印度河上的航行
亚历山大在他所征服的印度地区基本上沿袭了波斯人的统治，他的将印度分成三个省，是照抄波斯人的，他任命的行政官员也都是原来的官员，太克西利斯、波鲁斯和克什米尔的阿比萨瑞斯等都仍担任原职，统辖原来的地方。亚历山大只是在一些战略要地，建立了几座新的城市，留下了一些移民。他并没有任命马其顿人来管理印度，让原来的首领和执政者来进行管理，是亚历山大统治印度的一个明智的措施，不过这种统治是建立在亚历山大个人的崇高权威的基础上的，没有了亚历山大，这种统治也就会随之消失。亚历山大在起程之前，召集印度各地的使节和土邦首领，宣布波鲁斯为他所占领的全印度的国王，所有的部族和城镇都要听命于他。波鲁斯实际上成了亚历山大个人的全权代表。这位昔日曾和亚历山大在战场以命相搏的对手，竟成了亚历山大最信任的印度人。
亚历山大是率部从陆路翻山越岭来的，但却选择从水路返回，这是亚历山大预定的计划，他要趁回归之便，征服和控制波斯湾。不过，他的部下可能也乐意从水路返回，对于那些跟随亚历山大来的马其顿人来说，来程太可怕了。他们一路所遭受的磨难，特别是翻越兴都库什山时的那种死里逃生的情景，令他们不寒而栗。为了从水路返回，在希达斯皮斯河已准备了80艘三十桨大船和许多运输船、轻型船，加上在当地征集的船，总共有1000来条船，由从马其顿赶来的海军司令尼阿丘斯率领。亚历山大把全军分成三路。一路由克拉特拉斯率领，沿希达斯皮斯河右岸行进；一路由赫斐斯申率领，沿希达斯皮斯河左岸前进，这是人数最多、实力最强的一路，200头大象也在这一路；他自己率领包括所有的近卫军在内的一部分军队乘船顺流而下。希达斯皮斯河流入阿塞西尼斯河，阿塞西尼斯河流入印度河，印度河直通大海。亚历山大和他的部下可能都认为，走这条水路是畅通无阻一帆风顺的。他们谁也不会想到，这是一条充满危险的可怕的路。亚历山大还命令印度河以西的总督、他的堂兄菲利普在大军出发三天后率部跟进。
公元前326年11月的一天的黎明，舰队开始起航了。亚历山大按惯例祭神，并按照占卜师的建议祭祀了希达斯皮斯河河神。他登船后，站在船头用一只金杯把酒洒向河里，祈求河神保佑，然后又向赫拉克勒斯、阿蒙以及他经常祭祀的那些神酹酒祭奠。做完这一切，他才下令号兵吹号起航。号角声中，庞大的船队井然有序地启动了，辎重船、运马船和各种战船都按事先安排的顺序向前驶进，船和船之间保持着一定的距离。河中，千帆竞驶，百舸争流，场面空前壮观，成千上万的桨板的一上一下的击水声，水手的号子声歌声，组成了一个不同寻常的交响曲。两岸挤满了送行的、看热闹的，他们成群结队地、载歌载舞地跟着舰队行进，走了很远才恋恋不舍地停了下来，目送着舰队在远处消失。
亚历山大和他率领的部下就是这样兴高采烈地在河上航行。第三天，来到原定的赫斐斯申和克拉特拉斯所率的部队的宿营的地方，舰队靠岸停泊。三路大军在这里会合并停留了两天。当随后跟进的菲利普率部来到时，亚历山大对下一步的行动作了布置，他令菲利普率部到阿塞西尼斯河去，然后沿河前进；赫斐斯申和克拉特拉斯仍按原定路线前进，他自己也仍按原计划乘船顺流而下。
