进占巴比伦和苏萨
亚历山大在高加米拉祭神和犒赏将士后，又建立了两座城市，以确保交通线的安全和控制邻近地区。不久，亚历山大率军向今天的巴格达以南的巴比伦进发。
巴比伦，在古代的一段很长的时间里，都是两河流域的政治文化中心，它虽几经兴废，却一直是两河流域文明的一个象征。当时的巴比伦城是新巴比伦王国国王尼布甲尼撒建立的。规模十分宏大，城市是方形的，每边长22公里，城墙有8.5米高，是用砖砌和油漆浇灌而成，非常坚固。四匹马拉的车可以在宽阔的城墙上奔驰。全城有100扇用铜做的城门。城墙周围还有很深的护城河。幼发拉底河从城墙下流进来，穿城而过。尼布甲尼撒的原意是要使巴比伦城成为牢不可破的。但事与愿违，坚固的城墙并没能阻挡敌人进入该城。除城池坚固外，巴比伦还有相当可观的军事力量，在高加米拉战役中指挥大流士的右翼部队与帕米尼欧激战的马扎亚斯也逃到了这里。巴比伦本可和亚历山大一战的，但是，马扎亚斯已毫无斗志，巴比伦城的首脑们也已对大流士完全失望，想改换门庭，投靠新的主子。因此，当亚历山大率领大军走到距离巴比伦城不远的地方时，便受到马扎亚斯、巴比伦的政府官员、神职人员和居民的热烈欢迎。他们带着献给新主子的礼物，当然，最重要的，是他们将城市、堡垒和财宝拱手送给亚历山大。亚历山大在欢迎者的欢迎声中，像一位阿契美尼德王朝的君主一样，登上一辆战车，以胜利者的姿态进入城中。这是公元前538年欢迎居鲁士的一幕的重演。当时，巴比伦人也是这样欢迎居鲁士的，也把居鲁士当成救世主。
亚历山大入城后，没有把巴比伦人当被征服的人民对待，而是尽一切可能安抚他们，把自己打扮成他们的救世主。他下令把被波斯国王薛西斯破坏的庙宇、特别是巴比伦人最崇拜的拜尔的庙宇，重新修建起来。他在这里还遇到了迦勒底人，听从了他们有关神庙的建议，特别是对拜尔神的祭祀。神庙修好后，他便完全按照他们的宗教仪式向拜尔神献祭。他这样做当然主要是为了赢得当地人民的好感和宗教人士的支持，使他的统治披上合法的受命于神的外衣，但也有祈求神的保佑的用意。他在埃及也是这样做的。在行政安排上，他也采取这种安抚拉拢的政策。他任命曾在伊苏斯和高加米拉两次和自己作战的马扎亚斯为总督。这一安排显示了亚历山大政治家的胸怀，他不只是改变了把亚洲人都当作是蛮族的看法，早在公元前334年就改变了，而且他还不念旧恶。要知道，在高加米拉战役中，马扎亚斯曾使帕米尼欧陷入困境，他手上是沾有马其顿人的鲜血的。但在任命马扎亚斯为总督的同时，军事和财经方面的职务则委任马其顿军官担任。他还任命曾在公元前334年把萨迪斯献给他的米色瑞尼斯为亚美尼亚总督。
位于巴比伦皇宫旁边的庙宇，亚历山大每日提供供奉的地方。
亚历山大尽可能地安抚巴比伦人，巴比伦人也想尽一切办法来取悦马其顿人，他们急于想在亚历山大面前留下一个好印象。他们不仅献出了大量贡品，而且把该地的一些奇观显示给马其顿人看。例如，有一天晚上，在夜色越来越浓时，他们把这里常喷涌而出的石油泼撒在街上，然后他们再站到街的一头把火炬扔到石油上，火焰眨眼间就烧到街的另一头，整条街道立即成了一条火龙。
亚历山大让部队在这里休整了整整一个月的时间，可能是古城的美妙的文化吸引了他，因为亚历山大对各地的优秀文化有着浓厚的兴趣，但在这样一个大城市停这样长的时间，却也严重损害了军纪，暴露了征服者丑恶的一面。用拉丁文写亚历山大传记的柯蒂斯·鲁弗斯在描写亚历山大军队在巴比伦逗留的情况时写道：“国王在巴比伦停留的时间比任何地方都长，同时也更加严重地损害了军纪。没有一座城市比这里还要道德败坏，也没有一座城市比这里更适合去勾引人们无节制的欲望。父母以及丈夫容忍他们的女儿和妻子与陌生人通奸，只要付钱就行。狂欢畅饮在整个波斯都是国王们和他们的宫廷大臣所喜爱的活动，而巴比伦人是最沉湎于醉酒和放荡不羁之中的。出席宴会的妇女们，开始还穿着体面的服装，接着脱掉她们的上衣，渐渐地已置所有的羞耻于不顾，最后竟然，如果容许这么说的话，已是一丝不挂。小女孩是不允许这么做的，她们都是已婚妇女和未婚的姑娘。这样丢脸的出卖肉体却被他们当作是一种礼貌。那支征服了亚洲的军队34天来醉心于这种耻辱的放荡纵欲之中。毫无疑问，如果还有敌人的话，他们已是无力再战了。”
