冬十月庚子，免沛县六年至八年灾赋。尚可喜、耿继茂克钦州、灵山，故明西平王朱聿钅兴缚贼渠李明忠来降，高、雷、廉、琼诸郡悉平。壬寅，官军复梧州。癸卯，以岁饥，诏所在积穣，禁遏籴，旌输粟。丙午，免三水等三县六年灾赋。壬子，以刘馀祐为户部尚书。癸丑，免霸州、东安、文安荒赋。甲寅，孙可望寇保宁，吴三桂、李国翰大败之。以希福、范文程、额色黑、车克、觉罗郎球、明安达礼、济席哈、星讷为议政大臣，巴哈纳为刑部尚书，蓝拜罢。戊午，命和硕郑亲王世子济度，多罗信郡王多尼，多罗安郡王岳乐，多罗敏郡王勒都，贝勒尚善、杜尔祜、杜兰议政。辛酉，以阿尔津为安西将军，同马喇希移镇汉中。丙寅，以李化熙为刑部尚书。丁卯，尊太宗大贵妃为懿靖大贵妃，淑妃为康惠淑妃。
十一月庚午，以卓罗为靖南将军，同蓝拜等征广西馀寇。己丑，祀天于圜丘。庚寅，故明将白文选寇辰州，总兵官徐勇、参议刘升祚、知府王任杞死之。辛卯，尼堪抵湘潭，故明将马进忠等遁宝庆，追至衡山，击败之，又败之于衡州。尼堪薨于军。追封尼堪为和硕庄亲王。乙未，免忻、乐平等州县灾赋。
十二月辛丑，免太原、平阳、汾州、辽、沁、泽灾赋。壬寅，诏还清苑民三百馀户所拨投充人地，仍免地租一年。官军复安福、永新。丙午，撤卓罗等军回京。庚戌，幸南苑。戊午，还宫。广东贼犯香山，官军讨平之。己未，复命阿尔津为定南将军，同马喇希等讨辰、常馀寇。甲子，免长武灾赋。
是年，达赖喇嘛来朝。朝鲜，厄鲁特部顾实汗、巴图鲁诺颜，喀尔喀部土谢图汗下戴青诺颜、喇吗达尔达尔汉诺颜，索伦部索郎阿达尔汉及班禅胡土克图、第巴、巴喀胡土克图喇嘛俱来贡。厄鲁特顾实汗三至。
十年春正月庚午，谕曰：“朕自亲政以来，但见满臣奏事。大小臣工，皆朕腹心。嗣凡章疏，满、汉侍郎、卿以上会同奏进，各除推诿，以昭一德。”辛未，谕：“言官不得捃摭细务，朕一日万几，岂无未合天意、未顺人心之事。诸臣其直言无隐。当者必旌，戆者不罪。”癸酉，免庄浪、红城堡、洮州卫灾赋。丁丑，改洪承畴为弘文院大学士，陈名夏为秘书院大学士。庚辰，以贝勒吞齐为定远大将军，统征湖南军，授以方略。丙戌，以多罗额驸内铎为议政大臣。诏三品以上大臣各举所知，仍严连坐法。庚寅，调金之俊为左都御史，以刘昌为工部尚书。癸巳，更定多罗贝勒以下岁俸。丙申，幸内苑，阅通鉴。上问汉高祖、文帝、光武及唐太宗、宋太祖、明太祖孰优。陈名夏对曰：“唐太宗似过之。”上曰：“不然，明太祖立法可垂永久，历代之君皆不及也。”
二月庚子，封蒿齐忒部台吉噶尔玛萨望为多罗郡王。壬子，大学士陈之遴免。甲寅，以陈之遴为户部尚书。乙卯，以沈永忠为剿抚湖南将军，镇守湖南。己未，裁各部满尚书之複者。庚申，以高尔俨为弘文院大学士，费扬古为议政大臣。辛酉，明安达礼、刘馀祐有罪，免。甲子，喀尔喀部土谢图汗下贲塔尔、衮布、奔巴世希、紥穆苏台吉率所部来归。