亚历山大一路顺利，河道也愈来愈宽，遇到可以停泊的地方，舰队就靠岸停泊，补充给养。一路还接待了不少沿岸的主动归顺的印度部族，也有一些是抵抗失败后才投降的。当亚历山大接到报告说，前面的马利亚人和欧克西德拉卡人是这一带人数最多、最好战的部族，他们已把老婆、孩子转移到城里，准备和亚历山大大打一仗，他立即下令舰队全速前进，以便在那些印度人还没作好充分准备时赶到，打他们一个措手不及。船队在亚历山大的催促下，第五天就到达了希达斯皮斯河和阿塞西尼斯河的汇流处。出人意外的是，两条大河汇合后，成了一条狭窄的水道，但流速却因河道变窄而大增。河水奔腾呼啸，形成许多可怕的大旋涡，掀起雷鸣般怒涛。亚历山大虽然事先已得到了这里河水险恶的报告，并已向部下通告了这一情况。船队到达这里时，水手们还是被震天动地的惊涛骇浪吓呆了，停止了划桨，不知所措。驶入急流时，水手们才在舵手的指挥下尽力摇撸。船身短的虽仍被水流冲得打转，却还能沿一条直线前进。船身较长的双层排桨的大船，则被奔腾的浪涛冲得运转失灵，互相冲撞，有两艘沉没。不少水手落水卷入急流中淹死。甚至亚历山大乘坐的王船也在下沉，他只好跳入水中，奋力游上岸。幸好河道逐渐宽展，水流转缓，船队才避免了更大的损失。
船队靠岸停泊后，赫斐斯申、克拉特拉斯和菲利普都率部来和亚历山大会合，亚历山大又对下一步行动作了新的布置。他令尼阿丘斯率船队在陆上部队出发前三天起航沿河下驶，自己这次没有和船队同行。他把其余的部队分成三部分，赫斐斯申率领一部分先于主力部队五天出发；托勒密率领一部分在主力部队出发三天后再开始跟进；他自己率领部队主力前进。他这样安排是为了使他自己率领的主力部队中的人无法逃跑，因为逃跑者会被前后的部队抓住。这种情况说明，亚历山大的军心已严重不稳，因为防止士兵逃跑已成了行兵布阵都必须考虑的一个重要问题。军心不稳显然是因为士兵都渴望尽快回家，而现在亚历山大却要带领他们去进行新的征讨，而随军的印度士兵更不愿亚历山大率领他们去打自己的同胞。
亚历山大亲自率领主力部队，选择了一条敌人意料不到的路向实行自治的印度部族马利亚人进军，因为这条路要通过严重缺水的地区而且特别难走。当亚历山大来到马利亚人避难的第一座城市时，马利亚人根本就没有想到亚历山大会从这条路来，而且来得这样快，他们毫无准备，许多人都在城外，也没拿武器，被亚历山大突然袭来，毫无抵抗之力，没被杀死的，都急忙逃入城里。亚历山大立即令骑兵把城包围起来，等待步兵到来再攻城。同时派坡狄卡斯率领一部分骑兵去包围另一座城市，防止那里的敌人逃跑。步兵来到后，亚历山大立即攻城，印度人已失去了守城的信心，城池和要塞很快就被攻占了，要塞里的2000印度人全被杀死，无一幸免。
坡狄卡斯赶到第二座城时，城里的居民已逃亡一空。坡狄卡斯随即率领骑兵对逃亡者进行追击，被追上者都被杀死。
亚历山大只让部队吃了饭，稍作休息，便连夜赶路，追击马利亚人。天亮时到达希德拉欧提斯河，见马利亚人正在渡河，就趁机打死许多渡河者，并迅速渡河追击已过河的马利亚人。马利亚人逃进一个有坚固工事的据点里，亚历山大一个冲锋就把据点攻下了，除打死的外，据点里的人全部被贬为奴隶。
亚历山大决心要征服全部马利亚人，当他听说有一些马利亚人逃到一座叫波罗门的城市里时，他立即率军赶去围攻这个城市。守城者进行了坚决的抵抗，马其顿人一时未能攻下。马其顿人已经厌烦了攻城夺寨，他们已没有了当初的争胜心，他们渴望的是回家。但亚历山大的战斗精神却有增无减，他身先士卒地第一个登上了城墙，冒着极大的危险，坚守在那里。马其顿官兵眼看主帅上了城墙，才心生愧疚，争先恐后地往城墙上爬，终于把要塞攻下。