幸好亚历山大本人不是一个醉心于享乐的人，适当地娱乐一下部下，是他团结将士和提高他们的战斗激情的一种常用的手段。一个月后，也就是在公元前331年11月，亚历山大率部向苏萨进军。苏萨位于今天伊朗境内海拔4000多米高的扎格罗斯山山脚下，是波斯帝国的首都，它历经几代君主，储存有无数宝藏。得知亚历山大正向苏萨前进，苏撒总督的儿子在半路迎接，途中还碰到菲罗克森那斯的信使，菲罗克森那斯是亚历山大在高加米拉战役刚结束时派到苏萨去的。他让信使送来的信说，苏萨人已准备献城归顺，而且把全部财宝都封存好了，准备献给亚历山大。和在巴比伦一样，11月底，亚历山大在波斯官吏、贵族、神职人员和当地居民的欢迎下，进入波斯帝国的首都，接受了所有的皇家财宝，其中包括价值5万多泰伦特（约9000万美元）的金币和金块。象征着波斯国王的权力无所不在的一罐罐尼罗河水和多瑙河水，也都落入亚历山大之手，这标志波斯国王的全部权力都已转移到亚历山大手中。波斯国王薛西斯从希腊劫掠的所有东西，也转交给了亚历山大，其中有两座雅典的人的铜像，这两人都是公元前6世纪的诛戮暴君者。亚历山大派人把这两座铜像送回雅典。亚历山大是要希腊人记住，他是在为希腊人复仇。
为了庆祝胜利，亚历山大按传统礼节举行了祭神大典，感谢并祈求神灵的保佑，随后又举行了火炬赛跑和体育运动会。亚历山大每到一地，只要有时间，便要举行体育运动会，这一方面是为了娱乐将士，另一方面也是为了把希腊人的生活方式介绍给当地的居民。亚历山大把他自己看成是希腊文明的传播者，他要把希腊文明传播到他的帝国的每一个角落。举办这种完全希腊式的体育运动会就是他的这一总计划的一部分。在地方行政安排上，和在巴比伦一样，任命了一个波斯人为苏萨地区总督，但军权则交给马其顿将领。这时，安提柯给他召集的大批增援部队也来到了苏萨，增强了亚历山大的兵力。同时，由于夺得了阿契美尼德王朝的巨大财富，经济上也宽裕了。
火焚波斯波利斯
亚历山大的下一个目标是波斯波利斯。波斯波利斯是波斯帝国的另一都城，位于苏萨东南500公里处，靠近今天的设拉子。这里是波斯帝国的另一政治中心，有巨大的列柱式豪华宫殿，有国王的金库和大量宝藏。但亚历山大的这次进军却不像前两次那样顺利，这不仅是因为这次进军沿途要穿过山峦起伏的山地，而且因为沿途遭到山地居民和波斯军队的抵抗。亚历山大先是粉碎了山地居民的抵抗，这些山地居民要求亚历山大经过他们的地区时要交买路钱。然后亲自率领小部分精兵向有波斯军队把守的山口进发，而让帕米尼欧率领大部队和辎重沿大路前进。
这个隘口是进入波斯省的门户，地势非常险要，悬崖峭壁中只有一条山路可通行，一夫当关，万夫莫开。波斯省总督还在隘口外修筑了一堵高墙，守军据说就有4万步兵和700骑兵。亚历山大率军到达这个隘口后，立即进攻，但由于敌人占了地形之利，无功而返。亚历山大意识到，只能智取，不能强攻。于是，他设计了一个两面夹攻的计划。留下一部分队伍在高墙前扎营，由克拉特拉斯指挥，听见亚历山大发出的号角声，便向敌人发动进攻。亚历山大本人则率领另一部分部队绕道到敌后发动攻击，并吹响号角。亚历山大率部趁黑夜出发，由一个俘虏带路，通过另一条崎岖难行的山路，绕到敌人后边，袭杀了守卫的哨兵。天亮时，突然对波斯总督的大营发动攻击，克拉特鲁斯听见号角声也立即向敌人进攻。敌人腹背受敌，无心恋战，争相逃命，被马其顿人一阵围杀，只有少数骑兵逃走了。
