对于后来的中国历史来说，这个航海时代为我们带来了深远影响，比如鸦片战争，比如让国人痛心疾首的一次次丧权辱国。说起这一切，后人总是习惯的说“鸦片战争打开古老中国的大门”。而事实是，在此之前，一扇新的大门，早就横亘在这个时代的面前——台湾。
之前我们用了这么多的笔墨，去梳理十四，十五两个世纪东西方交通的演变历史，原因正是在此：在这个大航海时代的早期，中国不是置身事外的，绵延两千年的中国封建社会，也同样面临这个时代的风暴。这个历史的新纪元，伴随着西方航海家们的风帆，也在隆隆的向中国东南沿海驶来。台湾的命运，将在这段历史中成为主角。
而就像欧洲这时代发生的蝉变一样，明王朝这个古老的大农庄，自身也在悄悄的改变。
明王朝的立国政策，绵延的是中国历代的“重农抑商”。但饶是明朝历代皇帝一再的“抑”，改变却是不可避免。中国的东南沿海，在经过了中国十五世纪的“休养生息”之后，经济早已蓬勃发展。明朝立国初期，长期战乱导致经济凋敝，所以“重农抑商”比较好办：吃喝都发愁，种地当然是正事。但后来经济发展了，有钱人多了，贫富分化大了，原先的政策，也就越发的行不通了。比如明朝立国早期，严禁老百姓随便流动，出村都要政府批准，可到了十五世纪中期，明朝土地兼并严重，无地农民增多，内地农民为了躲避赋税，纷纷逃亡谋生，成了“流民”，相当多的“流民”，都跑到经济发达的东南沿海找生计，成了最早的“无产阶级”。
有了“无产阶级”，当然也就有“资产阶级”，沿海的商人集团日益增多，赚钱的胃口也越来越大，“国内市场”的钱赚到了，自然也就开始打“国际市场”的主意。但明朝厉行海禁，垄断海外贸易，“新富”的沿海士绅越来越多，巨大的外贸利润，不眼红是不可能的，搞个走私贩运，也就越来越普遍了。说到明朝十五世纪下半叶的历史，大家津津乐道的大多是“土木堡之变”这类大事，其实明朝的东南沿海，从十五世纪中叶明英宗在位起，就不断发生暴动，比如福建的邓茂七起义，历史书上普遍说“农民起义”，其实参与者相当多是沿海私商。到了后来，许多东南沿海的地方官也与私商勾结，合谋走私坐地分赃。私商，成了明朝自开国起，到明朝中叶，一个日益汹涌且发展壮大的暗流。原本被朱元璋封锁的严严实实的中国东南沿海，早已经出现了千百个小窟窿。
在明朝“私商日炽”“奸民日多”的背景下，台湾也越来越多的见诸于史料，不过就像从前“跑龙套”一样，十五世纪中叶至十六世纪末的台湾，一样还有很多种名字，通俗的叫法还是叫“东番”，也有叫“鸡笼”“淡水”等称呼的。最早记录比较多的，是沿海的商民们，经常有人私下里和台湾岛的部落贸易，交换货物，而和内地往来最频繁的台湾本岛原住民部落，就是居住在台湾岛南部安平，平甫一带的“台窝湾”部落，后世许多学者都认为，这一支部落的名称“台窝湾”，就是后来“台湾”一词的由来。对于这种和台湾部落的私商往来行为，按照早期明朝的“海禁”政策，是要厉行打击的，但早在十五世纪末的明朝弘治年间，这种情况就已经到了“令不能行”的地步。从明朝成化（1465—1487年）时期，与台湾毗邻的福建，早就出现了大量的“乡集”，所谓的“乡集”，就是违背明朝政府垄断禁令下的“黑市”，在这些“黑市”里，来自台湾的鹿皮，甘蔗等货物应有尽有。两岸之间的经济联系，并未因为早期的“被搬家”而割裂，相反越发的密切。
在东南沿海的这些改变背后，是明朝人观念的改变，早期的明朝人，对待商人基本是鄙视的。商人的地位也比较低，国家的行政政策，也一直是“农为本，商为末”。政府的财政收入来源，主要是农业税。可是重商主义的思潮，在明朝中期就出现了，最著名的当属明孝宗（1487—1505年在位）时期的名臣邱浚，他在其著作《大学衍义补》中提出了一个石破惊天的观点：“食货者，生民之根本也。”翻译成白话就是：商业，是国民经济的根本。而从明朝景泰（1450—1457年）年间开始，内阁大学士徐有贞就提出放松海禁，之后到明朝嘉靖年间，明朝的“海禁”政策时紧时松，总的趋势，却是越来越松，从事“私商”贸易的群体，从早期的商人，士绅，官员，到最后也有了底层的平民。到西方人不远万里，冒着死亡的威胁寻找走向东方的航线时，大洋彼岸越来越多的中国人，也在尝试着冲开沿海的屏障，走出一条新的生存道路。两者的交汇之处，就是台湾。