亚历山大令部队休息了一天后，又开始追击其余的马利亚人。马利亚人实行坚壁清野政策，亚历山大所到之处，都是一座座空城，居民早已逃到更远的荒凉地区去了。亚历山大又令部队沿河搜索，把躲到森林里去的人抓住全杀光。亚历山大追到马利亚人的一个最大的城市，这里本聚集了许多逃亡者，但在得知亚历山大快来的消息后，城里的人又弃城逃跑了。马利亚人逃过希得拉欧提斯河后，停了下来，摆好阵势，准备依仗高陡的河岸，阻击亚历山大过河。亚历山大率领骑兵赶到马利亚人设防的地方，立即驱马涉水过河，马利亚人看到亚历山大率领骑兵冲过来，立即有秩序地、阵形不乱地往后撤，亚历山大率领骑兵就追，马利亚人见亚历山大所率骑兵不多，调头向亚历山大逼过来。亚历山大见敌人人多势众，队形严整，自己率领的骑兵难和敌人对抗，便和敌人兜圈子，不让印度部队靠得太近。当亚历山大的其他骑兵部队和步兵主力部队赶到时，马利亚人又调头逃跑，亚历山大立即率兵在后紧紧追击。马利亚人最后逃进了一座设防的城市。由于部队十分疲劳，亚历山大没有立即攻城，而只是把城包围起来。
第二天，亚历山大下令攻城，但马其顿人战斗热情不高，动作缓慢，亚历山大十分生气，当他看到那些搬梯子的人有气无力、磨磨蹭蹭时，便夺过一把梯子，把它竖在墙上，一面用盾牌掩护着自己，一面迅速往上爬。只有三个马其顿人跟着他。亚历山大的近卫队看到他们的统帅几乎是孤身一人登上敌城、身陷险境时，慌忙蜂拥着也从亚历山大爬的那架梯子往上爬，结果把梯子压折了，爬在梯子上的人都摔下来了。此时，亚历山大一人站在敌人城墙上，成了敌人集中攻击的目标，亚历山大不顾一切地跳进城中，与敌人展开近身肉搏，和他一起并肩战斗的只有三个人。亚历山大虽然勇猛，他的三名战士也舍命苦战，但终是寡不敌众，在敌人围攻下，一个战士中箭倒下了，亚历山大也被一支箭射穿了胸甲，扎入肺部，头上也被敌人打了一棒，虽负重伤，他仍浴血奋战，但终因流血过多，头晕目眩而倒下了。剩下的两个战士拼死抵挡着从四面八方射来的箭石，保护着他们的统帅。在国王陷身敌城、情况万分危急的情况下，马其顿人被激起了誓死保卫国王的战斗豪情，纷纷冲上前去，用各种办法登城，跳到亚历山大身旁，护卫着躺在地上的亚历山大。城门也很快就被攻破了，马其顿的部队一股一股地涌进城里，战斗很快就成了一场大屠杀，印度人被斩尽杀绝，妇女孩子也不放过。
亚历山大伤势严重，幸好找到一位医生，把箭从亚历山大身上取了出来，挖掉了伤口附近的肉，敷上了药。但由于流血太多，亚历山大身体非常虚弱，只能卧床休养。
亚历山大一生据说负过8次伤，这是最后的一次，也是最严重的一次。不少人眼见他昏迷着从战场上被抬下来，再没见他出现，营地里便流传开他已伤重死去的消息。全军陷入极度的悲伤中，哭声一片。在全军的心目中，亚历山大是惟一能率领他们摆脱好战的印度部族的包围、顺利返回故乡的人，失掉了亚历山大，就失掉了一切指靠和希望。他们虽已不愿再跟随亚历山大东征，亚历山大的威望和地位却是无人能取代的。后来传来消息说，亚历山大仍活着，但大家都不相信。接着又有人给大家送来了一封亚历山大的亲笔信，说他不久就回营地。大多数人仍不相信，认为信是亚历山大的近卫和军官们伪造的。军营里仍然人心惶惶。
为了安抚人心，避免部队里发生骚乱，亚历山大在身体稍为好些时，令人将他抬到船上，然后乘船顺流而下，来到部队营地。他叫人把船的天篷掀开，好让战士们能看见他。但部队仍不相信，认为船上运的是亚历山大的尸体。直到船靠近岸边，亚历山大向人群挥手致意时，他们才相信他们的国王仍然活着，并情不自禁地爆发出一阵欢呼声，有的高举双手感谢苍天，有的把双手伸向亚历山大，有的高兴得泪流满面。人们把亚历山大抬下了船，近卫给他抬来了一副担架，但他却要人把他扶上马。当大家看见骑在马上的亚历山大时，全军欢声雷动，经久不息。