三月戊辰，幸南台较射。上执弓曰：“我朝以此定天下，朕每出猎，期练习骑射。今综万几，日不暇给，然未尝忘也。”赐太常寺卿汤若望号通玄教师。免山西岢岚、保德七十四州县六年逋赋，代、榆次十二州县十之七。己巳，封喀尔喀部贲塔尔为和硕达尔汉亲王，衮布为卓礼克图郡王，奔巴世希为固山贝子。免蓟、丰润等十一州县九年灾赋。庚午，幸南苑。甲戌，免五台县逋赋及八年额赋之半。己卯，免江西六年荒地逋赋。辛巳，设宗学，亲王、郡王年满十岁，并选师教习。乙酉，还宫。丙戌，济席哈免。以噶达浑为兵部尚书。甲午，复以冯铨为弘文院大学士。
夏四月丁酉，亲试翰林官成克巩等。庚子，御太和殿，召见朝觐官，谕遣之。谕曰：“国家官人，内任者习知纪纲，外任者谙于民俗，内外敭历，方见真才。今亲试词臣，其未留任者，量予改授，照词臣外转旧例，优予司、道各官。”始谕吏部、都察院举京察。甲辰，免湖南六年至九年逋赋、山西夏县荒赋。丙午，以佟国器为福建巡抚。丁未，以图海为弘文院大学士。壬子，以旱，下诏求直言，省刑狱。甲寅，命提学御史、提学道清釐学政。定学额，禁冒滥。改折民间充解物料，行一条鞭法。丁巳，定满官离任持服三年例。己未，以成克巩为吏部尚书。癸亥，免福州等六府九年以前荒赋三之一。
五月甲戌，停御史巡按直省。免祥符等七县九年灾赋，沔阳、潜江、景陵八年灾赋。乙亥，封郑芝龙为同安侯，子成功为海澄公，弟鸿逵为奉化伯。以喀喀木为靖南将军，征广东馀寇。免历城等六十九州县八、九年灾赋。丁丑，定旌表宗室节孝贞烈例。己卯，诏曰：“天下初定，疮痍未复，频年水旱，民不聊生，饥寒切身，迫而为盗。魁恶虽多，岂无冤滥，胁从沈陷，自拔无门。念此人民，谁非赤子，摧残极易，生聚綦难，概行诛锄，深可悯恻。兹降殊恩，曲从宽宥，果能改悔，咸与自新。所在官司，妥为安插，兵仍补伍，民即归农，不原还乡，听其居位，勿令失所。咸使闻知。”庚辰，定热审例。乙酉，追封舒尔哈齐为和硕亲王，额尔衮、界堪、雅尔哈齐、祜塞为多罗郡王。免武昌、汉阳、黄州、安陆、德安、荆州、岳州九年灾赋。庚寅，加洪承畴太保，经略湖广、广东、广西、云南、贵州。壬辰，以张秉贞为刑部尚书。甲午，免霸、保定等三十一州县九年灾赋。
六月乙未朔，追封塔察篇古、穆尔哈齐为多罗贝勒。丁酉，谕曰：“帝王化民以德，齐民以礼，不得已而用刑。法者天下之平，非徇喜怒为轻重也。往者臣民获罪，必下部议，以士师之任，职在明允。乃或私心揣度，事经上发，则重拟以待亲裁；援引旧案，又文致以流刻厉。朕群生在宥，临下以宽。在饥寒为盗之民，尚许自首，遐方未服之罪，亦予招扌巂。况于甿庶朝臣，岂忍陷兹冤滥？自后法司务得真情，引用本律，钩距罗织，悉宜痛革，以臻刑措。”大学士高尔俨免。癸卯，复秋决朝审例。乙巳，命祖泽远专督湖广，孟乔芳兼督四川。丙午，免慈豨等五县八年灾赋。辛亥，赐故明殉难大学士范景文、户部尚书倪元璐等及太监王承恩十六人谥，并给祭田，所在有司致祭。改折天下本色钱粮，行一条鞭法。癸丑，贝勒吞齐等败孙可望于宝庆。庚申，以李率泰为两广总督。