1944年和1945年交替之际，保尔森小组继续在“详询联合服务中心”领导下稳步对德渗透。详询联合服务中心处理第二十一集团军在比利时逮捕的战俘，并寻找有潜质的反渗透新成员。23个有可能的德国城市和城镇的列表已经准备就绪。在伦敦，肯尼斯·科恩起草了一份关于由部门派遣任务的数目和他们的成败等等的标准详细的进展月报。大量可操作细节也引起了关注。比如，运送工具、伪造的文件、便服、舒适感（在这些事情中，第六分处要求找“三罐可用的朗姆酒和六个小烧瓶”）。1944年末到1945年初，一小部分特工带着无线电设备空降到德国，但是鲜有收获，有的甚至没有收到情报，虽然在敌对行动结束之际，一些幸存者重新作为情报人员在德国复工。同时，为了一个欺骗行动，特别行动处也试图增加一些相似的降落行为。“假发”的设计旨在使赴欧人士相信，在德国国内有一场由英国支持的、活跃的秘密抵抗运动。这就引起了两个情报机构优先权的冲突。秘密情报局取得了优势，对于特别行动处的尝试做出种种限制。秘密情报局认同了两名从北非，一名从法国，及一名从阿尔萨斯招募的特工去执行一项特别行动处的计划（“长腿人计划”），此计划的目的在于说服德国陆军元帅冯·伦斯德密谋推翻希特勒，并和同盟国保持秘密联系。
一名第六分处早期空降到德国的特工是一位反纳粹的南斯拉夫人，由秘密情报局在乌拉圭招募，当时在一家建筑公司工作。1944年，他被带到美国接受地下工作训练，并且给予一个伪造的身份“约瑟夫·鲍尔”，由柏林的西门子公司雇用的“水泥工”。1944年10月2日或3日，他和他的德国犹太裔话务员“布莱恩”到达德国东南部，接近海尔布伦。他们要从那里设法到达柏林东部的马格德堡。鲍尔将在那里建立基地，目的是汇报“军队和空中辨识”、“工业热点的生产数据”、“空袭造成的破坏”、“人民的斗志”以及“纳粹活动转入地下的趋势”等。10月11日，两人到达柏林，并且和秘密情报局斯德哥尔摩站的一名特工取得联系，请他私运一批秘密信件，并要求一些额外的德国身份证明。柏林也被他们描述为“彻底完蛋”[德语]。然而，由于一位知情者告密，鲍尔于10月28日被盖世太保逮捕。布莱恩第二天在他的住所被枪杀。战后对一名德国安全局官员的审讯揭露，鲍尔曾经“服了两片毒丸”，但是没有奏效。在逼供过程中，他泄露了话务员的位置。没有确实的证据证明他最终的命运，虽然另一份战后的报告推测他随后就被处决了。1944年末，据百老汇估算，每名在德国的特工平均“寿命”仅有三周。
因为第二十一集团军在向德国挺进，第二情报支队在它进入德国前继续增加短期行动，例如，2月的“逃亡者”计划旨在配合它的行动。“一支佯装袭击的部队穿过罗孚河”，靠近荷兰——德国边境马斯特里赫特以北。两名荷兰特工越过敌方战线，在当地村民中散布关于盟军武装集结的虚假信息。另外，他们也发回了德国军队的部署情况。这支部队随后对“结果”表示“非常满意”。保尔森提出，“我们的基本工作是尽可能地帮助军队”，“这个行动并没有真正进入我们的简报”。考虑到集团军可能不得不在丹麦开辟一条道路，秘密情报局也被要求考虑在基尔和石勒苏益格——荷尔斯泰因地区有所行动。1945年4月虽然派出一名有丹麦经历的官员，伦敦的肯尼斯·科恩回忆道，秘密情报局认为“大致上来说，我们希望能从这种短期渗透行动中解脱出来。从目前的经验来看，行动比较泛滥，并且在目前混乱的德国，很难获得有价值的军事情报”。他“很担忧”，认为保尔森小组和第六分处“现在应该将精力集中于长期计划”。回顾第二情报分队在德国无条件投降前三周的工作，保尔森确认，考虑到秘密情报局未来在德国是“通过调查在我们身后和‘英’占德国[意思是英国占领区]安置长期特工的可能性，以便为将来的秘密工作奠定基础”，他已经停止了“最短期的战术行动”。