亚历山大这次涉险负伤，受到了他的一些挚友的责备，他们说，这样狠勇冒险，是战士的事，不是一个统帅应当干的。他们的责备是对的，这件事，也暴露了亚历山大性格中的弱点，为了达到目的，他往往不顾一切，甚至把自己的安危都置之度外。当然，亚历山大也可能不只是逞个人之勇，他是想用自己的奋不顾身的勇敢行动来鼓舞已日见消沉的士气，但不管如何，作为一个统帅，孤身犯险，如遭不测，便会断送整个部队。不过，亚历山大却听不进他的挚友的话，他已不能容忍别人对自己的行动的指责。他身边已不缺阿谀奉承的人，有人见他听了责备他的话不高兴，便上前讨好地说：“亚历山大，见义勇为，此乃大丈夫。”这样的话，亚历山大感到十分中听。
马利亚人遭到沉重的打击，幸免于难的马利亚人不久派人来请降。欧克西德拉卡人的各城市和各地区的首领也来谒见，来谒见的还有其他一些重要人物，他们都带着贵重的礼物。他们提出的投降的惟一要求就是继续让他们自由和自治。他们可以接受亚历山大派去的总督，也可以向亚历山大缴贡赋。亚历山大让他们送1000名部族的优秀人物来当人质。他们答应了，不仅如数送来了人质，还多送来了500辆战车和车手。亚历山大留下了战车，却把人质打发回去了。任命菲利普为他们的总督。
亚历山大养伤期间，造了一大批新船，伤好后，又重新开始他顺流而下的航行。沿途继续接受一些部族的归顺，征服那些拒不归顺者，在战略要地建立新城市，留下一些部队驻守战略要地。亚历山大把阿塞西尼斯河和印度河的汇流处作为他的堂弟菲利普辖区的边界，给他留下一支包括有色雷斯部队全部的足够驻守全地区的部队，还命令他在两条河流的汇合处，修建一座城市，并在那里创建船舶修造所。
亚历山大的目的仍和他过去一样，想用各种办法来扩大征服地区并巩固对所征服地区的统治，但无论是屠杀和怀柔，对某些印度人、特别是印度的婆罗门都不起作用，不少印度人的反叛都是由婆罗门煽动的。例如，穆西卡那斯，在亚历山大大兵压境下，投降了，亚历山大让他继续享有主权，并派军队驻守其首府。但后来，在婆罗门的教唆下又反叛了，亚历山大采取了极其严厉的手段惩罚反叛者，一些支持反叛的城市被夷为平地，居民被贩卖为奴。穆西卡那斯和那些教唆他反叛的婆罗门都被押到自己的国土绞死。婆罗门是印度人的精神领袖，是古老的印度文明的代表者，是古代印度宗教的代言人。他们对不同的希腊文明抱有无法消除的敌视情绪。亚历山大对以婆罗门为代表的印度文明既敬又惧，因为他难于把这两种文明融合在一起，也无法使婆罗门屈服于他的统治。有这样一个很难确定真假的故事。亚历山大捉住了10个被称为裸身大智者的印度哲学家，据说，他们对难题对答如流，亚历山大可能想借机打击一下他们，也可能是出于好奇，决定出几道题让他们回答，答错者处死。为了显示公平，他让一个年纪最大的裸身大智者做裁判人。
亚历山大问第一个人的问题是：生者多还是死者多？答：生者多。因为死者已不复存在。问第二个人的问题是：最大的兽在陆上还是在海上？答：陆上产大兽，因为海只是地球的一部分。第三个人被问什么动物最狡猾，答：人尚未发现的动物。第四个人被问：“你为什么要煽动土王造反？”答：“因为我希望他或是活下去，或是体面地死去。”第五个人被问：昼与夜何者长些？答：“昼长，但仅指一日而言。”亚历山大对这一回答非常惊讶，印度人解释说，对于难答的问题应当答以深奥的答案。亚历山大接着问下一个人：一个人必须怎样才能真正被人敬爱？那个印度人回答：“此人必须非常威严但又不使人畏惧。”第七个人被问：一个人怎样才能成为神？答：“为他人所不能为。”亚历山大问第八个人的问题是：生命与死亡，何者更坚强？