慈宁宫成。辛酉，增置内三院汉大学士，院各二人。癸亥，谕曰：“唐、虞、夏、商未用寺人，至周仅具其职，司阍闼洒扫、给令而已。秦、汉以来，始假事权，加之爵禄，典兵干政，贻祸后代。小忠小信，固结主心；大憝大奸，潜持国柄。宫庭邃密，深居燕閒，淆是非以溷贤奸，刺喜怒而张威福，变多中发，权乃下移。历览覆车，可为鉴戒。朕酌古准今，量为设置，级不过四品。非奉差遣，不许擅出皇城。外官有与交结者，发觉一并论死。”
闰六月丙寅，以成克巩为秘书院大学士，张端为国史院大学士，刘正宗为弘文院大学士。乙亥，以金之俊为吏部尚书。庚辰，谕曰：“考之洪范，作肃为时雨之徵，天人感应，理本不爽。朕朝乾夕惕，冀迓天休。乃者都城霖雨匝月，积水成渠，坏民庐舍，穷黎垫居艰食，皆朕不德有以致之。今一意修省，祗惧天戒。大小臣工，宜相儆息。”
秋七月甲午朔，上以皇太后谕，发节省银八万两赈兵民潦灾。辛丑，以宜永贵为南赣巡抚。庚戌，皇第二子福全生。辛酉，以安郡王岳乐为宣威大将军，率师驻防归化城。
八月壬午，以太宗十四女和硕公主下嫁平西王吴三桂子应熊。尚可喜克化州、吴川。甲申，定武职品级。丙戌，以雷兴为河南巡抚。己丑，废皇后为静妃。辛卯，李定国犯平乐，府江道周永绪，知府尹明廷，知县涂起鹏、华锺死之。
九月壬子，复刑部三覆奏例。丙辰，耿继茂、喀喀木克潮州。丁巳，孟乔芳讨故明宜川王朱敬樕于紫阳，平之。
冬十月癸亥朔，命田雄移驻定海。乙丑，马光辉等讨叛将海时行于永城，时行伏诛。丙寅，遣济席哈讨山东土寇。乙酉，设粥厂赈京师饥民。免通、密云等七州县灾赋。戊子，命大学士、学士于太和门内更番入直。
十一月甲午，祀天于圜丘。戊戌，郑成功不受爵，优谕答之。戊申，以亢得时为河南巡抚。己酉，官军讨西宁叛回，平之。乙卯，朱玛喇、金之俊免。丙辰，免江南灾赋。戊午，刘清泰剿九仙山贼，平之。己未，免江西五十四州县灾赋。
十二月丙寅，以陈泰为宁南靖寇大将军，同蓝拜镇湖南。丁卯，以吕宫为弘文院大学士，博博尔代为议政大臣，冯圣兆为偏沅巡抚。辛未，幸南苑。甲戌，免金华八县九年灾赋。癸未，设兵部督捕官。以罗毕为议政大臣。甲申，免开封、彰德、卫辉、怀庆、汝宁九年、十年灾赋。丙戌，郑成功犯吴淞，官军击走之。丁亥，还宫。是夜，地震有声。
是年，朝鲜，琉球，喀尔喀部土谢图汗下索诺额尔德尼、额尔德尼哈谈巴图鲁，厄鲁特部顾实汗、顾实汗下台吉诺穆齐，索伦部巴达克图，富喇村宜库达，黑龙江乌默忒、额尔多科，乌思藏达赖喇嘛俱来贡。朝鲜再至。
十一年春正月辛丑，罢织造官。戊申，免江宁、安徽、苏、松、常、镇、庐、凤、淮、徐、滁上年灾赋。己酉，以袁廓宇为偏沅巡抚，胡全才抚治郧阳。庚戌，广东仁化月峒贼平。癸丑，郑成功犯崇明、靖江、泰兴，官军击走之。甲寅，以金砺为川陕三边总督。乙卯，郑成功犯金山。丁巳，免顺德、广平、大名、天津、蓟州上年灾赋。辛酉，官军击贼于桃源，诛伪总兵李阳春等。
