈臧上土下〉。众皆言昭娘伪娠，乞养屠者李某子。独锦自谓生时目睹，不之信。族人窃诽之。克〈臧上土下〉故娶陈永华季女，乃令永华辅克〈臧上土下〉监国。克〈臧上土下〉裁决国事，虽诸父昆弟不少假，宗族多惮其严；然以永华故，不敢肆也。锦归时，永华亦卒，知克〈臧上土下〉贤，与精兵三千人为护军。锦死，母董氏出坐帏中，传集诸伪官听读遗命。锦诸弟扬言曰：『克〈臧上土下〉非吾骨肉，一旦得志，吾属无遗类矣』！白董氏，先收监国印。董氏命侍者取印，克〈臧上土下〉不与，左右讹传监国率兵且至。锦群妾有和娘者曰：『监国必无是』，请往问之。和娘至，克〈臧上土下〉曰：『此印先君所授，军国系焉。今使一介传命，真伪莫办，何可轻付？和娘来，固当持去』。遂随和娘至丧次，再拜纳印。董氏曰：『汝非郑家，宁不知乎』？克〈臧上土下〉未及对，锦弟群起挞之。克〈臧上土下〉笑曰：『我平日不避嫌怨，为郑氏疆土耳。今日死生惟命，何挞为』？董氏命幽诸别室。锦诸弟夜遣乌鬼缢之。乌鬼者，当役生番也。明日立和娘之子克塽为嗣，生十三年矣。董氏谓克〈臧上土下〉妻陈氏曰：『汝参军女也。参军于国有大功，汝居宅中，当善视汝』。陈氏曰：『今屠儿妇矣，尚安居此』！扶〈臧上土下〉柩而出，昼夜哭不辍。其兄慰之曰：『汝娠未娩，盍存孤以延夫后』？答曰：『妹所处者变也，纵生男，孰能容之？有死而已』。绝粒七日不死，乃自经。台人哀之。自永华物故，冯锡范用事。克〈臧上土下〉之废，锡范有力焉。遂务欺诞，以作威福。刘国轩等皆为所制。何佑心怀不平，欲杀锡范而不敢发。总督姚启圣闻之，遣人至台湾吊丧，阴结其将士之欲归正者，以为内应。
夏五月，海寇郑克塽杀其伪行人传为霖，续顺公沈瑞死之。
姚启圣用多金间其党，招为霖归正。瑞被絷在台，为霖密与之谋。伪建威后镇朱友发其事。克塽怒，杀为霖，并及瑞，屠其家。瑞妻伪礼官郑斌之女，克塽释之；郑氐守义，亦缢死。
秋八月，以施琅为水师提督，挂靖海将军印，同总督姚启圣等会征台湾。
先是厦门既平，启圣密陈台湾可取状。提督万正色难之，言『澎湖以至鹿耳门，潮急礁险，船不得泊，进攻则主客劳逸之势迥殊，徒损国威；不如度外置之，以为外惧』。启圣曰：『不然，郑氏窃据海岛，毒害生灵，天厌其乱，众叛亲离。去岁国破，今日身亡，此天意不可失也。冯锡范胁杀其主，以擅事权，附陈绳武者皆摈斥，岂无怨心？兵临之际，必有争起而应者，此人事不可失也。诸君所虑者，港道难阻耳。然郑成功何以克济？国家兵力盛大，诸君顾乃不若一成功乎』？是时安溪李光地为内阁学士，力荐施琅可用。启圣亦奏：『欲平台湾，非琅不可』。乃以琅为水师提督，仍挂靖海将军印，而改正色为陆路提督。琅有谋略，且熟海上情形，启圣倾心任之。
二十一年春三月，总督姚启圣率兵出定海，以风不利而还。
施琅言于启圣曰：『欲攻台湾，利在西南风；然此琅武臣专责，安敢以烦公？得发踪指示足矣』。遂请简水师二万、战舰三百独任讨贼，督臣留厦门济饷。
二十二年春二月，伪将何佑筑淡水城。
姚启圣议以舟师由北淡水袭台湾，佑谍知其谋，故筑城。
，靖海将军施琅大破伪将刘国轩于澎湖。国轩走入台湾。