这个人回答：“是生命，因为生命将忍受极多的苦难。”最后一个人被问的问题是：人活多久最为适宜？答：“活到死亡比生命看起来更称心如意。”问完了，也答完了，亚历山大转向那个被指定做裁判的人，令他作出判决。这个印度人说，依他之见，回答得一个比一个糟。这些印度智者的回答，如果不评说错和对，的确个个都闪耀着智慧的光芒。他们在面临生死抉择的关头，仍从容不迫对答如流，他们的这种无畏态度，他们的睿智，可能也打动了亚历山大。亚历山大不仅把他们全都放了，还送了些礼物给他们。
亚历山大派克拉特拉斯率领一部分部队，包括大部分辎重队、老兵、伤兵和大象，经阿拉科提亚人和扎兰迦亚人的地区，到卡曼尼亚去。他自己则继续在河上航行，来到帕塔拉地区，也就是印度河三角洲，发现这里的城镇和乡村都空无一人，原来这里的人得知亚历山大要来，早逃走了。亚历山大一面派部队把逃亡的人赶回来，要他们照旧居住和生活；一面令人在帕塔拉城的要塞上修筑工事，并在这里修建港口和船坞。同时还派部队到附近的沙漠地区去打井，以便使那些地方适宜于人们生活。显然，亚历山大是要把这里作为他的帝国的最东南的重要据点。
印度河在帕塔拉分为两条大河入海，亚历山大带着船队里的最好的水手，分别驾着一批一排半桨船、全部三十桨大船和一些轻快船从右边的那条河下驶入海。由于附近的印度人都逃走了，找不到熟悉河道的领航员，船队航行困难重重，起航的第二天，碰到了一场猛烈的暴风雨，河面上顿时巨浪滚滚，船只被狂风巨浪抛上摔下、东摇西摆，大都被损坏，还有一些完全破碎了。幸好有一些在被毁前拉到了岸上，才避免了船队全部毁灭的后果。亚历山大修补好破损的船，又建造了一些新船，并派人抓了一些印度人做领航员，船队又重新起航了，但在船队驶入一处宽阔的河道时，遭到一股从海上吹过来的狂风的袭击，在滔天的巨浪中，水手连桨都举不起来，为了避风，船队在领航员的指引下，驶进了一条小河汊子。几个小时后，令亚历山大和他的部下大吃一惊的事发生了，他们原来停泊在水里的船只，现在被高高地搁在地上。这是海洋潮汐起落的常有的情况，他们在地中海从来没见过。过了一段时间，汹涌的潮水冲过来了，被搁浅的船只又漂了起来，但那些未落平稳的船只，或被潮水冲得互相碰撞，或被冲翻，损失不小。船只修好后，驶到下游的一个岛边停泊，这个岛很大，岛上还有淡水，亚历山大在岛上祭祀了神，据他说，他祭的神都是阿蒙叫他祭祀的。然后他又驱船驶向大海，据他自己说，他要看看海外还有没有其他国家。亚历山大面向一望无际的海洋，可能认为他已经到了世界的最南端了。他向海神普塞顿献祭，祈求海神保佑他的海军安全到达幼发拉底和底格里斯两河的入海口。亚历山大到达了他所认为的世界的南端，在充满了自豪感的同时，可能会为自己没能到达世界的东端而遗憾。他现在要真正考虑如何回去的问题了。他已经打发克拉特拉斯率领包括老、弱、残在内的一部分军队从一条较安全的路返回了。他要考虑其余的部队如何回去了。
可怕的归途
亚历山大从海上回到帕塔拉后，为了考察从哪条河道入海较安全，又组织船队从另一条入海水道驶向大海。这次航行很顺利，途经一个大湖，安全地到达大海。他让船只在海岸停泊，自己带领一部分骑兵，沿海岸走了三天，视察部队返航时附近陆地的情况，令士兵沿路打井，以便部队返航时有淡水供应。他还另派了一支部队到更远的海岸上去视察和打井，完成任务后再返回。他自己率领船队回到帕塔拉，在大湖处修建另外一个港口和其他船坞，并留下军队驻守。他又在这一带征集了全军四个月的给养，为返航做好必要的准备。