过了隘口，亚历山大率部全速向波斯波利斯挺进，在波斯驻军还没来得及在城内抢劫财物之前，就冲入城中，掳获了大量珍宝和12.6万泰伦特的金币和金块（约2.5亿美元）。为了安抚波斯人，亚历山大到距波斯波利斯50公里的古都帕萨尔加德去拜谒了波斯帝国的创建者居鲁士的陵墓，因该墓年久失修，已多处毁坏，他还提出要重修居鲁士的陵墓。但就在他极力拉拢并亲近波斯人的时候，却做出了一件完全出人意料的事情，他在从帕萨尔加德返回波斯波利斯后，下令把波斯波利斯的宏伟王宫烧毁。这是一件很奇怪的事，他过去虽先后毁灭了底比斯城和推罗城，但和烧毁波斯波利斯王宫完全不同。亚历山大进入波斯波利斯后，受到了这里的贵族和平民的盛情接待，无一日不举办宴会和舞会来娱乐亚历山大和他的将士们。王宫的豪华宏丽也使他感到波斯文明的伟大。当他第一次坐在波斯帝国黄金华盖下的御座上时，他和他的部下都为他成了“万王之王”而激动不已。他的一位老友科林斯的德玛拉图斯竟突然大哭起来，说道：那些没能眼见亚历山大登上大流士宝座就身先死的希腊人真是无福。亚历山大也陶醉得让将官们向他行匍匐跪拜礼。他对这个王宫无丝毫厌恶仇视之意，而充满仰慕之情，现在成了他自己的了，他怎会把它毁掉，令人难以理解。据说帕米尼欧曾劝他不要这样做，说他这样任意毁掉已经属于自己的财富是不智之举，而且会使人觉得他不想把亚洲的主权紧紧地握在自己的手中，只不过是要以胜利者的姿态在亚洲巡游一番。这会破坏他与亚洲人合作的计划，损害他的地位和声望。但亚历山大没有听取他的这位副手的意见。
亚历山大事后解释说，他是为希腊人复仇，波斯人曾在雅典大肆破坏，烧毁庙宇，对希腊人还干下了其他数不清的残暴罪行，因此他要报复，要叫他们赔偿，以示惩罚。亚历山大的这种理由是站不住脚的。要报复，进城时就应当报复，为什么要等进城备受欢迎和隆重接待之后，而且，烧毁王宫也不能算是对波斯旧时代的人物的任何惩罚，何况王宫已归亚历山大所有。
还有一个流传甚广的说法：有一次宫里盛宴，宾客如云，其中也有妇女。有一雅典女人泰丝，是个名不见经传的人，是普托拉米家的小姐，也有人说是个妓女。在大家都喝得醉醺醺时，她说，走遍亚细亚之后，如能在大流士的王宫里放上一把大火，让子孙后代说，一个随着亚历山大征战的女人给予波斯人的惩罚比他的全体将士所给予的还要重，那才有意思哩！在一片狂呼乱喊的喝彩声中，亚历山大头戴花环兴奋地喊着亲自为她开道，参加宴会的人，人人手执火把，把王宫点燃。
当然，这只是一则并没有什么事实根据的传说，传说的目的也许是为亚历山大开脱，但也反映了人们对烧毁王宫的不满，那么宏伟壮丽的建筑就这样开玩笑地化为灰烬。这是令人发指的罪行。
最可靠的说法来自阿里安和普鲁塔克，他们认为，这场大火是亚历山大蓄意放的，可是他又立即下令扑灭了这场大火。放火和灭火这样两个截然不同的举动都充满了戏剧性，但目的是一致的。大流士还没有死，波斯仍有大片土地没有被占领，仍有不少的民族不愿屈服于马其顿人，波斯仍有力量一战。波斯王宫是阿契美尼德王朝的象征，烧毁它，可在精神上给波斯境内的反马其顿势力以沉重打击，摧毁他们的斗志。灭火也有同样的目的。他要用这场大火向世界宣告，阿契美尼德王朝的统治结束了，他亚历山大已取而代之了，他是亚洲的新的主人了，亚洲以及世界人民的命运现在都掌握在他亚历山大手中了。当然，他烧毁波斯王宫也是因为他不可能把他的帝国的政治中心放在这里，而又不放心在他离开后，仍留下一个王朝权力象征的王宫。但他烧毁波斯王宫之举，却给他的部下、给希腊和马其顿人造成一种错觉，战争结束了，他们可以回家了，这和亚历山大想的根本不是一回事。
大流士之死