二月癸亥，朝日于东郊。丙寅，谕曰：“言官为耳目之司，朕屡求直言，期遇綦切。乃每阅章奏，实心为国者少，比党徇私者多，朕甚不取。其涤肺肠以新政治。”以金之俊为国史院大学士。庚午，甄别直省督抚，黜陟有差。丙子，始耕耤田。戊寅，免江西缺额丁赋。辛巳，命尚可喜专镇广东，耿继茂移驻桂林。壬午，以马鸣珮为宣大山西总督，耿焞为山东巡抚，陈应泰为山西巡抚，林天擎为湖广巡抚，黄图安为宁夏巡抚。癸未，官军复平远县。甲申，谕曰：“比年以来，军兴未息，供亿孔殷，益以水旱，小民艰食，有司失于拊循，流离载道。朕心恻然，不遑寝处。即核库储，亟图赈抚。”己丑，免河南州县卫所十年灾赋。庚寅，以李荫祖为直隶山东河南总督。
三月壬辰，官军击桂东贼，擒其渠赖龙。戊戌，免湖广襄阳、黄州、常德、岳州、永州、荆州、德安及辰、常、襄三卫，山东济南、东昌十年灾赋。辛丑，宁完我劾陈名夏罪，鞫实，伏诛。乙巳，以王永吉为左都御史。戊申，皇第三子玄烨生，是为圣祖。以蒋赫德为国史院大学士。乙卯，以多罗慧哲郡王额尔衮、多罗宣献郡王界堪、多罗通达郡王雅尔哈齐配享太庙。以孟明辅为兵部尚书。
夏四月壬戌，贼渠曹志攀犯饶州，官军击败之，志攀降。庚午，四川贼魏勇犯顺庆，官军击败之。壬申，地震。官军击故明将张名振等于崇明，败之。癸酉，免洛南上年灾赋三之一。己卯，幸南苑，赉所过农民金。乙酉，免保康等四县上年被寇灾赋。丁亥，以王永吉为秘书院大学士，秦世桢为浙江巡抚。戊子，江南寇徐可进、朱元等降。
五月壬辰，上还宫。甲午，幸西苑，赐大臣宴。庚子，以胡图为议政大臣。甲辰，免平凉卫上年灾赋。丙午，起党崇雅为国史院大学士，以龚鼎孳为左都御史。丁未，遣官录直省囚。庚戌，免兴安、汉阴、平利等州县上年灾赋。辛亥，太白昼见。丙辰，以杨麒祥为平南将军，驻防杭州。
六月己未朔，河决大王庙。丙寅，陕西地震。丁卯，以朱玛喇为靖南将军，征广东馀寇。甲戌，立科尔沁镇国公绰尔济女博尔济锦氏为皇后。庚辰，大赦。
秋七月戊子朔，封琉球世子尚质为中山王。壬辰，免秦州、朝邑、安定灾赋。戊申，免镇原、广宁二县灾赋。丙辰，以佟代为浙闽总督。
八月戊午朔，免延安府荒赋。己未，官军剿瑞金馀寇，诛伪都督许胜可等。庚申，罢直省恤刑官，命巡抚虑囚。辛酉，免真宁县十年灾赋。壬戌，山东濮州、阳穣等县地震有声。甲戌，以张中元为江宁巡抚。丙子，以张秉贞为兵部尚书。庚辰，以傅以渐为秘书院大学士，任瀎为刑部尚书。壬午，故明乐安王朱议渒谋反，伏诛。
九月己丑，范文程以病罢。免西安、平凉、凤翔三府十年灾赋。庚寅，封线国安为三等伯。壬辰，申严隐匿逃人之禁。癸巳，免宣府、万全右卫灾赋。丙申，以董天机为直隶巡抚。壬子，以冯圣兆为延绥巡抚。
冬十月丁巳朔，享太庙。辛未，免庐、凤、淮、扬四府，徐、滁、和三州灾赋。丁丑，命重囚犯罪三法司进拟，仍令议政王、贝勒、大臣详议。壬午，赈畿辅被水州县。免祁阳等七县逋赋。李定国陷高明，围新会，耿继茂请益师。