返航的时候到了。亚历山大把部队分成两部分，一部分乘船沿海航行，由海军司令尼阿丘斯率领，他们的航行不只是单纯地要回去，而且负有开辟一条从印度河到两河流域的航道的重任。在亚历山大的脑海中，可能时时刻刻都在计划如何扩大他的帝国和如何把他的大帝国连成一整体。因此这条航道的开辟对于他的帝国来说，具有极其重要的意义。亚历山大自己不乘船，而是率领其余的部队沿海岸前进，既为尼阿丘斯率领的航行于海上的部队挖水井、设粮库，保证舰队的后勤供应，又可征服沿途尚未归顺的部族，开辟一条陆地上的通途。
公元前325年9月，亚历山大率部从印度河三角洲出发了，踏上了他的部下向往已久的归程，跟随他的部队人数不多，可能只有15000人左右，随行的还有随军人员、商人、科学家、妇女和儿童。
尼阿丘斯率领的舰队，包括约150艘舰船、5000名水手和一些雇佣兵、弓箭手和投枪手，没有和亚历山大同时出发，因为当时正刮西南季风，不适宜航行。他们等到十月东北季风到来时，才启程返航。
亚历山大率部离开帕塔拉后，走了很远的路，来到阿拉比亚斯河。这里有一个长期独立的印度部族欧瑞坦人，亚历山大打算给他们一个突然袭击，打垮并征服他们。他让赫斐斯申率领一部分部队留守，自己率领一支精兵去袭击欧瑞坦人。他渡过水少河窄的阿拉比亚斯河，连夜行进，天亮时越过了沙漠的大部分，接近了有人烟的地区，然后他让步兵以行军序列前进，而自己则率领分成许多中队的骑兵，分别出击，以便在最短的时间内扫荡尽量多的地区。抵抗的欧瑞坦人不是被骑兵砍杀，就是被活捉。后来进抵欧瑞坦人的一个最大的村庄，亚历山大觉得这个地点很好，将来一定会繁荣，便让赫斐斯申负责在这里建一座新的亚历山大城。
亚历山大继续率军向迦德罗西亚和欧瑞坦人的边界前进。欧瑞坦人和迦德罗西亚人已经联合起来，在亚历山大必经的峡谷入口扎营，摆好了打一仗的阵势，但一听说亚历山大来了时，大部分人却又都弃阵逃跑了。欧瑞坦人的头目只好前来投降，并代表他们全族表示归顺。亚历山大让他们把欧瑞坦人都召集起来，叫他们放心回家，保证不会伤害他们。亚历山大派阿波罗发尼斯当欧瑞坦人的总督，派近卫军官利昂那塔斯为当地驻军司令，拨给他一部分军队。令他在这里建城，并为即将路过这里的舰队提供其必需的给养。亚历山大就是这样，不断地征服新的地区和部族，建立新的城市。
随后，亚历山大率军向迦德罗西亚（南俾路支）前进，所经过的地区大都是沙漠。沙漠里生长着许多没药树，树干上产一种树胶。沙漠里还产一种甘松根，又多又香。随军的腓尼基商人非常热衷于收集没药树树胶和甘松根。他们让骡子驮上这些东西走。沙漠里还生长其他一些奇怪植物。但亚历山大的部队行进在这样的沙漠里，逐渐陷入困境。路途坎坷，供应难筹，特别无法忍受的是，部队常常找不到饮水。部队人马不得不利用夜间赶路，以避开白天令人难熬的酷热。每晚长途跋涉在离海很远的地方。因为迦德罗西亚沿海完全是一片荒漠，亚历山大曾派人到海边考察一下，看看那一带有没有淡水和其他必需品，结果令人失望，那里淡水奇缺。这样就使亚历山大原来的计划落空了，因为他本来计划沿海边走，一路视察现有的海港，并尽可能地为海军创造一些方便条件，如，挖井、准备抛锚的地方等。后勤供应组织的周到是亚历山大军事胜利的重要条件，但现在后勤供应陷入困境，亚历山大不仅无法给他的海军提供必需的物资，他自己率领的部队也严重地缺粮缺水。