琅驻兵年余不动。安溪李光地给假在籍，邂逅旅店中，问琅曰：『公出师在此月。众皆言南风不利，公必犯之何也』？琅曰：『此贾竖之言也。北风猛，夜则更甚。澎湖远近岛屿，悉贼所踞，到彼未能一战夺之，舟无泊处，坐与行殊，风浪漂泊，军不能合也。惟夏至前后二十余日，风微夜静，海水平如练，可以抛舟泊洋，聚而观衅，举之必矣。且贼将刘国轩者，为彼魁杰，设以他将守澎湖，虽败未服，必用再战。如守澎湖者刘，或死或败，则势尽胆丧，台湾可不战而平』。光地喜曰：『寇平矣』！琅曰：『何相信也』。光地曰：『闻为将者必识天时利害、地理向背、较敌之智力，公兼之矣。能无平乎』！琅以乙亥旦舟发铜山，会于八罩屿。国轩拥众二万余，据守澎湖诸屿甚坚。丁亥，琅乘南风进剿。先锋参将蓝理等七船为急流冲散，飞炮伤理腹，肠流出，理裹肠大战，沈其二艘。己丑，官军克取虎井屿。庚寅，琅以大鸟船五十六，分八队而进。贼悉锐来拒。自辰至日中，官军稍却。琅以大舟犁之，搁浅沙不能动。贼见篷上书「中军」二字，弗知其为琅也。遥望总兵吴英船甲帐甚盛，意为真将军，趋赴之。理方医创卧床，闻报急往救，夺贼舟，请琅更舟，大呼杀贼。贼皆披靡。琅乘势追击，大败之，歼伪将林升、邱辉、江胜、陈起明等，焚其大小战舰二百余。国轩乘小舟由吼门窜去。战之日，东南角微云起，国轩方调遣拒敌，望见喜甚。须臾，雷声殷殷动。国轩推翻食案叹曰：『天命矣』！海行占风者以云起为风兆，闻雷则散云。
秋七月，海寇郑克塽降，台湾平。
台湾闻澎湖已失，兵民汹汹离散。刘国轩忧沮，无复战志。冯锡范倡议投诚。克塽从之。乃遣伪官郑平英同国轩、锡范等乞降。琅以敕谕郑克塽、国轩刘、冯锡范等曰：『帝五抚御寰区，仁覆无外，即海隅日出之邦，无不欲其咸登衽席，共乐升平。本朝定闽，尔祖郑成功窃据海岛，甘外王法，以及尔父郑锦，勾引奸徒，窥伺内地，屡经剿抚，顽梗怙终。尔方童稚，妄思效尔前人，窜伏台湾，以为窟穴，倚险负固，飘突靡常，以致沿海居民，时遭兵燹。朕念中外兵民，皆吾赤子，何忍听其久罹水火，故特命提督施琅选将练兵，出洋进剿。旋奏报澎湖已克，台湾指日荡平。总督姚启圣以尔等降疏奏闻。又据来使呈乞恩赦。朕体上天好生之心，特颁敕旨，前往开谕。尔等果能悔罪投诚，率所属伪官军民人等悉行登岸，将前罪尽行赦免，仍加恩安插，务令得所。尔等其审图顺逆，善计保全，以副朕宥罪施仁至意』。克塽既奉敕，遣伪官冯锡珪、刘国昌等赍送降表。琅令侍卫吴启爵持榜示入台湾，谕军民薙发。
故明宁靖王朱桂术自杀。
桂术，鲁王世子也，随父漂泊海外，依郑氏。闻大兵至，冠服北向再拜，招所善客从容饮别，投缳而死。妻妾姑姊从死者凡五人。
八月，靖海将军施琅入台湾，设一府、三县，以郑克塽等归京师。
琅率大军由鹿耳门而入，克塽及刘国轩、冯锡范率伪文武官跪迎。闾井晏然，市不易肆。自成功至克塽三世，凡三十八年而灭。琅刑牲奉币告于成功之庙曰：『自同安侯入台，台地始有居民。逮赐姓启土，世为岩疆，莫可谁何。今琅赖天子威严、将帅之力，克有兹土。不辞灭国之诛，所以忠朝廷而报父兄之职分也。独念琅起卒伍，于赐姓有鱼水之欢，中间微嫌，酿成大戾。琅于赐姓，翦为雠敌，情犹臣主。芦中穷士，志所不为，公义私恩，如是而已』。语毕下泪。仍待克塽及诸伪将如礼。疏请设府一，曰台湾，县三：曰台湾、凤山、诸罗。是年克塽等至京师，圣祖仁皇帝念成功明室遗臣，非若乱臣贼子，赐成功及子锦归葬南安，如田横故事；封克塽公爵，隶汉军正红旗；国轩为顺清侯，授天津卫总兵；锡范为顺清伯。克塽死，爵除。