他提到继续进行“对潜在招募对象的调查，以及搜寻总部要求的一些私人和其他方面的文档”。同时也在“准备名单，尽可能小心地和一些将来可能有用的人员保持联系”。与此同时，针对战后德国的敌对秘密情报局的组织所制定的一些计划也在准备之中。总部被称为陆军部联络组，有30名成员，“12000”是总指挥，保尔森（“12600”）任副总指挥。加利纳领导的第二情报分队将继续作为秘密情报局和当地军队指挥部的联络点，但是很快将被更名为“民间控制第五支队”。
斯堪的纳维亚
从1942年夏到1944年末，芬兰都是德国的盟国。在此期间，虽然哈里·凯尔的情报站被迫迁到斯德哥尔摩，他在芬兰情报界的旧线人仍然和他保持着联系。许多芬兰特工汇报了芬兰和德国两方面的消息，比如轴心国的船运情况。1943年末，陆军上校雷诺·哈勒玛（芬兰无线电情报负责人）会见了凯尔，告诉他自己计划把办事处主要成员和所有记录从赫尔辛基撤离到瑞士，因为万一它们落入苏联手中，芬兰被将迫退出战争。哈勒玛提议秘密情报局接手这个点并将其迁到英国，在那里他们可以继续以苏联为目标的工作。在返回赫尔辛基之前，他给凯尔一台德国恩尼格玛发报机，以便和他在德国时保持秘密联系（他可能没有想到布莱奇利庄园能成功破译恩尼格玛密码）。凯尔很快就向伦敦发出提议，在伦敦由孟西斯主事。由于不想一组芬兰人（目前在官方仍被视为敌国国民）在英国处理密码事宜，他淡化了这个提议。哈勒玛以“斯特拉·北极星”为代号，继续向瑞士撤退，同时向法国人提交报告。法国人非常感激地接受这些文件。比菲·邓德代尔从他的法国线人那里得知这一消息，也安排复制了一些材料给秘密情报局，使其没有做出任何令人尴尬的承诺就获得这些材料。战后，瑞典发现哈勒玛（仍然待在瑞典）是一块烫手的山芋，在法国的邀请下，凯尔把他从丹麦途经德国送到法国。之后他就一直在法国隐姓埋名，转入地下。
艾森豪威尔将军对孟西斯的感谢信，以表彰布莱奇利庄园情报工作挽救了“成千上万英美人民的生命”。
1944年9月12日，芬兰在莫斯科和同盟国签署了停战协议。随后，作为战败国，芬兰要受一个由上校安德烈·日丹诺夫将军（苏联在列宁格勒的高级政治官员）领导的盟军监察委员会监管。这是战后同盟国在战败国进行军事管理系列工作中的首例。据此或与之相伴的是，秘密情报局将可以寻找行动空间。像其他地方一样，在芬兰，苏联的主导地位尤其对情报局的工作构成挑战，特别是外交部鉴于目前苏联毕竟还是盟国这一形势，必须尽量避免和苏联的任何冲突。外交部在执行这次任务的英国成员的绝密指示中强调了这一点。英国官员将与他们的苏联同事建立“坦率和真诚的关系”，并且避免和那些“克制和有可能冒犯苏联政府的芬兰人联系”。
但是，他们也注意到，“我们的终极任务是确保建立一个自由、独立的芬兰……需要牢记的是芬兰是一个战败国，它将来必须找到适合自己的道路”[479]。1944年3月末，雷克斯·博斯利被派遣去重新建站，赫尔辛基情报站的流亡终于结束了。这个站点最初受控于斯德哥尔摩的哈里·凯尔。博斯利代号为“雪貂”，是凯尔战前在赫尔辛基招募的，他是一个具有天赋的情报人员，此后一直是凯尔最得力的助手。1945年，凯尔被召回国，在一次战后长假之后成为负责整个斯堪的纳维亚半岛的北部地区总监。博斯利全面接管了赫尔辛基站（其基地最初位于英国政治代表处办公室），1947年则改任公使馆助理情报官。