粮食的匮乏已使粮食的分配无法正常进行。亚历山大来到迦德罗西亚境内的一处粮秣较充足的地方，搞到了一些食物。他下令把这些食物包扎起来，贴上盖有自己图章的封条，分配给各运输队，让他们运到海边去。饱受饥饿之苦的士兵，甚至警卫，竟在运送途中，划开加封的给养包，把食物分吃了。他们实在饿极了，已顾不上考虑这种行为是否会受到国王的惩罚了。亚历山大知道后，饶恕了这些犯法的人，并派部队到各处去尽量多搞一些粮食，只要是可以吃的，如椰枣和羊，都尽量多收买一些。
但是，这只是困难的开始，更可怕的归途在后面，对于某些人来说，归途将成为不归之路。到迦德罗西亚的首府还有一段漫长的令人生畏的路。从欧瑞坦地区出发，到最后到达迦德罗西亚首府总共走了整整60天，多数人都认为，亚历山大的部队在亚洲所经历的一切苦难加起来，也比不上他们在这段行军路上所遭受的罪。事前曾有人告诉亚历山大这条路非常难走，从来没有谁率领部队走过这条路。有一个女酋长从印度逃跑时走过这条路，幸存者只有12人；居鲁士曾到过这里，企图侵入印度，结果由于一路荒无人烟，全军损失了绝大部分。据说，亚历山大听了这样一些传说后，反而激起了要和居鲁士一比高低的斗志，毅然决定走这条路。尼阿丘斯说，亚历山大走这条路，是因为海军舰队距这里不远，他可以有望得到海军给他提供的给养。不管出于何种原因，亚历山大走这条路是一个完全错误的决策，使原来一直组织得很好的后勤工作陷于瘫痪，使部队遭受了不必要的严重损失。
在迦德罗西亚沙漠，夜晚的温度也在35度以上，白天更热如火炉。巨大的流动沙丘使部队不断改变行军方向，沙土既深又烫，踩在上面就像受火刑，每迈出一步都非常艰难。酷热和干渴使大批人马倒下了，特别是随军的妇女和儿童，死亡的非常多。驮运重物的牲口大都因疲劳、干渴而倒毙了，没有倒毙的也被部队士兵杀了吃肉，然后报告说它们是累死的或渴死的。亚历山大虽然知道士兵杀牲口吃肉，也只能假装不知道，因为他知道大家都参与了这种犯罪活动。在这种极端困难的情况下，军队的团队精神也减弱了，病号和累坏了躺倒的人，无人照顾了，甚至没有人扶起他们前进。
这段路上的有些灾难完全出乎意料。迦德罗西亚这样一个干旱地区，在季风吹来时，却又暴雨成灾。有一天，部队好不容易找到一条有水的小溪旁宿营，半夜，没见天下雨，小溪却突然暴涨，洪水排山倒海般涌来，随军的妇孺大多被山洪席卷而去，亚历山大用的帐篷连同里面的一切也都荡然无存，残存的牲口竟被一扫而光。战士们好不容易才摆脱了洪水，保住了性命，但除了武器外，什么都没有了，有的甚至连武器也丢了。这次洪水造成的灾难可能不比沙漠小。
亚历山大在这可怕的归途中，在极端困难的情况下，显示了作为一个伟大统帅应有的品质，和将士们同甘共苦，以身作则。在沙漠中行军，亚历山大和战士们一样，徒步前进，忍受着干渴和酷热。有一次，一支找水的部队在一个小得可怜的水坑，费了很大劲才淘出一点点水，然后他们飞快地跑回来，把盛在头盔里的那点水送给国王，亚历山大接了过来，向他们表示感谢；他虽渴得要命，却毫不犹疑地当着全军的面，把那点水泼在地上。他这一泼，赢得了全军的欢呼，大家心情振奋，好像都喝到了亚历山大泼出的那点水。
亚历山大不只是和将士们一样忍受着同样的苦难，而且能在看似无望的绝境中，保持信心，临危不乱，想方设法把部队带出困境。这支艰苦行进在沙漠里的军队，后来迷路了，狂风把一切可显示方向的标志都吹得模糊不清了，在茫无边境的大沙漠里，看到的只有沙丘沙冈，向导也不知应往哪里走。这时亚历山大显示了他的杰出才能，他亲自带领一些人前去探路，走到了海边，并在海边的砂石下面找到了清新的淡水，这真是救命之水，于是，亚历山大派人把全军都带了过来。部队就沿海岸走了7天，一路都有水喝。后来，向导认出了路，部队便又向内陆行进。