说台湾是一个“交汇”，看看地图就知道了，台湾岛与中国大陆东南沿海隔海相望，一个岛屿足够屏蔽中国东南五省，对于一心冲破海禁，走向远洋的早期中国私商，台湾是他们的必经之路，对于不远万里开辟航路，一心敲开中国大门的西方殖民者，台湾，却也同样是他们的第一站。一个要走出去，一个要打进来，两股力量的碰撞，势必演变成一场化学反应。当西方殖民者来到中国沿海后，这场“化学反应”就迅速爆发了—倭寇之乱。
对于明朝时期的中国来说，倭寇不是个新鲜词，早在元朝末年就有了，从明朝建国之后，一直都是小打小闹，今天劫掠个州县，明天打劫个团伙，明朝虽然一直在“抗倭”，也不过是把他们当做土匪。然而，就是在西方殖民者到达东方之后，倭寇，却也从此变得不一样。变的更强大，破坏范围更广，破坏力更强，特别是在明朝嘉靖（1520年——1566年）年间，倭寇，成为了一场波及整个东南沿海，持续四十多年，兵连祸结的大害。之所以如此不一样，是因为此倭寇非彼倭寇。
明朝初年的倭寇，虽然也间或有中国人参加，但主要成员基本都是日本人。但嘉靖时期的倭寇，却有日本人，中国，葡萄牙人，甚至还有东南亚人，成分五花八门，装备更鸟枪换炮，用上了当时连明朝正规军都没有的鸟铳和佛郎机炮，战船也不是当年的小帆船，甚至有了比明朝水师更大型的武装炮船。团伙前后累积更有数百股，大的团伙居然有上万人。比起早年倭寇打一枪换个地方，见了正规军就跑，嘉靖年间的倭寇，很多时候却把正规军打的狂逃。比起普通的土匪来，这群又猛又复杂的团伙，几乎成了怪胎。
“怪胎”的产生，当然是拜日本所赐，嘉靖年间的日本比起之前来，“战国时代”越打越热闹，日本的“中央政府”早歇菜了，各路诸侯撒丫子没人管，一边抢地盘一边跑到中国打劫，忙的不亦乐乎。规模和数量，自然要大的多。但日本人只是催化剂，根子却还出在中国自己这边。这时期东南沿海走私猖獗，沿海各地私商林立，明王朝对“海禁”的打击也日严，甚至有了“举家连坐”的法律，但打击越严，反弹就越厉害。为牟巨利，一直在拼命冲破“海禁”的沿海私商们，早就纷纷结成团伙，组建武装。这时候恰是西方殖民者东来的时期，葡萄牙人从明朝正德年间开始，就屡次窜犯东南沿海，一面通过走私收购中国的货物，一面趁机大肆劫掠。这自然和私商们一拍即合。外加这时期倭寇猖獗，几股势力合流，也就有了“倭寇”这个怪胎。这时期的沿海私商们，几乎都有自己的武装团伙，游走于明朝政府，西方殖民者，倭寇之间，大部分都是“有奶就是娘”，谁给好处多久和谁合作。于是从明朝嘉靖二年开始，大规模的东南沿海倭寇暴乱就越演越烈，大批人口被掳掠，无数村镇化成灰烬。海防废弛的明朝沿海军队屡屡溃不成军，巨大的“化学反应”，是中国东南沿海的一场灾难。
这场持续几十年的灾难，为历史留下了诸多记忆：比如惨无人道的倭寇暴行，比如明王朝的抗倭战争，戚家军，俞家军荡气回肠的战斗，然而对于灾难中遭受荼毒甚深的台湾岛来说，一件不起眼的小事，却促成了台湾岛命运的改变。
“明嘉靖四十四年，林道乾寇乱边海，都督俞大猷逐道乾于台，因设巡检守之。”也就是说，在这一年，一个叫林道乾的海盗骚扰沿海，被当时的福建都督俞大猷驱逐入台湾，明朝遂重新设立澎湖巡检司，加强防卫。从明朝洪武年间开始废止近二百年的澎湖巡检司，就这样恢复了。
这件看似不起眼的小事，后来证明，成为了一件影响明末清初台湾命运的大事。