高加米拉战败后，大流士逃到了米地亚的首府埃克巴塔纳（今伊朗哈马丹），他决定在这里停一下，看看亚历山大是否会立即追上来，如果亚历山大不立即追击他，而是留在苏萨和巴比伦暂不前进，他就在米地亚等一等，根据亚历山大的新动向，再决定自己下一步行动。如果亚历山大继续追击，他就想到内地去，撤退到遥远的巴克特里亚去。他一方面把妇女和辎重撤退到东部，另一方面他准备采用坚壁清野政策，行军所经之处，统统烧光掠光。这本是战争一开始雇佣兵首领迈农提出的建议，当时波斯将领不屑一顾。现在实行，已经晚了。大流士这时所有的兵力，只剩下骑兵3000、步兵6000了，其中包括希腊雇佣兵残部、巴克特里亚人的精锐骑兵，还有几个像比修斯这样的战将。
亚历山大得知大流士的情况后，立即率军离开波斯波利斯，快速北上，直奔米地亚的埃克巴塔纳城。但在亚历山大的大军离埃克巴塔纳只有三天路程的距离时，大流士已在5天前逃离该地了。
亚历山大没有立即去追击大流士，而在埃克巴塔纳停下来。这好像不是他的一贯作风，是什么原因使他这样做，至今仍不完全清楚。有可能是他和他的将领们在是否继续追击大流士的问题上发生了矛盾。他的部下可能认为，波斯帝国的首都都已被占领了，波斯的王宫也被烧了，波斯帝国已经灭亡了，战争结束了，没必要去追击大流士了。他们还认为埃克巴塔纳是东方最远的地方，不要再往前去了。征战多年，离家又如此远，将士们早就有厌战情绪了。但亚历山大不如此想，他的目标远没达到，他的征战之路还长得很。这是一个无法解决的矛盾，而且随着时间的推移，矛盾会愈来愈大。
亚历山大在这里对军队作了一些调整。他解散了他的希腊盟军。他给每个人都发了全饷并犒赏一份礼物。派人护送他们返回家园。如果他们愿意留下来，也可以个人名义重新入伍。不少希腊士兵选择了留下来。
解散希腊盟军是亚历山大一生中的一个转折点，他的盟军统帅的头衔也就随着盟军的解散而去掉了。这也意味着为希腊复仇的战争结束了，科林斯同盟作为他的统治工具，仍然保留，因为他在和希腊诸城邦打交道时仍用得着，但亚历山大在战争中和希腊人的特殊关系已经不复存在了。自此以后，亚历山大率领的就不是什么同盟军而只是帝国大军了。
亚历山大还命令帕米尼欧把在苏萨、波斯波利斯等地掠获的金银财宝带到埃克巴塔纳卫城，交给哈帕鲁斯，由哈帕鲁斯负责保管这批价值18万泰伦特（约3.24亿美元）的财宝。同时给他留下6000马其顿部队负责警卫。
在作了这些安排后，亚历山大不顾一些将士的不满，又开始追击大流士。他命令帕米尼欧率领雇佣军、色雷斯部队和地方骑兵以外的其他骑兵，通过一条虽较艰险却较近的捷径追击；他自己则率领皇家卫队、骑兵侦察兵、马其顿方阵兵、弓箭手和艾吉里亚部队继续他的追击大流士的大进军。亚历山大率部飞速前进，由于行军速度太快，许多马匹倒下了，许多士兵也因疲劳过度而掉队了。但亚历山大并没有因此而放慢速度，继续飞速前进，只用了11天的时间就赶到了拉迦（今德黑兰附近），第二天又急行军50英里，到达帕提亚沙漠边缘的里海关口。但他还是慢了一步，大流士已经过了这个关口，逃到东边的荒漠中去了，不过，许多跟随他的人都离开他回家去了，还有他的一大批随从投降了亚历山大。亚历山大面对帕提亚沙漠没有贸然前进，他让部队在这里休息了5天，并任命了一个波斯人为米提亚总督。然后他率军向帕提亚前进。帕提亚是波斯帝国的一个行省，相当于今天伊朗的呼罗珊地区。这里土地贫瘠，人烟稀少，大流士又实行坚壁清野政策，这给亚历山大的后勤工作造成很大困难。第二天，走到有人烟地区的边缘时，因为再往前走，就进入荒漠地区，为了储备今后的给养，亚历山大专门派了一队骑兵和少数步兵去收集粮秣。