亚历山大终于率领部队走出了沙漠，到达了迦德罗西亚首府，部队在这里休息数天后，开始向卡曼尼亚进军。进入卡曼尼亚后，与克拉特拉斯率领的部队会合了。克拉特拉斯从印度返回，途经穆拉山口和坎大哈，一路并没遭遇亚历山大所遭遇的困难，虽也历尽艰辛，但部队和大象都顺利而安全地到达目的地。
尼阿丘斯率领的舰队，如同亚历山大艰难地在沙漠中跋涉，历尽艰辛地沿着海岸航行。那里的海岸一带尽是些不毛之地，人迹罕见，给养难寻。他们要不断登岸，筹集淡水和食物，开始他们还可得到亚历山大的帮助，后来，亚历山大自顾不暇，当然就顾不上他们了。和亚历山大一样，他们也常常缺粮缺水。舰队上岸寻找淡水和食物时，碰到过吃生鱼为生的、还生活在石器时代的莫克兰民族，并和他们打了一仗。在这种情况下，研究海岸、开辟航道的任务完全被抛在脑后了，舰队只是为生存下去而奋斗。特别使舰队害怕的是鲸鱼群。这些鲸鱼喷出小山高的水柱，可以毫不费力地把舰队的一些较小的船撞翻。每当碰到鲸鱼群时，尼阿丘斯就让船队像准备海战那样摆开，号角齐鸣，士兵高声呐喊，纷纷用长矛和长标枪向鲸鱼刺去，鲸鱼立即被吓得潜入水中。士兵们高兴得大声欢呼，赞美他们的司令的勇敢机智。由于大海神秘莫测，而有各种怪异的传说，有一次，舰队驶近一个小岛，舵手说，这是太阳神的圣地，人只要登上这个岛就会无影无踪。尼阿丘斯根本不相信这是真的，他以他希腊人惯有的勇于探索的精神，毫无畏惧地登上了这一小岛，用事实证明这一传说的荒诞不经，也提高了他自己在士兵中的威信。
尼阿丘斯离开印度河，航行了80天，到达了阿尔穆兹海峡，舰队在艾马尼斯河河口停泊，尼阿丘斯带领了几个人上岸，在卡曼尼亚的古拉什凯德找到了亚历山大。亚历山大见到他们时，见他们个个面黄肌瘦，蓬头垢面，还以为他的舰队只剩下这几个人了，当尼阿丘斯报告说，舰队已到达波斯湾，只损失了4艘船时，亚历山大欣喜过望，高兴得流出了眼泪。
三支大军终于会合了，亚历山大的远征军胜利地班师回朝了。不过班师途中付出的代价太大了，有人估计，死于荒漠和海上的人数有45000人，几乎是亚历山大整个军事力量的三分之一。特别是亚历山大率领的那一路，出发时，连同随军人员，可能有4万之众，而生还的只有15000人。由于损失的巨大，有人认为亚历山大所选择的回师之路是错误的。不过，对于亚历山大来说，他要征服沿海尚未征服的部族，开辟一条从印度河到两河流域的航道的目的基本达到了。尼阿丘斯不仅胜利返航，而且对沿途的历史和地理作了较为详细的记录，诸如天气、风浪、海潮以及沿岸的一些土著民族及其奇风异俗等都一一作了记述。可以说，尼阿丘斯第一次探明了一条尚未为人知的海岸，在东西方之间创出了一条海上通道。其意义是巨大的。
公元前325年年底，为了庆祝征服印度和胜利班师，亚历山大在卡曼尼亚举行了盛大的祭神活动和体育和文艺比赛。祭祀海神波赛冬、祛邪者阿波罗和赫拉克勒斯，向主神宙斯谢恩。庆祝活动持续了好几天，以致后来有人说，庆祝活动好像成了酒神节的寻欢作乐。
庆祝结束了，尼阿丘斯奉命率领舰队驶向底格里斯河。公元前324年初，亚历山大派赫斐斯申率领大部分军队、运输队和象队经卡曼尼亚沿海去波斯，他自己则带领轻装步兵、近卫骑兵沿着通向波斯境内的帕萨伽代城的道路前进。就在6年前，他们第一次进入波斯，现在他们从印度返回这里，心中肯定充满了自傲、喜悦和不可一世的自豪感。但亚历山大的脑海中，除了自豪感，可能正在考虑如何巩固他的帝国和进行新的征服活动。