二十四年夏六月，漳州贼林恩等谋乱，伏诛。
三十年春三月，龙溪县奸民林姐作乱，游击张继良擒斩之。
三十五年秋七月，台湾新港民吴球谋乱，伏诛。
上杭贼郑德敬作乱，伏诛。
三十六年夏四月，诏安县贼吕扁作乱，寻伏诛。
扁聚党于平和白叶渠，渠深险，与广东大埔县山联界，数日间众至七百余人，渐逼县城。时居民俱依乡堡为固，贼无所得食。夜趋南靖之山城墟，汛防千总曾高捷击走之，转遁平和，高〈氵〈癶上示下〉〉约正吴元臣纠乡壮擒之，余党俱散。
三十七年秋七月，平和贼锺平鼻作乱，伏诛。
平鼻，吕扁党也，潜结群盗，约期劫县，已为内应，登城伺探。为营兵所执，杀之。
二十八年春二月，台湾吞霄土官卓个、卓雾、亚生作乱。
初，通事黄申在吞霄征派无虚日，社番苦之。土官卓个、卓雾、亚生杀申。镇道遣使招谕，不得入，乃发两标官兵，委署北路参将常泰进剿。而新港、萧垄、麻豆、目加溜湾四社番为前部。个、雾等阻险拒守，四社番死伤甚众。
秋七月，获淡水土官冰冷。
时方征吞霄，冰冷遣使与个、雾等通。有水师把总者巡哨至淡水，闻变，潜泊海口，冰冷未之觉。把总遣他社番诱以货物交易，伏壮士水次，缚之，亟登舟。比诸番出护，已挂帆矣。吞霄平。后诸番以首恶既诛，乃因通事求抚。
八月，署北路参将常泰以岸里番击吞霄，擒卓个、卓雾、亚生以归，斩于市。
有献计于常泰者曰：『岸里社番，穿林箐、越涧谷如飞，擒个、雾非此不可。时岸里社番尚未内附，乃遣译者入说其魁，多致糖、烟、银、布』。番大喜，绕出吞霄山后。官军攻其前，个、雾等大窘，将逃入山内，岸里社番设伏擒之。至郡，尸诸市，传首以示诸番。是役也，劳师七阅月，官军被死者数百人。
四十年冬十二月，诸罗贼刘却作乱。北路参将白通隆等击败之。
却以拳棒自负，日与无赖恶少往来，歃血为盟。会却家神炉无故发火，众曰：『此不君即帅耳』。约日举事。通隆率官兵战于急水，却大溃，走匿山薮中，寻捕斩之。
四十一年夏，漳浦奸民曾睦等作乱，知县陈汝咸讨平之。
睦聚众百余人，潜伏七星洞，招党入海。汝咸发兵追捕，密致贼党林大札，啖以重利，诱睦入界内生擒杖杀之，余党解散。
四十三年冬十月，海贼徐容就擒。漳浦知县陈汝咸宥之，令招贼自赎，余党悉平。
容本名林老大，平和小溪人。初在广东海丰碣石卫招集亡命。是年，容自广东开洋，往来劫掠，次漳浦古雷，船忽坏，贼各携重资雇小船登岸。过云霄，为保甲盘获。容与其党八人俱就擒。汝咸庭鞫，容直陈不讳。询以贼中情形甚悉。汝咸言于督抚，请宥容罪，俾招余党自赎；籍其财物，解充兵饷。许之。明年，刑部侍郎常寿巡闽粤，置容军中，随地招抚，余党悉平。
四十五年，浙江流寇黄宜加、曹昌隆等掠永定县境。
四十六年秋八月，漳平土寇陈首魁等作乱，漳州知府赵完璧抚平之。
四十九年，总督范时崇获海寇郑尽心，械送京师。
尽心在洋肆劫，远至锦州等处；时崇购获之。
汀州游击沙永祥会漳潮兵搜捕浙寇黄宜加等七十余人，僇之。
漳平贼陈五显作乱。
五显等啸聚漳平白花林，知县王调元击之，奔溃。旋掠永春、大田、安溪，兴泉道佟沛年同守备余健率兵破之。后就抚，械送京师，伏法。
五十二年，顺昌县奸民卢天章作乱，伏诛。