这时，从大流士处逃来了巴比伦皇族巴基斯坦尼斯和原叙利亚总督马扎亚斯的儿子按提贝拉斯，他们向亚历山大报告说，巴克特利亚总督比修斯、骑兵司令那巴赞斯和阿拉科提亚和索格吉亚那的总督巴散提斯等人合伙劫持了大流士，剥夺了他的王权。听到这一消息，亚历山大立即挑选出一支精兵队伍，只带上两天的给养，以前所未有的速度追击，而让其余的部队以平常的速度随后跟进。亚历山大通宵达旦地急速行军，一直到第二天中午，他才让部队稍事休息，又日夜兼程往前追赶。天亮时，到达那个来投降的巴基斯坦尼斯逃离的营地，但敌人已经走了。在这里得知，大流士确实是被比修斯等劫持了，并被囚禁在一辆篷车里带走了。比修斯已取而代之掌握了一切大权，巴克特利亚骑兵和跟随大流士逃跑的波斯部队都支持他，因为现在在他的辖区，而他又和大流士有亲属关系。忠于大流士的少数波斯军队和希腊雇佣军虽不赞成废黜大流士，却也无可奈何，只能逃入深山。比修斯等人之所以废黜和劫持大流士，是因为他们认为，大流士已失人心，但他们可用大流士作和亚历山大谈判的筹码，用大流士换取有利的条件。亚历山大决定继续全力追赶。当地人给他指了一条近路，但这条路上既无人烟，又无水。亚历山大为了更快地前进，命令500骑兵把马让给他挑选的装备精良的步兵。他亲自率领这500步兵上马，抄近路快速追赶。由于沿途无水，一路奔驰下来，所有的人都干渴难忍，一些士兵发现了一点水，他们便用铜盔盛着水送给亚历山大，而亚历山大又把水还给他们。众将士都被亚历山大这一举动感动了，高声欢呼赞美。他们立即上马继续赶路，当夜前进了50英里。离开拉迦后，5天行军200英里。
破晓时，亚历山大和紧随他的60名部下终于赶上了敌人，被追得狼狈不堪的波斯人一见亚历山大追来，大部分只顾逃命，作鸟兽散了，只有少数人掉头进行抵抗，但被亚历山大一阵冲杀，也跑了。比修斯带着关在大篷车里的大流士逃了一段路，见亚历山大很快就要追上来了，那巴赞斯和巴散提斯立即把大流士刺伤，弃之不顾。他们自己却带着600骑兵逃掉了。亚历山大追上时，除见丢弃一地的金银财宝外，士兵们还在一辆马车上发现了奄奄一息的大流士，他被用金色的链子捆着，身上被梭镖刺得伤痕累累，一个士兵给他喝了一点水，他说，他感谢亚历山大善待他的家小，说完，这位波斯国王，这位万王之王就死了。
一直在追逃跑者的亚历山大返回时，见到的只是大流士的尸体。我们不知亚历山大当时是种什么心情，他可能为没有生擒他的这个对手而遗憾，他也可能为这样一个大帝国的国王就这样可怜地死去而感到惋惜，他脱下自己的战袍盖在大流士的尸体上，下令将他的遗体送到波斯波利斯他母亲处，以君王之礼把他和波斯的历代国王葬在一起。
大流士死时（公元前330年夏）50岁，在位18年，虽没有什么了不起的政绩，也没有突出的劣迹。在波斯人的眼中，他并不是一无是处的昏君，甚至有人认为：“大流士身居王位，当之无愧，因为他比所有其他的波斯人都勇敢。”他曾在一次一对一的格斗中，打败过一个卡迪西亚首领。他的不幸在于他的对手是亚历山大，是亚历山大这样一位历史上少见的军事天才。和亚历山大相比，他的确显得愚蠢、胆怯和虚弱。他一败再败，最后落得个众叛亲离，成为亡国之君，惨死在自己的亲信手下。这对于他个人来说，确实是个悲剧，但就历史而言，波斯王朝的覆灭也许并不是坏事。
大流士死于他自己人之手，这对于亚历山大来说，可能是最好的结果。如果他生擒了大流士，杀了他，可能会引起波斯人的仇恨，不杀他也会有很多麻烦。现在好了，亚历山大还可以借为大流士复仇，去追杀比修斯等人，去征服还没有征服的地方，他后来正是这样做的。
大流士之死使亚历山大可以向世界宣告，那个曾经在亚洲、非洲和欧洲称王称霸200多年的大帝国不再存在了，灭亡了。他亚历山大现在不仅是希腊世界的主人，也是亚洲的主人、世界的主人了。亚历山大的胜利是希腊人对亚洲人的胜利，在某种意义上说，也是希腊文明对波斯文明的胜利，但同时又是东西方文化的新的融合的开始，是一个新时代的开始。