与苏联的关系影响到凯尔的赫尔辛基流亡站的联络管理。“43931”，前爱沙尼亚陆军情报局局长，理查德·马森上校是一个强烈反共者。1940年他曾帮助德国人逃往爱沙尼亚，并曾为“阿布维尔”工作，后来到瑞典为秘密情报局和日本在斯德哥尔摩的陆军武官小野寺诚将军提供服务，汇报德国的军事情况。马森被认为是一个有价值的线人，尽管德国在斯大林格勒战败了，但他在1943年德国在西边横行的时候就开始汇报红军的情况（不仅向英国和日本，也向瑞典提供情报）。作为情报老手，他坚决拒绝向秘密情报局透露他的下线。1942年，他坚决反对伦敦要求他“澄清他机构所有事宜”的要求。尽管认识到在德国获取情报是“最困难的、危险的和不讨好的工作”，他仍宣称他和他的人员会继续从事这项工作，无论秘密情报局是否期待这个结果。1944年末，小野寺诚发给东京的海底电报显示，马森更多向小野寺诚提供消息，而不是向秘密情报局，他想以此刺激秘密情报局恢复对他的信心。此外，鉴于苏联人对于同盟成长的重要性，外交部已经禁止了反对苏联的直接工作，伦敦开始担心苏联人发现秘密情报局还在联系这样一个反苏人物的风险。因此，总部给马森最后通牒：揭示他的下线或者关系网，否则就终止和他的联系。他再一次拒绝，于是他们的关系终止了。凯尔最后发现，在总部强烈要求发最后通牒的官员之一是金·菲尔比。无论透露何种信息（凯尔相信他的资源包括目前仍在苏联的共产党成员），这个人估计已经传递给他的苏联主子。
战争后期，瑞典的各个秘密情报局组织处理了日益增加的反间谍工作。皮特·福克于1943年3月被派为驻斯德哥尔摩的第五处代表，很快就和挪威、波兰的线人建立了联系，同时也联系上了瑞典秘密警察。他也从特别行动处接管了两名能够接触到德国公使馆的特工，其中之一是为德国公使馆新闻处工作的德国女难民。虽然她接触到的真正有情报价值的材料有限，但她在公使馆的工作便利让她能汇报德国人事升降情况，从而提供有价值的背景资料和目标信息。她接受来自柏林的每日简报，并且代表福克访问德国和芬兰。一直以来，她都分文未得，只是在1945年获得英国国籍，并在伦敦定居。1944年4月，另一名第五处的专家被派到斯德哥尔摩专门负责和丹麦人联系。战争接近尾声，反间谍工作显得日益重要，因为秘密情报局力求鼓励斯堪的纳维亚国家，在敌对行动结束之后，逮捕那些为德国人或纳粹工作的国民。这个情况已在克莱默事件中初现端倪，增加了福克对瑞典可疑人员的了解，为日后不断增加的同瑞典的反间谍信息交换打下了基础——同盟国胜利在望，瑞典合作的意图也日益加强。[480]
巴里情报站
1944年8月，于1943年10月派驻地中海H处的卡斯伯特·鲍尔比开始考虑在地中海舞台的长期战略，并且敦促伦敦指导此事。考虑到军事行动焦点的变化，他提议秘密情报局将力量集中在意大利和伊斯坦布尔区域的工作，并且在开罗设立中东总部。考虑到奥地利应该是战后秘密情报局贯穿欧洲南北的主要活动基地，他提出从匈牙利、意大利和保加利亚进入苏联工作的可能性。虽然他强调这样的行动对于苏联人来说不会是“愉快的”，但他认为，“假如巧妙地、有技巧地思索，就能在他们不知情的情况下施行”这些计划。伦敦认为这样的计划不太成熟。虽然他早在9月就向鲍尔比大致提了这个行动，孟西斯还是选择“从我们在第九十一国[巴尔干半岛]国家联合行动中的第九十五国[苏联]线人那里获取情报”。回顾以往不同寻常的战争后果和将来可能的敌人的时候，马歇尔——康沃尔现实地认为，让我们在地中海的“现有人员”投入新的反苏行动是不太可能的。但是，就像他向约翰·布鲁斯·洛克哈特（他在先前计划中提出此事）提及的，秘密情报局需要“明确区分战后计划与和平计划”。目前，布鲁斯·洛克哈特和鲍尔比所需要考虑的应该是前者。长期计划不是他们的工作范围，而是伦敦考虑的事情。
